RNA id: XM_036958136.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036958136.1
length 7427
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 13
gene id LOC110500885
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 51370721 ~ 51413247 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

cactttgtttatatacattaaaaaagttatactttaaatgcaCATGTGTAAAAACATcctttttacatttatttcaatttgtgggatgctgcagttttgcaaattgctatttatttttctttgatatggtgcaatattctattatgcTGATCAGATTGTATTCGTTTTGAATGGTTagatttatatgcactttgtttatatacattacaaatgtataatttaaatgcaaatgtttaatagTATTATGTTACATAACAAACCAATGCGTctttaaatacattgtggttaaggtagaTTATGATTTCATTTAATAATTTAATCATAATTGTTTTCACAGcaatcatagtcaaactatcgcaaacggtttgacttgaaaaaatacaaaacatatattttttttaaagagccgtTTGGGAGCCAAAAGAGCCGAGCCGAACGAGccggctcactgaaaagagccgGAATGCCCATCACCACCTATTGCCGATGGCCGAAAAACTAGTAGTGCGCTATGATAACATATGGGGAGGGGCATCCGAGCAGTGAGCTATGTTGTATTTGGTTGTATGTGTAACTTCTTATTTATACCTCAATGTGTGTAACTCCGAGTCGGGGAGATGATGAAGATTAGCCTACGCGCTATGTAAAATTGTTACAGCAGCACAGCCATTCGTAACTATTTGGCGCTCGCGCCACGTGGAGCGAAAGGCTACATTTATCGTGTTACATTTTATCCTACATGTTATCGCTTTGGTTTTTTAGCAACAACCGTCTTTTTTTGTTGCGTAGCAATAATGAAAACACAGTGATCTGACTGCCGCACTTCTCATCTCTACAAGTTTCAACCGATCCCCCGAGCACAGGATGAAGGGTCGAACAGATGCCCCGCGCGATAGGGGCTGGTTGGTGGGGGTTATCTTCTTCATCCTGGGACTCGGGACGCTGCTACCATGGAACTTCTTCATGACCGCCTCCATGTATTTCAACCGCCGCCTTAACAAGACTGAACGGAGCAACGGCACGGTGGTCTCCCACAAAGAGTACTACTTCAACAACTGGATGACTCTGCTGTCCCAGCTCCCCCTGCTGCTCTGCACTCTGCTCAACTCCTTCTTCTATCAGCGgATATCGGAGATGGTGCGGATAGCGGGCAGCCTGGTcttcatcttcatcctcttcatCCTCACTGCCATCCTGGTCAAGATCCCCATGGAGGAGGACCGCTTCTTCTCTGTTACCATGGCTACCATCTGGTTCATCAACTCGTTTGGAGCGGTGCTACAGGGCAGTCTGTTTGGCCTGGTGGGCCTCCTTCCTCAGAAGTACAGCGCTGTGTTCATGAGTGGCCAGGGGCTGGCCGGCACCTTCGCTGCTATCGCCATGCTGGTCTCCATAGccagtgaTACGGACCCTGAGACGGCTGCGTTGGGTTACTTCATCACGCCGTGTGTAGGAACCCTGATCACTTTGCTTAGCTACCTCCTACTGCCTCGCCTGGAGTTTGCCCAGTTTTACTTGGACAAGAGCAGGAGTTATGAGGTGGAGACTGCAAATGAGCTGCTGAAAGTGACAGAGAGTGGCACGGCGGAGAACGGCAAGCTGTATGGCCACGACAATGGCTCATTGGCCAATGGAGGTGCCAGTGGCGAGGAGGTGGAGGTAaagggggctggggtcagtcccAAGCAGGCCTTCTTAACCCTGGAGCAGGCTGAGGTCAGGGACAGGAAGTCCACCGTCATGGAGGTGTTTAAAAAGatatggGTGATGGctttctgtgttgtttttgtcttcACCGTCACTCTCGCTGTGTTCCCTGCCGTCACTGTGGACGTCAAGACCATATACCCTGGGAAATGGGAACCTTATTTCATCTCTGTGTGTTGCTTCCTCATTTTCAACGTGTGTGACTGGATCGGCAGAACTGTCACCACCCTGGTCCAGTGGCCCCCCAAGGAGAGTTGTCTGTTCCCGGGGCTGGTGGTCTCCAGGGTGGTGTTTGTTCCCCTGCTGATGTTCTGTAACGTCCAGAGCCGCTCCTACCTCCCCGTCCTCTTCTCCCACGACGCTGCCTTCGCTTTCATCATGAtgctcttctccctctccaaCGGATACTGCGTCTGCCTCTCCATGTCCTACGCCCCACAGTTGGTGACTCCTAAAGATGCAGAGACGGCCGGGGCCCTGATGACTTTCTTCCTGGCCCTGGGCCTCTCCATCGGGGCCGCCCTGTCCTTCCTGCTGCGACTACTggtctagacacacacacatcagaggaCCACCACCATCAGTCAACAGCCACCTCCATCCCCATCCGTAAAGTGACGGGACACGCCATGACACGCCATAACATCATCCACTTCCATCGTCATACCTAGAAGGACCCAGGCTGGGAATAGAGCTGCCTAAACAAAAGCCTGCATCAAAATGATATTAGTACTGACCACAATAGATATTATACCAGGGATTGAATATCATCTCCCCAGCTGCCTGACATGCACAACACGTATTGAAATAACTGAGATATGAAGGGTATGACGTTACATGACTAGCTACTTTACAACTGGTTTACAGTGGTTAGTAGTAAAAGACTCTGGTTGCCTCTCATCGGACAACAATGAATAGACACAGTCGGTGCCAAACAGTTTTAAACTTGGGTCCTTATTTTTGAGTTGGACCATTTTAAGGAGTCTTTTTGTATAATGTGTGTTTCCCTGTTGTTTTCTTAAGGCACTAACCTTAGTCAAGAACAGTAGCTAGAGGAGTTTATGGAGAACTAATGGATTGTTCCACAAAGTAGATTATTTTCTCATGGAAGTCTTATTTTCATAACGACATCAGATGAAATCAGGATTACTAGCTCTGATGAGTAAGTACTTATATTTTTCAACAAAGCCTTTGATTTGATTGAAAACTTCTGATTTATTTTGGATATCATGACAATATGAAATAGTACATTATTTTTGCACGGAAGACCAATTCAATTATTTCCCTTAGTTTGCATTTGGTTACAGATAGGTTTCTTCATTATGTTATTTGCACATCAGTACAAAGGCACTACATTACACAGACAACATGGACATCGGTCTGTGGACATCAGCATACTCATGTCATTCTAGCCCATTGGAGTGGAGAGGACCACTTGGGGTGTGTTCAATAGAGTGAAATGTAGTTCCTAGAAAATACTCCATTCACTTCCTGTTCATGTCAGGATAATGGCCCAGTAGGACAGGTTTTAGAAACAGGATATGATGCAGTGTAATGATAGGAACAGAGGGCAAGGAGGTGATGGGAACCAGACCACATtccactcctcctccttcccACTGTTCTCCTGAGGGTAGCGTTCAGTCTGACCATAACAGTGTTTCCCAAATTTGGTCCTTGGGACCCCagggggtgcacgttttgttttaatgtcccagcactacacagctgattcaaataatctaCTAATCATCAGGCTTTTGATAATAtgaatcagatgtgtagtgtTAAGGCAAAAAAACTAAACGTGCACCCGTTGGGGTCCCGAGGTTTGATTTTGGGAAATGCTGCCCTAACACCATTCTGTGCTGCTAACCTACCTATTAACCTGTTGCTGTCTAGTCACGTTGTTTGAACAGAGCTTTGGCTTTAGGTATAATGTACAAAGGTGTGCTGTGACAGATTTTTCAAAACAAAAGGGATACACTCCCTGCTTTGTTGTAAACAGGGTGTTGCTTTTGGCTTTCTGTAATAACAAAATGTTTAACTTTTTGTCACCATGAAAAAGTGTCAGCTATTCTGTTTCGATTATGTAAATTAATTGGATTTAAGTAACAGCACTTGTTTTTGTTTCGCTGTTGGTCATTTACTAGACTAAACTATAGTATTTTGAACACAGATGAAGAACAAGAATAGCTTCTAGCGGTCACTGGTTGATGAGCCAGCTAAGGGTAAGGTGTCTGTATCTGCCAATATTTGAGTTCATATTACACAGACACTGGGAGTAAAACACATTAcagaaaaatatttttaaatacattaccATAACACTAAATCACAATTCCATAATTATCTGCCAATTTTCATTCCTTGAATGTATCATGGCCACGATGATTTAATGGAGTCAGATTATACATTTAACGGAGTGCCATTAAACATGAATCGACAACCATTTCTAAAGCTGTGCATTAAGTTATAGATTTATATGTCTATAAACTATTTATTTTTTGCCCATTCTGTTTCCATTCCAGATATGAACACATTGATTAGAACCTTACCAACTCTTGTATGAACTTTGTGTTTGCTCTATTTTGGTTTCTAGACTTTCCTTCCTCTAATATAAGTATCCGTTGTTTTAAAATCCTTTTTATGTTTCTCTCTCATGAAATCTTTGTTTTTGATTTGATTGCTCAACGTTTAAGAGTGTTTTCTGAATGGAGTGAGAATTAACTGTCATACTATATGTAGAAGACAAACAAGGTACCTACCTACCTGTACGTGGTGTTGTTGAGACAAACATCCGTTTGGTTTCAGAATGGCTGGATGAAGGGCTGATGAGGGTAATGGCCTTGTTCAAATACTCTACAGATGCACCCTTCCTTACTTTAGGAAATCACTGGCCTATCACAATTGCATATGTGTTAGCAAGGACTCCAATACACAGCTTTCATCTATTCTGTCACGTTAGAACAGTGGTCGAGGAAGGAAGGAAGCGTTTTTGAACAATACCCGTCTACCTgaaccagtggtgtagtggtgactggagaagtgggtataatCATTTTGCCCCCAAAAATTCAAACGGCCCGCCCAGGGACGGAAAGGCGCCCTGTGAGAAAAATGCTATGAGAAATAGTGATacaaaccacgtttccatccagttTCATACCATATAAAaatcacgacagctgtgatgAAAACGGGTAGTTtaagtacaattttataaatacCGACATATAATTTGTTAATACGCACATGGGAtatttttgtgtcagtaaaattaattatgcgag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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K15014 SLC29A1_2_3, ENT1_2_3; solute carrier family 29 (equilibrative nucleoside transporter), member 1/2/3

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2003344 lncRNA upstream 5007 51365409 ~ 51365714 (+) True G1749659
TU2003338 lncRNA upstream 9827 51360315 ~ 51360894 (+) True LOC110500687
TU2003343 lncRNA upstream 19159 51350884 ~ 51351562 (+) False LOC110500687
TU2003329 lncRNA upstream 27708 51342486 ~ 51343013 (+) True G1749646
TU2003327 lncRNA upstream 29128 51341367 ~ 51341593 (+) True G1749644
TU2003333 lncRNA downstream 124 51413371 ~ 51414218 (+) True G1749649
TU2003339 lncRNA downstream 1533 51414780 ~ 51416353 (+) True G1749654
TU2003335 lncRNA downstream 5722 51418969 ~ 51425541 (+) True G1749650
TU2003404 lncRNA downstream 138862 51552109 ~ 51554819 (+) True LOC110500695
TU2003340 lncRNA downstream 157164 51570411 ~ 51573264 (+) True G1749655
XM_036958135.1 mRNA upstream 9187 51354091 ~ 51361534 (+) False LOC110500687
XM_021578189.2 mRNA upstream 9188 51351313 ~ 51361533 (+) False LOC110500687
XM_021578188.2 mRNA upstream 9188 51351947 ~ 51361533 (+) False LOC110500687
XM_021578187.2 mRNA upstream 9189 51351945 ~ 51361532 (+) False LOC110500687
XM_021578186.2 mRNA upstream 9190 51351948 ~ 51361531 (+) False LOC110500687
XM_021578194.2 mRNA downstream 43981 51457228 ~ 51485888 (+) False LOC110500691
XM_021578195.2 mRNA downstream 43981 51457228 ~ 51485888 (+) True LOC110500691
XM_021578199.2 mRNA downstream 88351 51501598 ~ 51507145 (+) False LOC110500694
XM_036958139.1 mRNA downstream 88351 51501598 ~ 51507145 (+) True LOC110500694
XM_021578200.2 mRNA downstream 96036 51509283 ~ 51554830 (+) False LOC110500695
TU2003336 other upstream 7341 51362686 ~ 51363380 (+) True G1749651
TU2003175 other upstream 228713 51134089 ~ 51142008 (+) True gbrap
TU2003188 other upstream 237383 51116445 ~ 51133338 (+) True LOC110500674
TU2002232 other upstream 767444 50598910 ~ 50603277 (+) False LOC110500883
TU2002231 other upstream 767444 50599527 ~ 50603277 (+) True LOC110500883
TU2003334 other downstream 5722 51418969 ~ 51450475 (+) False G1749650
TU2003752 other downstream 658353 52071600 ~ 52079002 (+) True G1750012
TU2003773 other downstream 681462 52094709 ~ 52095105 (+) True G1750030
TU2003797 other downstream 777953 52191200 ~ 52197007 (+) True G1750050
TU2005665 other downstream 1549202 52962449 ~ 52972383 (+) False G1751699

Expression Profile