XLOC_012063


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012063
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007128.7
NCBI id CM002901.2
chromosome length 53461100
location 21213422 ~ 21220479 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00024892
tatatatatatatatatataaaaatctatccatcttgaaaaatatctagtaaaatattatttactgtcatcttaacaaagataaaataaatctgttagtagaaatgagttattaaaactattatgttagaagggcatctgctgcgtaaaacacatgctgaataagttggcggttcattccactgtggcgacccctgattattaaaggcactaagccgaaaagaaaattaatgaatgaataaaaattaagttaaatcaacttaacagttccaataGGTTCTCAATGGGTTCACTTACATTGTTATTAAGTAAAGtggtttaattgttttataagtaactgatcactttttacagtttacattaaattaatcaaaggttatttaacatttaatattaagaGACTACTTGAAAATTCTTTAGAGTTTATGGACATGGGTTTGAGTATAATGATGATTCACCTAATAGCCTAACTATAAATCATCCAGAGAAAGCTTTGAGAATTTTGAAGTGTTTCTTCAACAGAATATTTCCATTTTGCTTATTTCTAAAAGGATCACATGGTACTGAGATAAGGATGCTTTGTCATTACAGAAATCAAGTGCATACTTAAACAtctaaaacatatttttagaattttcatcaCACACATCCAAGAATACATATAAAACTATGAAAAATAACCTTAATATCTTATGCAATTTTGATTCTgaagtaaatatttttatttaaagaatgcTTTAATATTTTGACTGGAAAACAAGGCAAAATACTGATCAAAACGTTACTTTTGCAGTGTAGAAGGATAGCGATCGAAAGAGAAAACTAAAAATAGAGAATGAGCAGGAGATGACAGTTGTAGGCTTGGAGTCTCAACTAATACACATTTGCCGGCCTTTCATGTGACATTTGCTTGAATAGTTGTGCCATTCATGTCATTTTAGTTGGTTATTTCATTTTCCAAACCCACAACCAGACTCAACTTCACATCTGGCCAAAGTTGATTTGGTCTCATTGACGCTCACCTCAGTCTGTTATTCTCTGTATGCTTCTATTGCAGTCTCTCTGCAGTCTTAGTAGCTTATTTTCAGCACAGAGATGCAAACTCTGCATGGATAGAGCCAAAATGCAGCTGCGTATTGCTAGTAGCGCAATTGGGGGTAGCACCATTTATTAGTACAGGTTAAGGCAGCTACATCAGTCTTATTATATACACGTCATGGTGGAAATATAATATCGTTCTCTTACAAAATATACTGCTTTGCTCTTAAGCTTCTGGTCTTTTACCTCCAAAACTTGGTTTTGGCTGCTGAACTAGTGACCAGTTTGCTAGACTGAAACTGAAAATCAATATGTGCTCATCTCAAGCATTTTCAACCAACTTTGAGAATGGTACCTAAACACATAACACATAAAACAAAGGTGCTGATGCCCGTGACAAAATGATTATATGTTTGTCACACTAGTGTTACAGGACTACGCAGAACAACAAAAATCTCAAACTTTGTTTGACTGTTTTGTTTCAATGTATCATTATATCAATTTCTTTGtggttttttttatgtgttaagGCATTTGAAGGAGTTCTTAACTCTTACATCGACTCTATTTGGCAGGAGATTGAGGACACTTTTTTGTTCATCCTAAAATTCAGTGTATCTTTTCATATTGTTGGTCAGTATGTTGCTCGAAGCGGAATGAGAAAGCATAAATCCTGGAATGTGAATTTTAGTCCTCATTTGAAATGGCCGTGACATGAGAAGCCGCTAGCTGGACCTGCAACATGATTCGAAATGATAGCCATCGCTATATGCTAGTTGCCTTTTATCCTTAGAAAGAGAAGCCACTGATtttcttgctttgttttttatttttttaattttagattctTTTTGAGAGTATGtgataaatgaaaatgtttatttgtgtatataccgTATTTAAAGATTATTGTACAGAtttttagcattgttttagcATTAGCGGCTTTATGAGCGGTGTGTGTATGCAGGCCTTAAGAGCGCACTTTCTTTTCTCCATTCTCACCAGCCTTCATGCAGATGCTAAATTTGGATATGAGCCAAATTCAAAGCCAATCATAACCCCGAAAACTGAAActtagggtgtgttcacacttgtaggTCGGTTCTGTTTGTTCATATTAGCCTAGACCAGAATTttcggttacactttattttgatggtctatttgagtattagtagaatgtctgcttaatatctgctgatactgctcctaaacagacatttaactgactataagaaattttgcatgtacatgtcaacttacactaaccctaaccccaacctaacagtctacttataatctaatgggaattagttgtcatgtagatgcaatgtaactcaacaaacggaccatcaaaataaggtgTGACTGTATTTTCATTGCACTGCTTCAACTCATAAGATGAGAAcactttttttggtcacacttaaattaaagttgcattgcatctacacaccaactaattctcattagattataagtagactgttgggttggggttagggttagtgtaagttgacatgtacttgcaaagtttcttatagtcagttaaatgtcagttgaaggagcaatatcaacatatattaagcagacggtctactcaaatggaccatcaacacaaagtgttaccctttttttgtaattgtttggCTACAGAACACATCTGTGTTTGGGGAATATTTACTACTTCTTTAATGCAAAATGTTAGCTCTGTTTGGATGCGTTTAAGTCAGCCTAATTTCAGTCACAAGGAAACTTAGCTATTTTATGTAGTGTATGAAAAGTGGCTAATTTACACAAATTCATATGATTTTATTCAAACAAAactatatgatttttaaaattaattgtgCTCCCAAATCCTACCCCTAATCCCAACTTTGATGGggaaattacaaaaatgtataaatgaaataCTACAATATTATCCACTAAATCAAGCTATGAATTGCTGAGATTTCGTTGGGGTAAATCCATTTACATGTTTGCAAAATCAGCGTAAGGTGCAGAAATTTAACTGCTATGATCAATTTATGGTTATGCTGTTTATGGCCGTAAAACGGGATAATGCATTTACATGATCCCATGCATTGTCCTCTTAAGCATGATCAGGTTAAGAATGTGCACTTCAATGTGATTTTGACGAGAGAAACCAGAAATACTTGCGCATTCTGTATTTTTATGGTTGCATTGTGTGACCTCACGTCCTGTATTTGGTTCATATTGCTTTCATATTTCAGCGAAACATTATGACAGCTTGTTTGGAAATAGCCCAAAACTATTCAATGGTTAATGAGTTATTTTTAATCAAACTAAATATGGCAAGTTTGAACACATCCTTAATCCAATTCCCAAACCATACATTCAGCTTAACCCTGACATAAACCCCTATTAACCAAAAAACTCCCACTGTCCATTCCATTCTTCAATCCTAATTAAATCTCTAATTTCCTTTCCCATTTTCTCAGTTTCATATGCAGTTGTGTGAATTACTTATACAATATAAATACTTATATTGATTTTTAGAATCGCAAGACTTGAAAACCCTTGACCTTAACAACTTTACTCGCAGTTTTCATTTGAAGAAGTACATCATTgcgtttatttttcttttggtttGAGGAAATGAGGTGACTGGTAGTTTGTAGTGTGTATGTGGTTAAATCATATTCTGATACCGCAGACGACTGgcaattgctgtttttaaagtttgGAAGATGCTGAAATAAATGCgacagtaaaataaatgaaagcaatAAAGTTATTGCAATGTGACTTTCCACATCTTATTCCCGTACTTCATCATTCTGCCAGTGTGGAATGTGCACATCAATGCTTCAACTGCAAAATATTAATGTTGCTATCGAAATGCACTAATCGACATTTAGATCATTTGAAGTGATGAGACCTGAACATTTTATGTCAGCATTTATGTGAGCAATATAACAACTATTTTGGCTGTTTGGAAAAAAATGTACATCGTGTAATTGATTTTCCATGGCAATACAAGGCTAAAAGCGCCCAATCGTTCTTGTCCaggatgttatttattattatagcaCAGATCCTGGatcaaaaacatcaaaaaatcCTTCTAAATAGTCATGCCAAGCATCTGACGGACCGACCATAAATTGTGAGCGAAATACCATCAATGTAGTATaactgaatataaaaataaacaaaaaaaacagcaagcTTACACACAGGATAAAACGCTAAAGCTTCTCTATCTATAATCTGGATTTGCTGCTCATGTGATTGTTAATTGCAAATAATTGCATATGCTCTGCACGATTCGCATGAGTGACCAAAACGTTTTATGTTTTTGTTGGTTATGTTCCTTAAAAAGATTCTATTTTAGATTCAGTAGATCTCCGGATAATAAAACTCGAGCTACTACAGATCACTCTCTCTCATTGGCTGAAAACAGTGTCATTGCATTTATACAAGCGTGCAGATTTGTGGCGTTAAGCACACCTTTATCTTGTTTGCTCTGAGAGTATTGATGGGgtgaatgttaaaaaataaactagcttttatacttgttttttttgCACCATAGCGGTTCATGGGCAGctttgctttgattttttttttttcattgataacACAATGTATAGCATCTTTATTATATGTAGTTATTGCTATGAAATGCTTGTAAAGTCACATAAAGAGCACTATTATTTTGTTCTTGTTTAATTATGATCACTCTGTCTAAAGTATTAAGATCCCTGTAAACGGGGACGTTTGCTAACCATTCACTGTGAATTTGATTTTGAAtgcaacattattttatttaactgggTTTTAGCTGAAGGAAGGGAGCAGGTTATAAGGAGTTTCATCGTTTGCTTGATTCTGTGCTTTAAATTCCTGAAAGTCGCCTAAGTCATTCACTTAGATTCGCGATGGCTGACAGAGACTTTCATTCACTTTGTAAACTCACATGCTATACTT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Function

GO:

id name namespace
GO:0048731 system development biological_process
GO:0090596 sensory organ morphogenesis biological_process
GO:0009611 response to wounding biological_process
GO:0009888 tissue development biological_process
GO:0048562 embryonic organ morphogenesis biological_process
GO:0048856 anatomical structure development biological_process
GO:0048596 embryonic camera-type eye morphogenesis biological_process
GO:0048598 embryonic morphogenesis biological_process
GO:0048880 sensory system development biological_process
GO:0032502 developmental process biological_process
GO:0042060 wound healing biological_process
GO:0045111 intermediate filament cytoskeleton cellular_component
GO:0005882 intermediate filament cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00024892 True 7058 lncRNA 0.33 1 21213422 21220479

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012062 abhd12 coding downstream 13016 21154576 ~ 21200406 (-)
XLOC_012061 AL929290.1 coding downstream 83045 21130261 ~ 21130377 (-)
XLOC_012060 vsx1 coding downstream 147317 21063403 ~ 21066105 (-)
XLOC_012059 ube2d1a coding downstream 155748 21051022 ~ 21057674 (-)
XLOC_012058 bicc1a coding downstream 164162 20983798 ~ 21049260 (-)
XLOC_012064 hspa12a coding upstream 455 21220934 ~ 21280185 (-)
XLOC_012065 shtn1 coding upstream 90922 21311401 ~ 21368775 (-)
XLOC_012066 atp6v1ba coding upstream 151812 21372291 ~ 21418340 (-)
XLOC_012067 vax1 coding upstream 212214 21432693 ~ 21442279 (-)
XLOC_012068 gpr26 coding upstream 386760 21607239 ~ 21617618 (-)
XLOC_012055 NA non-coding downstream 289894 20900590 ~ 20923528 (-)
XLOC_012054 BX927186.1 non-coding downstream 510125 20703179 ~ 20703297 (-)
XLOC_012051 NA non-coding downstream 539531 20670398 ~ 20673891 (-)
XLOC_012049 NA non-coding downstream 601538 20610476 ~ 20611884 (-)
XLOC_012073 NA non-coding upstream 643176 21863655 ~ 21864182 (-)
XLOC_012082 NA non-coding upstream 1264326 22484805 ~ 22504384 (-)
XLOC_012083 BX511218.1 non-coding upstream 1301157 22521636 ~ 22525745 (-)
XLOC_012086 NA non-coding upstream 1466691 22687170 ~ 22689787 (-)
XLOC_012087 BX548077.1 non-coding upstream 1565695 22786174 ~ 22786291 (-)

Expression


Co-expression Network