RNA id: AMCG00004208


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00004208
length 8968
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 27
gene id AMCG00004208
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 37570803 ~ 37607222 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ATGCGGATTGTTTTCTGTTCAAGTGACAGTGTAGGACACGCCCACTCTGCTCTGGCTCTGCTTGACCAGGAAGTCTGGACAGAAGTGCGGCGTACATCTATAACTGCACAGAGTGTAGGGGACATTGGGGTCATAGAAAGCATATCTTTGAAGAACTTTATGTGTCATAATTTGTTGGGACCATTTGAGTTTGGACCCAATGTGAACTTCATAGTTGGCAATAACGGAAgtggGAAAAGTGCTATTCTGACAGCCCTTATTGTTGGTCTTGGTGGTAAAGCAACAATTACAAGCAGGGGGTTATCTCTGAAAGGGTTTGTGAAACATGGAGAAAATTCAGCAGATGTAACAATAAAACTACGGAACAGAGGAACAGATGCATTCAAAGGTGACCTCTATGGTGACTGCATCATTATTGAACAGCGCATCTCAGCTGATGGAAGCCGGACATGTAAACTAAAGAGTAAATCGGGACAtgtaatttcaaacaaaaaagaagagcTAACTGCTATTTTGGATCATTTCAATATCCAGGTGGATAATCCTGTTTcagtattaaatcaagaaatgaGTAAACAGTTTTTGCATTCTAAAAGTGAAGCAGATAAATATAAgtttttcatgaAGGCTACTCTGCTTGAACAGATGAAGAGGGACTATATTCACATCAAGCAAACCAAAGCAATAACACGTGACCAAGTCGAAAGACAAGAAGAGtgccTAAAAGATCTCAGACAAGTATACCTACAGAAGAAGGAACGCTATGAAAATTTGTCATCATTAGATCAAATGAAGGCGACTTTGGAAGATCTGAAGCAACAAATGGCTTGGGCTCTAGTAAGAGAGGTagagaagcaaaaacaacagcttgAAGATCACATAGAGAGTGAAGAAACAAGAGACAGATACAATGAGAAACTTGAAGAGTACCAGGATAAAATTAACAAAGCAGAAAAGACATGCCATGAGATTCAAGAGCGGCTAGAGAATCTGAAGGAGGAGGAAAGCTACTTTGAGGGAGAGAGCCGAAGACTGAAAGAGCAAGCAAGGGAAAGGAGCAAAGCCCACAAAGAGCAGGAGatcgTCTTCTTCCGCACTCAGAATAAAttgaagcaaatggaaaaagaTTGCAGTCTTCTTCAAAGAAGGATTGAGAAACTAAAAAATAGTGGGAACCACAATCAGGAAGATGAGCACTTGAAACGTCAGAAGAAAATATCTTCACTAAATAATCAGTTGGCTGATCTAGACATTGAAGGCAAAGCACTGAGTCAGCACATTAAGGAGAAGCAACAGTCTctctttaaagaaaaagaggaatTTGACAAGCTAAGGctggaagagaagaaaatacaacTTTCTTTAGAATCAAAGAGGAAAATGTTAAACCAACTGAAGGCAAGCAGATCCAATAGGCTCAAAAGATTTGGTGACCATATGCCAGAACTACTTGACACAATAAACAGGGCATATGACCAGGGACGGTTTATAAAGAAACCAGTAGGCCCGATAGGTGCATGCATAATCCTGAGAGACCCTAGCCTTGCAGTTGCTGTTGAAAGCTGCCTGCGGAACTTCATGAAGACCTTCTGCTGTGACAATTACAAAGATGAAAAGGTCCTTCAGGGGCTTATGTCTCGATTTTATTCTAAAGGAAACCGACCGCAGATAATTGTCATCCCTTTTACAGATcatatgtataatatacaaGGACGCGGCGTTCACCACCCAGAATTTCCTTCGGTGCTTGAAACCTTACACATACCAAATTCTGTGGTTGCCAACTGTTTGATTGACATGAGAAACATTGAGGCTATATTGGTCATCAAAgACAATGACCGAGCCAGGCAAGTCATGCAGCAGGGTAGACCTCCTAAAAACTGCCGGGAGGCCTTTACTGGTGATGGGGATCAAGTTTACAACAACCGTTACTATTCTGCTGAGTACTGCAGAGCCAAATATCTTGGTGGGGATTTGGAGGCAGAAATTAGACTGGTGGAGTCAGAGGTGGAAAATGAAACAGCCCAGTTATCCAGGTTTCAGCAGCACTCTCATTCTGTCACCCAAGTTATTAAACAGATGGAAAATGACCTGCAGAGCATCATTATCAATGATAAAAGGAATCAGGCTAGTGTTAACCAGGTAAAGGCAGCTATTTCAGAACTGGAGAATGTGGAGGAACCTCAGACAGAGGACAACAACTCATTgGAAGAAGAAGTTCAGGATATCCTGCAAAAAATAGAAGCTGAGAAGCagaatgtgaaagaaaaaaagaaagagctgGACAAGCACAAACAACTTGTGTCTGAGGCTGATTCAAAATACCACTATGTAAAAAACAGAATGGAACTGTGTGTTGAAGAAACAGAGCCCATTAAGGAGGAGCTGGTGAAGGCTGAAGCTGAAGCAAATAAATTGGAGCGTATTCTCAAGGTCTGGGAGAGGAAACAGAAAGAGCACCAAGATAACATCCAGGCCATGAGAAGTGAGCTGGCTGTTAAACAGGAGGAACTACAGGAGACTGTGGCTAAAGCCAAGCAGATTTCCCCTCAACGGCTGCCTGTTGATAGAAGTGCCAAAAGTATTGACACCGAGATAACGCGCCTGAGACAGTGCatcagcacagagcagagccaACATGGAGACCAGGAGCAGGTCATAAAAGAGTATTCGGAAGCATTGATTAATTACAAGAACAATTCCAGTCAAGTGAAGGATCTGAAGAGGTTTATTGATCGGCTAGATAACATCATGAATGACAGACAGGCAAGATACAAGAAAATGCGCCGGTCCCTCTCTGTCAGATGCAAATTATACTtcaataatttcctttttgaGCTGAAATGCTGTGGATCGATGGCATTTGATCACAATAATGAGACGCTTGCGATTTCGGTGCAGCCTCCGGGTCGAGAGGATGATGACATGAGTGACATGAGGTCTCTGTCAGGGGGAGAGCGCTCCTTCTCCACTATCTGCTTCATACTGTCTCTGTGGGAGATCACAGAGTCTCCCTTCCGATGTCTGGATGAGTTCGATGTGTATATGGACATGCAGAACAGAAGAGTTTCAATGGACTTAATGCTCAAGCTGTCAGAAAGACAATGTCTGcgtcagtttatttttatcacaCCACAAAGTACAAGCACATTGCCAACAAGTGACCTTATTAAAATCCACCAGCTTCAGGACCCAGAAAGAGATGAGGAAGAGGGAAGCTAATAGTACCATGTGCTGGCCACATGCCACTTCAAAGGCCAGGAAGAACACCCTCATTGTGGGTCAAGGGTGGAAATCAGGGTTGACTTTGGGCATGCTGATGAAACCATCCCATGTGCTGGCTCAGTGCCACCAGCCCAAAGAAGACCAGCCTCCTGTTTCAATCTAGAAGAGGTCAAGTTTCTGAACTGTGAACAGTAATCCTGAAAAGATGCACTGGTTGGCACAATCCCAAATGGTCACCTTTAACCTGCTCTTTAGTATCTGCATATACTCTACGTATGCTCTTGAGAAAGTTGAGGCATTCTCCTAAATTAGAGATGCACCCCAAGACCGTCTGCAATAGATGTGAAAATGATGCAGTAAACTTGTCCTGATAAGGGTGATGTGGTATTGTTTTCCCCACCATTGCATCTAAGAGGAGACAGACACTCTATGTTGGGTATATCTGTTAATGGCATATCGATCAGTGAATCCCATCAAGCTGTAATGTGAAGGATCTTCCTGAATCATCATCCACGGCCAGGTTTGGCAGTGCTTTCCGTAATTCCGTGCTAATCTGAAATTAGTTGTTCTCACAATTccattacacacagacacatatacacacactgcaaGTGTAATGATATAAAATAGCCACCATGATACTTATCATGATTGTACTTGCAGTGCAATTGTACTTTGATACACTCAAAATCTGcagacaatgaaaataaaatagaaaacatttttcCCCCTTCCTCCACTTCAGTGCAGATGGTTTTGGAAAGATCAAACAAGAACTCTCTTCCAGGGGGGTATTAGAAAGCTGAAAAAGGTCCATTCAGCCTTGTCCCTTGTGCTTTCTGTATTGCACTACAGCAGAGGCAACCTGTCAAATCCATCCCAGACTGCTCTTACGGCTGAGTGTTgtgagaaaatgtgtttttataagtCTGTCCAAGGGCTAATAAAATGGAGTATGGGTGGAATTTGTAATACAGTCGGCCGTGCATTTTTGACATTAATGCTTTTGGTTTTACAATATTTCCAGACAGCCAATTCAAAAACTAGTTTCTGGGTACATTCATGGACACCCTGCTCCTTGTTTCTCTTGTGTACTTTGTGGTAGTGATGCAAGTACACATGGTTACATATAAATCAGGGCATTTCCTATACACGAGTGGCAAAGCTTACTGGCATTCCTACATGCGTTTAATTAACAAGCCTGCTATCAGCTCATGATACATTCAGTTGATGTTTCCACAGAACATTGGTGGTGTCTTTTCACTtccaatatatacacatactacaCATATATCATTACTCTTAACAGTTTACAGAGAGCGGAGAAAAAACTAAGAACTCCAGGATGTATTGAATTGCTGTAATattgctattttattattattctacttTTATGTATGATTCAGGCATTAAGAGTTTCGAACTAaacaccttttatttattactgtataCATGacagtattcatatattcacacactgcacttttttgttccttttactGTCTGTTTTGATTGCCCATCTTTTGCCATCTCATTTGAACACAAAGcatcttcaggtgttttttctttctttctgtatgaTGACTTGGCTGTTTCTTCCTTTAGTCCAGTTTAAAACAGGTGACCTTTTAAAACTTTTCATCCAGGAATACCTTATCCTTCCTGAGGTGATCTTTGGGtcattgtttgatttaaatagGAACCCGAAACATATATTTTCTCCTACTATAGATAACGACTAGTAAAAGTACAGCACCAGACTGCAGCAGTACCTC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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K22804 SMC6; structural maintenance of chromosomes protein 6

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU7929 lncRNA upstream 54305 37514882 ~ 37516498 (+) True G6471
TU7873 lncRNA upstream 226358 37344061 ~ 37344445 (+) True G6428
TU7870 lncRNA upstream 229789 37337526 ~ 37341014 (+) True G6427
TU7861 lncRNA upstream 252657 37315645 ~ 37318146 (+) True G6421
TU7844 lncRNA upstream 305299 37158176 ~ 37265504 (+) True G6405
TU7999 lncRNA downstream 237287 37844509 ~ 37847720 (+) True AMCG00004210
TU8059 lncRNA downstream 648007 38255229 ~ 38255483 (+) True G6573
TU8071 lncRNA downstream 809376 38416598 ~ 38418776 (+) True G6585
TU8073 lncRNA downstream 859174 38466396 ~ 38466643 (+) True G6586
TU8085 lncRNA downstream 1009022 38616244 ~ 38616464 (+) True G6598
AMCG00004209 mRNA upstream 537 37567333 ~ 37570266 (+) True AMCG00004209
AMCG00004198 mRNA upstream 25015 37529762 ~ 37545788 (+) True AMCG00004198
AMCG00004205 mRNA upstream 85171 37478830 ~ 37485632 (+) True AMCG00004205
AMCG00004206 mRNA upstream 92116 37476289 ~ 37478687 (+) True AMCG00004206
AMCG00004199 mRNA upstream 125516 37427449 ~ 37445287 (+) True AMCG00004199
AMCG00004210 mRNA downstream 225401 37832623 ~ 37846771 (+) False AMCG00004210
AMCG00004215 mRNA downstream 481641 38088863 ~ 38186137 (+) True AMCG00004215
AMCG00004216 mRNA downstream 606160 38213382 ~ 38220095 (+) True AMCG00004216
AMCG00004214 mRNA downstream 618334 38225556 ~ 38226811 (+) True AMCG00004214
AMCG00004218 mRNA downstream 1124286 38731508 ~ 38743566 (+) True AMCG00004218
TU7800 other upstream 570645 36999357 ~ 37000158 (+) True G6369
TU7756 other upstream 679057 36861547 ~ 36891746 (+) True G6328
TU7741 other upstream 796280 36774001 ~ 36774523 (+) True G6314
TU7524 other upstream 1295873 36272192 ~ 36274930 (+) False AMCG00004167
TU7437 other upstream 1804623 35752533 ~ 35766180 (+) True AMCG00004158
TU8679 other downstream 3852354 41459576 ~ 41507231 (+) True G7094
TU8899 other downstream 4605288 42212510 ~ 42216362 (+) False AMCG00004304
TU9000 other downstream 5081557 42688779 ~ 42691109 (+) True G7329
TU9559 other downstream 8354788 45962010 ~ 45968306 (+) True AMCG00004380
TU9841 other downstream 10539666 48146888 ~ 48147156 (+) True G7999

Expression Profile