XLOC_010003 (gpatch4)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010003
gene name gpatch4
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 29025292 ~ 29030674 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00019906
GCCGGTGTCATGCCTGCTCTCTTGCTGAGCGCGTGGTAGCGATTGTTGGTCTTTTcccttctttttattttagtaagCTGTTACGATTTACAGAAGTAAACAGCTAAAATACTCAGAATTAACGAATATTGTCAATGTGCAGTTGGCTGATGTGTTTTACCTTCATATTCGAGTGCAGAGTTTAAGAATTCATGGCAGAAACGGTCCAAGAAAAGAGTACAGGACTAAAGTTCGCTGAGGAGCAGCTTCTACGACACGGATGGGAAAAGGgtaaAGGTCTGGGCAGAGCAGAGAATGGCATTTCAGAGGCGATTAAAGTCAAAGTTAAATGTGATAAAGGAGGGATGGGCCATAAGCAAGGAGAGCAGTTTAGTTTCCACTGGTGGGACCATGTTTTTAACAAAGCCTCGTCTGGTCTGGTAGTGGAATCGGGGCAGAATGGTGTGATGGTGAAGAAATCAGATGACAGCAGTGATGGACTGATCTCCAACAAGAAGCCACGCAAAGCTCAGCAAGCCAAGTCCATGCTCTATGGATGTTTTGTCAAGTCTGCTACGCTACTGTCAGGAGAAGAACAGCCAGAGAAAATCAGTGATGCAGAAGACGACAGCAGCAGCTCTTCTGAAGACGAGGACCAGAAACTCGACCTGTCTACCACTACTAAATCTGCTGAAAGCTTGTGGAGGACGAACAGCACACAAAGGAGCCAGACATGGACTCACTATGAGTGCCAAACTGGCCCGACTAGAGCAGCAGGAGCAGGAGTT
>TCONS_00019907
GCCGGTGTCATGCCTGCTCTCTTGCTGAGCGCGTGGTAGCGATTGTTGGTCTTTTcccttctttttattttagtaagCTGTTACGATTTACAGAAGTAAACAGCTAAAATACTCAGAATTAACGAATATTGTCAATGTGCAGTTGGCTGATGTGTTTTACCTTCATATTCGAGTGCAGAGTTTAAGAATTCATGGCAGAAACGGTCCAAGAAAAGAGTACAGGACTAAAGTTCGCTGAGGAGCAGCTTCTACGACACGGATGGGAAAAGGgtaaAGGTCTGGGCAGAGCAGAGAATGGCATTTCAGAGGCGATTAAAGTCAAAGTTAAATGTGATAAAGGAGGGATGGGCCATAAGCAAGGAGAGCAGTTTAGTTTCCACTGGTGGGACCATGTTTTTAACAAAGCCTCGTCTGGTCTGGTAGTGGAATCGGGGCAGAATGGTGTGATGGTGAAGAAATCAGATGACAGCAGTGATGGACTGATCTCCAACAAGAAGCCACGCAAAGCTCAGCAAGCCAAGTCCATGCTCTATGGATGTTTTGTCAAGTCTGCTACGCTACTGTCAGGAGAAGAACAGCCAGAGAAAATCAGTGATGCAGAAGACGACAGCAGCAGCTCTTCTGAAGACGAGGACCAGAAACTCGACCTGTCTACCACTACTAAgCTGTCTGATGCAGATCTGCTGAAAGCTTGTGGAGGACGAACAGCACACAAAGGAGCCAGACATGGACTCACTATGAGTGCCAAACTGGCCCGACTAGAGCAGCAGGAGCAGGAGTTCATCAACAAATATGGGAAGAAAAAGCACACTGCTGAAACATCCACTAACAACACCGAGCATCTAAACACTGAGAGACATTCAGAGGGTAAAGAGAAAACCAAACGCAAGAAGTCAAAAAAGAAGGAAGAAGTTTTAGAGGAGGACAACAGCCATGATACAGTTGAAGATGACAAATCCAAAAAGAGCAAAGTATCAGATGCTGCTTCTGTGAGTGATGATATGACAGAAAATACTaagcagaagaagaaaaagagaaagcACAAAGAAAAAGCGCCTCAGGATTGTCCAAATCACTGCAGTGAAGATGTGAATGAAGAGGCTGAACCCAAATCAGAGGAAAGCGAGAGATTTCTGCCGATAAATGAAAGCatggagaagaagaaaaagaagaagaaacggTCTAAAGTGGCTCCTGAGACAGCAGACGAGGCCAGTGAGGATCACATAGAAGCACATGGTGAGCTACCACTGGAGGGCAGTACTGAGCATCAACTCGCCTCTGAATTACCCTCaaaaaggaaaaagaagaaaaggaatTTTGAGCAACTTGAAGCATCTGAGAACTCGGTGGATGTGACAGAGGACACTAATAATGAAGCATTGATCATGGACACACAAGAGAACAGCAGGAGGAAGAACAAGAAAAAGAAACGAGGAAAAAACAAGGAGCTGGAGAATGTTGAAGATGTGATGGAGGCAGTGCCAAAGAAAAAGAGTAAAGAATGAACTTGCTTGATCCTGAACTCACTGTATATCagtggtcttaaactcaattcctggagggccgaagctctgcagattttagctccaaccactgAACAccttggatcagctgtgtttgcaGCAAAagtgtgcagagctgctgccctccaggaattgagtttgagacctatgctgtaGATCAGGGGccaccaatctcattcctggaggtccggtacactgcatggtttagctccaacttgcctcaacacacctgcctgggtgtttcaagtttaTCTAGTAAAaccttgatcagcttgttcaggtgtgtttgattagggttggagctaaaatctgcaggacaccggccctccagaaacaagtttggtgaccactgctgtagATGCTGGCTGATGAGCAGAATCCTATGCTGGAGACACAACAAACATAACTGTGTTCAGATCAGTTTGTGTAATGCAGCactcatatttatttacttacaaatGATGGTCCTTTTTTTAAATCTGGAGACTCGGAGGCGACATGAAATATGAGCATTTTTAAGAGCTGGATTTGCACAtttttgtgtgtataaataaCAATGTGACATCAACTGCCAATCACTACAAACATGCTGTGATtgaaaaacagtgttttttttttttattaaaaacgacTGCAATTTGTCAAA
>TCONS_00019908
ATGCCTGCTCTCTTGCTGAGCGCGTGGTAGCGATTGTTGGTCTTTTcccttctttttattttagtaagCTGTTACGATTTACAGAAGTAAACAGCTAAAATACTCAGAATTAACGAATATTGTCAATGTGCAGTTGGCTGATGTGTTTTACCTTCATATTCGAGTGCAGAGTTTAAGAATTCATGGCAGAAACGGTCCAAGAAAAGAGTACAGGACTAAAGTTCGCTGAGGAGCAGCTTCTACGACACGGATGGGAAAAGGgtaaAGGTCTGGGCAGAGCAGAGAATGGCATTTCAGAGGCGATTAAAGTCAAAGTTAAATGTGATAAAGGAGGGATGGGCCATAAGCAAGGAGAGCAGTTTAGTTTCCACTGGTGGGACCATGTTTTTAACAAAGCCTCGTCTGGTCTGGTAGTGGAATCGGGGCAGAATGGTGTGATGGTGAAGAAATCAGATGACAGCAGTGATGGACTGATCTCCAACAAGAAGCCACGCAAAGCTCAGCAAGCCAAGTCCATGCTCTATGGATGTTTTGTCAAGTCTGCTACGCTACTGTCAGGAGAAGAACAGCCAGAGAAAATCAGTGATGCAGAAGACGACAGCAGCAGCTCTTCTGAAGACGAGGACCAGAAACTCGACCTGTCTACCACTACTAAgCTGTCTGATGCAGATCTGCTGAAAGCTTGTGGAGGACGAACAGCACACAAGTACGTTTACAATATTGTTATCTGCactaatgtaataatatattaattcctaatagttaaaattatataaataatactgtaagaACTCTTAACGTTGATGCATTCCCATCACATTTGAGTTAGACATTTAAGGTttaagggtcacactttacaataaggttcattagttaatgttaattaatgcatttactaacatgaacaaacaatgaacaatacatttactactgtatttgttcatgctagttaacgttagttaatgaaaacagtagttcattattagttcattttaactcatggtgcattaactaatgttaattagtaaatgttcagttatgattaataaatgctgtacaagtgttgttcatgattagttcatgttagtaaacacattaactaatgaaccttattttaaGTGTTACCGGTTTAAGAAGAATCAAGGAAAACATTTCATTGTAATATTAATGATTTTATAGGTTATTCATTTGCAATTAAGACAATACATTAATACACATTTTCAATtagattattttttgtttatgcaaTTGTGTTAGtttgtaaatgttatttgttgcaagttttagttttttagctTTAATATTTAATCAGTATAATAGTGTAAACGCATTTCCAAGgcgatattttaaaaaatgttattattattattatttgaggtTTATTTCAGTTAACTGCAAATCATTTAATATTGCATATTATTAAATCTGCATTTTTAATTTAGCTTAAACCTAAAAGTtgatatatgtatacatatttatttatattgtacttCAGTTAACAGTTGTGTTAGtagttttagtttaaatgtacagtGATAGCCTGTCAGatgttttttcttatttaagTGTATTATATACTCATAGTCAGTATATTTGAcatttgatttagtttttgttGCTTCAGTTTTAGAGTAATTTCATTTTCTCGATTGTGTGTATATatcttttatttacttgtataatttattttagtaTGCAAATGCACAGTGTTTTATCCTTTTTGCAGCTTGGtgtgaatgaataatttattattttattagatatagtTTCACTCTAACAGCACTGTGTGCCAGATATGTTTCTTTTTCATTGGTGTTTTGTATGCTGTTGTTGTAGAATCTATAAATAAGCTTAGATTTATCTTGTATTagattaatagttttattttatttaagatgtacgattttaagtgttttaattaaccctttaactgccccagcaagaaaataaatgtttggattgcatttctaaACTCTTAATGTCggtagttaacacactcaatctattttttttttacacatcccataatttccaAAATATTAACCactaccaaatggttgatttgtcagtttatggtaaaagtactggacttaatacatatactatgagaATATGAAGtgaaaaagcaattaaaaaaaaaaaacaataaaaa
>TCONS_00019909
GCCTGCTCTCTTGCTGAGCGCGTGGTAGCGATTGTTGGTCTTTTcccttctttttattttagtaagCTGTTACGATTTACAGAAGTAAACAGCTAAAATACTCAGAATTAACGAATATTGTCAATGTGCAGTTGGCTGATGTGTTTTACCTTCATATTCGAGTGCAGAGTTTAAGAATTCATGGCAGAAACGGTCCAAGAAAAGAGTACAGGACTAAAGTTCGCTGAGGAGCAGCTTCTACGACACGGATGGGAAAAGGgtaaAGGTCTGGGCAGAGCAGAGAATGGCATTTCAGAGGCGATTAAAGTCAAAGTTAAATGTGATAAAGGAGGGGTGAGTGACAAAACGATTTTTATTAAGATCTCTATTTTGCGTGCAACATGTGGGTAGTTGACAACACGGGCAAGACGTTTTATGTTGTTGCAGGTTCACAAAcca

Function

symbol description
gpatch4 Predicted to enable nucleic acid binding activity. Orthologous to human GPATCH4 (G-patch domain containing 4).

GO:

id name namespace
GO:0008150 biological_process biological_process
GO:0005575 cellular_component cellular_component
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-041008-158 Predicted to enable nucleic acid binding activity. Orthologous to human GPATCH4 (G-patch domain containing 4).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000091931

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00019906 False 767 mRNA 0.47 7 29025292 29029283
TCONS_00019907 False 2172 mRNA 0.44 7 29025292 29030674
TCONS_00019908 False 2152 lncRNA 0.32 6 29025301 29029007
TCONS_00019909 True 438 lncRNA 0.42 2 29025303 29025882

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010002 gon4l coding upstream 523 28994709 ~ 29024769 (+)
XLOC_010001 si:dkey-239n17.6 coding upstream 33916 28903774 ~ 28991376 (+)
XLOC_010000 chtopb coding upstream 138133 28881235 ~ 28887159 (+)
XLOC_009999 zgc:171704 coding upstream 228427 28792158 ~ 28796865 (+)
XLOC_009998 trim33l coding upstream 234875 28764017 ~ 28790417 (+)
XLOC_010004 nes coding downstream 13139 29043813 ~ 29057849 (+)
XLOC_010005 NA coding downstream 180688 29211362 ~ 29230847 (+)
XLOC_010006 NA coding downstream 215206 29245880 ~ 29250848 (+)
XLOC_010007 hapln2 coding downstream 273297 29303971 ~ 29308947 (+)
XLOC_010008 rrnad1 coding downstream 346077 29376751 ~ 29384935 (+)
XLOC_009994 NA non-coding upstream 357959 28660395 ~ 28667333 (+)
XLOC_009989 CR936250.1 non-coding upstream 637129 28388046 ~ 28388163 (+)
XLOC_009987 NA non-coding upstream 653962 28270015 ~ 28371330 (+)
XLOC_009986 NA non-coding upstream 975264 28049554 ~ 28050028 (+)
XLOC_009984 NA non-coding upstream 1151925 27839927 ~ 27873367 (+)
XLOC_010014 NA non-coding downstream 560445 29591119 ~ 29600668 (+)
XLOC_010018 NA non-coding downstream 690953 29721627 ~ 29813252 (+)
XLOC_010019 AL928927.1 non-coding downstream 872970 29903644 ~ 29908970 (+)

Expression


Co-expression Network