RNA id: AMCG00004777


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00004777
length 6673
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 6
gene id AMCG00004777
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030140.1
NCBI id CM030140.1
chromosome length 22460246
location 1691028 ~ 1718262 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CTTTcccctttgtgtgtgtttatattttttatacttaCATAGAGGGGAATCTATTAACCATATCTAAAGTGAAGGACCAAAGAAGAAATAATGTATGCTTTCGTGAGGTTCTTGGAAGACGACGTGTGCTACGCTTTGCCGGTTTCCAACGTGAAAGATTTCAGACCTCTCCACAAGACAGATTTTGATAATCAGAAGGTGTATTTGGTTCACAGAACAGAGGGGACTGGCACAGGCCAACCTGGCAAAGCACAGATACTGGCACTTGCAGAAAACATACAAGAGTTTGAACACAGTATTATGCAGAAGAAGATGAAAATTCCCAAACTGTCCACAAATGCTGTAGAAAATTCTGTGGAGAATCATTTTGGAGAGGAGCTTTTGCCACTCAAGCACAAAAAGGTACAAGATCATGGGTGCTCCACTGCCAACTCCTCTAAAAGCCTGGCTGCCGTGGTAGCAAGGCTGGAGAAGAATGCGATGAGCTCTTGTGCAGAGGGCGAGGAGGACTACGAAGACAGCCTGGTGGAGGACTCGGGGCCTGAGGAGGCCGTGGTCCCCAGGGTTTTGTACGAGGAGCTGGTGCACAGCTACAGGCAGCAGGAAGAGGAGATGCGCCGCCTCCAGCAGGAACTGGAGCGCACACGCAGGCAACTAGTGCAACAGGCCAAGAAGCTGAAGGAGTACGGCAGCTTGCTGACAGAGGTCAAGGAGCTCAGAGACTTCAACAGGAGGCTGCAGGATGTTCTGCTCATGAGGCTTGGCAGCGAGCCTATGCATGACAATGGCACTCAGACAATCAAGGCGGAAGTTGTGGAGCCTATTATAGAGCCACAGGAAGTATGTCGGGAAGAAGCAAACACCAGCTCCAGCCATTCGCCCTCTCTCAGAACTGTATACACTTTCAATGATGGCAAGgTGCATCTAGGAGGGGGGATTTGGGTAGAGGAGGAGAAATGGTATCAGTTGCAACGCACACAAGGAGACTCCAAGTTCACCAAAAATCTAGCGGTCATGATTTGGGGCACAGAGACTCTGAAGAACAGGAGCGTCACTGGGGTggccacaaaaaagaaaaaagacgcCTTGCCCaagccccctctctccccaAGCAAACTCAAAATCGTCAGAGaatGTCTGTATGACAGAGTATCACAAGAAACAGCAGACAGTGCAGAGATCACACAAAGATTGTCCAAAGTGAACAAATACATCTGTGAAAAGATAATGGATATCAACAAATCTATCAAGAATGAGGAACGGCGAGAGTCAAAGCTACTGATTAGACAGACAGTCAAAATGGAAAATTTCAATTACGATGGCATGTAGTGATTAAAAGTTGTCACCATAGCTTGTTCTATTCCTTATGGAATGACTAAGAGGAAAAGGGTGGACAATATCGTTCCTTCTGCCATTTGTGATTTTGCAAGAGCCCAAGAGGCTTTTCATGCAATACAAACCAGTGCCTGTGAGACAGCCTTGGTATTTGATGGCATGTCATTCATTGATATGACTGATGTGACAGTAAGTGGCTGggtggcattttgttttaagaatgtaGGATGAAAGACGACTTTGATGGGAGGAATGACTGTAGAGTGCAAACCTTGCACGTGGCTGAGATATAAATGAGACCTTGCATCCCGGAGCACTTCAGAGAAGTATACATATCTTCAGCATAggttttctgatttaaaaaaaacctttaacTAATGTTTTATACTATAAAGTGGGGATGTCTTACTATACAAATACCATCTGGGAATGCTATGTTTAAGACAACACAGCTCTAGGTAGAATGATTTAGGAATGCACTACTTCAGTCAGTTTTATCACACATTTATGTCTTTTAGTCTTTGATTTCCATAGCACCTTTAATAACATATAGTTAACATGACCTACTTCTACATAGCTCTATTCATACAGCGGAATTATTACAACTCAAAGTTACATAAGAGTACAGTTCACCTAAAGCTGTAAAAGCATTggaaatgcattacaatatcTTCATAATTGCAATAATTCTGGAAACCAAGTTCTATTTAATTAACAACTTAATACATTGAAACAATGACATAAAAAGACAAACtacctacttttttttttcttattcttctcatgtgcaaattaatttattttaataagatatTTCACCATGGGCTGCTGTGACATGCTCTAGTGACAAAGCCTGCTCTAACTGCATGTTGAGCTCTAAATCCAGACAGTGCTGGTACTAAATAATAGTAGTAAAAATCCTGTATGACTCTAACCAGGATTCCTTACGGGGGGGGCATACAACTGACCAATGCCAGGTGGAGTTGTGTGGGCTTGAGTCAGCCAGGGTTTCTTCTTATTGATATCCACAAGTGACTCCTGTGTCTTGCCAGTCACTGGTGAACCCTTCAGTGGgatcagtgagagctgcatcagTCCTCTGCTGTTTGCCCTGTTCtcacagtgtgaaaagaaaCTGTTGGCTTAGCAGCATGTGTGTCAGCTCTCTACGCGGTGCTGATTCGAGCGGAGTAACAAATGGTTTTCTTattagaaaaaacatatatatgtgacAATATATATAACAGATGGGAACTTTAGAATTCATGTTTTAAGACAGTACATCattttcagaaactgcacaCTACCTGTACAATTTAGGGACAAGAATTGTGGTTCTACTATTGCAGctgataaagtaaataaataagtaaataaaaagcatcCAAAGACAATTCAGTCAAatattgacatttgtttttgtctataATTTTGTCAGTTGCATTAGCCATGGGAACAATCTATGTAATAACCTTCACGGTTAGTCTCTTATTTTACTTTGCCCTACGTAAAAGTTTTTTCACAGTATTACAGTGGCATAAATTCATTAACTTTGTGCTGTTTGgatgcttttttcattttaacatctCTGACACAGTCTGCATTTCTTGGTGAACCAGACTTTTTGGGTCTTAGTTTAATGTACAAGCTGCTCCTGTGATTCGGACcatagatgtttatttttgctgtttggTATCCAGATCTTCAGTAAGGGAGCAATAAATATGCGTCACTTGAAAATCCAGATTAACTCAATACTGTGAAACATTTTGCTCACAATCTGCCACAAATAAGAATTGCAGCCTGAAATAAAGTATGGTATTCTTGCTTGCCTTCTTAGGCTTTCATAAGGGGCTTCTCCATGGCCACCACTTTCAATCAGATTGGATTCAAATCACCTTCAGTCTGTGAAATTAATAACTTGAGACTAGctgaatttttcatttcataacaAATACATCTTGATAATTGAACAAAAAGCATTAAGGTGTGagttcaaaactgttttttttgtttgtttttttaaacacatttttattctaGTTGACggtgattttaaatatttgatcttGAGGTGCAGCAGATTGTTCGACAACTaagaaatatgtgtttttcagGTGTATGCCATGAACCAGACTTTGACTCTAATTAAGCTTGATCTAGTTTAACACAGCTGTTTTTCTACCACTTTGAGAGCTACCAGGGCTTTTGTCAGATGGCTTGTAATGCTCTAGGCACAAGTTGGTCCTGCGTGGCAATGTGCCTCTTTCAATACCTCAAGTGGCAGAATCAAGAGTTCGTCCTTCTTCCAGCAGGCATGCCATTTAGAATAAAGTAAGGTATAGTGACAACTTCTAACAAGACATGCCACCAAAActttttaaagtgcttttttttagGGGCTGACTGGCTGTCTGCAATAGAGAACTAAATGCTGCGGATTAAATTCTGAACTATGACCGCATTTCTAACTGTGATCATCCTGCAGGTCTGGCTTTCAAgcggatttttttttttctttcttctcctctcctctccttgcTGTTATTGGATCCTTATCACTTTTAAAGATTTTGGTTactgtgtatataatttatattatcagttttttgttttgttttttaatgtaggGAAATTTAAATTTTAGTCCAATTACACCCCTCCTATTTTATAAaatggttatttttgtttttttgtttgtttccctccTTTTTCTCCACCCCACACATTCACTGGTTGTGATATATCAGTGCTATGTGTtatcctgtgtgtttgtttcacatttGCAAATAGATCTCCTCTTTAATTGGCCTGCCACTATTAACAAcaggtaaaattaaataacttgaatcATCAATATGTGGAGATTTAACCAGTTGGTTAAGGACTTTACGCAGTTCCATAATGGAATGCTTTGTTGATAAGAACCATTATTATAAATGTCTTAATGGCCTCACTGCGGTAATAATTGCTCTCAGCAATATGCATcatggagaaaaaacaaaaacaactttggGGATTGAATCCCTTCACTTGAAATATGCTTTGTAGTGGGTTATTCATAGTCAAACCAAagttttatttatagatgtgtgtgtgtgtgtgtgtctatatatatatgattttagcCATTATCGTAATATTGCACCAGACTGGTTTGGCTTTTCATTTATATTCTAGTGACTGACTACATGTGGATAATTTCTTCTGGCAAGCGGAAGAATCTAACTTCTGCAGGCAGCAGGAAGATGCCACATTTGGAAAATGGAATCCATTGTTAACTCCTCTAGTAATATATTattcctataataataatacacaattttaaGCATCTCCATGCAGTATTTATAAAACTTTGGTTTAACTTTGTCATTTTTAACCCAACTGAATTATTCTCCAATCGTGATGGAGAGGATTTTAAAGatgatatactgtattttaaacttaaaaactaGTGATGCTTATGGTGTCTATGTGTGCGATAAAGCACGTTAATTTTGACTGGAAATAGTGAGGATATGGTTTTGGGGAATGTATCTTTTTGGTTGATCTTGCTGTTACGACAAATTTTACCCCTTTCTATTCTCACTTAGTCTGCCATCCcagcacttgtttatttttctctcggGACTATTTCTGATCCCTAGAAAGGTTAGCAGATGTTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU179873 lncRNA downstream 163218 1527578 ~ 1527810 (-) True G142990
TU179849 lncRNA downstream 304341 1386423 ~ 1386687 (-) True G142972
TU179843 lncRNA downstream 310149 1379880 ~ 1380879 (-) True G142967
TU179831 lncRNA downstream 401043 1289664 ~ 1289985 (-) True G142959
TU179825 lncRNA downstream 520512 1170013 ~ 1170516 (-) True G142953
TU179935 lncRNA upstream 176826 1895088 ~ 1924283 (-) True G143046
TU179952 lncRNA upstream 571317 2289579 ~ 2290140 (-) True G143062
TU179988 lncRNA upstream 838592 2556854 ~ 2561991 (-) True G143095
TU179998 lncRNA upstream 922316 2640578 ~ 2640860 (-) True G143105
TU180044 lncRNA upstream 963058 2681320 ~ 2681561 (-) True G143142
AMCG00004778 mRNA downstream 84762 1561785 ~ 1606266 (-) True AMCG00004778
AMCG00004779 mRNA downstream 170542 1519517 ~ 1520486 (-) True AMCG00004779
AMCG00004773 mRNA downstream 462445 1228125 ~ 1228583 (-) True AMCG00004773
AMCG00004768 mRNA downstream 513406 1177341 ~ 1177622 (-) True AMCG00004768
AMCG00004771 mRNA downstream 540738 1142360 ~ 1150290 (-) True AMCG00004771
AMCG00004780 mRNA upstream 178018 1896280 ~ 1912141 (-) True AMCG00004780
AMCG00004781 mRNA upstream 482949 2201211 ~ 2204495 (-) True AMCG00004781
AMCG00004785 mRNA upstream 970984 2689246 ~ 2691272 (-) True AMCG00004785
AMCG00004787 mRNA upstream 975763 2694025 ~ 2993047 (-) True AMCG00004787
AMCG00004789 mRNA upstream 1318920 3037182 ~ 3047714 (-) True AMCG00004789
TU179730 other downstream 1044649 644004 ~ 646379 (-) True AMCG00004763
TU179586 other downstream 1560325 127778 ~ 130703 (-) True G142773
TU179583 other downstream 1568501 119695 ~ 122527 (-) True G142770
TU180047 other upstream 991292 2709554 ~ 2710004 (-) True G143145
TU180095 other upstream 1420595 3138857 ~ 3160673 (-) False AMCG00004790
TU180096 other upstream 1420595 3138857 ~ 3200167 (-) False AMCG00004790
TU180357 other upstream 2395485 4113747 ~ 4116414 (-) False AMCG00004819
TU180667 other upstream 4018547 5736809 ~ 5783184 (-) True G143659

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00070953 True 2720 mRNA 0.46 6 NC_007119.7 15502785 ~ 15520907 (-)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000010_05308426_05318353.mRNA True 2107 mRNA 0.50 6 CI01000010 5308292 ~ 5319096 (+)