XLOC_010895 (si:ch211-208k15.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010895
gene name si:ch211-208k15.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 37166572 ~ 37470042 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021320
gatatttaaaaagaaatgcagCATGCGACATCAATTTGAATGTAAATTGTGCTTGCAAAGACATTTGGCGCCAAACAACCGGAGGTGCGCTTGGAAAACGCGCTTCTGCTTCTCGGTGCTCCTCCAGCGTTTGGCTCGTGGGCGGACACCTGCTCCACGCGCTCAGACTCCGGCTTCTCCAGCTCGAGGGCGGGGAGTGGGAGGCTTCTGATGCTAAAGCTGTTCCTCATGGAAACCGTCGAAACCTGACAGAAGCAGGGAGAGCAAATGTTACGGGAAAACATGTCGTCATAGCACCAGACGCAGCTTTTCATGTGAGCAAAGGATGCAGATTGATCAGGTGGGCAACCTGTGACATGTAAACAGGGCGAAGCGTGAACTGTTTCCAGCATGAAGGATAGGAAGCACACACTTTTCAAACGATGAATTATGTGTATTTCTACACCATGTGCTCTGCAGCTTTGTTGGCAGAAATTCAATTAGAACAAAAACAGATACTTTTGACTTTTTTGTTCAATCGTCCACACATTAGGGTGTCCAAATAACTCATATCCAGGCCTTTTTGTTTTGCCCAAGGATAGCAGCTGGGAAAACCTGATTGCGAGATGTGAAAAGAAGGCCTACCAGGAACCTATTttttgccCTTGGCTTGGACATCACAGCAGCAAAAAACCCTCTGATGTGAGATTGAAGGAGAAAAATGTGTTTCCATGAGCAGGATCATTAGTCTCTTTTGGCTGCTGGAGAAATTATTGGAGGACCCAAAATGTCTTACGGATCCATCGATGCGGGCTCTTTTGGAAGCAGAAATCCATTTGGTGGGCCTACAAGGCAGGGATACCAGCCAGTAGCTACACAAGTCAGTCCCTCAGAGCTGCAGGACGTGTTCCAGGAAACCTCCTCGAACATCTTTCAGATCAATGCTAACGTGGTCACACTAGAGAAGAACCTGCAATCGCTGGGAACATCCAGAGACACAGCAGAGCTACGCCAGAGTTTgcATTCCACACAGCAGCAGACCAATAAAGTCATAACAAGCACAAGCCAACTTGTTAAACAACTCACTGACATCATCAGCGGATCCTCACGGCAAGACAGGCTCCGTCTGACGAGACTCAAAACAGAGCTGTCAGATTCTGTCCAGCGATATGGAGAACTGCAGAAGAAAATTGCTGATCGTTCGAGGGCCCTGCTTCCTCCTGCACAAAAGGACAGaaaacagAGCGTCCAGACTCCATTCAGTGAGTTGGTTGAAGAGGGGCCGCTATTCGGAGCAGGTGAGAGCACTGAGGGAGATGTACAAGCGTTCCTGTCAGAGATCAGTGAAGAAGATGTGGAGATCCTGAGACAGAGAGAAGAGGCTCTTCTGCAGATTGAGAGAGACATGCTGGACGTTAATCAGATTATGAAGGACTTGGCCAGCATGGTGCATGAACAAGGAGACACCATAGACAGCATTGAAGACTACATTCAGACCACTTCATCGCACGTGGAAACAGCAAATCAAGAGCTCGCAAAAGCCAGCCATTATCAGAGGCAGCTGAGGAGGAGGAAGTGTTTTCTGCTGATCGGGGGACTGCTGTTGCTTACTCTGCTGATCATCATCATCGCAGTCTCTGCCAGAAAATGAGAACAGGACCACAGAGTTTCTCTTCTCATTTTCCGGCAAAGCAAGAGTCTCTACATCAAGTCCACCTTCGCTCACTTCtactcttctttttttctgtctaaaTCTCTCTCAGATTGAGTGCTTTttctgtgtatgcatgtatgggtgtgtggggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgttaatgttcATTAAAGAGTCTATTTTTAATCAGTGCTTTGTACTGTAATGTGCAATTAATTGCTCTTTACCTCTTCAAAGTGGATTCCAATCAAAGAACAAAATCCAAATAGACTAAATGTTTCTGTGGGCTTTTATGCCAATGTTAGGATCTGTTTTCCATAATTTATTGCTGATTCTTGAGTGCTTTTACTTGCCTATAATTCATTTCGCATTAATACCATGTGATATAGAAAAAATGATGTGTACTATGTTTAAATCATTAACAAATCTTCAGTAAATTAATGACGCAACTAGATGTGTCAAATTGATTTTAATGCTATTTATtgtataatagtttttatttaattttgtatttataatttgtttttttttacttttaatttgaatcatttaaaatgaataaaataaaaaaatataagcaTTTACTTCATAGTTTATGTGGCAGAAAAATCATCTTAAGTtgtgacaaaaataaaagcacaatACATAAAAAGTGTGTTTGTCTCAAAGGTATAGTTCCCCTAAAAGtttgctgttaatttatttatatatttattatataaaaagatAAGaggaaaagcaaacaaataaaaactctcctactatatatatatatatatatatatatatatatatttttttttttttttttttttttttcatcattaaaCTGTAATAAAGCTGTCAAAATTAACAGCATTTAAAACATCCGCTTTGCAATGCAATCCACGTGTTGAATTGGTCGCATGACTAAATCACATGACTAAAATGTGTCATTGTTTTCAAAATGCTCAGTTTTCACAGTCCACACAAAATGGTGTTTTCAGATATATCCCTTTagacagcgttttcaaaaagatatGTTTTCGTTTCCTAACAATGACATTAAAATGAGGAGAAAAATATGCAGTTTTAAACAAAAACgtattagtgtggacatggcctgaTAGTGCTGATAGTACCATTGACATTCATGACATTCTgtcctgtcgccatcttgtgaatAGACAACGTTAACTGTCTTTGGTTCGTTCAGTATAGCAAGCTAATGGCCACCAatgcgctgtctctcagaaattataaatatttaaaataggcactacccTTATCAATAAactacatagttgcaatctaaacaactacattcttgcctaaaaaagcatcaaaagtacattatgttgcccaacagcaggaatatttgtcaaactgtagagtgtcctttgCCTATTGCTGTAtctgggcagagtaatacagaagggtgaagagaTGGTAGaatgctgttactggcagaatattgcacggctatcaaccaatcagattcaagaaccagacagaaatgtataaataaaatgttctctctctctctctctctctctctctatgtatttatatatatatatatatatatatatatatatatattattggcgGGTAtctaaattaacagcaaattttctTTTACCACAGCATTTATGTACGACTACATTTGACAGACGCTGAAACATACAATTTTAAAGTAttgaagtgtttaaaataaacattgttacaTATTAACAgcaagaaaaaacaacaaattagGAAGCTAATTtgtattaagaatatttatatcATGAAGATAATAAGATGGATCCTCTATTTCATGGAAATAATATAActctttaaaatgatatatatgtTTCAAAATGATTCATTTGTAAGCCTGTAAAGTTACTCGTACATTATTAACTAACATTTTAGATGCTGTCAGTACATCAATATCATATGTTTCAgtgtttatgaaaatgtattttggtaaacctcaaaaaaaaaaaaaaaaaacgatgttgATTTTCTCTTTTGCTTCTTGTTTCAAGAATCAGTCTTGCACTAGTTCTCATATCAGCTCATATTGATCTTCTGGTACTTACACTGTGCTCAAAATAcaagtgtatatttatttttctaggGTACAATATATATAATCCATGTAATGTTGACactgtttttaggatcattctgtATAAGGCAATTTACTTGTTATgaagaaacgttcgaggttactaaagtaacccttcgttccccgaggaggggaacggaagcactataagtggatttgatttgtaaaatc
>TCONS_00021321
GATTAGTCTCTTTTGGCTGCTGGAGAAATTATTGGAGGACCCAAAATGTCTTACGGATCCATCGATGCGGGCTCTTTTGGAAGCAGAAATCCATTTGGTGGGCCTACAAGGCAGGGATACCAGCCAGTAGCTACACAAGTCAGTCCCTCAGAGCTGCAGGACGTGTTCCAGGAAACCTCCTCGAACATCTTTCAGATCAATGCTAACGTGGTCACACTAGAGAAGAACCTGCAATCGCTGGGAACATCCAGAGACACAGCAGAGCTACGCCAGAGTTTgcATTCCACACAGCAGCAGACCAATAAAGTCATAACAAGCACAAGCCAACTTGTTAAACAACTCACTGACATCATCAGCGGATCCTCACGGCAAGACAGGCTCCGTCTGACGAGACTCAAAACAGAGCTGTCAGATTCTGTCCAGCGATATGGAGAACTGCAGAAGAAAATTGCTGATCGTTCGAGGGCCCTGCTTCCTCCTGCACAAAAGGACAGaaaacagAGCGTCCAGACTCCATTCAGTGAGTTGGTTGAAGAGGGGCCGCTATTCGGAGCAGGTGAGAGCACTGAGGGAGATGTACAAGCGTTCCTGTCAGAGATCAGTGAAGAAGATGTGGAGATCCTGAGACAGAGAGAAGAGGCTCTTCTGCAGATTGAGAGAGACATGCTGGACGTTAATCAGATTATGAAGGACTTGGCCAGCATGGTGCATGAACAAGGAGACACCATAGACAGCATTGAAGACTACATTCAGACCACTTCATCGCACGTGGAAACAGCAAATCAAGAGCTCGCAAAAGCCAGCCATTATCAGAGGCAGCTGAGGAGGAGGAAGTGTTTTCTGCTGATCGGGGGACTGCTGTTGCTTACTCTGCTGATCATCATCATCGCAGTCTCTGCCAGAAAATGAGAACAGGACCACAGAGTTTCTCTTCTCATTTTCCGGCAAAGCAAGAGTCTCTACATCAAGTCCACCTTCGCTCACTTCtactcttctttttttctgtctaaaTCTCTCTCAGATTGAGTGCTTTttctgtgtatgcatgtatgggtgtgtggggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgttaatgttcATTAAAGAGTCTATTTTTAATCAGTGCTTTGTACTGTAATGTGCAATTAATTGCTCTTTACCTCTTCAAAGTGGATTCCAATCAAAGAACAAAATCCAAATAGACTAAATGTTTCTGTGGGCTTTTATGCCAATGTTAGGATCTGTTTTCCATAATTTATTGCTGATTCTTGAGTGCTTTTACTTGCCTATAATTCATTTCGCATTAATACCATGTGATATAGAAAAAATGATGTGTACTATGTTTAAATCATTAACAAATCTTCAGTAAATTAATGACGCAACTAGATGTGTCAAATTGATTTTAATGCTATTTATtgtataatagtttttatttaattttgtatttataatttgtttttttttacttttaatttgaatcatttaaaatgaataaaataaaaaaatata
>TCONS_00021322
GgccatgcttgtttttttttttttttttgtgaaagtgtgtgaatgagtcacATGTGCTCTTTTGCAGTTCAAGGTTTTGAAAATCATCTGAAATGCATTATGACATCGTGTACATCAAAACACGACGCCAACAACAATAACAACGGCTGTTTTCTCTCTTCGCAGACAGCATTGAAGACTACATTCAGACCACTTCATCGCACGTGGAAACAGCAAATCAAGAGCTCGCAAAAGCCAGCCATTATCAGAGGCAGCTGAGGAGGAGGAAGTGTTTTCTGCTGATCGGGGGACTGCTGTTGCTTACTCTGCTGATCATCATCATCGCAGTCTCTGCCAGAAAATGAGAACAGGACCACAGAGTTTCTCTTCTCATTTTCCGGCAAAGCAAGAGTCTCTACATCAAGTCCACCTTCGCTCACTTCtactcttctttttttctgtctaaaTCTCTCTCAGATTGAGTGCTTTttctgtgtatgcatgtatgggtgtgtggggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgttaatgttcATTAAAGAGTCTATTTTTAATCAGTGCTTTGTACTGTAATGTGCAATTAATTGCTCTTTACCTCTTCAAAGTGGATTCCAATCAAAGAACAAAATCCAAATAGACTAAATGTTTCTGTGGGCTTTTATGCCAATGTTAGGATCTGTTTTCCATAATTTATTGCTGATTCTTGAGTGCTTTTACTTGCCTATAATTCATTTCG
>TCONS_00021323
GAGTCATGTGATGTTGTTAGCCGGGGTTGAATCTGAGTGCTTCTCCTGCTTCTGATGTGAATGCTAAGGCTAAGTGCTCTCtcttaagaagaaaaaaagaacaggATTAGTCTCTTTTGGCTGCTGGAGAAATTATTGGAGGACCCAAAATGTCTTACGGATCCATCGATGCGGGCTCTTTTGGAAGCAGAAATCCATTTGGTGGGCCTACAAGGCAGGGATACCAGCCAGTAGCTACACAAGTCAGTCCCTCAGAGCTGCAGGACGTGTTCCAGGAAACCTCCTCGAACATCTTTCAGATCAATGCTAACGTGGTCACACTAGAGAAGAACCTGCAATCGCTGGGAACATCCAGAGACACAGCAGAGCTACGCCAGAGTTTgcATTCCACACAGCAGCAGACCAATAAAGTCATAACAAGCACAAGCCAACTTGTTAAACAACTCACTGACATCATCAGCGGATCCTCACGGCAAGACAGGCTCCGTCTGACGAGACTCAAAACAGAGCTGTCAGATTCTGTCCAGCGATATGGAGAACTGCAGAAGAAAATTGCTGATCGTTCGAGGGCCCTGCTTCCTCCTGCACAAAAGGACAGaaaacagAGCGTCCAGACTCCATTCAGTGAGTTGGTTGAAGAGGGGCCGCTATTCGGAGCAGGTGAGAGCACTGAGGGAGATGTACAAGCGTTCCTGTCAGAGATCAGTGAAGAAGATGTGGAGATCCTGAGACAGAGAGAAGAGGCTCTTCTGCAGATTGAGAGAGACATGCTGGACGTTAATCAGATTATGAAGGACTTGGCCAGCATGGTGCATGAACAAGGAGACACCATAGACAGCATTGAAGACTACATTCAGACCACTTCATCGCACGTGGAAACAGCAAATCAAGAGCTCGCAAAAGCCAGCCATTATCAGAGGCAGCTGAGGAGGAGGAAGTGTTTTCTGCTGATCGGGGGACTGCTGTTGCTTACTCTGCTGATCATCATCATCGCAGTCTCTGCCAGAAAATGAGAACAGGACCACAGGTGAGCCATGTCTGTTGTGTCAGGATGTAATACAATTAGAAAtggggaaaagagagagagaaaatgttcTATATTGTAGGACCcaatcaataaaacaaacatacatttattaaaatatataatatcaaaCAATATAAACActttagtcacactttacaataagattttatttaatgtatttgccaacatgaactaataatcaacaatacttgttcagcatttattaattatagtttaacatttactaatgcattattgtaATCCAAATTTATTCTTGTTATCATTAATTactgcaccgtgagttaacaaactaacaatgaacaactgaatttttattaactaacatgaacaaatactgtaataaaggtatttttcattgtttgataatgttagtaaatgcattaactacacATTAACtgataaaaccttattgtaaagtgttaccaacaattTTTATAAAGTAACACATTTGAGCCTATGATGTTCACAATTTAGCATCAAAAGTGTGTTTCTGCATTGCAGTGATTGGCTGATCTTGATTTAGGTGACTTAATAATGACCGGACATTATGATCACTACCATTGCACAAAGTAAACCACTTGGATCTTCATTTTGAGTTCATGAAATATTCAtgttcatttaataattaaagtgTTAACAAAAAAGCTGTATTCATATAATTCATATCATAGATTTTaggttttatatacatatatttttacaacagcttattatattaattgtgtatatactgtataataaataaattaagtataacctaattgttttaaataaatgtatgttttgcaTTTGCGTGAGtttcattaaacaaataaattacaaatacgttttatattgtatttgtagtgattttttaatgatttactgtacaaaagtgtGATGTATTTGCCATGATGATTGCTAGTTAAACTCATgcctgtatttttaaaatatatacagattctCAGCGGGGATATTTTTTTGTCCTAAATCATGTTAAGCAGGTCTTAATTCTCctatgtccaagtaaagctacccaatcaacAATAGTCCATCTcaaagcctgtgtgtgtgtatgtatatactattattattattaatatttgtcacGATCATCAGTGATCCAGCCTGTttagatcgctggtaaacacacagtaTCACATAGAAATACAAATCAGCCATTATTtagactacaagatccagtcatgcactgcacacacacgcacCGGTTCCTAATGGCTGATTGCTtactcacacagctgaagcttcTTAAAGACTGATTAATTGGGCTATTTCTTGCAACACACTAACACAgagactttgctgagtcttgttaaactgaATAGTCAACATTACGAAGTCTTGCCTTGTTTTGACCctcactttgttttgtttgtttacattacttGCTGCCTGCTTGTACTGACCATTCTTgttgaccacgactctggattgcttgtatacatctgtttgttcTTGATTgcgaccgttgcttgcctgaccaatcTGAGtaaacctgcgtttggatccgcATGTCATTGACGACGCATGACGTTGTCAGCGTCCCTTAATATTACAAGACTATTATTTTGAATGgtgatagtaataaaagcaataatgactggagtaataatttaatttaaaactacatacaataagtaataaataaatattgaaaaagtatttaagattttgttttttacatttaataaatgccgccttgatgaacgaaataattttatttgaattaataaataattttaggaataaaaaaaaaaaactgaccctaaACTTGTGACTGGtagtgtgtgcatatatatatatatatatatatatatatattttttttttttattgcaaaattgaGATACAAATCACAACAGCTGTTAGGGAAAGAAAtctaaagcaacacatccctttagatgatcttccattaatacaaaaactatttactgaAAAGTCCTTAGTGTTTAGTCCTGAATAAGTTAAAAATTTAATTcacaatggtcttaaaagggttaAATTAGACTTAAAGAATcatgcagaaaccctgattataatattattttatctttttttatccaATGCATTATATTTATCCTAAATTGCCCTAAAATAGCAATTTGAGAAAAGACTCATTAACAGCACAAGTAATCGAATAGCCACAAAAAAATTTGGCCTAAACAATTCATTTGAAGCAGGTGATTTAAACATCTGTTATCCGCTGGCTAGTAAAACACCTAAATCCTCCACCTTCCCCTCGTTTCAAACTTCAATATGCGATCATCTTTATGAAAGAAAACGAGTGTCAAAACAATCTTGCTTACCTAATTGCTTCTTGACATTTGTGTAACCTGAACCGCCGTATCAGGGTCCTATTTTTCACTTGAAAAGCCAATGCGGCGAAAGCACTATAATATTTCAGCCATAGGCGGCCCCTTTCTCTGAGGGGAGCGGGATTTTTATCAGTTAGATGGATTACCTCCTCATTCATCTCTGAAAGGCCAGCTGACAATTACACTCTTCTGTTATTCATTTATCCTCACAATCTACTTTTATTCCTTCATTGACTCATTCATTAGTTCATCGGTTTCTCCTCATTCATCTATCTGTGAGTGTTGGGAAGCGGCTGAGGACTGACTCCATTTCCATGCGATGTTTATCGGTGTGTTCGATCTTTTTCGGCCTCCCTCGGGGAGACGAGACTGACTGACAGGCCGGACTCCCTCTCCGATCGATCCATAGCCTCTCGGCGCTCCCTCTTTTCCTCTggtacacacacaagcacacacacctcTTTTAAAACGGCGTGTGTGAAACCGAAAGCTGATAGCATCTTTAATTAAGTAGCTCTTAACTCGCATTTGTGAAATAGAGTGAAACAGGGAGCGTAAGTTGTTTGAACTTTGGTGCTAAGATCTCATCTTTTAGCGGGCGCTTGAGCAAATAAGAACAGTTGAGAGATTTTGTCACTAAAAACATCACTCAACTCAAGCATGCCGTATACGCAGTGTTCACAGACGAAGTACTCATGAGTGGTAGTAGGGATATCAGTATTCCAGCGCTGTTGTTGTTTTGACCTGCAACTGCCTCTGTTATGCTATTATGTCTTTCATTTAAATGCTAAATCTTTTAAACTGTTAGTAGTCATTTTAGTGCTAAATTTACCATATCATGTGGTTGCTGTGTTCTGGGGGCTTTTATAATTTTGCggtgtggttgctaggatgtcctgagtggttgttagggtgctttcacacctgtagatcgattattttgttccgaaacagggattgcaaattgttacattgttgctatttgttcttggtgtggttgactttcacacggcaaagtttctaaacggacctcAAGAGCTAAAACAATTCACTTGCCAATAAACTccccttacattggtcagagtttgacggtttattttgcagagtcccgctcagcagtcatgcgtccttattttatattatgacgataagcaataagacattataagcgaaaaACCGAgctttcattttgaatggtgacatccacagacatcgtcaccaaatatacAACAGAGGTAAGACTCTCTCAAACTTAGCCATCtgcttatgcattataggctttaccttatagagagaaataacagattaCATTgctaaaaattacaattacattGTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000088650

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021320 False 3971 mRNA 0.38 13 37166572 37470042
TCONS_00021321 False 1560 mRNA 0.42 11 37168262 37372613
TCONS_00021322 False 787 lncRNA 0.41 3 37168470 37225747
TCONS_00021323 True 4699 mRNA 0.37 11 37201164 37415797

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010894 BX248115.1 coding downstream 9451 37157005 ~ 37157121 (-)
XLOC_010893 snrnp48 coding downstream 186975 36974523 ~ 36979597 (-)
XLOC_010892 NA coding downstream 207393 36956750 ~ 36959179 (-)
XLOC_010891 aldh5a1 coding downstream 220672 36934183 ~ 36945900 (-)
XLOC_010890 tdp2a coding downstream 260783 36901549 ~ 36905789 (-)
XLOC_010896 mrap2a coding upstream 477300 37947342 ~ 38001141 (-)
XLOC_010897 plekho1b coding upstream 545308 38015350 ~ 38067952 (-)
XLOC_010898 si:dkey-23o4.6 coding upstream 639899 38109941 ~ 38118003 (-)
XLOC_010899 NA coding upstream 728871 38198913 ~ 38341804 (-)
XLOC_010900 cdc42se1 coding upstream 841845 38311887 ~ 38333976 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc downstream 16271397 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010885 NA non-coding downstream 555936 36578495 ~ 36610636 (-)
XLOC_010886 NA non-coding downstream 566832 36580443 ~ 36599740 (-)
XLOC_010884 NA non-coding downstream 596105 36507489 ~ 36570467 (-)
XLOC_010901 NA non-coding upstream 915766 38385808 ~ 38394558 (-)
XLOC_010904 CU855886.1 non-coding upstream 1092485 38562527 ~ 38562644 (-)
XLOC_010905 NA non-coding upstream 1332363 38802405 ~ 38804152 (-)
XLOC_010907 NA non-coding upstream 1478602 38948644 ~ 38950147 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location