RNA id: TU1330554


Basic Information

Item Value
RNA id TU1330554
length 6499
lncRNA type read_through
GC content 0.41
exon number 2
gene id G1166778
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048577.1
NCBI id CM023231.2
chromosome length 73332040
location 33706813 ~ 33808708 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ctcactcacacacacacacacacacgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatacatatatatatatatatatagaaatctTCCGGTCTGGTATATTAGAAAAGATATGCAGCCTTCTTAGACGTGTCATGTTAAAATGAGCAGTAAAATACCAATGAAAAATCAATCCAAGGCAACAGGCTCTATACCAGGACTGTAAAACCCCTGGTAACGGTGGTTGTCTTCAGTACCTAAACATTTAAATGTTAGTCACCATTAATTAAATCGGTTAAATCGATTAACAATTTTTCATACAAGCTATTGTTAGCCGTGATGAATCAATTCAATTCATTACTTTAACAATGTAGGATTTAAAAGATGCCAGAAGAGGGATATTCAGACGCAATAGAGCAGAGAACAATTCTTCAATTAATTGAGAGGTAGCAAAACCCCACAAACCAAACTTGAATATAACCCAACCCACCTCTGTGAGGGTGTCAGATCTTTAATTGGCAGCTCATTTTAATATAACAGATCCAGACACGCCGAGAATTAACATCAGCGCTCAAAGGTAAAGTCTGAAAGTAGAATTAGCTTGGAGAGGTCGTCTTCATCTGGTCTTGCGATTTCAGTTTGTCAGTTGTGTGAGATGAATACATTGCTAGATTGATCTATATCCCATGGCTGCCAACACCTTGGATAGATTTACTTTACAGACCACCATAAAACCGTTGTATTTACTTTGAATCACAATATAGACTACCTAAGGACCCGTCGTCTGCATTTAAAACAGGGATTTAGTAAAACAGAAGTCCACGTGCATAGACCAGGGCATtctcctgttcctggagagctactgccatgtacagttgaagtcggaagtttacatacaccttagccaaatacatttaaactctgtttttcgcaattcctgacatgtaatcccaGTAAATATTTCCTGTCTTAGTttggttaggatcaccaccttattttaagaatgtgaaatgtcataataatagcaGAAAtaatttttatttcagcttttattaatttcatcgcattcccagtgggtcagaagtttacatacactcaattagtatttggtagcattgcctttaaatggtttaacttgggtcaaacatttcaggcaggcttcccacaataagttagctgaattttgccccattcctcctgacagctggtgtaactgagtcaggtttgtaggcctccttgctcgcacacactttttcagttctgcccacaaattttctataggattgaggtcagggctttgtgatggccactccaataccttgacttgttgtccttaagccattttgccacaactttggaaatatgcttggggtcattgtccatttggaagaccaagctttaacttcctgagatgttgcttcaatatatccacataattttctttcctcatgatgccatctattttgtgaagtgcaccagtccctcctgcagcaaagcacccccacaacatgatgctgccaccactgtgcttcacggttgggatggtgttctttggcttgcaagcctccctcttattcctccaaacataacgatggtcattatggccaaacagttctatttatgtttcatcagaccagaggacatttctccaaaaagtacgatctttgtccccatgtgcagttgcaaaccgtagtctggcttttttatggcagttttggagcagtggcttcttccttgctgagcggcctttcatgttatgtcgaaataagacttgttttactgtggatatagatacttttgtacccgtttcctccagcatcttcacaaggtcctttgctgttgttttgggattgtttttcacgcaccaaagtatgttaatctctaggagacagaacacatctccttcctggtatgacagctgcgtggtcccatggtgtttatacttgcatactattgtttgtacagatgaacgtggtaccttcaggcatttggaaattgttcccaaggatgaaccagacttgtggaggtctacaatttttttctgaggtcttggctgatttcttttgattttcccatgacgttaAGCAaggagtcactgagtttgaaggtaggccttgaactacatccacaggtacacctccaattgactcaaattatgtcaattagcctatcagaagcttctaaagtcactACATAATCTTCTGGAATTGTCcaacctgtttaaaggcacagtcaatttagtatatgtaaacttctgacccactggaattgtgatacagtgaattataagtgaaataaataaacaattgttggaaaaattacttgtgtcatgcacaaagtatgtgtcctaaccgacttgccaaaactatagtttgttaacaagaaatttgtggagtggttgaaaaaaattgttttaatgactccaacataagtgtatgtaaacttccgacttcaactgtaggttttCATCAACCCCCGTTTTAATTGACCTGATTCaacttatcaaccagctaattattagaatcaggtgcgctagattagggttcGAGCAAAAACCTAAAGGAtcgtagttctccaggaacagggttggagagcccaggcATAGACACTACATTTTCCTCTGTGTATACCTCTTGGGATAGATTTGGTTGCATTGCAATGAAAATAAAAATGCCATTTGTTTTGTCCATCCCTCATCTTCGCAACCACATTAAAACCATGGGTCTTGACTGAGCCGAACCCTTCCCACCACCTTAATCCAAATCCACGTATTTCCAGTGCAGTTTGACAATAATACCAAACCTCATAAAAGCACCAATCACCTCAAGGAAGCCTGTGAATGGTGAGCATGTACTGCACGTGGGAATAGCTCAACAAGAAATAAGGACAGAATATGTGGGTGTTATAGTAAATAAAGCTTTCCACCAAAGATTCATCTGTGTGAAAGCCGATCTTTCGCATCTTCATCTCTAGCTTCTTACTTGGTGCCTCTTTTCTGAGGGTGTGTTATCTGGCAGGAAAGTAGATCACACCAATCAATTATTTTTAACCATGGGTACGAAACCACAAACAACTCAGGTTACATAGGTCATACTGGTGCTCCACAACAAAGTTAGTAGCTCCAAACCAGGGTTTCTGTTAGCCGGTAATAAGACTTTTTTTGTCCGATTAAAAAAAGTGAAAAGCCGATAAATAAAATTGCCGCTAGCCAATTGTCTGTGAGGAAGAAGGAAAAACATCCCATTGCAAAATAATGCTCTTTAGCTCATTCATTGATGcaaatacatttgactggtcaAGCGTATCTgtctataggttaatttgcataattaaATTGCTGCATGGGTATTTCTGTTAGTCTTTATGCATCTTATTTACCACAAGCACACAGATGCAGAGGCTAATTTGAGTGGGGGAAAAAAATTGGTCAGACAACGGAGGAGCTGCTGGTAAAGCGTCTCAAACCGCCTGTTTGTTGCTGCTGGAGTGAAACGTGCTTTTATAaatagtttttttggggggttgtatcatttacAGAACATGCTTACCACTTCAAAgtttgcaaaatatttttttgtgaaaaaaacaagaaataagaccaaaaactgaaaacttgagtgtgcataactattcaaagTCAATACCTTTtgaagcaattacagctgcaagtctcttggggtattaGCTGGCCACTGAgctttttgcccattcttcaaggcaaaactgctctagctccttcaagttggatgggttccactggtgtacagcaaactttaagtcataccacagattcttaattggattgaggtctgggctttgactaggccattcagaTGTTTCTCCTTAatccacttgagtgttgctttagcagtatgcttagggtcattgtcctgctggaaggtgaacctccgtcccagtctcaaatctctggaagacaggtttccctcaagaatgtccctgtattaagcgccatccatcattccttcaattctgaacagtttccgagtccctgccgttgaaaatcATCCCCccagcatgttgctgccaccaccatgcttcactgtggagatggtattctcagggtgatgggaggtgttgggtttgcgccagacatagcatttttccttgatggccaaaaagctcaattttagtctcatctgaccagagtaccttcttccgtaTGTTTGGAGACTCTCCCACATGCCTCTTGGCGAACAACAactgtgtttgcttatttttctctttaagcaatggatttttttctggccactcttccataaagcccagctctgtggagtgcacggcttaaagtggtcctatggacagatactccaatctccgctgtggagcttggcagctttggtctctttgttgcctcgaattaatgccctccttgcctggtccgtgagttttggtaggtggccctctcttggcaggtttgttgtggtgccatattctttccatttttttaataatggatttaatggtgctctgtgggatgtgtTTTATAACCggaccctgatctgtactactccacaaatttgtccctgacctgtttggagagcttgcttggtggtgccccttgcttagtggtgttgcagactctggggcctttcagaacaggtgtatatatacagacacagatcatgtgacacttaaataaagtccacctgtgtgcaatctaactaattatgtgacttctgaaggtaattggttgcaccagatcttatttaggggcttcatagcaaagggggtgaatacatatgcacacacaaccTTTCAGCTTTTTgttgtttgatttttttttttttaaacatgtcatttttttcatttcactttgcaaatttgaactattttgtgtatgtccattacatgaaatcaaaataaaaatacattttaattacagattgtaatgcaacaaaatagggggAAAAAAAACGACAAGGGGGATTagtacttttgcaaggcactgtatgtgaag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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1330571 lncRNA upstream 13461 33692480 ~ 33693352 (+) True G1166783
TU1330531 lncRNA upstream 62186 33644424 ~ 33644627 (+) True G1166755
TU1330509 lncRNA upstream 99234 33607354 ~ 33607579 (+) True G1166735
TU1330463 lncRNA upstream 161283 33543113 ~ 33545530 (+) True G1166690
TU1330357 lncRNA upstream 274471 33427285 ~ 33432342 (+) True G1166590
TU1330948 lncRNA downstream 42929 33833189 ~ 33833393 (+) True G1167108
TU1330950 lncRNA downstream 43803 33834063 ~ 33834294 (+) True G1167110
TU1331026 lncRNA downstream 105402 33895662 ~ 33944609 (+) True G1167184
TU1331184 lncRNA downstream 251881 34042141 ~ 34042660 (+) True G1167340
TU1331199 lncRNA downstream 264385 34054645 ~ 34055394 (+) True G1167355
XM_021557554.2 mRNA upstream 52978 33637809 ~ 33653835 (+) False LOC110486158
XM_036940808.1 mRNA upstream 52978 33637809 ~ 33653835 (+) False LOC110486158
XM_036940809.1 mRNA upstream 52978 33638047 ~ 33653835 (+) True LOC110486158
XM_036939716.1 mRNA upstream 367086 33336015 ~ 33339727 (+) True csf-3
XM_021556174.2 mRNA upstream 367091 33335690 ~ 33339722 (+) False csf-3
XM_021556220.2 mRNA downstream 428585 34218845 ~ 34221786 (+) False LOC110485153
XM_021557592.2 mRNA downstream 475124 34265384 ~ 34272808 (+) False LOC110486176
XM_036940839.1 mRNA downstream 476203 34266463 ~ 34272808 (+) True LOC110486176
XM_021557593.2 mRNA downstream 486976 34277236 ~ 34292574 (+) False LOC110486177
XM_036940841.1 mRNA downstream 488462 34278722 ~ 34292574 (+) True LOC110486177
TU1330025 other upstream 457605 33239953 ~ 33249208 (+) False G1166318
TU1329888 other upstream 476330 33229113 ~ 33230483 (+) True LOC110486146
TU1329495 other upstream 984351 32715256 ~ 32722462 (+) True ifn2
TU1328699 other upstream 1596080 32001751 ~ 32110733 (+) False LOC110486134
TU1327390 other upstream 2587136 31114311 ~ 31119677 (+) True LOC110486104
TU1330567 other downstream 380 33790640 ~ 33803665 (+) True G1166779
TU1331612 other downstream 890928 34681188 ~ 34687650 (+) True LOC110486188
TU1333280 other downstream 2199596 35989856 ~ 35992600 (+) True G1169121
TU1333368 other downstream 2377368 36167628 ~ 36168331 (+) True G1169207
TU1333369 other downstream 2379636 36169896 ~ 36171571 (+) True G1169208

Expression Profile