XLOC_015407


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015407
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 22911192 ~ 22916384 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033519
GACTTTTCCTGGCCAGCAGTCCCCTGGTCTGTGCCTGCAGCAGAATCACGGCCTCTTTTTTAGATTTCAGCTCTTTCCTGGCGAGTAAGCCACGGGTCTGTGTTTGCAGAACGATGGCGGCAGCCCGTCTGCGCATGTACTCTTCATGGAGCTTCCGACTGCGTACTTTCGCCTGCAGCCGAGCAAATCCCTGCTTAACCTAAGAGGGAAAACAGAAACAGTGTGAGGTATGCTTTATCTGATTTGACTGCAGACATAAAATGTTCCTGCAAAGCTTACTGTGCAAAAGTCCCTCTTTTCTTTGTAGCCACGCCAGTTCTTCTGCAAAACCAGAGCTGCCTTCCTTTTGTTTATAAAGTTTTTTCTGTAGATGGATGAAAAACGGCTTGAGTCTCTACAGCTATGTTACACTTGGACACAGAGCAGAGACAACGAGGAACAAACCTGTCTTTATGAGCGAGCATCACTCTTTGGATGATGAGAGCCTTCCTGTAAAGCTCCTGCGCTCGCTCCAGTTCTAGTGTTGGGGTCGCAGTCAATGGACTTCAAGAGTGCTCGGTAGCGATGCAGGAAGTCCTTGAAGGTGTGACGGATGGGATATCCCAACTTGCGTATTCGAATGGTCTCCAGCATTCCAGAGTAGCGAAGTTGCTGCATGCAGAGCTCTCTGTTAAAAACCTGATGaggaaaataaagagaaaacGTCATCTTAAAAGCGTCCTCACAGCTGCTCAAGATGTAAGTGATGTTGAAGTGAATTGATACCATGGGCAACTTTTTATCGTTTGGCTTGAAGCAGCGTATGAAGAAGGGTTGGCAGAGAGAAAGAGCCTTCATCAGAGAGTCCAGAGACTGGCGAAACTGGCCGCTCAGAGTGGAAATCTGTCTCCTTGATTCGTTAACTTGCTGTGTAAGACAAAACAGAGAATTTATCTCAAAGCTATTTTCATTGAGTGCATTGATCAGAATGCTCTCAATCTGATTATGCTGAAGTCGAGAATGCATGTGGTCATGTAAAGGTGTCAAAAGGTTTTCCTTTACGGAGTAAGGTCATAAATGCCTCAAATGAACattcccccctttttttttttagaaaaggctCATTTAACAACTCTCCTCAAGTTAAACATTTGAATTCGaccattttttaattcatttagccAATCTCCGGGTCTGGTGGGAGAATTctggcttagcttagcataaatcattaaatcagattagaccattagcatctcacttataaaacacacacacaaaaaaaagagttttgataattttcctgtttaaagTTTGACTTTATAGATACATcttgtactaagactgacagaaaatgaaaagttgttattttctagGTTAATATTGCTAGGAACTATGAATTTGTGAACtttggctgcagcaggtgcaatgatattacccAGCATTGTTACCTAGTTTGGGACTATTATGaaggtctttttttattttttcattcccAGGTTCTGCTGGTTGCAATTTCCAGGATTTtcattgccaatcttaagccaattatATCAGTATGCTTTGGTTTGCAACGCAGAGCCCGGGAGATCAGAGTGAGTGCTCTGACTTGGCCCCCCATGATCCACTATTTTCATGGGTAATGAAATTAGATATGCAAATTCTGATTTTTTTATGTCACTACCaggattttctttttcattaataAAGTCTTATAAACAACGAAAATGAAAAGAATCTTcagtaatgtatagtaaataatagtaaataaaaatagtgttttttaaacCATACTGTAATGTacttaattaatctgttgtggtaattctatagttgctaatACAACCATAGTAACATACATGGATCATGTTTTCTACAACTATGTaaataatactacaaataatatcTACAGTATGatataaaaacactatagtatttactaaaaaattaTAATAGAATTTTTTAGGTGGGCTTGCATTGCAGGGTTACTGGTTTGCATGTAAAACAAGACAACAGGTTAACTTAATGTAGGTTATTATGATATTTGTGTGCATGAATACGTGATCATTGTTAAAgtcaacatttttataaatatctctTACTCGTAATGAATTCTTTGGCGTCATGACAGCTTTGTTCATTTTGTTCGAATTCTTCACCGAGTTTACATTGATCTCTTTCTCAAAGATCTGCTTAAGCAACTTGTTGGAAGATTTCCGAATCAGCTCCAAGATGTCCATGCTCACAGTATCTCTGTTCTTCTCCAAAAAACCTGCCAAAACATTGCTCATTTAGAACAGAACTtgtttcatttataaaataaCTGCTGGGAATGCAGTACATATGTCATGGGACAGTAAATAATCGATGAATTGTACCTTCGCAGTCATAATAAACCAACCCAGCAAAGTGTTGAACACCAAAATGTATCCGATGGTCGCCCCTGGATGAAATGTAAAGTTTGTTGCCTTTGTGTTCTTGGCTCAGTTTGTTTAGCATCGTAGCATCTGTCCCCTGTGTTAAAAACAGGACAGCGCAGGCATAAATAGCTTATAAAAAGCAAATAAGTCACTCTATCATATAGCGTACGAAGCTCACCTTAGGAAAATGGCTCTCCTCATCAATCAGAGCCAGTATGTTGAGAGGTTTAAGGGCTAGTAGGTCCAGGGTTTTCTGGTTGTCATTGAAAGCAATGCGTTTCCATGAAATGCCTTCTTTAGTGTACTCGTCCTGCTCCAGCTTGAAGACGTGCCTCACAAAAAACTGCTGCAGATGCTCATTGGCGAAATTGATGCACAGCTGTTCAAAACTAAATGACAAAAGTGGAAAAGAGAAATTATTCTCAAAGTATGGTTAGAGTATCTAAATGTTACTTAACCATTGGACTGGCACTGGCAACTGTCTGGTAGCCTTTTTGtctataatttgtcatttaaaacaaaaaaagaattggtGAGTGGAAGTTAAAGGCTCAAAGCCAACCATAAAAAAACCAAAGCCAAccattaaaaaacataaacaacttAACTTGTAGAGTttcaaaagtttacattttaaaggaCAAGTGTTGTGAATCTGCACAGTATCGTATCATGAAAAATATCAAAAAACGAGGGAAAACCCCATTCTAAAAcatgatattaataaaatgttacatgCAATAtccattgtgtttttttattttattttaaagtctaaA
>TCONS_00033520
GGAGCTTCCGACTGCGTACTTTCGCCTGCAGCCGAGCAAATCCCTGCTTAACCTAAGAGGGAAAACAGAAACAGTGTGAGGTATGCTTTATCTGATTTGACTGCAGACATAAAATGTTCCTGCAAAGCTTACTGTGCAAAAGTCCCTCTTTTCTTTGTAGCCACGCCAGTTCTTCTGCAAAACCAGAGCTGCCTTCCTTTTGTTTATAAAGTTTTTTCTGTAGATGGATGAAAAACGGCTTGAGTCTCTACAGCTATGTTACACTTGGACACAGAGCAGAGACAACGAGGAACAAACCTGTCTTTATGAGCGAGCATCACTCTTTGGATGATGAGAGCCTTCCTGTAAAGCTCCTGCGCTCGCTCCAGTTCTAGGTAAGTGTCATGATGACCCTgtgacagagaaaaaaaaaaaaaacataattcatgAATGaagaaaatgtgatttttaaacatttgtaaatgatttttttttttttgcttaattacttatgattaaaaatgaattaaatatatgtGACTCTAAATCACAAAGCCAGTCATAAGTTGGATGGGCATATTCAAAGCAATAGGCAAAATTACATAGTCAAAATGATCACATTTTCTTAAATGCCAAAAATCATTGAAATAATAAGTAAAGATCAAGTCCCATGAAGATATCTactattctatatatatatcaaaactcaattttaCATTGCTAAACTCATCATTTAGGCAAATGTAAAGtcaatatttatacacacacacacatacacaatcacacatatatatataaatatatatatatatatatatatatatttttttttttttttttttttttaatatttattctatATTGATTCAatgttttgccattttttttaaccaaccatacatcaatagaaagctttttttattcagcttttttaGAATCTCAATTAAAAAtatacacttatgactggttttggtGTCCAGGGTCACGTTTAGaatatttcttttatttgaaatgcatctaaaaaattattactaaattTAGAAAACTGAAGAGGTGGTGCTTAATATGTTTACAGAACACTTTGACAAACAGTTCTAAACACTTACAATAAGTATATTTTTCTAAAATAGTATAAATGTACTATTTAATGTCACCTTTTATCCATTGAATGTATtatttctaattaaataatataattaaaaaatcaaaatgACCTCAAACTCATAAACAATACTGTTTAATATCACtccaaaataaatgatttttaaaaagattcAATATTACAAGAGTGCACGCGGACACTGGTGTAAAATGTTATGATACACTTGATAAATATTATGCAGGAGGTACCCTGAGAAAAACTTTGGTTTTGCCAATCTTCCAATCTTCTTCATCTTTGATTAAAGTTCTGCAGATGGCAGCGCAGCATTTGGCAGCAGGCTCCTGTTAATAAATAACAGAtaaaaaataacagatgttttaTTTATCAACTCAAGCCACACTGGTACACTCACATGTCATTTGAAGGTTAATTCCttcgaaaaaaaaaagtgtaaacacCACTTAGTTTGAGCATGATACTGACACACATCAACTCTGGCTCAACCAATAGCATAACTTGGGAGCGGGACTGTCTGAATTTTAGAGCAAATACAGATGGAAGAGTGTTTAGGTTAAAAtggttatatttgtttatattttatttcttattatttttacctATGTCAGCTCTAGTAGCAGAGGAATTACTCACTTTACCTGTAATTAAAGGCAGAAGCATCAACTAAAATGTTTGGTTACTAGCAACCAAACACAGTACTCACCATAAacctacatttaaataaaaatgcagtaaTTGGTTAATGTAAAAGCATTTGTGGATAGTGATTAAACATAATTTGCAGACTTTTACACAGGTAAATGTTGACTTATATGTTCATTTTTACTGGCAATTTTGAgacctgaaaacaaaacaaaaaaactaaaaagtgcaaatattaattttttttctaatgttttaaTTCAAACATTATCAACCAAATCAACAGTCGGGGACTACAGGACTGTATATGCACAGGGGCTTTTTGTTTCTTTATAAAACTACATTACCATCTACTGGCCAGGTATGCGAAATACAGCCTTTTACTCATTTTCACATATCAAAACTTTAAATTTTTAGTAAACTATAATGTAAATGCACACattttaaactttgtataacttaaaaaaaataggtTGAAACCGGAGTAGCTTATTAAaataagcaacataaaaatatgtgttgtcttgactttttgtcattaaattTCTTACAATGTGAGAGACTTAATTCTACTGCATTAAGCAACTATCATCAACTACAATCCTGGGCATtcacatattaataatataatcctATTATCTCATACAGTGTTGGGGTCGCAGTCAATGGACTTCAAGAGTGCTCGGTAGCGATGCAGGAAGTCCTTGAAGGTGTGACGGATGGGATATCCCAACTTGCGTATTCGAATGGTCTCCAGCATTCCAGAGTAGCGAAGTTGCTGCATGCAGAGCTCTCTGTTAAAAACCTGATGaggaaaataaagagaaaacGTCATCTTAAAAGCGTCCTCACAGCTGCTCAAGATGTAAGTGATGTTGAAGTGAATTGATACCATGGGCAACTTTTTATCGTTTGGCTTGAAGCAGCGTATGAAGAAGGGTTGGCAGAGAGAAAGAGCCTTCATCAGAGAGTCCAGAGACTGGCGAAACTGGCCGCTCAGAGTGGAAATCTGTCTCCTTGATTCGTTAACTTGCTGTGTAAGACAAAACAGAGAATTTATCTCAAAGCTATTTTCATTGAGTGCATTGATCAGAATGCTCTCAATCTGATTATGCTGAAGTCGAGAATGCATGTGGTCATGTAAAGGTGTCAAAAGGTTTTCCTTTACGGAGTAAGGTCATAAATGCCTCAAATGAACattcccccctttttttttttagaaaaggctCATTTAACAACTCTCCTCAAGTTAAACATTTGAATTCGaccattttttaattcatttagccAATCTCCGGGTCTGGTGGGAGAATTctggcttagcttagcataaatcattaaatcagattagaccattagcatctcacttataaaacacacacacaaaaaaaagagttttgataattttcctgtttaaagTTTGACTTTATAGATACATcttgtactaagactgacagaaaatgaaaagttgttattttctagGTTAATATTGCTAGGAACTATGAATTTGTGAACtttggctgcagcaggtgcaatgatattacccAGCATTGTTACCTAGTTTGGGACTATTATGaaggtctttttttattttttcattcccAGGTTCTGCTGGTTGCAATTTCCAGGATTTtcattgccaatcttaagccaattatATCAGTATGCTTTGGTTTGCAACGCAGAGCCCGGGAGATCAGAGTGAGTGCTCTGACTTGGCCCCCCATGATCCACTATTTTCATGGGTAATGAAATTAGATATGCAAATTCTGATTTTTTTATGTCACTACCaggattttctttttcattaataAAGTCTTATAAACAACGAAAATGAAAAGAATCTTcagtaatgtatagtaaataatagtaaataaaaatagtgttttttaaacCATACTGTAATGTacttaattaatctgttgtggtaattctatagttgctaatACAACCATAGTAACATACATGGATCATGTTTTCTACAACTATGTaaataatactacaaataatatcTACAGTATGatataaaaacactatagtatttactaaaaaattaTAATAGAATTTTTTAGGTGGGCTTGCATTGCAGGGTTACTGGTTTGCATGTAAAACAAGACAACAGGTTAACTTAATGTAGGTTATTATGATATTTGTGTGCATGAATACGTGATCATTGTTAAAgtcaacatttttataaatatctctTACTCGTAATGAATTCTTTGGCGTCATGACAGCTTTGTTCATTTTGTTCGAATTCTTCACCGAGTTTACATTGATCTCTTTCTCAAAGATCTGCTTAAGCAACTTGTTGGAAGATTTCCGAATCAGCTCCAAGATGTCCATGCTCACAGTATCTCTGTTCTTCTCCAAAAAACCTGCCAAAACATTGCTCATTTAGAACAGAACTtgtttcatttataaaataaCTGCTGGGAATGCAGTACATATGTCATGGGACAGTAAATAATCGATGAATTGTACCTTCGCAGTCATAATAAACCAACCCAGCAAAGTGTTGAACACCAAAATGTATCCGATGGTCGCCCCTGGATGAAATGTAAAGTTTGTTGCCTTTGTGTTCTTGGCTCAGTTTGTTTAGCATCGTAGCATCTGTCCCCTGTGTTAAAAACAGGACAGCGCAGGCATAAATAGCTTATAAAAAGCAAATAAGTCACTCTATCATATAGCGTACGAAGCTCACCTTAGGAAAATGGCTCTCCTCATCAATCAGAGCCAGTATGTTGAGAGGTTTAAGGGCTAGTAGGTCCAGGGTTTTCTGGTTGTCATTGAAAGCAATGCGTTTCCATGAAATGCCTTCTTTAGTGTACTCGTCCTGCTCCAGCTTGAAGACGTGCCTCACAAAAAACTGCTGCAGATGCTCATTGGCGAAATTGATGCACAGCTGTTCAAAACTAAATGACAAAAGTGGAAAAGAGAAATTATTCTCAAAGTATGGTTAGAGTATCTAAATGTTACTTAACCATTGGACTGGCACTGGCAACTGTCTGGTAGCCTTTTTGtctataatttgtcatttaaaacaaaaaaagaattggtGAGTGGAAGTTAAAGGCTCAAAGCCAACCATAAAAAAACCAAAGCCAAccattaaaaaacataaacaacttAACTTGTAGAGTttcaaaagtttacattttaaaggaCAAGTGTTGTGAATCTGCACAGTATCGTATCATGAAAAATATCAAAAAACGAGGGAAAACCCCATTCTAAAAcatgatattaataaaatgttacatgCAATAtccattgtgtttttttattttattttaaagtctaaA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033519 False 3178 lncRNA 0.38 2 22911192 22916384
TCONS_00033520 True 5046 lncRNA 0.34 1 22911339 22916384

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_015406 amotl2b coding upstream 50014 22851832 ~ 22861178 (+)
XLOC_015405 aire coding upstream 64639 22808946 ~ 22846553 (+)
XLOC_015404 rab6bb coding upstream 107527 22795494 ~ 22803665 (+)
XLOC_015403 espnlb coding upstream 118732 22765492 ~ 22792460 (+)
XLOC_015402 kif1ab coding upstream 152602 22694382 ~ 22758590 (+)
XLOC_015408 NA coding downstream 68746 22985130 ~ 22992029 (+)
XLOC_015409 mknk2a coding downstream 90408 23006792 ~ 23024952 (+)
XLOC_015410 NA coding downstream 108937 23025321 ~ 23026978 (+)
XLOC_015411 csnk1g2a coding downstream 122657 23039041 ~ 23078748 (+)
XLOC_015412 mfsd12a coding downstream 164863 23081247 ~ 23103149 (+)
XLOC_015392 CT956055.1 non-coding upstream 939783 21882881 ~ 21971409 (+)
XLOC_015388 NA non-coding upstream 1373920 21534038 ~ 21537272 (+)
XLOC_015385 NA non-coding upstream 1474791 21431725 ~ 21436401 (+)
XLOC_015384 dre-mir-26a-2 non-coding upstream 1535598 21375467 ~ 21375594 (+)
XLOC_015372 rxrga non-coding upstream 2134351 20725684 ~ 20776841 (+)
XLOC_015414 NA non-coding downstream 239628 23156012 ~ 23184804 (+)
XLOC_015416 BX548024.3 non-coding downstream 341393 23257777 ~ 23257897 (+)
XLOC_015418 NA non-coding downstream 490069 23406453 ~ 23479246 (+)

Expression


Co-expression Network