XLOC_010014


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010014
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 29591119 ~ 29600668 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021963
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Function

GO:

id name namespace
GO:0022402 cell cycle process biological_process
GO:0006974 cellular response to DNA damage stimulus biological_process
GO:0051225 spindle assembly biological_process
GO:0007051 spindle organization biological_process
GO:0072686 mitotic spindle cellular_component
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GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
GO:0044430 obsolete cytoskeletal part cellular_component
GO:0044446 obsolete intracellular organelle part cellular_component
GO:0005813 centrosome cellular_component
GO:0005815 microtubule organizing center cellular_component
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GO:0043229 intracellular organelle cellular_component
GO:0015631 tubulin binding molecular_function
GO:0008017 microtubule binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03050 Proteasome
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021963 True 9351 lncRNA 0.37 2 29591119 29600668

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010013 mcl1b coding upstream 3150 29586004 ~ 29587969 (+)
XLOC_010012 ensab coding upstream 13411 29555801 ~ 29577708 (+)
XLOC_010011 ctss2.2 coding upstream 71142 29514473 ~ 29519977 (+)
XLOC_010010 ctss2.1 coding upstream 77685 29509133 ~ 29513434 (+)
XLOC_010009 ctsk coding upstream 88332 29492749 ~ 29502787 (+)
XLOC_010015 vps72b coding downstream 30297 29630965 ~ 29647738 (+)
XLOC_010016 tmod4 coding downstream 50030 29650698 ~ 29684858 (+)
XLOC_010017 lysmd1 coding downstream 90040 29690708 ~ 29696789 (+)
XLOC_010018 NA coding downstream 120959 29721627 ~ 29813252 (+)
XLOC_010019 AL928927.1 coding downstream 302976 29903644 ~ 29908970 (+)
XLOC_010006 NA non-coding upstream 340271 29245880 ~ 29250848 (+)
XLOC_010005 NA non-coding upstream 360272 29211362 ~ 29230847 (+)
XLOC_009994 NA non-coding upstream 923786 28660395 ~ 28667333 (+)
XLOC_009989 CR936250.1 non-coding upstream 1202956 28388046 ~ 28388163 (+)
XLOC_009987 NA non-coding upstream 1219789 28270015 ~ 28371330 (+)
XLOC_010021 FP103008.1 non-coding downstream 479875 30080543 ~ 30080661 (+)
XLOC_010024 NA non-coding downstream 729195 30329863 ~ 30330881 (+)
XLOC_010029 BX510336.1 non-coding downstream 1369833 30970501 ~ 30971157 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000027_08033124_08037571 NA coding CI01000027 null 8032971 ~ 8039234 (+)