XLOC_012049


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012049
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 20610476 ~ 20611884 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00024882
GGGCACTATGACGACATTTTGTGGGTGTTGCAGATGAAAGGGAAAGCAAGGGGTTGTTCTGGCGGGACCCTAATAGTATCTTTGGGGGCCCCAAAATGGCATGGGCTTTTAGAATCTTCCTAACTTTCCCCACCCAGCGCTGCCCCTGTATGTAtgcaatatatatacattttcaaacaaacatGAAAATGCATGCTCaggtatgtttgttttatttataatgctttaTGTATCAGCTCATTCAACATAATGTAACCTTGTACTGTATTTTATAAGAGTTTTTCCTGTTCAGGATTTTTCAGATTATTCATTGTCCTCAGCTGCTTCCTGAGAGTTATCTGCAGGTTCAGCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCTTCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCTTCTTCAGGTTCTGCTTCTGGTTCAGCTTCTGCTTCAGGTTCTCCTTCAGGTTCAGCTTCTGGTTCAGGTTCAGCTTCTGGTTCAGGTTCAGCTTCATTTGGCTCACTGGGGACTTCTTGTGAGTCTTGCTCTTcactgatgacacacacacTTGGATTGTTTTGGATGTCCATATAAGTCTTCATAATCATCAGCAATGATCTGAGGGGTGGTGGGGGGTTCTGGTGGGACGCTGTTATCAAATTGTTCCCA
>TCONS_00024883
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>TCONS_00024884
GTATTCAAATATTCTTTGATGCTTGCTTGATATAAAGTTTTACTGCTTATTCAATAAAGAACTTACAGTATATGTGGTTACTTagttattgattgattttatttactCTTTGGTTAAAAAACATTCTCATTGTCAATATGTCTTTAACTGTACTTCGAAAAGTAGTTCAATATATAGTTAAGTATATAAATACAAAGGCGCTGCTGGCCGGTTAAGGGCACTATGACGACATTTTGTGGGTGTTGCAGATGAAAGGGAAAGCAAGGGGTTGTTCTGGCGGGACCCTAATAGTATCTTTGGGGGCCCCAAAATGGCATGGGCTTTTAGAATCTTCCTAACTTTCCCCACCCAGCGCTGCCCCTGTATGTAtgcaatatatatacattttcaaacaaacatGAAAATGCATGCTCaggtatgtttgttttatttataatgctttaTGTATCAGCTCATTCAACATAATGTAACCTTGTACTGTATTTTATAAGAGTTTTTCCTGTTCAGGATTTTTCAGATTATTCATTGTCCTCAGCTGCTTCCTGAGAGTTATCTGCAGGTTCAGCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCTTCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCAGGTTCAGCTTCTGGTTCAGGTTCAGCTTCTGGTTCAGGTTCAGCTTCATTTGGCTCACTGGGGACTTCTTGTGAGTCTTGCTCTTcactgatgacacacacacTTGGATTGTTTTGGATGTCCATATAAGTCTTCATAATCATCAGCAATGATCTGAGGGGTGGTGGGGGGTTCTGGTGGGACGCTGTTATCAAATTGTTCCCA
>TCONS_00024885
GGTGTATTCAAATATTCTTTGATGCTTGCTTGATATAAAGTTTTACTGCTTATTCAATAAAGAACTTACAGTATATGTGGTTACTTagttattgattgattttatttactCTTTGGTTAAAAAACATTCTCATTGTCAATATGTCTTTAACTGTACTTCGAAAAGTAGTTCAATATATAGTTAAGTATATAAATACAAAGGCGCTGCTGGCCGGTTAAGGGCACTATGACGACATTTTGTGGGTGTTGCAGATGAAAGGGAAAGCAAGGGGTTGTTCTGGCGGGACCCTAATAGTATCTTTGGGGGCCCCAAAATGGCATGGGCTTTTAGAATCTTCCTAACTTTCCCCACCCAGCGCTGCCCCTGTATGTAtgcaatatatatacattttcaaacaaacatGAAAATGCATGCTCaggtatgtttgttttatttataatgctttaTGTATCAGCTCATTCAACATAATGTAACCTTGTACTGTATTTTATAAGAGTTTTTCCTGTTCAGGATTTTTCAGATTATTCATTGTCCTCAGCTGCTTCCTGAGAGTTATCTGCAGGTTCAGCTTCAGGTTCTGCTTCTGGTTCAGCTTCTGCTTCAGGTTCTCCTTCAGGTTCAGCTTCTGGTTCAGGTTCAGCTTCTGGTTCAGGTTCAGCTTCATTTGGCTCACTGGGGACTTCTTGTGAGTCTTGCTCTTcactgatgacacacacacTTGGATTGTTTTGGATGTCCATATAAGTCTTCATAATCATCAGCAATGATCTGAGGGGTGGTGGGGGGTTCTGGTGGGACGCTGTTATCAAATTGTTCCCA
>TCONS_00024886
ttaattacaatataatattagaATTCCCTCATCGCCAAACAAGTCTGCAACTTGGCAAACACAGAGCTAAGCTGAGACTAAAGTATTGTGGTCAAGTGTGTTGGTTTCTTCACCATTCAATATTTCCCCACAGTTTCACCCTAACAACTTTATTGGAAATATTGGTGTATTCAAATATTCTTTGATGCTTGCTTGATATAAAGTTTTACTGCTTATTCAATAAAGAACTTACAGTATATGTGGTTACTTagttattgattgattttatttactCTTTGGTTAAAAAACATTCTCATTGTCAATATGTCTTTAACTGTACTTCGAAAAGTAGTTCAATATATAGTTAAGTATATAAATACAAAGGCGCTGCTGGCCGGTTAAGGGCACTATGACGACATTTTGTGGGTGTTGCAGATGAAAGGGAAAGCAAGGGGTTGTTCTGGCGGGACCCTAATAGTATCTTTGGGGGCCCCAAAATGGCATGGGCTTTTAGAATCTTCCTAACTTTCCCCACCCAGCGCTGCCCCTGTATGTAtgcaatatatatacattttcaaacaaacatGAAAATGCATGCTCaggtatgtttgttttatttataatgctttaTGTATCAGCTCATTCAACATAATGTAACCTTGTACTGTATTTTATAAGAGTTTTTCCTGTTCAGGATTTTTCAGATTATTCATTGTCCTCAGCTGCTTCCTGAGAGTTATCTGCAGGTTCAGCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCTTCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCTTCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCAGGTTCAGCTTCTGGTTCAGGTTCAGCTTCATTTGGCTCACTGGGGACTTCTTGTGAGTCTTGCTCTTcactgatgacacacacacTTGGATTGTTTTGGATGTCCATATAAGTCTTCATAATCATCAGCAATGATCTGAGGGGTGGTGGGGGGTTCTGGTGGGACGCTGTTATCAAATTGTTCCCA
>TCONS_00024887
GGTTACTTagttattgattgattttatttactCTTTGGTTAAAAAACATTCTCATTGTCAATATGTCTTTAACTGTACTTCGAAAAGTAGTTCAATATATAGTTAAGTATATAAATACAAAGGCGCTGCTGGCCGGTTAAGGGCACTATGACGACATTTTGTGGGTGTTGCAGATGAAAGGGAAAGCAAGGGGTTGTTCTGGCGGGACCCTAATAGTATCTTTGGGGGCCCCAAAATGGCATGGGCTTTTAGAATCTTCCTAACTTTCCCCACCCAGCGCTGCCCCTGTATGTAtgcaatatatatacattttcaaacaaacatGAAAATGCATGCTCaggtatgtttgttttatttataatgctttaTGTATCAGCTCATTCAACATAATGTAACCTTGTACTGTATTTTATAAGAGTTTTTCCTGTTCAGGATTTTTCAGATTATTCATTGTCCTCAGCTGCTTCCTGAGAGTTATCTGCAGGTTCAGCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCTTCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCTTCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCAGGTTCAGCTTCTGCTTCAGGTTCAGCTTCTGGTTCAGGTTCAGCTTCATTTGGCTCACTGGGGACTTCTTGTGAGTCTTGCTCTTcactg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00024882 False 649 lncRNA 0.43 3 20610476 20611503
TCONS_00024883 False 727 lncRNA 0.41 4 20610476 20611611
TCONS_00024884 False 816 lncRNA 0.39 4 20610476 20611718
TCONS_00024885 False 819 lncRNA 0.39 3 20610476 20611721
TCONS_00024886 False 988 lncRNA 0.39 4 20610476 20611884
TCONS_00024887 True 651 lncRNA 0.40 3 20610822 20611643

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012048 sh3pxd2ab coding downstream 51515 20522081 ~ 20558961 (-)
XLOC_012047 sorcs3b coding downstream 180299 20321323 ~ 20430177 (-)
XLOC_012046 add3b coding downstream 322888 20248177 ~ 20287588 (-)
XLOC_012045 bnip4 coding downstream 374167 20231801 ~ 20236309 (-)
XLOC_012044 ebf3b coding downstream 380664 20219153 ~ 20229812 (-)
XLOC_012050 slc16a9a coding upstream 41889 20653773 ~ 20666616 (-)
XLOC_012051 NA coding upstream 58514 20670398 ~ 20673891 (-)
XLOC_012052 ccdc6a coding upstream 62079 20673963 ~ 20695998 (-)
XLOC_012053 ank3a coding upstream 89698 20701582 ~ 20897407 (-)
XLOC_012054 BX927186.1 coding upstream 91295 20703179 ~ 20703297 (-)
XLOC_012038 NA non-coding downstream 638432 19967166 ~ 19972044 (-)
XLOC_012037 dre-mir-2187 non-coding downstream 709619 19900754 ~ 19900857 (-)
XLOC_012030 NA non-coding downstream 1212291 19230734 ~ 19398185 (-)
XLOC_012025 BX510991.1 non-coding downstream 2259631 18350726 ~ 18350845 (-)
XLOC_012024 BX465857.2 non-coding downstream 2326413 18283949 ~ 18284063 (-)
XLOC_012055 NA non-coding upstream 288706 20900590 ~ 20923528 (-)
XLOC_012061 AL929290.1 non-coding upstream 518377 21130261 ~ 21130377 (-)
XLOC_012063 NA non-coding upstream 601538 21213422 ~ 21220479 (-)

Expression


Co-expression Network