RNA id: TU7123


Basic Information

Item Value
RNA id TU7123
length 8025
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 2
gene id G5788
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 34081826 ~ 34090122 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CTGCTTAATGTTATCAATATGACTTTACCTTCTAAATCATATTCCAGGAACATCATTGTAGAGCTGCAGGAAGACTTGACTGAAGAGATGAAGGAGGGAGATTTATTCTCAAGGCTTGTGGTCCATGACACGTTGTACACTGGAGATTCCACTTTAACAGTGGCAGAAAGGGCACCAAACAGGGGAATGAAGACTCCAGCAGGTAAGTGGACTGAGAGATCTGGAatttcaattttctgttctggaATTGTGATAGTTGGTAGGTCAAAGTTGGATATCTGATTTACAATGTTATCCAGATGGATTTCCTTGGTTCCAATTGTGAATGTTTTCGGAAGGGTGAATGAAGAGATGGTGATGTCAAACTCAGGCACTGAAACTACAAAGTGGGGTAGTTTGGATTTCACATTATCGAGATATTCAGCACCTACATTGAGTTTAGGGAATTTCACTTTTGGCAAATGAGGCAGAGTCAGTTCAAATGGAAGCGTGCGGATCTTCTTGGGAATTTCAAGCTCATTAAAGTTGATTTGATATGATGGCACCTGGAGAGAGGTCAGAGGAACTTTGAAAGCTGGTGTTGTGATCACAGAAGGGATGGAAATAATGTCAGGGAACTGGAAATTATCAGTTGGAATGTCAATTTCTTGAATTGTCTGTGGGAGGTCTTTCACCCATTTAGGGACTTCTAAGGTTATTTCTGGAATGTTGATTGTAAAGCCATCCTCTAAAGCCTTGACAGGCAAAGGGAAGAAATATCCATCTTTGTTCTTAGTGTAAACAATGGAGGTGGAAGACTTCAGGAACTGCAACTTCTCTTCACTGGTTGTTACATCAAACTTTAGAACATCCCATAGGCTCTTTTCGTAAACTGGTATGGTTACATCCTTCAAGAAGGAGACATGGCCTTGCACAGATCCACTCACATCAAATCGCACCTCCAACTCATCATTTGACAAAAGCAAATCATAGGCAAGGATTTTTGATGTTATTTGTTCCTTACCGCTCCAGGTAAACTTCTGTTTGTCAGAGTTGACACTGAGTGTAAGGGTTTCAAAAATACTTGCTTCCTCAGCAAAACTGCTTGGCTGAGAAATGTCAATCTGAAAATCTGCTAACAACATTGATGGAACCAGGTCTAGAGTTGCTTTGGCTACTTGTTTGCCCTTGGTGTTGAAGGATTTAGCAATGGCTTCATTGTTGCTGGTGTAATTCCACATTGCATAAATGCGGCGTGGAGATGCTTCCAGAGCCACATTCTCATTCATCTCAAAGTTCCAGACCTTGGTCTTTTTGGTATCTACCTTTGAATTGGCATCAGTTTTCATGGTTGACCGCAGGCCATTGGCATTGAGGTAGACATTTGCCtcattattaatggttcctgtGAATTTGTGAGTCTGCATCATGGTCCCATCAATCTTTCCTTTGGTGGATGCCTCCAAGGAGAAGTATGATGTAAGTCCTTCCAAAGCAAGATTTTGCTCAACACTTCCCTTGCCCTTTGTAGGAATCTGGGGCACATCGAAATTATactctaattttatttttgaagcaaCATTGGGTTTTGACTTGCTGTTACCAAGGAGTTCCTGACTAAAATCCACACTAACAATTGGTAAGTTCACTTTGGCATTTGTTGACACAGAGGCTTCCATATTCTTCTTTGTGAGGCTCACAGTGCTGTCATGAGAACCCCCAACATTCACATGGTCCAGTGATAGTGCCGTGGCCAGTTTGAGACCCCTCTTTCTTGTCAGACTTGTTGTACCATCAAGCTTGAATTTAAGAACTTCAAACACAGAGGTTGAAGAAGCACCAAATCGGGCAACGATGTCAGCTTGGTTGTACAGCCCGGCATTTGCATTCAAGGTGATCACAgttgatttaaatgcaaaatcatAGGTTAAGTTGCCCAGAGCAGGAATATTGATGGTGTTCTGAATGTTGGGCAATTTAAATTTGGGAAGGGTCAGCTTACGAAGAGTAGATGGTACATGAAGAAGTGGCAGTTCCAAAGAGGGCAGCACAAGTGTGTATGATGGAATTGAGAAACCAACCATTGGTACTCTTAAACTAGGCGTACTGACTTCCCTTGGTATAAGAAAACTGAATGCAGGCAATTCAGCAGTGAACGGAGAGACCTCAATATTTAATACAGGAACAGTGTATCCAGGAATCCTGAATGTTCTTGGCACCTTGCTGACAGAAGTATCTATTTTAAATCTGTCATATTGCTCCTTGGCTGTGTTGTATGAGTCTGTGAGAAGTATGAAGGCTTGATCTCTTCCATATACAAAGTTCTCATTCAAAACCTTGACATtatcatttattgttttgtacacTGGCTCTAAATTGATGGAAAAGGAATGCATCTCTGGGTTTTTTTGATACTGCACCTTAAAAGACAGGTCAAATGACTGGCGAGTTGTCCCCAAGAGAGATTTAAGGCCAGTGCGTTCCCATAAAGAGAGGTCTTTTACTGAAGGAGTTTTCACTGAGGTGTAAGGCATTTGCATTGCAGGGATAGTaatgggaacattcaaaaagtCAAGATTAGCTTCACCATTCATTGCTGCATAAACCCCAATGTCCTTCTCATTGTTGCCCagtgtgaaattgtgaatgtatttgtaCTGGTTAAATCTGGCTAGAGACTGCCAACCCACCTGCTGAACTCCATAATTCAGGGTCAGGGCATAGTTATTCAGAAGATCGATTTTTCCAGTGAGTTTCAAGGGGAAAGCTATCTTCATGTTTcctttgttatttgtattgaagACAACTTCAAATGGATGCACCAAAAAGTTCAGAGAATGAGTCAATGTTCCACTGATTCTGCCAGTGAGTTCTGCATCATGGTTAGCTATCAGTTCAATTTTCATGTCTGCTAAATGAGCCTTGCCCTTCACCTCCAAAACACTTGTTCGGAGAAAGGGAGTTTCTGTCTGAGCACTCATGTCTAGAGTTACATGGCTAAAGATGACAGCTTCAACTTTAGCagattgtttcattttcaagaCCTTGCTGCTGGTTTCCCCTGCAAAGGTTAGTTTTGCCGTATTGATGTTGATATTGAACTCGAGGTCACTCTTGTGTCTGCCTTCATCCACATACTCCTGAATGGACCACTTCCCATTTCCTGTGTTTCCAATAGTCACTGAAACAGTCCCAGACTCCAGACGAGTGTTAATATTTTGTAGCAGTGCTGCCTGGCATGAAATGTCAGCTGCTGGGATATTCAAATTGTGATTGTACGTTGTGCTCATTGTAGCTGAAACTCCACTCTGTAAGGAGACACGTATGGTATTCACAAGGTCAGCAGTGTACACTTCAGTGGTGGCTTTTGCAGTGGTCCTAGCTGTTCCCAGTACTTCGGCTCCAAGGAATGACAAGGAACTTTCATGGTCAAGAGAGAATGCAATGTGGTTAACCTTGATAGTTTCAGCTAAAACCAGACTCCTCATTTTGGGGGCTGAGATCTGGGCAGTGGCATCCAAAGTATAAGCAAGGCATTCTAAGGTAGATGTTGCTTGGGAGGTAACTGAAGCAGTAAATGTAGGGGTTTCCTGGGTGGTTGTTGCATTTTGAATCTCAGCTGATGTTATCAGATTGTAGTagggagattttattttaaattcaccaTAGAGCTTGCCGAAAGTAGGAACACTGACTTCATGGGGTATGCGTGGCAGCTGAAATTCTGGGATCTGAAGCATAGTGATTTGGAAATTCGTCAGATCCAGTTTTGGAATACTGAATTCAGGGATACTGATTTCAGAAAGTGTTATCTCTGGTAATGTGAAATCAGGTAGGTCAGATAGGTATGCAACTTTTAAGTCCCTGAAATAAATTTTGGGTTCTGGCAGCTggattttaaaatctctgaCTCTGTCTACTACTGAAATAATTCCTTTTCTGATTTCATTAAAGTCAATGGTTATGGATGGGATGGTGTATGTATTCAGAATCTTAACTGCTGGAGTTGTAAAGCGGGCTGGTATGGAAATGTCTTGCAGTTTTTTCAGGTTGATTTTTGTTGATGGAATAAACAGATCTGTAAAAGGAACTGTGAATTCAGGTGTTTCAAACTCTGCTTTCTTCAGTGCACGAAGACTTAGTTCAAATGATGGGATCCTGAGTGTGGCAATCCTAATCTCcggaaaaacaaatccttgttCAATAGTTACCCTTAATATGTTAGCGGTCCTAATTCTGTCATATTTTTCAGCTAGGTTGCTGATCTCTTGGTATGCTTTGTTCCATTGTTCTGTGATGTAATTGACCATATTAATGTAGAAGTCACTAGCCCTTTGAAGATAGATCTGGATTTCCCGTCTAATGTCCATTGTACTGATCCTTTGTTTCAGATCCATGAGATTGTCCTCTACTACTTTTCCAATTTCATTGAGAGCTGTTGTATCTACAAAGTCACGAATCCATGCAATAACTTCTGCaacttttgtgtcttttaatttttctaaataagcaacagcagcattttggatTTCCCTTACATATTCTCTTAAAGCCTCAATTTTCTGTGGTATCTCAAGTGTTTTAATCTGATCATTAACATATTTGGTCATTTCACTAATTCTTTTGTTTGCATCATCTACAAATGTATTGTAGTCAAAGGACTTCAATTCCTTTAGGAGCCAGTCAATACACTCATTCAGATGATCAATGAGTTTCTTATAGTCTACTGCTTTCAGTTGTTTGATTGTGTCATCCAGATACTTTTGAGCCTTATCAGTGTAAGTTTTAACATCAATGCGCTTCAGAGCATTTACTGCTGACTGCACAGTTTCTTTGACTTTATACTGCTTTGAAAGTTGCACTGCCTTATCCATGAGAACCTGTAGCTTCTTGTCAACTTCATACTTAACAATTaattctttcaattttaaataggCAACGTTTATCTTTTCCGTTACTTCATATTCCTCTATCCAGTTGAGGAGCACGTCTTTGATGGCATCtagtatttttgttatttc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Function

GO:

id name namespace
GO:0030145 manganese ion binding molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU7121 lncRNA upstream 1041 34078351 ~ 34080785 (+) True G5787
TU7098 lncRNA upstream 188683 33892474 ~ 33893143 (+) True G5768
TU7059 lncRNA upstream 309978 33769589 ~ 33771848 (+) True G5750
TU7032 lncRNA upstream 313012 33685727 ~ 33768814 (+) True G5731
TU7014 lncRNA upstream 454319 33626367 ~ 33627507 (+) True G5720
TU7144 lncRNA downstream 202149 34292271 ~ 34292501 (+) True G5804
TU7148 lncRNA downstream 291746 34381868 ~ 34382099 (+) True G5808
TU7220 lncRNA downstream 803980 34894102 ~ 34895661 (+) True G5867
TU7229 lncRNA downstream 809514 34899636 ~ 35350027 (+) True G5875
TU7270 lncRNA downstream 1210981 35301103 ~ 35306949 (+) True G5914
AMCG00004115 mRNA upstream 168941 33905291 ~ 33912885 (+) True AMCG00004115
AMCG00004113 mRNA upstream 314190 33767046 ~ 33767636 (+) True AMCG00004113
AMCG00004110 mRNA upstream 320369 33747909 ~ 33761457 (+) True AMCG00004110
AMCG00004109 mRNA upstream 515963 33561024 ~ 33565863 (+) True AMCG00004109
AMCG00004108 mRNA upstream 629154 33435750 ~ 33452672 (+) True AMCG00004108
AMCG00004121 mRNA downstream 29449 34119571 ~ 34130023 (+) True AMCG00004121
AMCG00004122 mRNA downstream 41004 34131126 ~ 34133612 (+) True AMCG00004122
AMCG00004125 mRNA downstream 541099 34631221 ~ 34638669 (+) True AMCG00004125
AMCG00004124 mRNA downstream 576270 34666392 ~ 34685790 (+) True AMCG00004124
AMCG00004126 mRNA downstream 605281 34695403 ~ 34724610 (+) True AMCG00004126
TU6919 other upstream 950640 33130120 ~ 33131186 (+) True G5642
TU6554 other upstream 3186999 30887995 ~ 30894827 (+) True AMCG00004056
TU6431 other upstream 3810302 30271210 ~ 30271524 (+) True G5245
TU5898 other upstream 5978615 28062363 ~ 28103211 (+) True G4831
TU7209 other downstream 762741 34852863 ~ 34870320 (+) True AMCG00004138
TU7437 other downstream 1662411 35752533 ~ 35766180 (+) True AMCG00004158
TU7524 other downstream 2182070 36272192 ~ 36274930 (+) False AMCG00004167
TU7741 other downstream 2683879 36774001 ~ 36774523 (+) True G6314
TU7756 other downstream 2771425 36861547 ~ 36891746 (+) True G6328

Expression Profile