G681249


Basic Information

Item Value
gene id G681249
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01180000
NCBI id null
chromosome length 11503085
location 5631099 ~ 5639384 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU802183
AGAACGACATGAGGGTGAGTAATAAATTACATTATTTTCATTTTGGGATGAACTAACCCTTTAAATCACTCAGGTGAAACAGTTTTGTATGTTTCAACTTAAAATGCTACATAAATGTTTCATTTGTAACATTCCTGTTATATCTGACTAGCAAGCCAGACATGTGAAAAAGAAGGTTTTTGATTCAATGAGCCAGTGAGTTGTTCATTCGAGAACCACTCGGATCGATTCAGTCCGATTCATGACTGAAATGTCGGTCCGGTCTGAGAACCGATTCAATTGATTGATTAAAAGATTCGAATCCAAAGAATGATTCATTCTTGAATTGGATGCCGCTGCTAATACCCAGTGCGCTTTGATTGCAGTAGGTCTGTTGGATGTATCAGCTCAATGCAGTATGGATTACAGTGCTACATAAGTGCGTACTGTAAACATTTTATTTCGCTTTTTGCTGGCATTAGTATCTTAAGGGTGGATCAGTGACTGTGGTGTCAGGCACATTCCTGCGCGCTTAGTCTTCACATTCAAAAAATGCTTTGAACTGCCAGTTTTGTCGAGATATTGATGGACATGGCGGTAAGCGCATAATTTTCTCTCTATGTTTGCCTATTGTATGAACTGTATTTTTATTTTTGTTGCTGCAGTACAGACAGTAAAGCTCTCATAGGAGAGTCCGGGGCTAGTTGTCACTCTATTTACTCCAGTGAATATTTCTCAGCATAGGTTTGTTTTTGAAAGTGAATTTCTGTATAGACATGTACGTACTGCAACAATGATACAATTAATTGAACATACGTTGATGGGACATATTGTCACACTGTGGGGTAAATTGTCACACTATATCCTGCTTTTTATAGATTTTTTAGCTAAATTTAAAAAAAACAACTAAAATAATTACAGTATGAAACGCAAAACAATTCATGAAACAGCAAACCTAAATAATATAGCAATATTTCAACTCGCCCAAATAAAAATTTCATAACAAAAGACTTATTAAAACAGTATTAAAGCAAAATAGTATTTAACAAGTACTAATAATTATAGACCTCATGCAACAACTTGTCCTGGTCTAATCTACAGTATCTCACAGAAGTGAGTACACCCCTCACATTTTTGTAAATATTTTATTATATCTTTTCATGTGACTACACTGAAGAAATGACACTTTGCTTCAATGTAAAGTAGTGAACGTACAGCTTGTATAACAGTGTAAATTTGCTGTCCCCTGGCTCTGGTGAACTCCATGCCCAAGAGGGTTAAGGCAGTGCTGAAAAAAATGGTGGCCACACAAAATATTGACACTGTGGGCCCAATTTGGACATTTTCACTTAGGGGTGTACTCACTTTTGTGGCCAGCGGTTTAGACATTAATGGCTCTGTGTTGAGTTATTTTGAGGGGACAGCAAATTTACACTTATACAAGCTGTACACTCACTACTTTACATTGTAGCAAAGTGTCATTTCTTCAGTGTTGTCACATGAAAAGATATAATAAATTATTTACAAAAATGTGAGGGGTGTACTCACTTCTGTGAGATACTGTATTTGATGGAAATAGTATACTCTGAATTATAAATTACAGTAATTATGTATAGCTATTACATTTTATTGGCAGTTAAGGTGGTAGTAATAAAATACAGACATTTTTAAAAAAAATTCTAACTGTATTTATCACATTAGCCTTGTCACAGCTTGCCGAACAGCATGACTTTATACACCTTCTTATTACTTTGCAATGTCACTGTTACCTTAACAACAGAATGTCACAATAGATAAAACAATAGATGACTTTGTACTCCAAGTTCACACTTTCTGATCCTGTTTGCTTGTTTTTGAAGTTGCATGAGGTTTCAAGAACTTCATATGGTGGGATGTGCTTCAGCAATTATGGAGTTGCCTCCCTTACAGTGAATTTTGTAGAGAAGGGAACCATTTCACCGATGTTGTTCATCAAGAAAGACCTTGGTGGGTGTGCACTGTATCAAGATTTGGCTGTGACTTCCATGTTGTGAAATGTCGTGTGTTATTCATGGTATCTGTGTACCCTGTTTTCTGGTTGTGGTGAGTGTGACATTTTTTCATATGTGAAGCTGTAAATGAATATGTTAAGTTATGCTGTACATGCATGGGGTAGAACTTGTTTATTCTACTGTATATTCATTATAAGATAATACAGTGACCCTCAAAGGTCACTTTAATATCTTACAATGAATATACAGTTTGCATCAAAACACTTGCATCAAAGGTCAAACAATTTTTCTCAAAAAAAAAAAAAAACTAATTTTCTCATAATATGCATTGCACATCACCTTATTTCTCAAAGAGTCTGTTCGAAGATTCAGTCTCTCTAAACCCCTCCTTTTCGTCAGCCTACTCTGCTCTGATTGGTCAGACGGCCCAGTCTGTCGTGATTGGTCTACCTCGTACAGTGTGTGTCAGAAACGAAACTCACATTACCATATCTGAATTTCAGCTCCGGAGGCTTCCTCAACTCTTGTATATACAGTGATATGAACAGGAACGATGGTGTTGTATTTTCCGTATCAATTCCAGAGTGAGATGTCATCCTTTTGTATAGTGCATGCAGAGTAAATTTGCAGCGCTGAAAACAGTATCTTCTCGACAAGTCGACAACACATACCAAACTCCTTCAGGTCTTGGCTACAACTAGTGTTTGAGGGCGGGGCAAAGCAGACATTGTTCACAGGCAGCCAATGAAGACCATAGACTTTCATTATGCAAATTTGTTACATTGTTATAGGTATGTGACAGGAAGTGATACTGTAATTGCCGATGACTCGTTTCGGTAGTTCGGTAGTATCGATTCTTTCTTTTAGGAGACAATTACTTTGCATTCACAAATAGCTATATTATACACTGCATGAAATATTCGAAAAATCATAATAGGGGCCTTTCAAGTGGTAGAAAGGAAATATATATAATAGTGTATGAACAGATATTAATTAATACACTTCCAAGTTGGTGTTTTATTGTCTGCGTTTTTTTAAAAATAAAACAAAACGCTTTGGCCTATATTTTAAATGAAAGCTTGGTCTGTGAAATGGCATGATATAGCATATTTTCAGTATGAAGTAATTTGTATGGTAAGAAGGGGGAAGATGACTAAATCCCCTTGACTAAACTTTTACAGAATTGCATTAATGTTTTTTTGATATCATTTTTAACAAAAATGTATTAATGTGTAATTAATGCAAAATACTAAATCAACTATTGTTTTGAAAATGTAAAGTACAGATTCAGTGACTAATCTACAGGCATATGAACATTGGCATATTTAAGTACTCCAAAAATCTAAAAACATGAATGTGTCAAATACCTAATTAAGGAATAAAAACCTTTTATATTCAATATAGTAGAATGTCATAGATCACTATTTTCCAGAGGTACAAAATTAGATCAATTAACCTTAGAACTTAATCTAAATCTCACAGATGAAATGACAAAATTAAAGATAAGCATAGTTCATCGAATGACTTTGTGCCATTTTACGCTGATATAGTGGATATTCAATGGGCCGCACACCCACAGCCAACAAACAGACAAGGTTTTGGAACATGTTATTTACTATTTGAAAAATCACCTTAGCTAAAAAAAAATTAAAGGCACAATATGTACGTTTTTTTGTATTAAAATATCCAAAAACCACTTGAACAATGTTATATATTTTCTTGACTTGTGTACTTATAGTACATGTTTCTAAGAATGTTTAAATCCAGAGAAATAAGCAGTTTTAACCAGGACATGGACTGTGTCCGTGCGTCGTCTATCAATGACATCATACCCATGTTCCCCTTGATTTCTGTTTTATTTTGTAGAAACCATGGAAACACCAAAGATGCTTTAATATATTATGTGTTTTATTAGACAGGATACATTCATCGACTGAAAATGAATCATATTATATAGCTCAACACAGTAAGTCTTATTGTTTAAATCTTGTTTTCTTGATTTACCACGAGTACCATGTTTTACCATGACTGATATTGATCTAGCTTACTGCAGTGCGCAACAAGTGTCTCATTGTAGCCGCCGAGCGAACGCAGAGTAGCACTATAACAACTTTCAACACACAAATGTATCTAATATGATAAAACAGCACTGCGTTACCCCACATACGCTTGACCAGAAGAAGCAGAAGCGGTGACTGTGGCATAATAAAAGTTCCGCTGCTCTCGAAACGTGTGTTTCACTTGTCTCTCATTAGCAAACGCTCCAGCGGCCTCGTTTCTGCTCGCACAGCACTCGGCCCTGCTCTGCTTCATACTACAGTAACATTAATAATCTCATCCATGAACATGATTTCTGCCCGAGTCCCGTCCCGATTCTTTTCCACCGGCTGTGAGGTAAAGACAGCACCTCCGATGATTCCTCAAAATCAAGGCGTCATCAAGCTACGCCTTTGTTTTGAATAAGCGACCTGTAGTGGTGAAAATGTACATATTGTGCCTTTAAGTCACAAACAATATCTGGCTATATTCCATAAATGTCTGCAGACGAAGCATGTATCAAAAACAATTTTATATAAACTGCATCCTGTTTCTGGATCTTGCATTCTAAGTCAGGGTTTCTCATTTGCACCCGCATACCAAAAAGGCAAGCTCCGCCTCTGGGCCTTCATTGCATGAAGTGCTTATGATTAGCATAAAGATGTATGTAGCTGCGGGACAGACCTGCCATGAAAAGCTGTATATCTGCGTATCAAATGGAGCAATTCCTCCTTTGGAAGAAAAAGGTGTTGAATTTTATGCTAACATGTATTGCAGTGCTCTGTGCAATTTAAGCAGATATAGCCATATGTGTACTAACACAATTGCTACAGCATGGGTCATTAACACTGTGGGATTAAAATAAAGTTGCTGATTAAGTTTTGGTCCACTTACAGTGTTATATCTCGGAATTGGCTGTGTTTCTGACAGAAAAATAGAAACTGCTGTAGCTAGTTACAGTAGAAAGTAATTAGATTCTTTGAAATTGGTTCG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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU802183 True 8256 lncRNA 0.35 2 5631099 5639384

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01180000_05605783_05625064 ZFAND4 coding upstream 5988 5605783 ~ 5626277 (+)
CI01180000_05587131_05604001 FAM21C coding upstream 26075 5587047 ~ 5605024 (+)
CI01180000_05566677_05569815 ALOX5, ALOX5A coding upstream 61245 5566677 ~ 5569854 (+)
CI01180000_05552106_05558265 SLC25A16 coding upstream 72024 5551875 ~ 5559075 (+)
CI01180000_05460865_05464029 NA coding upstream 166566 5460865 ~ 5464533 (+)
CI01180000_05721160_05745421 MARCH8 coding downstream 81716 5721100 ~ 5745673 (+)
CI01180000_05752328_05757955 VDAC2, VDAC2.L coding downstream 112172 5751556 ~ 5758136 (+)
CI01180000_05875768_05878028 NA coding downstream 235685 5875069 ~ 5878719 (+)
CI01180000_05919195_05919836 NA coding downstream 278721 5918105 ~ 5920447 (+)
CI01180000_05928275_05933064 NA coding downstream 288891 5927492 ~ 5945665 (+)
G681426 NA non-coding upstream 47379 5583517 ~ 5583720 (+)
G681425 NA non-coding upstream 47732 5583100 ~ 5583367 (+)
G681269 NA non-coding upstream 99007 5526957 ~ 5532092 (+)
G681405 NA non-coding upstream 109740 5520237 ~ 5521359 (+)
G681242 NA non-coding downstream 22804 5662188 ~ 5666144 (+)
G681254 NA non-coding downstream 29608 5668992 ~ 5681405 (+)
G681205 NA non-coding downstream 133390 5772774 ~ 5780374 (+)
G681428 NA non-coding downstream 144264 5783648 ~ 5783914 (+)
G681440 NA non-coding downstream 163328 5802712 ~ 5802923 (+)
G681268 NA other upstream 257337 5370410 ~ 5373762 (+)
G681137 NA other upstream 845468 4783305 ~ 4785631 (+)
G680736 NA other upstream 1846658 3765691 ~ 3784441 (+)
CI01180000_03571292_03571611 GNG2.L, GBG2, GNG2 other upstream 2058702 3569165 ~ 3573135 (+)
CI01180000_02690045_02691641 NKX6-2, NKX6-2.L, NKX6.2 other upstream 2935663 2689271 ~ 2693221 (+)
G681592 NA other downstream 833651 6471995 ~ 6478999 (+)
G681686 NA other downstream 993524 6632908 ~ 6634989 (+)
G681667 NA other downstream 1016462 6655846 ~ 6659546 (+)
CI01180000_07403482_07412752 HELLS other downstream 1763763 7403482 ~ 7413190 (+)
CI01180000_07694615_07695428 MRPL14 other downstream 2024039 7694529 ~ 7695667 (+)

Expression


Co-expression Network