RNA id: TCONS_00064777


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00064777
length 8056
lncRNA type antisense_over
GC content 0.38
exon number 3
gene id XLOC_031759
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 1800143 ~ 1808892 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

cacacagtttaaatCTGAAATTATTTTGATAAATTCTGCATATATCATGTATATAAACCCTTCAAATGACAGAACAGAAACTCAGTCATGAAAGAATTAAATCGCATTCAATTACTCCACaatacaaacaaatgaaaaacgaAGCTTTTATTTCTCTGTAATATTTGTACAAAAGGACACCAAATAAAATCTTTAAGGCAGATATTGCACAGACTAATCCAAAGGTTTCTCTAAGGAAGCATATAAGGCACAAATAGCCAGTTTTACCATCCTCAGTTACACACATGATCTTAAAAACTAAAATCCATCACATATTTGGTCGTATATCAGAGGCCTACATGTATTAGAtgtacacacaaaacacaaacaaaaacctGAACGATATCTACAAGCTTCACATTGTCATCGATGAGACTcatttttcaataataataataccgtTGCAGGAATATTAATACCAGTCTTTCTGAATGAGGTGGAAAAATAGagtatatgaaaaataaaatatatagatttacTTCCAGTACCATCACGGCTAACCAGACTCGTACAGTTTATTAAAGCCTCATGACGTGACTAAAATATAGGAGCACCTTAATGAATACCAGAGTGAATGAAAATCTCCCTTTGAAATATTAGGAAACACTGAAATGAGGAAAAACTACAATAAACAAACCTGAGAGCTATTGAGAAATGTGTACAGTACCACAGAACGCAGCGCAGTTATACAAACCCAGCAGAATTATGGCACATTTGTGAATGACTGAACTAAAAACACTTCATTAAAGGACTAATTCAGGATAAATTCATTACCATAACAGACTAATCTGTGCACGATCTCACAGTTTAATGGAAACCACCAGCGTAAAATCAGTGTCCGAGTAACAAAACTGCTTGTGATCATCACTGGAAGCCATCTTGGGTTCGTTCCTACTTATTATTAGTAAGTTCTGGAAATACATTCACAGATCATCAGAGGAAATTCATCTctatctagagcaggggtgcacaaactcagtcctgcatattttagttccaaccccaattaaacacacctgaaccagctaatcaagctcttgacATGTATACTttaaacttccaggcaggtgtgttaaaggaagttggagttaaacattgcaggacaccggccctccagaaccgagtttggacacccctgatctaaactctATGTGAAATGCAGCATaagtctcaaactcagttcctggagggctgcagctctgcactgttTTGCTCAgagcctaatcaaacacacctgatgcaactaatcaaggtgcTCAAGACTCTTTTGGACAGCTCGATTATTtgcatcaggtgtgtttgattagggttggaggaaaactgtgcagagctgcagccctccaggaactgagtttgagacctattatttaaagggatagttcacccaaaaatatagcTAATTTTCTCTCCctcaaatttattattattattagttttttgtgtgtgtgtgtgtggctgatttaaaatagattttagaAACTGGTAATGATTAATCAATGAAATGTTGTCTATAATGTCTATTTTTGGTTTATTCAGGGCACTCTTAAAGAAATTACAAATctcaagagttattttattttatgttaaaaggctagctaaaataaaattaagacatCCATACTAGgagaaacaaataatatggaGGGACCATGAAAACCTCTCCAAAATGGCTTTCTGTTTAACAAGAGAACGAAACTCAGAGGTTTGTGAaaagggcgagtaaatgaatgCTCAGTTTTGAgtgatctgtccctttaagaaagaaaaataaagtctCAGTGCCTGTATTTTAATTACTTCtctcaaaattaataaaaatgcataaaaaaaaaaaatggctgtaaaaatatattgcattttGTGATTAACAAGTGTTTGTTTGCGGTTGTGAAtcacattatgggatgttgatctctgctctgacagCACtagagtttaacaaagtgacttttattgacattttagtagcttgAAATAATATACTGTATGAGAAATAGTAATATCTAGAGAAAGAAGTGTGTAAAATGCACTGGTGGTTCATTATAAggtgtttgtagtgtaatatGACACCAATCCAGACAATACAGCACCGCAAACTGCTAAAAATATGcataagtcactttttaaaaaaactttaaggttaaaagttgcagTAATAATGATCAAGAGCACATAATGCAATTAAAAGatgagcaaaaataaatgaatcacaaAAAGCTGCTAATTTAGACAGTTAATAATGCTGATCATCTACTCCACCATCAGAATAATGATCATTCCAGCTTAAATGGAAAAATAAAGCTCCATCTGTGAAGATCATCTTACATGAGAACTGAGGCAAATCGATGGCTGCTCTGCCTTTCAGACGACCTCTCAGACAGACAGCAGACGTGAGAGATGATCCCTGCAGTCTAATCAATtcccagaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactcacacacacacacatacacactcacacacacacacacacacacacacgattctGACGTATAAAGTGCAGAAAGTATGACAGAAACACACGCTGGCGGGAAACACTGAGGGTGTACACTGCAGAAAAACACTTCTTTTACTTACTATTCGTCTTGTTTCTATTCTAAAcattctgaaatcaagaagcattttctagacaagcaactAATATTGACTTGTTTTAAGAATTTAGtcaaaatgaagcgagtttttcattaaaacaagctaaattatctgccaatgggggaagacaaataattgtatataaaaaaggaaaaacaagattttgcttcccccattggcagatttagcttgtttaaaagaaaaatcacttcattttgactcatttcttaaaacaagtcaATATTTTGTACTCATCtcaaaaatgcttcttgatttaaataggtttagatcaggggtgtccaaactctgttctggagggccggtgtcctgcatagttatgctccaacttcctttaacacacctgcctggaagtttctagtatacctagaaagagcttgattagctggttcaggtgtgtttaattggggttggagctaaaatatgcaggacaccggcccaccaggattgagtttggacacccctggtttggATATTtgtactaaaaacaagacaaaaaccacctaataaaagcttttttttttttttttgtcctgcagTACAGAAGCAGGACAAAGGGGCTTCTTCAGTAGCAGCTTTCAGGCTAAATAGGAGCAAAGTGTTGAATCTACAAGAGTTTTCAGCCTACAAAAGTGTTGAAATGAACAAGAGTTTTCAATCTGCAAGAACACACGATGCAGCTGGAGTGAGCATTCAAAGCTGCGTGCTGGTCTTTACATTCACTAGAAACAAGCAGAGCATGCATAGACGACTAGAAGAACACTAGTGGATATACTGACGCTAACAGGCAAGAGCTACTGCACTATAAACAACACTGGGCCGTTTGATTTAACTTAAtcatgggtcaaatatggacaagccCAAAGTTAGGTTTAGAAGTGTGATTGAGTTATAAATGTAATTCAAGTtcaattgaaaataataataatattaagtaatgataataataatttaaagagcGGAGCTTGATTTTGACTCAAATTTgggtttattttttcccatttaATTTAGATTCAACTTTTAAACCCAACTTTTAGGTCCATATTTAACTCAACACTGGGTTAAATATAGACATACCAAACCGTTGGGTTAATCTCTTTCGGTAACTCTTTATAATATAGGAAAGTCAATGATAATGTTACATGATACTAACATATACAATGAACATAGTTGTTCAGCaatttattattgcattattaaagcCCAAacctgtgcttgttaacattaatgcactatTAACatgagcaatacatttattaaagcatttattcatatttgttgATGAATACAGTAGTTCATGTTAACGGTGCATTAAGTATTGTTAAAAAGCACAGGTTTAGGCTTTATAATATGGGATAGTCGATGATAATGTTTTTACTCATTGCATTATTAAAAGCCCAAACCTGTGCTTGTTAACATGACCTAATGCACCGTTAACATGAACGGCTGCATTTTTCAtcaataaatgctttaataaatgtattgctcatGTTAttagtgcattaatgttaacaagctcaGGTTTGGgctttaataatgcaataataaatgCTGAACAACTATGTTCATTGTATATGTTAGTAAAAGCATTATCATCGATTATCCCATATTATAAAGAGTCACCAAAAGAAATGTAACCCAACAGTTTGCTATGTCTATATTCAACCCAGCGTTGAGTTAAATATGGATAACCTCAATCTTTGGGATTTACTTGCTACTGAAACATACATTCATGTAtgcatttgttcatgtttgttaataaaaatacagtagtcCATGTTAACAGTGCATTAAGTATTGTTAGCAAGCACAGGTTTAGATTTTAATATACAATGAACCATAGTTGTTCAGCATTTATTATTGCGATATGTTAGTAAAAACATCACTGACTAACCCATGTTATAAAGAGTTACCGAAAGAAATTCAACCCAACAATTTGGTACGTCCACATTTAACCCAACATTGAGTCAAATATGGATGAAGCCAATCTTTGGGATTTTTGGGGTGGGATTTACTAACACGACCAATACAttcattaaagtatttattaatgtagttcaTTGCAGTAGTTCATGCAAGTAAACCCCCCAAAAATAACAAAGATTAAGGTTATCCATATTGGACTCAACGTTGTGTTAAATATGGACATACCAAACTGTTGGGTTACATCTTTCGGTATTGCTTTATAATATGGGATA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Function

GO:

id name namespace
GO:0061608 nuclear import signal receptor activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00064597 lncRNA upstream 12099 1787674 ~ 1788044 (+) True XLOC_031758
TCONS_00064775 lncRNA upstream 264680 1528725 ~ 1535463 (+) False XLOC_031755
TCONS_00064774 lncRNA upstream 264680 1528725 ~ 1535463 (+) True XLOC_031755
TCONS_00064773 lncRNA upstream 422243 1376631 ~ 1377900 (+) True XLOC_031754
TCONS_00064772 lncRNA upstream 430779 1369050 ~ 1369364 (+) True XLOC_031753
TCONS_00064792 lncRNA downstream 16322 1825214 ~ 1831479 (+) False XLOC_031760
TCONS_00064794 lncRNA downstream 16323 1825215 ~ 1831479 (+) False XLOC_031760
TCONS_00064793 lncRNA downstream 16323 1825215 ~ 1831479 (+) False XLOC_031760
TCONS_00064795 lncRNA downstream 16334 1825226 ~ 1831479 (+) True XLOC_031760
TCONS_00062230 lncRNA downstream 413872 2222764 ~ 2227343 (+) True XLOC_031764
TCONS_00062218 mRNA upstream 582 1787160 ~ 1799561 (+) True XLOC_031757
TCONS_00062217 mRNA upstream 59772 1724889 ~ 1740371 (+) True XLOC_031756
TCONS_00062215 mRNA upstream 1172297 612330 ~ 627846 (+) False XLOC_031749
TCONS_00062219 mRNA downstream 221811 2030703 ~ 2092501 (+) False XLOC_031761
TCONS_00062220 mRNA downstream 221894 2030786 ~ 2092250 (+) False XLOC_031761
TCONS_00062222 mRNA downstream 222029 2030921 ~ 2092659 (+) False XLOC_031761
TCONS_00062221 mRNA downstream 222029 2030921 ~ 2092659 (+) False XLOC_031761
TCONS_00062223 mRNA downstream 240028 2048920 ~ 2092518 (+) True XLOC_031761
TCONS_00062191 other upstream 1695421 103361 ~ 104722 (+) False XLOC_031731
TCONS_00062246 other downstream 1356716 3165608 ~ 3165722 (+) True XLOC_031773
TCONS_00062248 other downstream 1409471 3218363 ~ 3249470 (+) True XLOC_031772
TCONS_00062273 other downstream 2018885 3827777 ~ 3838228 (+) False XLOC_031788
TCONS_00062276 other downstream 2025550 3834442 ~ 3850242 (+) True XLOC_031788
TCONS_00062297 other downstream 3875289 5684181 ~ 5684295 (+) True XLOC_031803

Expression Profile

//