RNA id: TCONS_00075424


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075424
length 3305
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 1
gene id XLOC_038028
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 36926826 ~ 36940750 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gcaggcagaagagggagactcacaagagcatcggtgGACAAAAATGCTGGAGAACAGCAGGTTTTGTTCCGTTGgtgttgtttttgtcttttgcaggttggagtggagcagaagaagGGGACTTACAGGGGGAACAGTAGAGATATACTATAAGACCTTGAGCTCAGGAagcaggtagaactgcttgaacagactgaacaatggagttagtttccaaaaaaaaaaaaatgtatcaagattAAAGacttgatatctttctctttggcagaCTGGCATTGAGCATGTGGAGAAACAGGGAAACACACCTCAGTAATGACAAGTTCATCATAATAATTTAGGTATAGCCTTACagttttaagttgaatcaaatgaactttataaaacatttaaaaatgacatatttaaattcttttacaGAGTGTGACAGAAGGGACGGCATTCAGGTGAACAATATAAACAATGTTTATGTACAGGATGGCAGGTGAGTATGAGCAGGTGAGTATATTGATGCAGATGATAATAGTCCATGAAAATAAACTGGATATTTGACTGTGTAGGCTTGGAGACTGGAGACGATACCACAGATACCAAAGGCCAGATGAGCAACCAAGAGACACCACACTAGGAGAGACAATGGAGATCACAGGAGACGCAAATAACCGATATCTACGAATCAACACTGATGGTAAGTGAGTTCAGTTCTTTCTGTACAAGCGACGAGGCCGAACAGTGAGTGAATGTGAGTGAGTCTTTATAGTGCtgtgataatgatgatgatgatggttgtCAGGTGTGTGTCTAATTAGACTCAGGTGAGGGTGCTTGTGGTGCTTTATTGGGTGAAGAAACTggtctaaagctgcggtcacactagagcagggatgctcaatcctgttcctggagatctaccttcctgcagatttcagttgcaacccttatcaaacacacctgcctgtaattatcaagtgctgttcaggtcctaattaattggttcaggtgtgtttgctcagggttggagctgaactttgtagaaaggtagatctccaggaacagggttgagcacccctgcactagagtttgtgtgtgcgaaattctgggcgctgcaaaaaggggcgggtttaaacaagattattagacattacaAAAAGGCGAacgattgctccatgtttaaatttctgtccagagaggtcatgttttgttcctcgattggtctcacgcagtcaagtgacgCGATTTCGCCGGTCGgagttcaccaagtttgaactttgcactgcagcaaactgcgaaaactaatgcatgaccctgcgtttccggtctgacgcattcgcgtgcgtatgtaTGGAAGTCTATAgagagaaaagtcaagtgtgaacACAGCTTTACAGTGACAGTAAGTGATGGTTACTGTAGTATTTACTTCagatagacagagatagatgaaatattttttgtatgCTTCGTTTGTATATCGCTATCTAATTTAACATTTGcagattgttatttgttatattgtCAGATAAATTGATctgttataatgtatttgtatGCTATCAGCTTTAACACATTGAATATTACTGCACGTCTATTGAAGgatagattgtctggctgttgtattatttatttgtaatttgtgcTGTCGACCTGTTTAACATTTGTAGCTTttgattgttatttgttttactgaCAGTTTTACTAATTATTGTAACACATTCAACCATTCTAAGTTTATAAATTGTCATCTTGTAGAGTATTTATGTATAGCTGCGAAACATTATTTGTTAATGTAACTACAGAACCAGACTGGAGACAAGGGTTGATTAAACTTCCAAAGAATGCTATTATGATTAATAATGACTTGAAATCTTTCTATTGTATTTTGAAGATCGGCTGGACCACATGGAGAAAAaaaggaatcacacacctcagcaaccaCTGAGAAAAACCACCAAAAATCAGATGGACgggtggataaatggatggatgtgcTTCCAAGATGAAGGAGTAGTGGTTGATATAGATAGCTAATTAGGCCTTGTCTGTATCAGGTTTTCCTTTTTCATGTAATGGGAGAAAGTGCAGGCAGAAGAGGAAGACTCACAAGGACCATCTGTGGACaactattaaagttttttttagtgCTGTCACACTATCACAGGAGACGTAAGTAAATGATATCTAAGAATCAACTCTGATAGTGTATAGGGAGTTTGGGAGTATAGGGAGATAGAAGAATGGTATCAAAGAATGGTATTAAGATTAATTAATGACTTGAAATCTTTCTATTGTATTTTGCAGATTGGCTTAACCACATGGAGAAAAAAAgcaatcacacacctcagcaatgactgcaTTGtaggaatttatttttttttaaattagtggGACGGGTGCATCAATGGACGTCCTTCCAAGATGAAGGAGTGGTGGTTGGTATAGATAGTTAAttaggccttgtctgtgtcagtttttttctttttcaggtaatggagagagagcaggcagaagatggagactcacaagagcatcagtggacattgatttaaaaaatgctggagGACAGCAGGTAGGGCTCTGTCAGTGCTGTCTATACAGGAGGTGTGTCCCAAATTGCattcttatgcactattttacaccattttgtagtataatagTGTAAGCAGTGCATTCATACTGAAATATTATTGTAttctataaattttattttaaaaaaatcagatgGAGGGGTGGATGAATGGAAGTCCTTTCAAGATGGAGTGGTGGTTGGTATAGATAGTAATTAGGCtttgtctgtgtcaggtttttctttttcaggtaatgagAGAGAGCAGGCAAAGGAAGGAGACTCATAAGGGAAACGGTGGAGATGTACTTGAAGACCTGAAGCTCAGGAAGCAGGTAGAACTGCTAAAACAGATCGAACAATGGAGTTAGCtttcagaaaaatgtattaaGATTAGTTAAAGATTGGATATACTTGTCTTCGGCAGACTAGTatggagcatgtggagaaacaGGGAAACACACCTCAGTAATGACAAGTACATCATAACAATTTAGGTACAGCCTTCAATTTTTAAGTTAAAccaaattaattttataaaacatttaaaatctttaatttaaatttttatgaagTAAGTGATGGTCAGGTTTTCCttgagatagatggatggatggatggacggacagacagatagatggatagttaGTATTAAACAAGCAGGTAAAGctctattgatgttgtttttgtcttttacaGAGTGGAGTGGAGAAACTAGGGAATCACCTCAACAATGATAAGACTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075422 lncRNA downstream 6467 36926826 ~ 36930979 (-) False XLOC_038028
TCONS_00075006 lncRNA downstream 190627 36745535 ~ 36746819 (-) True XLOC_038022
TCONS_00075421 lncRNA downstream 524196 36399911 ~ 36413250 (-) True XLOC_038021
TCONS_00075005 lncRNA downstream 942054 35990664 ~ 35995392 (-) True XLOC_038019
TCONS_00075420 lncRNA downstream 1104692 35680968 ~ 35832754 (-) True XLOC_038016
TCONS_00075425 lncRNA upstream 16243 36956993 ~ 36959661 (-) True XLOC_038029
TCONS_00075007 lncRNA upstream 74979 37015729 ~ 37020471 (-) True XLOC_038030
TCONS_00075426 lncRNA upstream 177434 37118184 ~ 37137256 (-) True XLOC_038031
TCONS_00074612 lncRNA upstream 876516 37817266 ~ 37820212 (-) True XLOC_038034
TCONS_00075008 lncRNA upstream 1129334 38070084 ~ 38071916 (-) True XLOC_038037
TCONS_00074600 mRNA downstream 13058 36896257 ~ 36924388 (-) True XLOC_038027
TCONS_00074594 mRNA downstream 1062395 35872698 ~ 35875051 (-) True XLOC_038018
TCONS_00074591 mRNA downstream 1303619 35631440 ~ 35633827 (-) False XLOC_038015
TCONS_00074589 mRNA downstream 1380049 35170335 ~ 35557397 (-) False XLOC_038014
TCONS_00074602 mRNA upstream 400490 37341240 ~ 37366881 (-) False XLOC_038032
TCONS_00074604 mRNA upstream 400677 37341427 ~ 37367477 (-) False XLOC_038032
TCONS_00074603 mRNA upstream 400677 37341427 ~ 37367477 (-) True XLOC_038032
TCONS_00074605 mRNA upstream 540684 37481434 ~ 37613792 (-) False XLOC_038033
TCONS_00074607 mRNA upstream 540684 37481434 ~ 37748513 (-) False XLOC_038033
TCONS_00074599 other downstream 154781 36782547 ~ 36782665 (-) True XLOC_038026
TCONS_00074598 other downstream 166783 36770357 ~ 36770663 (-) True XLOC_038025
TCONS_00074597 other downstream 171418 36765623 ~ 36766028 (-) True XLOC_038024
TCONS_00074596 other downstream 176152 36760889 ~ 36761294 (-) True XLOC_038023
TCONS_00074595 other downstream 816920 36118960 ~ 36120526 (-) True XLOC_038020
TCONS_00074610 other upstream 696207 37636957 ~ 37749919 (-) False XLOC_038033
TCONS_00074611 other upstream 806837 37747587 ~ 37749919 (-) True XLOC_038033
TCONS_00074619 other upstream 1263657 38204407 ~ 38204528 (-) True XLOC_038039
TCONS_00074623 other upstream 1528696 38469446 ~ 38469566 (-) True XLOC_038043
TCONS_00074627 other upstream 2289776 39230526 ~ 39255210 (-) False XLOC_038048

Expression Profile

//