RNA id: TU189295


Basic Information

Item Value
RNA id TU189295
length 6613
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 3
gene id AMCG00000443
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030141.1
NCBI id CM030141.1
chromosome length 22147039
location 14931778 ~ 14944400 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CCAAAGAGACAGATGATTGGTATCTACTGTAGCTCTCATTGTACCACCAGCAGTCCATCTCATCACAGCCATTGTACGCTGCGTTCTAGTACTAATGATCAGGGACCGAATACAGTCACACCAAcggtattgttatttttttatgctcTCTTCTACGGGCGCTGATGATGGCCCCTGATTGAGTGTTAAtgaccatttttaattttcaatcagCAGTCATCAACAACATACTTGGCATTTAAGCGTTTCCGTtctagagtgtgtgtgtgtatttcttgtAACGTCAGGTATAAACACtgtaaactgcatttctgaGAGATTCCCAATGTCTGACTTGATAGCTGTTTTCAAGTCTATCTTAAACAGCAGTCCTTATCGCTTGCTTACTATTTATACACCAGTAGGGAGATTGGAAAACTCAATCTTGGCGCAAGAAAGCAtgaatatctttaaatgatggATGCAAAAAAATCCCAGGGACAAGCATAGTTTTTTACTAGATACACTTTAATATTTGACTTCCACACAGTGTGTCTGAAAACAACAGGGTTACACCTTGCTTTACAAACCcaaacaaggaaataaatgaaacatGAATCTTGCTTTAATAATCTTGTACTGGAATATATTATTGACAGgtgtgaaaaatatttgttgaggttttcttttcttcactgtgtatataacaataacataattttTGGATCACTTCATGTCTATGGTCGCAACCTACTAAAGAGATGAAATAGCTCTTGTATGGGTATTAATTTTCTAGGAAAAAGGgattgtgcttgtgtgtgtattaatatgTTTAGTGACACATATGTTTTCCTTAGCTgctgttttattcctttttttgtgcAGTTAAATCTCCCCATAAAGCGTGTTTATTGGAtgacaattaataaaacatggagGAAAACGCTTTCTGACAATTAGGTGTTTCAGTATTGAAGGCACCAAttgattttttcccctttcttgcCCTGTAATTTTGGAATGCAGCTGATATCGCGGGCCTTGATCTGGAGCGGTCTCTGGAGTCTCCTGCTCTCCCCAGAGTGTCCTGCAGACGCTCCCCCCCTTGCCTGTCTGCCAGGGGAGTGCTGCCGTCGGGGGTTACACGTGATTTGAAGTGCACAGCACACAACAGGTACAGCACGAGACATTGCCATGAAACTCGACAGTAACAGGTTCTGATGATCGGTTTGACGACGACGGCTTCACACAGATGCAgaagagagactgagagaaatCAAAGCCAGGAGAGAGTGTGCAACAGTAGAACCGGCACCTGCCTACACAGAAAGGAGGATACAAGACCCCAACTGTCTGATAATATCAGAACCCTACACTGAGCTGGTGAAATAAGATGAACGCTTTGTGGTAATACACTTTGATTAATTTGATCTTACTGCTAAAGGAGCTAttaattgaatattattattattactaataatattactgtgtttttattgagaGTTTAGAAGACATTTCACTGTGTTGTGGGTTATGAAAATGTAGTTTGTGTTCAAATAATAAGTCTTCACGTTCCTTACATATTTATTGCTGTCACATATACTCATTTAACTCACTggtgtatttttctcatttctatttaagaatttcatttaatttagcaCAGCAGCTCAATTTAAAACCTTACCATCTGTATATGTGCATtatcatgaaaaaataattctcaCGATTGTTAAAAACGAATGGTAATTTAAACCTTTCATTAACGCAAAGTATATGCCAGGGTTGTGTTCAAACTCAATCACTCACACTGACAAGCCATTATTTCAGTTACAATTGTCAACTCTTTGAAAATAATGAGTTACCTTTAAAAATTGTATAAAGCGTACCATACACAGGcttgtaattgtaataaaaaattaGTTGTCAGAATGGGTGATTACAACTTTAAATTACCCTAtccttgttttatattaattggaaacacacattttgtcatttaattgtTAGAGGTAGAATTTACCTGCAACTGCCGGGGAGCCGCGTTATTCTGAAACACGAGACGTGCCCGTTAAACTATCATTAGAAGTGTACTTGATGTTAAAAAGACCAGCAAAAAATACCAGATGAGCAGGAATAATCTTTCTACACATTGTGTCCATCCCCAAGGCAGATAGCACCAATGCAGAACTTTAATTGTCCTATTTCTTTTGAGAATTTCGGTTTAGAAGACGATTAAAATTAATTGGTTATATACCATTTTAgctacttaaaataaattaagcattttcttttatgttcttgcactaattttaaaaagaaaaaaaataattatcttaaATTGCCCTTAGTAGTGTATAGGGTAGGGAATTCAGAGTCCCAGAAACCCCTGCTTTCAAATAcgagagattttttttatataagtttCGATAGCGTGTCTGGTTACTCTCTGTTACTAATTACTCGTCTTCatttcagctgcttttgtttaatgtatacaGTATGAACTTATTCTAGAGCACCGGTCTACAGTAGGGTGTCAGTGGGTTTTTGTGGCATTTTCGTCATTCCCCTTGTCTACTGGGATTCATTAAGTTCCTTAATTGAAATATAACATTACTGTACTGCAGGCCTCCAAAGCAACATGGGTGTATTCTAAGGGTTTCAAAACTTAAAGACATAAGTGCCATCAAGTGTGctggctttaaaaataaagaaacagatgtTAAGTGGTACTCAGGGTTCAATATGTGCAAATTTAATCGCGAAGAGAGAAATTGGTTTGCAGGTGGGTGGGTGAATTCAGTAAGCTACTTTGAACTTTGGCTTATGAGGTCCCCAACTTACAAACCATTTAACAATAACTTCATACATGTCAGATTTAAAAGTAGAATAATGCCTCACATAACATGCTTCAACAGTGATAAACGAAAAAACCAACTTTACCCTTTTTCAAACCTAAGCTACAAAgcaagaaaaattaaataaaatccagcTTACATGTTTGAATGCACAAAATCCATAAAAAGAGCAAGTCTGATATCTGTAACAGTCAATAACACGttgcttctcttttctttttaataaatagaGTAAGACGAATACATTTGGCATGAAATGCACTTATAAGGTTGACAGATGTGTGGTTTCATAACTGAGGCAAAGGACCGAGTCCAGGCTACATGATCAACAATGAGCATCAAAGccaaacattttaatgacagaaaaatatataatttttctgaGATCTTCAGCcttcacagaagaaaatacaaatacactagTGACCtgtaactgaaatacatttagaaaagaGGCATCTTCACATTAAAAGTGGAATAGACTGCACATCGCGGTATTTTAAACCGGCATTTACTACATTGTTCTGTAATTGCCGCTTTATACACAGTATAATCACACTCCATTTGTGGTCTGATAAAGAAATCACTGGGCTGTAATGAGTGATCATTAAAAAGAGCTATGATTGTGCATAAAATGCTAGCTGTAGGTGGCAGAGCTTAATAAAGGCAAATTTTATGTAGAGTAGGAAACTTTCCCTCTTTCTGCTAAAGGTGATTCCCACATGCCATATGCTTACTGGTTGTACACAGACACTTAGTCATACCACCGGGGACAGGTTGGAAGCtcaaaagggatttttttttttccttcatagtcacattaattatacattgtgtACTAATACCAAAGTTTAAATGCAACTGTATACAACTCTACTGTGAGTTAATTTGCAACTAGAGCACAAACAGCAAAAATGTATCTGCTTTGccacacagaaaaacagctAATCTTCCCCCAGAGAGGAAGCACAGAGCAAAGTAGTAATCTGGCCTGTTGGgttgttttgtattctttcatatattttgttatttttgttcatttgataCTGAAGTTATGGTAAAAGCTCTCTGGAAATGGCAAGTTAGAGGCCAATAATGTCAAAGCAAGAAAGGCatgctgaaagaaagaaaatggaaaaggagGTTACAGAATTAGTGTAGAAAACACCATTTTACCACCACAGGTCCCTTAATCATACACACGTGTGTGACTGCCAAAAAAAACGAATGTCTCTTGATGTGGAGATGATATCAAATTGGTCTAGTTTTAGAATTCCCAACTAATCTCACATTTCATATTTAGCATTTGGAGTAGCAGATGCTTTCTCATCAATTATAATTGTGTCATTATAAAAGGTGAATGGAGATATTTTGCCTTGTTGTGAAAAAGCACCTTTACATCCACTCCCCTCCACTACTCCATCTTGGGTGCTCACTCAGAATTGTATTAAGAGGCTTATTTAATGGGTTTTGTTTCATGGGTGATTCAATGAAATAACAGATGTATTCTTTATACAATATAGAAAGAGATTCTTGTTTTCAAATTCTTATTTAAGACAGACATTATCCATACAAATATGGCCGGTTTTGGGTCGATGGAGCACAGTTCAGCACCTCAAGAGATTAGTAATGTTTGGCAGGATTGTCTATAATGGTTTCGCTGtggcaaattaaaattatatatgcatCACATGATAATGACACCGACAATTTATGTGTATTCCAATGGGATCCCAACATGTCATTTTAAGTTACAAAATTTTACAGTAGATCACTGTCCACAGTCCTGTCATTTGAGTCATTCCTCTTATTTCTGTAGAGAGCAATACACCAGCACCTGGATTTGCAGTCTCTCGTCACTATTTTTCAATCAGCACTATATTCCGGCCAGAATAcgatatatattaacaaaaatgaGTCACAgttttttggatttttttttttttcttcaaaaaaagaacaaaaaaatcagaCAGATTTTTTGATGGATACTCAGTgatgcctatttacactgtggCCAAAAAAAGTAGACAGCACatcataaatatttatagagagaaaaaaaaatcacttcttATTCTAAGATTAAACACCATTATTCTACACAGGTTTTGTacaataaatttaaataaaataaccccAATTACATTATCACCGCCC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU189234 lncRNA upstream 198338 14733232 ~ 14733440 (+) True G150364
TU189157 lncRNA upstream 466476 14464892 ~ 14465302 (+) True G150303
TU188905 lncRNA upstream 1185662 13739776 ~ 13746116 (+) True G150106
TU188855 lncRNA upstream 1281727 13649403 ~ 13650051 (+) True G150066
TU188827 lncRNA upstream 1518714 13412865 ~ 13413064 (+) True G150042
TU189346 lncRNA downstream 185237 15124710 ~ 15125951 (+) True G150455
TU189348 lncRNA downstream 198233 15137706 ~ 15137923 (+) True G150457
TU189349 lncRNA downstream 215162 15154635 ~ 15155084 (+) True G150458
TU189350 lncRNA downstream 220135 15159608 ~ 15160123 (+) True G150459
TU189351 lncRNA downstream 220984 15160457 ~ 15160677 (+) True G150460
AMCG00000448 mRNA upstream 52661 14872432 ~ 14879117 (+) True AMCG00000448
AMCG00000447 mRNA upstream 122502 14799725 ~ 14809276 (+) True AMCG00000447
AMCG00000449 mRNA upstream 151814 14757134 ~ 14779964 (+) True AMCG00000449
AMCG00000437 mRNA upstream 175853 14752253 ~ 14755925 (+) True AMCG00000437
AMCG00000439 mRNA upstream 334164 14590800 ~ 14597614 (+) True AMCG00000439
AMCG00000456 mRNA downstream 171372 15110845 ~ 15123601 (+) True AMCG00000456
AMCG00000461 mRNA downstream 245974 15185447 ~ 15187339 (+) True AMCG00000461
AMCG00000468 mRNA downstream 321618 15261091 ~ 15262791 (+) True AMCG00000468
AMCG00000460 mRNA downstream 331982 15271455 ~ 15276495 (+) True AMCG00000460
AMCG00000462 mRNA downstream 338983 15278456 ~ 15281462 (+) True AMCG00000462
TU189044 other upstream 777938 14133138 ~ 14153840 (+) True AMCG00000412
TU188861 other upstream 1239189 13690839 ~ 13692589 (+) True G150069
TU188603 other upstream 2203875 12679670 ~ 12727903 (+) True G149859
TU188404 other upstream 2946063 11982460 ~ 11985715 (+) False AMCG00000352
TU188165 other upstream 4396641 10534590 ~ 10535137 (+) True G149525
TU189714 other downstream 1996520 16935993 ~ 16938282 (+) True G150750
TU189794 other downstream 2605981 17545454 ~ 17548508 (+) True G150811
TU190029 other downstream 3214391 18153864 ~ 18159321 (+) True G150976
TU190161 other downstream 3477707 18417180 ~ 18419471 (+) False AMCG00000550
TU190212 other downstream 3602904 18542377 ~ 18565627 (+) True AMCG00000572

Expression Profile