XLOC_001394


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_001394
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 40648878 ~ 40664705 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003454
TCTGCAATAGTTGTTGATGATGATTCTACTGCTTTGGATATTGGTGTAATGGATGTAGCATCATATGTTGGCATTATTTCTCCAGCAGCTGGTGTAGTTTCAGATGCAGTTGTGGTTACATTTTCATTTGGTGTAGTCCTTGGTACTCCATTACTAGATGTAGTTGTCTCTACAGTTGAGGATGCCAATGAAGGGTATACGGCATCAAAAGTTGTTGCCGTTGATGCCCCAGCATCTGTTGTAGATTGAGCTGTAGATGTTATAGCTGCATCAGGTATTAAAGTCATTGTTTCTCTATTACTTGTAAGGGTTGACTCAACAGTTGTAAATACTGCTGAGGTGGATGTGGCATCAAAACGTGTTGTCCCAGCAGCTGTTGTGGATTGATCTGCAGTTGTGGTTGTTGTATCAATTGTTTCTATATAACTTGCTGAATTTGACACCACAGTTGAGGATAGCATTGATGTGGAATTGACATCAAAGATGGTTACTGTTGCTGCTTCAGAAGCTGTTGAGGATTGAGTTGTAGTGGTGGTTTTTGTATGAGGTCCTAAAGACATTGTGTCTGCATTAATTCTTGATTTTGATCCTAAAGTTGAGAAAACTGGTGAGGTGGATGTGACATCATAAAATGTCGTTGTTACCCCAGTGGCTGTTTTGGATTCGGACGCAGTTCCAGTTGCTGTATCAGGTGCTGTAGTCATTGTTTCTGAAGTATTTGCAGAAGTTGACTCCACAGTTGAGGACACCCATGAGGTGGATGTGGTAGCAGTAGCTGTTTTTGTTACTGACCCAGCAGCTGTTGTTAATTGAGCTATAGTTGTGTTTGCTGTGTCAGGTGCCAAAAAAACAGTTTCTGTATTACTTGATGTTGTCTCCAAAGTTGAGGATACTAATGAGGTGGATGTGGAATCAAATGTTATTGTTGCTGCTCCAGCAGTTATTGTGGATTGAGCTGTAGTTTCTTCTGTATTAGTTGCTACAGTTACTGTGACTGTATCTGTTGAGGTTGATTCAACATTTGAGGATACAGTTGAGCTGGATGTGCCATTATAGGTTTTTGCTGTAGACCCAGCCGTTGTTGGGGTTTGAGCTGCAGCTGTGGTTGATGCATCAGGTGCTAAAGTAACTGTTTCTTCAGTAATTGAAGAGGTTGACTCATCAGTTGAGAATACTAGTGAGGTGGATGTGGTATCAACATTTGTTGTCCCAACAGCTGTTGCGGTTTGATCCACAGATGTGGTTGATATATCAGATGTTTCTATATTACTTCTTGAATTTGACACCACAGTAGAGGACAACACTGATGTAGATGTGGCATCAAAAGTTGATGTTTTTCCAGCAAATGGTGAGGATTGAGCTTTAGTTTTGGTTTCTCTATCAGGTTCTGTAGCCATTGTATCTGCAATAGTTGTTGATGATAATTCTAAAGCTGTGAATATTGGTGTAATGGATGTAGCATCATACATTGGGGTTATTTCTCCAGCAGTTGGTGTAGTTTCAGAGACAGCTGCGGTTGCATTTTCAGGTGCTGTAGTCATTTTTTCTGCAAAACTTGTTGAAGTTGTCTCCACAGTTGAGGATGCCAATGAAGTGTATGTGACATCAAAAATTGTTGCTGTTAATGCCCCAGCATCTGTTGTGGATTGGGCTGAAGATGTTATTGCTGTATAAGGTGTCAAAGGCATTGTTTCTGCATTACTTGTAAGGGTTGACTCAACAGTTGAGAATATGGGTGAGGTGGAAGTGGCATCAGAAGATATTGTTCCTTCAGCAGCTGTTATGTTTTCAGGCATATCCCTTGTCGATAAACCAAGTGCTGTAGTCATTGTTTCTCTTATACTTTTTGAGGTTGATTCCATAGATGAGGATACCAAAGAAGTTGATGTAAAGACAAAAGTTACTGTTGCTGCCCCAGCGGTTGTTGTGGATTGAGCTGTAGTTGTTCCTGTATCAGGTGCTGAAGTTACTGAGTCTGTCCCAGTTGTTGAGGTCAATTCTACATTTGACGATACAATTGAGCTGGATGTGCCATCATAGATATTTGCTGTTGCCCCAGCAGTCGTTATAGTTTGAGTTGCAGCTGTGGTTGATGTATCAGGTGCTAAAGTAACTGTTTCTTCATTATTTGTAGAGGTTGACTCAACAGTTGAGATTACTGGTGAGGTGAAAGTGCCATCAAAACTTGTTGTCTCAAGAGCGGTTGTGGTTTGATCTGCAGTTGTGGTTGATGTATCAGATGTTTCTATATTACTTCTTGAATTTGACACCACAGCAGAGGAAATCATTGATGTTGACGTGGCATCAAAAGTGGTTGTTGTTCCTGTTCTAGCAAATGGTGAATATTGAGCTGTAGTTGTGGTTTCTGTATCAGGTTCTGTAGCCATTGTGTCTGTAATAGTTGTTGTTGATAGTTCTTCAGCTGTGGATATTGGTGTAATAGATGTAGCATCATACGTTGGGGTTATTTCTTCAGCAGCTGGTGTAGTTTCAGATGCAGTTGTGGTTGCATCATTAGGCGCTGTAGTCTTTGTTTCTGCAAAACTTGTTGAAGTTGTCTCAACTGTTGAGGATGCCAATAAAGTGTATGTGGCAtcaaaatttgtttctgttactgCCCCAGCATCTGATGTGGTTTGAGTTGAAGATGGTATTGCTGTATCAGGTGTTAAAGTCATTGTTTCTGCATTACTTGTGAGGGTTGACTCAGCAGTTGAGATTATAGTTGAGGTGGAAGTGGCATCAGAAGGTATTGTTACCTCAGCTGCTGTTATGGTTTCAGTCATATCCCCTGTTACTAAATCAAGTGCTGTAGTCATTGTTTCTGCTGTACTTGTTGAGGTTGACTCCATAGTTGATGATACTGATGAGGTGGAAGTGAAGTCAAAATGTATTGTTGCTGCCCCAGAAGTTGTTGTGGATTGAGCTGTAGTTGTTTCTGTATCAGGTGCTGAAGTTACTGAGTCTGTCTCAGTTGTTAAGGTCAATTCTACATTTGACGATACAGTTGAGCTGAATGTGCCATCATATATATTTGCTGTTGCCCCAGCAGTCGTTATGGTTTGAGCTGCAGCTGTGGTTTCTGTATCAGGTGCTAAAGTAACTGTTTCTTCATTATTTGTAGAGGTTGACTCAACAGTTGAGATTACTAGTGAGGTGGATGTGGCATCAAAACTTGTTGTCCCAACAGCTGTTGCGGTTTGGTCTGCAGTTGTGGTTGATGTATCAGATGTTTCTATACTACTTCTTGAATTTGACATCACAGTAAAGGATAAGATTGTTGTTGATGTGGCATCAAACATTGTTGTTGTTCCTGTTCCTGCAAATGGTGAGGATTGAGCTGTAGTTGTGGTTTCTGTATCAGATTCTGTAGCCATTGTGTCTGTAATAGTTGTTGATAGTTCTTCAGCTGTGGATATTGCTGTAATGGATGTAGCATCATACGTTGGGGTTATTTCTTCAGCAGCTGGTGTAGTTTCAGATGCAGTTGTGGTTGCGTCATCAGGTGCTGTAGTTTTTGTTTCTGCAAAACTTGTTGAAATTGTCTCCACAGTTGAGGATGCCAATGAAGTGTATGTGCCAtcaaaatttgtttctgttactgCCCAAGCATCTGTTGTGGATTGAGCTGAAGATGGTATTGCTCTATCAGGTGTCAAAGTCATTGTTTCTGCATTACTTGTAAGGGTTGACTCAACAGTTGAGATTTTGGTTGAGGTGGAAGTGGCAGCGGTTATGGTTTCAGGCATATCCCCTGTTACTAAATCAAGTGCTGTAGTCATTGTTTCTGCTGTACTTGTTGAGGTTGACTCCATAGTTGATGATACCGCTGAGGTGGAAGTGAAGTCAAAATTTATTGTTGCTGCCCCAGAAGTTGTTGTGGATTGAGCTGTAGTTGTTTCTGTATCAGGTGCTGAAGTTACTGAGTCTGTCTCAGTTGTTGAGGTCAATTCTACATTTGACGATACAAAGGAGCTGGATGTGCCATCATATATATTTGCTGTTGCCCCAGCAGTCGTTATGGTTTGAGCTGTAGTTGTGGTTTCTGTTTCAGATTCTGTAGCCATTGTGtctgtagtagttgttgttgataGTTCTTCAGCTGTGGATATTGGTGTAATAGATGTAGCATCATACGTTGGGGTTAGTTCTTCAGCAGCTGGTGTGGTTTCAGATGCAGTTGTGGTTGCATCATCAGGCGCTGTAGTTTTTGTTTCTGCAAAACTTGTTGCTGTTGCCTCCACTGTTGAGGATGCCAATAAAGTGTATGTGGCAtcaaaatttgtttctgttactgCCCCAGCATCTGATGTGGTTTGAGTTGAAGATGGTATTGCTGTATCAGGTGTCAAAGTCATTGTTTCTGCATTACTTGTGAGGGTTGACTCAGCAGTTGAGATTATAGTTGAGGTGGAAGTGGCATCATCAAAAGGTATTGTTGCCTCAGCAGCTGTTATGGTTTCAGTCATATCCTCTGTTACTAAATCAAGTGCTGTAGTCATTGTTTCTGCTGTACTTGTTGAGGTTGACTCCATAGTTGATGATACCGATGAGGTGGAAGTGAAGTCAAAATTTATTGTTGCTGCCCCAGAAGTTGTTGTGGATTGAGCTGTAGTTGTTTCTGTATCAGGTGCTGAAGTGACTGAGTCTGTCTCAGTTGTTGAGATCAATTCTACATTTGACGATACAGATGAGCTGGATGTGCCATCATATATATTTGCTGTTGCCCCAGCAGTTGTTATAGTTTGAGCTGCAGCTGTGGTTTCTGTATCAGGCTCTAAAGTAACAGTTTCTTCATTATTTGTTGAGGTTGACTGAACAGTTGAGAATACTGGTGAGGTGGACGTGGCATCAAAACTTGTTGTCTCTACTGCTGTTGCGGTTTGATCTGCATTTGTGGTTGCACAATCAGGTCCTGTAGTCATTGTTTCTTCATTACTTGTTGAGGTTTTCTCTGCAGTTGAGGCTATGAATGAGTTGTATGTGGCATCAAAAGTTGTTGTTGATGCTCCAGCAACTGTTGTGGTTtgagttgtagttgttgttgctgTATCAGGTGTCAAAGTCATTGTTTCTGCATTACTTGTAAGGGTTGACTCAACAGTTGAGGATATGGTTAAAGTAGAAGTGGCATCAGAGGATGCCTTTTCCCCAGCAGCTGTTATAGTTTTAGGCATAGTTCTTGTTCCTAAAACAATTGCTGTAGTCATTGTTTCTGTATTACTTGTTGAGATTGACTCCACAGTTGAGGATGAAGATGACATGGATGtgggaaaaaaaattgtttcccCAGCAGTTATTGTGGATTGATCTGTAAATGTTTCTATATCAGGTGCCGTAGTTTTTGAGTCTGTCCTAGTTGATGAGGTTGATTCTACATTTGAAGTTACTGATGAGGTGGATGTGCCATCAAAGGTTTTTGCTGTTGTGGTTTGAGCTGCAGTTGTGGTTGATGTAACAGGTTCTAAAGTCACTGCATCCTCATTACTTGTATGTGATGTCTCAGCAGCTGTTATAGTTTGAGCTGTAGTTGAGGTTGTTGTATCAGCTGATGTAATAGATGTTTCTGTATTACGTGACTTTGACACCATAGTTGACGATACTATTGATATGGATGTGGCATCATAAGTTGTCAGTGTTCCTGTTTCAGCAACTGTTACTGACTGAGCTGTAGTTGTGGTTTCAGCATCAGGTGCTGTTGTCATTGTGTCTGCATTAGTTGTTGACATTAATTGCACAGTTGAGGATAGCGGTGACGAGGATGTGACATCATAATCTGTTGTTGTTGCTACAGTCGTTGCCAGAGC
>TCONS_00002969
TGCAGCTGTGGTTGTTGTATCAGATGTTTCTATCGTACTTGTTGAATTTGACACCACAGTAGAGGATAACATTGATGTGGAATTGACATCAAAGGTTGTTACTGCTGCTGCTCCAGAAGATGTTGAGGATTGAGTTGTAGTTGTGGTTTGTGTATCAGGTCCTAAAGACATTGTGtctgcatttatttttgattgagATCCTAAAGTTGAGAAAACTGGTGAGGTGGATGTGACATCATAAGATGTTGTTGTTACCCCAGTGGCTGTTGTGGATTCGGACACAGTTCCAGTTGCTGTATCAGGTGCTGTAGTCATTGTTTCTGAGGTATTTGCTGAAGTTGACTCCACAGTTGAGGACACCCATGAGGTGGATGTGGTagcagaagctgtttttgttaCTGACCCAGCAGCTGTTGTTAATTGAGCTATAGTTGTGTCTGGTGCCAAAAAAACAGTTTCTGTATTACTTGTTGAAGTTGTCTCCACAGTTGAGGATACTAATGATGTGTATGTGGCACCAAAGGTTGTTGCTTTTGATGCCCTGGCAGCTGTTGTGAATTGAGCTGTAGTTGTTGTTGATGTATCAGGTGCCAAAGTCATTGTTTTTACATCACTTGTAAGGACTGGCTGAACAGATGAGAAAATGGGTGAGGAAGAAGTGGCATTAAAAGATGTGGTTGCCCCAGCAGCTGTTATGAGTTCAGGCATTGCTCTTGTTGCTAAATCAAGTGCTGTAGTCGTTGTTTCTCTATTATTTGTTGAGGTTGACTCCATAGTTGATGATACCGATGAGGTGGAAGTGAAGTCAAAATTTATTGTTGCTGCCCCAGAAGTTGTTGTGGATTGAGCTGTAGTTGTTTCTGTATCAGGTGCTGAAGTGACTGAGTCTGTCTCAGTTGTTGAGATCAATTCTACATTTGACGATACAGATGAGCTGGATGTGCCATCATATATATTTGCTGTTGCCCCAGCAGTTGTTA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003454 False 5807 lncRNA 0.41 2 40648878 40659015
TCONS_00002969 True 980 lncRNA 0.42 2 40649944 40664705

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_001393 NA coding downstream 733 40647644 ~ 40648145 (-)
XLOC_001392 clgn coding downstream 40486 40572757 ~ 40608392 (-)
XLOC_001391 maml3 coding downstream 129538 40336160 ~ 40519340 (-)
XLOC_001390 NA coding downstream 310476 40333894 ~ 40338402 (-)
XLOC_001389 NA coding downstream 340253 40268545 ~ 40308625 (-)
XLOC_001395 zgc:153642 coding upstream 69216 40733921 ~ 40735381 (-)
XLOC_001396 hmx4 coding upstream 245045 40909750 ~ 40911332 (-)
XLOC_001397 hmx1 coding upstream 247908 40912613 ~ 40914752 (-)
XLOC_001398 adra2c coding upstream 327977 40992682 ~ 40994259 (-)
XLOC_001399 dok7 coding upstream 478176 41142881 ~ 41192206 (-)
XLOC_001385 NA non-coding downstream 492013 40156021 ~ 40156865 (-)
XLOC_001380 CR847546.1 non-coding downstream 662718 39985905 ~ 39986160 (-)
XLOC_001402 CR974461.2 non-coding upstream 647072 41311777 ~ 41311892 (-)
XLOC_001403 NA non-coding upstream 826596 41491301 ~ 41493481 (-)
XLOC_001404 NA non-coding upstream 867959 41532664 ~ 41533488 (-)
XLOC_001405 NA non-coding upstream 923450 41588155 ~ 41591134 (-)
XLOC_001406 NA non-coding upstream 934513 41599218 ~ 41608702 (-)

Expression


Co-expression Network