RNA id: TCONS_00064774


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00064774
length 5117
lncRNA type antisense_over
GC content 0.31
exon number 3
gene id XLOC_031755
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 1528725 ~ 1535463 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

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GAGATGAAActctaaagtaaataaatatatatttgtgcatacctTTAGGGTGACTAAATCATAGGATAATATGAATTTTGGTGTGAACCAACCCTTTAAGAATATATAGATATTAAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00064773 lncRNA upstream 150825 1376631 ~ 1377900 (+) True XLOC_031754
TCONS_00064772 lncRNA upstream 159361 1369050 ~ 1369364 (+) True XLOC_031753
TCONS_00064771 lncRNA upstream 242831 1285465 ~ 1285894 (+) True XLOC_031752
TCONS_00064596 lncRNA upstream 448952 1064919 ~ 1079773 (+) True XLOC_031751
TCONS_00064770 lncRNA upstream 463571 1063938 ~ 1065154 (+) False XLOC_031751
TCONS_00064597 lncRNA downstream 252211 1787674 ~ 1788044 (+) True XLOC_031758
TCONS_00064778 lncRNA downstream 264680 1800143 ~ 1808892 (+) False XLOC_031759
TCONS_00064777 lncRNA downstream 264680 1800143 ~ 1808892 (+) False XLOC_031759
TCONS_00064776 lncRNA downstream 264680 1800143 ~ 1808892 (+) False XLOC_031759
TCONS_00064784 lncRNA downstream 267337 1802800 ~ 1808892 (+) False XLOC_031759
TCONS_00062215 mRNA upstream 900879 612330 ~ 627846 (+) False XLOC_031749
TCONS_00062214 mRNA upstream 900879 612330 ~ 627846 (+) False XLOC_031749
TCONS_00062216 mRNA upstream 914340 612594 ~ 614385 (+) True XLOC_031749
TCONS_00062213 mRNA upstream 929037 598669 ~ 599688 (+) True XLOC_031748
TCONS_00062211 mRNA upstream 930560 584632 ~ 598165 (+) False XLOC_031747
TCONS_00062217 mRNA downstream 189426 1724889 ~ 1740371 (+) True XLOC_031756
TCONS_00062218 mRNA downstream 251697 1787160 ~ 1799561 (+) True XLOC_031757
TCONS_00062219 mRNA downstream 495240 2030703 ~ 2092501 (+) False XLOC_031761
TCONS_00062220 mRNA downstream 495323 2030786 ~ 2092250 (+) False XLOC_031761
TCONS_00062222 mRNA downstream 495458 2030921 ~ 2092659 (+) False XLOC_031761
TCONS_00062191 other upstream 1424003 103361 ~ 104722 (+) False XLOC_031731
TCONS_00062246 other downstream 1630145 3165608 ~ 3165722 (+) True XLOC_031773
TCONS_00062248 other downstream 1682900 3218363 ~ 3249470 (+) True XLOC_031772
TCONS_00062273 other downstream 2292314 3827777 ~ 3838228 (+) False XLOC_031788
TCONS_00062276 other downstream 2298979 3834442 ~ 3850242 (+) True XLOC_031788
TCONS_00062297 other downstream 4148718 5684181 ~ 5684295 (+) True XLOC_031803

Expression Profile

//