RNA id: TCONS_00064771


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00064771
length 281
lncRNA type antisense_over
GC content 0.48
exon number 2
gene id XLOC_031752
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 1285465 ~ 1285894 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CGGAGACGTGTGTTCATGAGATGGAGGCAGTTGCTCGTTGATTCTGTGCAAAATTCGGCAGAAACACAAGTGGCAGAGAGAGCGGATTACATTTGTACAAAATCATAAAACATAGTAAACACGATTCGAGTGTCCTTTTAATCCGCTGCCGCGTTCATTGGCTCGGTCACATGACTTCATAAGAGGTCCAAAGCATCCTCAGTGTacacacattgagaTCAGCTGGGTAAAGCCATGGTGTCGATCACCTGCTCCAGTTTAGCCCTCAGTCTCTGCCGGCG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00064596 lncRNA upstream 205692 1064919 ~ 1079773 (+) True XLOC_031751
TCONS_00064770 lncRNA upstream 220311 1063938 ~ 1065154 (+) False XLOC_031751
TCONS_00064769 lncRNA upstream 324636 959257 ~ 960829 (+) True XLOC_031750
TCONS_00062212 lncRNA upstream 688304 594300 ~ 597161 (+) True XLOC_031747
TCONS_00064768 lncRNA upstream 832428 445633 ~ 453037 (+) False XLOC_031744
TCONS_00064772 lncRNA downstream 83156 1369050 ~ 1369364 (+) True XLOC_031753
TCONS_00064773 lncRNA downstream 90737 1376631 ~ 1377900 (+) True XLOC_031754
TCONS_00064775 lncRNA downstream 242831 1528725 ~ 1535463 (+) False XLOC_031755
TCONS_00064774 lncRNA downstream 242831 1528725 ~ 1535463 (+) True XLOC_031755
TCONS_00064597 lncRNA downstream 501780 1787674 ~ 1788044 (+) True XLOC_031758
TCONS_00062215 mRNA upstream 657619 612330 ~ 627846 (+) False XLOC_031749
TCONS_00062214 mRNA upstream 657619 612330 ~ 627846 (+) False XLOC_031749
TCONS_00062216 mRNA upstream 671080 612594 ~ 614385 (+) True XLOC_031749
TCONS_00062213 mRNA upstream 685777 598669 ~ 599688 (+) True XLOC_031748
TCONS_00062211 mRNA upstream 687300 584632 ~ 598165 (+) False XLOC_031747
TCONS_00062217 mRNA downstream 438995 1724889 ~ 1740371 (+) True XLOC_031756
TCONS_00062218 mRNA downstream 501266 1787160 ~ 1799561 (+) True XLOC_031757
TCONS_00062219 mRNA downstream 744809 2030703 ~ 2092501 (+) False XLOC_031761
TCONS_00062220 mRNA downstream 744892 2030786 ~ 2092250 (+) False XLOC_031761
TCONS_00062222 mRNA downstream 745027 2030921 ~ 2092659 (+) False XLOC_031761
TCONS_00062191 other upstream 1180743 103361 ~ 104722 (+) False XLOC_031731
TCONS_00062246 other downstream 1879714 3165608 ~ 3165722 (+) True XLOC_031773
TCONS_00062248 other downstream 1932469 3218363 ~ 3249470 (+) True XLOC_031772
TCONS_00062273 other downstream 2541883 3827777 ~ 3838228 (+) False XLOC_031788
TCONS_00062276 other downstream 2548548 3834442 ~ 3850242 (+) True XLOC_031788
TCONS_00062297 other downstream 4398287 5684181 ~ 5684295 (+) True XLOC_031803

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) TU390667 True 1464 lncRNA 0.39 2 CI01000130 460362 ~ 463250 (-)