XLOC_015408


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_015408
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 22985130 ~ 22992029 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033521
tcaccagcaactagagccgcgtctttattaagagaagactaacgttacaagcgaatccggatgtCAGCGTTAGCaaatgagaacagctctcaggtaaacaatgttcctccttagacacgtaagttattgttgtcgagcgtcgcgtacactgttaatccacagtctgagctctcacagagagaaaatgaaaacaaaacttaactgcagcagactattaaagcaacacttcacgcttgtttttccaacacaacgtggcgtctctgtcgtctaaacactatgagagtaatgaatattaatgaagttgcacaatagagcgcgctgattggtttgaaccaagccttactcatgcattaatgcaacacactgtaagacgtaataagacacactctggcacagacgcccagtctgcatgctggaatacacgctattatctcatggtcgTGACACAGcttaaaaaatttgtttcaaactggaagtacgaatttgcttgaaataacgcaaaaacaaccaatttacactttttagtgaaatatagttgtcctaacagtgtttttagctgtgtgggacacatatacgactgtcaacagctcaaaaaatgtgttgtggtgtttcgtgaccctttaacatgaATATCAACCTGAAGAATTTAcataatcaaatttaaaacacggaatgctttaaactttttaaattcattttaaaggtcttgtgaagtgttttgaaatgtgcactttttaaaaaaatgtttgacgtaatctcaactgaaacatgatgACAGGCCGGTAAGAGTTTTCTTTGACcccagctctgccagtgagataGCTTGAGATCAAGAACATCAAGTGAAAAGCATATTAAAAAAAGCATCTGgaagggggcgggacatgtcagatactacagAGCATTTCAATTGGTcaaaagatttgatgagaaaatgaagtCTGATGTGATGTCAAAAAAAGTGTAGATCCATTCTGGTGGAAGtaaaaactgcaagctttggatgtttaaatCTTATAATGCTATTTTGTGGAGCACACGCGTTTATATATGACAATTAgcctaacatactgatactaaaatCTAATAATATTTCTTTTAACCAACAGATGCCATTATTACTAACCTTTACCACATGACTTGACTTGATCTTCTTAGGGTCTGAGAAGGCAGAGAGTGGAATAGTCGGCAGCATTGGATAATCCGGACTGGGTCGAGGCATCATCTCCGCTCCCTCAGGAACAACGATAGCCTGAGATGAGAAAAACACCTCAACATAAAGAGAGAATGAGAGTGAGAGTCCAATGAAAAGAGCTGATTATAGAGGtacaaaacacaaaagcaaacacaaataGTCCAGCTCACCCCACCGGCCTTGACTAGCTTGCGTCGAAACTCGTGAGTGGGGTTGTTAAACGTGAGTTTCTCGCAGCGTAGGTGGTTGACGGGTGGGTTCCCCTCCAGGTTCAGGAAAAGGTCATAATTAAAGCACACCTTTTTAGGCTCCTCCTGCCAATGAAGAAACAAGCATCTTCAGGCTTACACacagaaatatatttaaactGTGCTGATAAAACGGTGAATATCAGTATCAAACCTGCACCTCAATCTAACAGCATGTgaaaattttactgtaaaattagatggaggaaataaaagaaaactgaaaaccccACAGAATATTTTACTACTGATTctggaaaagtaaaaaaattaaatgacaagtAAATATACTAAATTATAATGATATCAAAAAGATGAAGGTGCACAATACAAACTCACACGTTTTACAAAATTAATTTACACAAGATTACACATTCTTACCGTTTACAATCCATTTACCTTGATGTTCTCTTTATTTCAGCAGCTTCATGTCAATTTTCCGTTACGTGCTTCTAAAACCTTCTAGCTCACAGTGCAAATACTGAATTCACCTAGTTATTTGACCTTTACCTTTTCCGAATTGCAAAACtcttcatctgtttttttttccaatactgGCAACAAAGCGCTTATGAACAGCACAGCTGGATATTTTCCTCACACACATCTAAAAAGGCTTTTGCGCAACTCTTTTAATGCGGTTTGCCTGAAATACCAGTTCTTCGTGTCACAGATGAAGCAATGCAGATACTGCTGTAGATACGAAGAGATGTCCTCACCTTGTTTTTGAAATAGACTTCTATAGGCATGAGGAAACCAGCATAACCCGACTCTTCCACTTTATATGGGGGTTCTTTACAAACTGCAGAACAAGAGAAATACTGTCAGAGATGTatggttacatttttttacaatgtacactgATATGGAGAAATAAATTTAAATCGATCTACATATCCACACTACATCTCCCACTACTGACACAATGGAATTGCAGAAATAACCATTTTTTCCGAACAGGTTTCCGCAACACTGCTTCTATctgatagccctgccccaaaAATCACGCCATTGGCTTAGGCAGAGGTTGACATATCAGACCACTCAAGCAaacaggaagatattttgaaagcaCCAGAGACACAgtgtttgcattattttacattatctaCATTATAAGTCTACTTAAAAATTGCTTATATTTTACATGGGATAAGAAAGATTAGCATAAACAAAGATTGATCTAGatcattgttttaatattttttgacaaATAAATCACTGATATGATAAAACTATTTGCATTGTGAAACACACCTCAAACAAACATAATTATATTTAACTATTGCAATAAAGGgcatattgtttattaatttaaaaaaaggaaattaaaaaagcaatatcaccagggtccattcttcgtacctcgcttaaatgatctaagatgatctAGGATgatcttcaaacaagtttgtgaaggactgatctatcaatcctcgaaatcatgatcagcaatgaataattatgaataatgaatgattattcctttaaaaaaaaagttgaatattgtgcatgtctgttattctacacaaattgtactaaagctggtaccttaaaatagtacgcgtttgtatctaaaaagtccatAATAATAAACGTTTTCTTAGACCCCTTTGGGGAGAGAACCCTCCGtgacacttttgtacttttatttcagagtgcatattgcatacatttaatttctatatattttatatatatattttacttatttatatctatttaaatTCTTAACTATTTAGTATATTCTCAAGTGTAAATAACTACTACTGTTAGAAGATAACAGactttggtacatactttcagtattacctttgcttgaaaagaCAGATccaatcctgtttatataaaaatgAGCCTGccccgagcaggtttgagctaccagatctgttgctatgacaacaactcttggaagagttttgaagaacgaaacgatcatGAATCGTGTCAAATCTATAACCAATtgagctaactgagtaatccatgtacgaagaacggaccccagctaATTTGTATTTCTATATCACATCTTATGCAAGTTTAACAGAAGTTAAAACTAAAAAGCAAGCATAACAAGTAGTAGAGGTTTgcaattctgacaaatttatagGAATTCttcaataataattcaaataatgtttttctgAGTGAGGTTTTGTTCATTTTCGTCGACTTATTTAAGTCAAATGAATCGTCATTTACAAATAAACATGAGTCTTAAGCTGTTCCCTATCCACTATATACTGCACTAAATTAAGTGTCAGACATTGGTGTCCCACAACTTTTTTCAACAATTCACTCTGATTTTCAGCTAATGTACGCTCGATAAACACCatcactaaaaaaaaagaaaaaatattttggagAGCAACACTGGAAATAGCAACTTTAagtttaataacttttaaaacatttaaatgtaagaTTACACAAGGTGCAACCTTAATTGGAAACACTGCAAAAATGGGTAAATATTACATGTTTGCAcgtctattttttaaatatttaagtaatttacttttttttaatactgacacatttttttaaacaaatacaattagtaGTGTTTTCAgtctttaattttaaatgtaatttaaaagaaaataagtaTGCAAGTGTTTCTGTTTTCAATTAatacaacatacagttgaagttagaattattagcccccctttgattttttttttttttttaaacatttcccaaatgatgtttaacagagcgaggaaattttcacagtatgactgataatattctttctcctgaagaaagtcttatttgttttattttggctagtataaaagcaattttcaattttttaaaaaccattttaaggtcaaaattatcagcccctttaagctatatattttttgatagtctacagaacaaactgtcgaaatacaataacttgcctaattatcctaacctgcctaattaacctagttaagcctttaaatgtcactttaagctgtatagaagtgtcttgaaaacatctagtcaaatattatttactgtcatcatgacaaagctaaaacaaatcagttattagaaatgagttattaaaactattatgtttaaaaatgtgttaaaatattctctccgtcaaacagaaattgggggaaaaataaacaggagagctaataattctgacttcaactatatgtgaCAAATTAACAGTGACATAAATTTCATTACACCAAGGCGACATGTAAATATTTTATGACAAAATTGTCAGGACAGACTAATGTTTGGATCAGGATATCAGGATCTGAGTTAATTCACTCATTTTCGTTCCCTCTTTCTATTATATACACTATATAGGGattagtgaatgagtgaatgacagTGTAGTGCTGGACATTTCTGAGGAATTTTTTTAAGGGAAAAAGTTAAGGATTTTCCCCATACTACATAATAATCTTCTGAAGTACTgttaaaagtaatgtattacaatcTTAATCctatcttaataaaaaaaaaaagctataataACATACAGGACTTTCAATAAGAAGTACTTTATTAAGTAAATTGTAatatgttactttttaaaaagt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>TCONS_00030841
TCTTAGGGTCTGAGAAGGCAGAGAGTGGAATAGTCGGCAGCATTGGATAATCCGGACTGGGTCGAGGCATCATCTCCGCTCCCTCAGGAACAACGATAGCCTGAGATGAGAAAAACACCTCAACATAAAGAGAGAATGAGAGTGAGAGTCCAATGAAAAGAGCTGATTATAGAGGTTTTGGGAAGCTGTCATGAAGGCGGAAGACAACTCTCTCCACAAAGTGCTGGATGTCACATGCCTCCGGGCCCCGAACAAACACCATCCAGTCATGTGTGAAGCCCTCGGTAGTGACTTTCTTCCTTAACTGGGCTCTGTGTCCCAGCTCCAATTTCACCTGAACAGTGCACTGAAATAAGACAAAACTACAGTCAACCATCACTTTTTCTGAACAGGAGTACttcaactgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctacctatatctatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataccctgacaaaagtattgtcatcaatcccagttgtcagagtaacaaataataactggattTCTAGTTGTTCATTTGCAAAAGTAgctgaaggtagatttttcagatgattcATCTGTTGAACTCCATTCAAATccttacaaatactgcagaagacccattggaactggcatggacccaagattctcacagattctgtcaagtttggtgaaggaaaaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000093442

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033521 False 6900 lncRNA 0.34 1 22985130 22992029
TCONS_00030841 True 786 processed_transcript 0.40 2 22986282 22991521

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_015407 NA coding upstream 68746 22911192 ~ 22916384 (+)
XLOC_015406 amotl2b coding upstream 123952 22851832 ~ 22861178 (+)
XLOC_015405 aire coding upstream 138577 22808946 ~ 22846553 (+)
XLOC_015404 rab6bb coding upstream 181465 22795494 ~ 22803665 (+)
XLOC_015403 espnlb coding upstream 192670 22765492 ~ 22792460 (+)
XLOC_015409 mknk2a coding downstream 14763 23006792 ~ 23024952 (+)
XLOC_015410 NA coding downstream 33292 23025321 ~ 23026978 (+)
XLOC_015411 csnk1g2a coding downstream 47012 23039041 ~ 23078748 (+)
XLOC_015412 mfsd12a coding downstream 89218 23081247 ~ 23103149 (+)
XLOC_015413 si:dkey-218h11.6 coding downstream 138360 23130389 ~ 23132134 (+)
XLOC_015392 CT956055.1 non-coding upstream 1013721 21882881 ~ 21971409 (+)
XLOC_015388 NA non-coding upstream 1447858 21534038 ~ 21537272 (+)
XLOC_015385 NA non-coding upstream 1548729 21431725 ~ 21436401 (+)
XLOC_015384 dre-mir-26a-2 non-coding upstream 1609536 21375467 ~ 21375594 (+)
XLOC_015414 NA non-coding downstream 163983 23156012 ~ 23184804 (+)
XLOC_015416 BX548024.3 non-coding downstream 265748 23257777 ~ 23257897 (+)
XLOC_015418 NA non-coding downstream 414424 23406453 ~ 23479246 (+)
XLOC_015419 NA non-coding downstream 422854 23414883 ~ 23421047 (+)

Expression


Co-expression Network