G380177


Basic Information

Item Value
gene id G380177
gene name NA
gene type misc
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000189
NCBI id null
chromosome length 4726117
location 894220 ~ 898517 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU434633
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>TU434634
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>TU434637
GCCATAAAAGATAGTATGCATTGTGCTGATTGTGAATTATGAAGATGAAATAAAGAAAACAACTAAGCCACAAGAATGCTTGATGATAAAATATACACCAATGTTAATTTTTTATTCTGTATTTTATGTTAACATAGTGTTTCAGAGGGTTTGAAAATAAAAACAATAGCTAAAACCAGTTAGTTAACATATTTGAATTTTCATTAAAATAAAAGTACAATTATGAGGTATTATTGTAGAATCAGTTCACATTCCCTTTTCTCCCATCAGCTCCAGGTCTGTTGCCCTTTACCCATTAAACCAGAGGGTAACTGGATGCGGTAGCAATGCCACATTGGTTGTTCTTGTTCCTGGACATCAAGATGTAGCCATTTTGACCCCAATCCAGACCCCAGCTAAAATCACAGCAGAGTGTTTAGTTGTTTTGTGTTTCTATAATTTTTTTAAAATTCATTTTGTTTCATTGTCTTGTGCTTTTTATTTTCTTAACCTGTTCTTAACAAGCCAGTAGTCCTCTCCATCCTTAGTTCCATAACCAACAGCCAGGACGCCATGATCTAAATCAGAGCTGCTGCAGTCAGGCTCATCGTAGACACCTAGAAACATTAATCATTAAATTAACTTGTCAATTAATTAGCCAGAAAATTTATAATTAAAAGATGGAAAAAAAGTGTTAAAAAATACACCAAAAAATAGGTGATGACAATTACCAGAATCATAGAGCTGAAAGCTGCTGTGTCCAGCATCGATGGCAACAGATACAGGGCCGATTGTAGCAACAGCTTCCTGTAGCGCACTTTCATCCCCACTGGCGACATCGACATATCCTGTGCAAGTGGCGCCTATGGTGCTCGGGTTAAAACGGCACTGACCATCCTGTGTGGAGAATATTGATGAGCAAAAATTATTTAAAAAACTCAGTTGAAGCTTTAGGGTCGAGTTTTTTCTCACAAACATTGTTAGGACTCACCACAGCCTCATACGGGTAGGACTCCTCTGTATCCAGACCTTTATTGGCTTCAATGTACTGGAAGGCCTGGTCCATTAGTCCCCCGCCACAGCCCATGTTCCCATAATCACCAGAACAGTCCACCAGTTGCTGCTCACTCAAGGACACCAGTTTTCCTGTCTTCTTGAATGTCTGACCCTCTAGGGAACCGGTCTGAGAGACAAAAGAGGGATGAATAGCAGCAGAGGCAGAAAAGTAAGAATGAACTGGTATGGCAAGCCGTTTTAGCTTAAAATGTTCCCAGCATTACTTGTCGTAATTGCATTTTTACTAGTAAGAATTCCAATTATAGAGCTCTCTAATTCAATTACAGAGCTCTGCAATTAAACATCTTGGTAACGCTTTACAATAAGGTTTCATTAGTTAACATTAGTTAACATAAGAATTAACAATACTTCTACAGCATGTATTAATCTTAGTTAATTTCAACATTTACTAATACATTATTAAAATCAAATGTTACATTTGTTAACCTTAGTTAATGCACTGTGAACTAACATGAACAAACAATGAAAAGCTGGGCTAACTAACATTAAAAAAATAATAAATATTGTAACAAATGAATTGCTCATTGTTAGTTCATGTTAGTTAATACATTAACTAATGTTAAAGGGGTCATATAATGCCACTTTTACAAGATGTAAAATAAGTCTCTGATGTCCCCAGAGTGTGTATGTGAAGTTTTAGCTCAAAATACCCTACAGATAATTTTTTATAGAATGTAAATTTGTTACTTTTTGAGGGTGAGCAAAAACGCTCCGTTTTTGTGTGTGTCCCTTTAAATGCAAATGAGCTGCTGCTCCCAAGAAGAGGGTGGAGTTTCAAGAGCTCATGTTAGCAGCTCTGATTACCTCACGCAGACTCACTGAAACTGTCAGCCTTTTATGTTCAAACCGGAATCGGACAATGATGGAGAGACTCAAGAAGAAGTGACAACATGTAGAATGCAACAGGACGTTTCTGAATGGTTAGTTGATGAATTTATGTAGCTAATGTGTAGTTAACTATCTTAAAGTCATTGATTAGCATATTCTGTCATGATAACCGCTCGTGTTGGAACTGTTGTAAGATGCCTTCAAAGCCAGAGAATATATGTTGCATGAAGATAGAACAGGTATAGTTTGGTTTAATTATACGGTTATAACTTATGTTGTTATCTTGCTTTTATGAAACGCTAATGCATTTGTTACGTACTGTATTGCAACATGGCCTCACCCCCTTTGTTGCGTGTTCTCAGAGGAAGGGTTTTTGTAAATTTTAGAGTTAGTGATGTCACTAACCCGGGAAGAAGCTTGTTGTAGTCCCTACCAGCCGTTTGTTGTAGTCCTTAAAAAGCGATTTCTTTAAAAGAAAATATCTCCCTTTACAATGAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGCAGATGTTGTTTATGCTCAAAAAGCAACATTACACACTAACTAAAGTTAAAAAAGTTAAATCATATTCAACCACCCCTTTAGTTAATAAGAATTGAATAAGAAAGCTCTTTAACCATAATTGTTCCTAATAAGAATTGAATTAGAGAGCGCTCTAATTTAATTGTTACTAGTAAAAGTGCAATTACAACGAGTCACCCTGGGAACGTTAAAAGCTAATACAGCTTGCCATAGAACTGGAATAATTGGACTGTTTGAGCATTTGCCATATAAGATCTGTTTGTAAAGGCAAAAATGTGGGTCTTACTGCACTGAACGCCCAGCATGATCCACAATCCTTCTGGTCTTTAACATCGGTCACATAGCCCTTGTCCCTCCAGTCAACGGTATCGGGCAGCACAGCGCTATCTCTCAGCCGGAAGAATGTGGAACCACCACGGGCCTTAGTGTTGTTCATGGAGCCCAGGCATCCATGGAACGCTACCTGTCTGTATTCCTCATTGCTCTGAGAGAGGAATATGATAAAAATATGATAAATTAGTAAAACAGAAAAACTTTTCAGTATTAAAATATTGTTTGTGTGTGTATATATATATATATCTATCTATATATGTATACTTTTTTTTTTCTCCTTACCATGTCAGCAAAGTATGTCATGCCAAGCTTGTAGGATTTGAAGCCCTGATCTGCCATCATGTTGTGGACCAAAACCAGTTTGCGATTAGACATCCAGGTCATCTTACGGTGCGACTCTTCCTCAGTAGAACGGTAGCTCTTACCTGAGGCACCAAATTTCATTTTCCATGCGTGGAACTCCATGTCCTCCAGAGAAAGACTGGCAGCACTGGCAACAGCCAGAAAAGCAGCGGTAACAACCAAAAGCCTCATCCTGCAGAGAGAAAGAGATAACACAAGTGTGAGGTCGGGCTACGGTGCACAAGTTAAAAAAGAACTGAGTCCCTAATGTCACTGTTTCCTTTCTTCTTTAACACTCCCACACATTGTTTTTCAGTATAGTTCCAGTATATTTCCATATGATTGAAATGTGGTTAAACCTGAGTTTGAGAGTACTTACTTGTGATGGTATGTTAGATTTCCTTGATGTCAGTCAGCTGCGTGTCAGTGTTTGTGAGAATGAAGGTTAGGGTTTTTATAGGAGTCTTTAGTGTCTTTGATCAGGTGCCTCTCATAAACCCATAAAAGAGACAGTGATGCTGAGTGTAGAGAAAATTAGAGGGGAAATTACATAACAACAACTGTTTTGCAAATATGGGTGTAATACTGGGGAAGACACTGTGTGAAGGGAAGTTTCCTGTAAACACCAATCAGTGATTAATTTCTTCTTTGTTATATATATATATATAT
>TU434639
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU434633 False 4087 lncRNA 0.37 3 894220 898440
TU434634 False 3640 lncRNA 0.38 5 894220 898440
TU434637 False 3804 lncRNA 0.37 3 894220 898517
TU434639 True 1513 TUCP 0.45 9 894220 898440

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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CI01000189_00797964_00824109 MSRA coding downstream 70111 796650 ~ 824109 (-)
CI01000189_00764790_00765233 ID3 coding downstream 128444 764674 ~ 765776 (-)
CI01000189_00744231_00759517 NA coding downstream 134703 744103 ~ 759517 (-)
CI01000189_01256704_01259709 NA coding upstream 358139 1256656 ~ 1259895 (-)
CI01000189_01289557_01297885 NA coding upstream 390753 1289270 ~ 1297912 (-)
CI01000189_01321624_01323067 NA coding upstream 422930 1321447 ~ 1323388 (-)
CI01000189_01342802_01344801 KDM1A coding upstream 444275 1342792 ~ 1344801 (-)
CI01000189_01391124_01392266 HTR1D coding upstream 492125 1390642 ~ 1393944 (-)
G380147 NA non-coding downstream 120703 773205 ~ 773517 (-)
G380144 NA non-coding downstream 125511 768482 ~ 768709 (-)
G380142 NA non-coding downstream 127895 766019 ~ 766325 (-)
G379936 NA non-coding downstream 193027 693692 ~ 701193 (-)
G379930 NA non-coding downstream 211391 682502 ~ 682829 (-)
G380185 NA non-coding upstream 32933 931450 ~ 931696 (-)
G380202 NA non-coding upstream 77321 975838 ~ 976063 (-)
G380237 NA non-coding upstream 166724 1065241 ~ 1065587 (-)
G380242 NA non-coding upstream 183944 1082461 ~ 1083619 (-)
G380266 NA non-coding upstream 251377 1149894 ~ 1150228 (-)
CI01000189_02961166_02963382 NA other upstream 2060591 2960570 ~ 2963454 (-)
G381317 NA other upstream 2100356 2998873 ~ 3006444 (-)
G382060 NA other upstream 2932110 3830627 ~ 3832613 (-)
G382052 NA other upstream 2987045 3885562 ~ 3892909 (-)
G382153 NA other upstream 3247073 4145590 ~ 4146084 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location