RNA id: AMCG00013698


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00013698
length 6055
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 4
gene id AMCG00013698
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 39254843 ~ 39262647 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

GCTGAACTCATTTGTAACAGGTTTCCATCACGGACATCCTGAGCATCCTCAGATGAATACGGAGCTCCCGACCTGTTGCAGTTGTCCGCTCGGGTCACATCAAGACCCCGTCGGGTTTGAGCTGCCGGTTCGCTGGCATTTAGCACGACTGTGTCACAGTACAGACACGGGCGCTGCTGCTTGCacttaatgtattgtattgtattgtattgtaatgtaatgtattgcacTTAAACTAATTGCACCTGATGGCATTATCCGCGCCTGCCTTTGCCGAGATCAGTCTCCCGCAGGTGGGCTGACGAGTTTTGATTGCCTTTGACTTGCGCAGTCCTCAGACTTCAGTGGCCATGAGATGTTACTGGAAGAAGACTTCTGTGGTTTTCCTGTTCTTACTTCTGGTCCTGTACATCACCATAGACAACAAAGGACATGGTTTCAATgaggaggagaagcGCTGGGCCAGAGTGCTCATCACCCAGCAGCTGAACTCGGACCGAAATCTGCAGAGCTTCAGAGATCTTCAGAACGACTCCTTGCCCTTCAATGTGTCCTATAGCTTCCTGGCAGGCTTCCCAATGCAGAAACAAAAGTACCTCACAGTAGGGCTGTCGTCAATCAAAAGAAAGCAAGGCTCTTACCTCTTGGACACACTGAACTCCATTTTCACCCAGTCCTCCGAGGAGGAGCTGAAAcagatggtggtggtggttctCCTCGCGGACTTTGACATGCGCTGGAATGAGCAAGTCCTGAGGGACATCTCCAACAGGTTCCCCCGACCGATCCTGAAAGGCCATCTTCTGGTCATCCACGCGCCCCAGGAGCACTACCCTCCATTACATGGCCTGAAGAGAAACTTCAATGATGCCCCCGACCGAGTCTACTTCCGCTCCAAACAGAACGTGGACTACGCCTTCCTCTTCAACTTCTGCGCCAACCTCTCGCGCTACTATGTCATGATCGAGGATGACGTCCTCTGCTCCAAGAACTTCTTCACCGCCATTAAAAAGGTTCTTTCGCCAAGGGAGAACTCTCCTTGGGTGACGCTGGAGTTCTCCAAGCTGGGCTACATTGGGAAGCTCTACCACTCCAGCGACCTGGTGCGGCTGGCCCaattcctcttcctcttctacCAGGAGATGCCTTGTGATTGGCTGTTGAGCCATTTCCGGGCACTTCTTGCTCAGCCTGACATCATGCGTTTCAAGCCTTCTTTATTCCAGCACATCGGGCTCTACTCTTCCTTTCAGGGGTCTGTCAACCGCTTAAAAGATGAAGATTTTGAAGAGAACCCCACTGATGTTCCCGACAATCCCCCTGCAGACTTCTTCACCAACATTACTACGTTTGAGAAGTACAGTGCGAACAAAGCTTATGGGAATGTGGAACAGTACTTTTGGGGAAAGTCGCCATCGGTAGGGGATTATTTCACTCTGGTTCTGCATAAACCAGCCGTGCTGACACGTGTGCTGATAGACACTGGTACAGAGGACAGAAAGAAGGATGTATTGATTTCTGCAAGGGTGGAAGTGGGGAAGGATCCAGCCACTGTGAAAAATAAGGTTGAATGTTCAATCTATGTCAAACTTGGAGACCTTGTCAATGGACAATTTGTGAAGACCAATATTGAGCAGAATATGCATTCCGCCTTCTCGTGCCTGAGGATTGTGGTGACGGAAAGCCAAAAAGAATGGGTCATCATCCAAAGGATAAACATTTGGATGCTAAAAAATTGTCACAGTAACGCCTGGTACAAtttgaagtgtgtgtgagtgtgcttttatttttatgaggaCCGATTTGTGGTCAAGGTACAGCACAGTGACGTATTCAGCAAGGCTGCTTAGATCAATGTTCGTTGGAAAGTTTAACATTTACAGTAATCCCTAATTGGAAATTACgccatacatttgtattattgtatgtaGCCTATTCCTTAAaagttgtttaaatataaaaactattACTAATGTCTAAATGtccccattttgttttcatatcccATGTGGCATTCCATAGTGTAGTTTTAaagcttttataaataaatgaattagcAGGCTACGAAAGTTCATTTTGGCCTGGCCTCCATGGTCCTTGGTGAGTGTCAATACAAACATGATATTTAAAGATGGAtttctatatattaaaattgcTACTCCTAATGTAGTTCTCCATACAAATGCCTttgttataaatcatttaaattgcaCTCTAGAATGGTAAATTCTGCAAGGGCAATATGAAAACCAAGTGAAATCTTGAATAAGGGATATGAATACAAACTGGGGAAACAGACACatgaggttttttttgtttttgtttttctctcagtgGCCTTAAGACCTTTGATTAAAGGTTGCCCATATCCATTTATCATTGTTTATAGTTTGTCATATGTTGAATGCCCATAGAGAAGTTTCTTTAGTAGGGGCCATTCCTGTAGAATAAATCAAGTGTAGATCAGCAGTTTCTTGGAAGATTCCTTATCTATCAGAAATATCTACCTTAAGCTGTAGTGAATCTGGCAATCTTTCTGCCTCTAATTGTTATTCTGTTTTGCATATTTCCAATTTTCTTTCTACTGGTGTATATCACATACGTAAATGCAAAGCACAGAAGGAAATGGGTGATCTTATCAATCTGTACATgcagtactatgcaaaagttttaggcaggtgtggggAAAAAATCCTGTAAAGTGctttaatacataaatgttaatagatcatatttatcaattaactaaatgcaaagtgagtgaacagaaaattccacatcaaatccatatttggtgtgaccaccctttgccttcaaaacagcatcttctaggtacacttgcacacagtcctaatctattaacatgtctatttttaaaagcattcttactttacagcattttttcacacctgcctaaaacatttgcacagtacggTATTTTATTGCGTTACTATCTTAATCATCAAATAGAAGTGGATTGAATGCCACAAAAGCATTAGCACACTCCAAAATATCCAGTCTAATTATATCTTTGCACATTGTCCAATGTCATGTACTGATGCTTTGACTTTGAGATGGCTTCCTAATTTACATCACCTTTTCAGAGTGCCAGGCAAGGTTAAAAATAGTAGGGGTTTTGCTTGTTTGATGGGGTTTAGTAACAATACAGTTGTTGGATATTTTGGATTGAGGGAATGTGCTCATTGTGGTCCTGATGTTTCACTAATCTGTTCCCCACTACCATGTACTTCTTACCTTGACTCAAAACAAAATTGATatatccgtgtgtgtgtgtgtgtataaatatatatacacacagcggGTTTCCCACTGCTATTTTCAGGCCAAGTGGCACGCCGATAATTAGTTTGTCAGCACAACCCTGCCAGCTCAACAGTTTGTCCAGCTgaactcccccccccaccaccgtTGACAAATCTGAGACATGCTGCCATGCTTGTGCAAATTTCTTGGCGAAACCCTGATATGcattatgtatatgtttgtctatagaggttgttttattttattttgtgtgttttgtctggCAGCTGTGatgtaatatttgcattttagggAAAACTGCACTGCTGGGGGTGTGGAAGGAATTGTAAAGGAAAATGTGCTGCAGTGATTTTAGGTTAGTTCAGCTTCAGTCAAGTTTTACTACAATTTGGCTTCTGCATTTGTGAGGGACTTGTGAATGACTCAACTGCTAAAAGCTCAGATCGTGGGTTGGGTCCTATAGTCAAGATCGCTTTAGTTCCATTCCCAACTGGCACAGCTGACTGCCAAGGAGTGCTATATAATTACTATATTTAATATTGCATAACTATACAGTTTTATGAAGAAACTTTCAGGGAATTATTTAAAACCTTTAGTGCCTTAAAGACAAACTTGGATTTTGGTCTGCAATGTTGTCTGCACAGTTTTCCAAAGATATTCTTAAAAtggaatttgaaaataatttctaTTTGAAAGCACTCAGTTGTAATGAACAGCTCAGGCATGTGAGATAAGGCCCAGAGcacatcaaaacattgacccattCTTCAGTTGTAAATTGCCATTCCAGTACTTGATTGTGGCTTTTTGCAACACTGAAGAATCGGCCAAATACAAACCTTCCaccatggtttatttatttacttaataatgcatttatttatttgcttattgcCAGAAGAGTCAAACTtgtgatttggtccaggcctatgtattttcttatttttgttgttgttttaaacattttatttagtttttctaaaaatatttttttaggttACTTCAGCTTCTGTCGAGTTTTACTACAATTTGGCTTCTGCATTTGCGAGGGACTTGCGAATGACTCCACTGCTAAAAGCTCAGATTGTGGGTTTTCTCTTTAAAGAGTTTCGAAGGCTAGACTGCAATAATTGATACAAAAGCTTTCCCAGTACCAaaccaaaagaagaaaatgaccAGTGAAATATCCTGTGATCgaaacacatttcttttcatgTATTAAACTGGCAAACTCGCAGGTTCCCTTTCACTGGTAGGGGAAAGTGGATGCTTTGACAATGCTTTACCAAATCTTGCAAACACAGTAACCATTATGATGGTTGCAAAAGCCCTTATACATGTCTTGAAGGGTTTCATTAATATCTTGTATCAGAAAAAacaccactaataataataattaaactaaaactgaaacatttatatcAGTTTAATAGATGTATAGTAAAATGGATACAATACAACCCTACCATTCTGgcagtacatttacaaaaatgttatgCAAAGCAAATGTAGTGTACCATTATGAAAGTCATGTCATAAATCATATCCTACTGAAGTACTTATTGAATAAGAAGTACATATTTCCTCCTGTTCCACTACATGAAGGATGTATGTATTAGTTTTAAAGTATTAGCACTTCATTCAGTTTGGCTAATATAATTTCTActgtataattatgtatttttgattaaaacatatttgtgatCTCCCTGCAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU57562 lncRNA downstream 76868 39174555 ~ 39177975 (-) True G46175
TU57533 lncRNA downstream 283264 38959554 ~ 38971579 (-) True AMCG00013691
TU57528 lncRNA downstream 309782 38944813 ~ 38945061 (-) True G46144
TU57517 lncRNA downstream 424111 38826504 ~ 38830732 (-) True G46134
TU57489 lncRNA downstream 486608 38767426 ~ 38768235 (-) True G46114
TU57643 lncRNA upstream 155844 39418491 ~ 39418739 (-) True G46236
TU57645 lncRNA upstream 266300 39528947 ~ 39530228 (-) True G46238
TU57649 lncRNA upstream 282924 39545571 ~ 39553245 (-) True G46240
TU57648 lncRNA upstream 289604 39552251 ~ 39553245 (-) False G46240
TU57650 lncRNA upstream 289604 39552251 ~ 39553245 (-) False G46240
AMCG00013699 mRNA downstream 200 39233635 ~ 39254643 (-) True AMCG00013699
AMCG00013696 mRNA downstream 52575 39198815 ~ 39202268 (-) True AMCG00013696
AMCG00013697 mRNA downstream 62438 39183988 ~ 39192405 (-) True AMCG00013697
AMCG00013688 mRNA downstream 281147 38972113 ~ 38973696 (-) True AMCG00013688
AMCG00013691 mRNA downstream 284669 38942775 ~ 38970174 (-) False AMCG00013691
AMCG00013700 mRNA upstream 3862 39266509 ~ 39268659 (-) True AMCG00013700
AMCG00013701 mRNA upstream 8234 39270881 ~ 39276649 (-) True AMCG00013701
AMCG00013703 mRNA upstream 145608 39408255 ~ 39411248 (-) True AMCG00013703
AMCG00013710 mRNA upstream 310377 39573024 ~ 39576044 (-) True AMCG00013710
AMCG00013709 mRNA upstream 331410 39594057 ~ 39597610 (-) True AMCG00013709
TU57492 other downstream 471694 38782093 ~ 38783149 (-) False AMCG00013685
TU57455 other downstream 553769 38697395 ~ 38701074 (-) True AMCG00013677
TU57301 other downstream 771087 38478552 ~ 38483756 (-) False AMCG00013661
TU57307 other downstream 771087 38478552 ~ 38483756 (-) True AMCG00013661
TU57286 other downstream 803496 38448267 ~ 38451347 (-) False AMCG00013650
TU57766 other upstream 1010744 40273391 ~ 40275098 (-) True G46333
TU57809 other upstream 1123414 40386061 ~ 40428625 (-) True AMCG00013730
TU57869 other upstream 1324169 40586816 ~ 40587392 (-) True G46418
TU57875 other upstream 1340954 40603601 ~ 40608528 (-) True G46423
TU58280 other upstream 3436859 42699506 ~ 42701068 (-) True G46742

Expression Profile