XLOC_016468 (elocb)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_016468
gene name elocb
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 30244376 ~ 30250311 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00032399
attttatatacagtcaGCAGACCTTAACAACCTGCATAAAGGTTAAACAAACAGTATTTAATACCATCCAACGTTACTATGTACCTTATTtgcatgtgcttttaaaaatgaccttcgcATTACATGCAGCAAATCATCCTGCCTTGTCAAAAGTGCAACCCGAGAACTGCAAACATTCCCATCGCTGAGGGATGCTGGACGAACCCCGATCTGGACATTTCTGATGATCTGTTGCTGTATTTTTGACAAACGCCGCAATCCGTGTAAAATCCCAACCTGGTACATTTTATCATGTGGAGTTCTCCCACTTCCTTATACGGCAGGATGACTAAACACACCGGAAGCAATTTGATCAGCGAACGTATACGTGTGCTTTAAATTGCGATGTTTAACTACATTATGTACTGCACAAAATCTCACAGTTGTCAGAAAGTATATatacaaaaatttacattttaaggcaaTTAAAACCAAGAATATAATGGCGTGTTACTAATATATTAACCGCAATGAGAAGGACTCTTAATTTTTAGTCTCCGACTGACAATTGCTTCCTGTTGACTGCACTGACAACAGAAGGAGCAGCTGCCAGAAGAACAGAAGCTCACCGGAGAAAAAAAGACCCTGACAAAAATCTGTTTTGAGCTGTTCGACTGTATTGAGGTGAAATATTATATCGTGTATTTAATAATGACTATTTAATTTAGATTCCAGCAAAtgctaataaaattatttaatgaaaaataatcatTTGTTCAGAGCGATTAGGCTAACAGCAAAGGTAGCTCATTGCTTTACGTTGATTTACTGTAACGTTACTACATCAAGTTGTAATGTCTCCTAAACGATCCCCTTTTTAATAGAACGCAGATCATATTTTTGTCATGAACATACAATATATATGTGCTCTTTGATGTTACAACATGTTTTAGTACGTTAACTGTTGGTTTATTTCTTTACTATTTCACAGAGAGACGAGGAAAGGCTGTAAAATGGACAGCGAAGAAAAGACCTATGGTGGCTGTGAAGGGCCAGATGCCATGTATGTGAAACTGATCTCCTCAGATGGCCATGAGTTTATCGTGAAGCGAGAACATGCTCTGACATCTGGAACAATTAAAGCTATGCTTAGTGGTCCTGGCCAGTTTGCTGAGAACGAAACAAATGAAGTCAACTTTCGAGAGATCCCATCTCACGTTCTTTCCAAAGTGTGCATGTACTTTACTTACAAAGTTCGCTATACCAATAGTTCAACAGAAATCCCAGAATTTCCTATTGCTCCAGAGATTGCGCTGGAGCTTTTGATGGCTGCAAACTTCTTAGattgttaaacattaaaaaagcacacatatacacatctgGCTGCAGAATAAATATGAAAAGCAAAATATCattgttttttattgcttttaaatattattagGTTTGAAAACCAAATTGTTCTATTTAATCTGCATTTCTTTCACCGTTCCTTAAAATTAGTGGAtatcttaagttatttttgtCTTACTTTTTATCTTTTAAAGCTCTGACCCAGTATTAACTTGCATAAATTTAGATGCACGAGTGATGTTTTCCAATTTCAATGTTTTCATGACCAGAGTCAACAGGGCAGCAATGTTATTTTATGATGTAACAATTTCAGCCGAAATAGATTTGTCATGCCTTTTCTGCATGTGGATTGATCAGACAAGAGTCTTGTAATTGTCCACAGCAGTCATTCATCAgttgtttaatgaataaaattagcTGTTCTTGAaaatagtttgttcattcatttcagTCTGGTTtgtgcatttattatttacataaaactAATGTTAAGATTCCTCCTTTACCTCTTACATTAGGCAAAAATAAAAAGTCCTCCCATTTGTCATCGATGACAGAAGATTTCTGAAATTGAATAACACAAGTATATGTTTAGGTAGATTTACTATACTAAGAGGAGATCCTGCAGTTATTTTTTATGTATGATCCAATTTTCAGTAAATCcgcatttatttataaagttgtaaactttttaatagcaagctctacaatattatatctgtgcatatacattagattagtcagtactgaagccaaatctggagcttatccaaCAAAATATCTTAACATAATGTTCCAAAGACTAgaacacccaaatgtatatgttatagaaaaatattaaatacaaatctaaaaaagaggaaaaatcaagaaaggcaaaaaaaaaaaaaaaagtgaaattaagttgaaattttgtaggttgtaatttttagTTGCAGtaatttgcttgaatttaattgtatgtattgtaccaaaatacattgtctatattcactgataaagggataaaaaattaacatttttgaacATTTAGAGCATAAAGAACTGAAATTGGTCAAAACTCAAAGTAGGAAATGgacgttttgtttttaaaactatctaTATTCATTTTTAGAGAACACAATACCTGTGGTTTAGCTTAAGAAGAGATAAAAAGGCAATGTTTGGCAAAAAATCCTGATTTTCCTGACTGTATAACAGATTCATATCACTAAGCTAAAGGATTTTAGTATCTTCACAGCCTACCACTGTCAAAAAAAATAGAGTTAGGCCTCAACAGAGAAGCAGGTGTGTGAGAAAACCTGacaaacatcttaaaaaaaacctgaaatatCTGAACAATGTTTTTAGGTGTGGTaaccataatgtgtgtgtgtgtgcatgcgtgtgcgcgcgcatgtgtgtgtgtaaagttgaattcagaattattagccccccttttagtttattttttttctttttaaatatatttcccaaattatgtttaacagtgcaaggaaattttcacagtatgtcttataatatttgttttcttctggaggaaaagattttcttttttaattttttaaaaccattttaaggacaaagttATCAGCCCATTTAAGAATTTTttgctagtctacagaacaaaccatcattatacaataatttgcctaattaccctatactATTTACCTAAtctgtgcctttaaatgtcactttgaactgtatagaagtgtctttaaaaatatctagtaaaatattatttactgtaatcatgacaaagataaaataaatcagttattagaaataagttattaaaactattatgtttagaaatgtgttgaaaaaaaattctctccattaaacagaaattggaaaaaattaaacagggggctaataattgagcagggctaataattcggact
>TCONS_00032400
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>TCONS_00032401
TTTTTAGTCTCCGACTGACAATTGCTTCCTGTTGACTGCACTGACAACAGAAGGAGCAGCTGCCAGAAGAACAGAAGCTCACCGGAGAAAAAAAGACCCTGACAAAAATCTGTTTTGAGCTGTTCGACTGTATTGAGAGAGACGAGGAAAGGCTGTAAAATGGACAGCGAAGAAAAGACCTATGGTGGCTGTGAAGGGCCAGATGCCATGTATGTGAAACTGATCTCCTCAGATGGCCATGAGTTTATCGTGAAGCGAGAACATGCTCTGACATCTGGAACAATTAAAGCTATGCTTAGTGGTCCTGGCCAGTTTGCTGAGAACGAAACAAATGAAGTCAACTTTCGAGAGATCCCATCTCACGTTCTTTCCAAAGTGTGCATGTACTTTACTTACAAAGTTCGCTATACCAATAGTTCAACAGAAATCCCAGAATTTCCTATTGCTCCAGAGATTGCGCTGGAGCTTTTGATGGCTGCAAACTTCTTAGattgttaaacattaaaaaagcacacatatacacatctgGCTGCAGAATAAATATGAAAAGCAAAATATCattgttttttattgcttttaaatattattagGTTTGAAAACCAAATTGTTCTATTTAATCTGCATTTCTTTCACCGTTCCTTAAAATTAGTGGAtatcttaagttatttttgtCTTACTTTTTATCTTTTAAAGCTCTGACCCAGTATTAACTTGCATAAATTTAGATGCACGAGTGATGTTTTCCAATTTCAATGTTTTCATGACCAGAGTCAACAGGGCAGCAATGTTATTTTATGATGTAACAATTTCAGCCGAAATAGATTTGTCATGCCTTTTCTGCATGTGGATTGATCAGACAAGAGTCTTGTAATTGTCCACAGCAGTCATTCATCAgttgtttaatgaataaaattagcTGTTCTTGAaaa
>TCONS_00032402
GCACTGACAACAGAAGGAGCAGCTGCCAGAAGAACAGAAGCTCACCGGAGAAAAAAAGACCCTGACAAAAATCTGTTTTGAGCTGTTCGACTGTATTGAGAGAGACGAGGAAAGGCTGTAAAATGGACAGCGAAGAAAAGACCTATGGTGGCTGTGAAGGGCCAGATGCCATGTATGTGAAACTGATCTCCTCAGATGGCCATGAGTTTATCGTGAAGCGAGAACATGCTCTGACATCTGGAACAATTAAAGCTATGCTTAGTGGTCCTGtttgttttgtctCTGTTTTTCAGGCCAGTTTGCTGAGAACGAAACAAATGAAGTCAACTTTCGAGAGATCCCATCTCACGTTCTTTCCAAAGTGTGCATGTACTTTACTTACAAAGTTCGCTATACCAATAGTTCAACAGAAATCCCAGAATTTCCTATTGCTCCAGAGATTGCGCTGGAGCTTTTGATGGCTGCAAACTTCTTAGattgttaaacattaaaaaagcacacatatacacatctgGCTGCAGAATAAATATGAAAAGCAAAATATCattgttttttattgcttttaaatattattagGTTTGAAAACCAAATTGTTCTATTTAATCTGCATTTCTTTCACCGTTCCTTAAAATTAGTGGAtatcttaagttatttttgtCTTACTTTTTATCTTTTAAAGCTCTGACCCAGTATTAACTTGCATAAATTTAGATGCACGAGTGATGTTTTCCAATTTCAATGTTTTCATGACCAGAGTCAACAGGGCAGCAATGTTATTTTATGATGTAACAATTTCAGCCGAAATAGATTTGTCATGCCTTTTCTGCATGTGGA
>TCONS_00032403
TATTTTAGACAGCGAAGAAAAGACCTATGGTGGCTGTGAAGGGCCAGATGCCATGTATGTGAAACTGATCTCCTCAGATGGCCATGAGTTTATCGTGAAGCGAGAACATGCTCTGACATCTGGAACAATTAAAGCTATGCTTAGTGGTCCTGGCCAGTTTGCTGAGAACGAAACAAATGAAGTCAACTTTCGAGAGATCCCATCTCACGTTCTTTCCAAAGTGTGCATGTACTTTACTTACAAAGTTCGCTATACCAATAGTTCAACAGAAATCCCAGAATTTCCTATTGCTCCAGAGATTGCGCTGGAGCTTTTGATGGCTGCAAACTTCTTAGattgttaa
>TCONS_00032404
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Function

symbol description
elocb Predicted to be involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process. Predicted to be part of elongin complex. Orthologous to human ELOC (elongin C).

GO:

id name namespace
GO:0032968 positive regulation of transcription elongation from RNA polymerase II promoter biological_process
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process biological_process
GO:0070449 elongin complex cellular_component
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040718-138 Predicted to be involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process. Predicted to be part of elongin complex. Orthologous to human ELOC (elongin C).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000045359

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00032399 False 3239 mRNA 0.33 3 30244376 30250311
TCONS_00032400 False 933 mRNA 0.37 4 30245853 30249746
TCONS_00032401 False 929 mRNA 0.37 4 30245853 30249785
TCONS_00032402 False 834 processed_transcript 0.38 4 30245934 30249748
TCONS_00032403 False 343 mRNA 0.42 2 30246284 30246781
TCONS_00032404 True 584 lncRNA 0.33 2 30248856 30249746

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_016467 ube2w coding downstream 44170 30193747 ~ 30200206 (-)
XLOC_016466 NA coding downstream 59739 30183095 ~ 30184637 (-)
XLOC_016464 rpl7 coding downstream 62023 30177476 ~ 30182353 (-)
XLOC_016465 CT027743.1 coding downstream 63157 30181130 ~ 30181219 (-)
XLOC_016463 trpa1a coding downstream 108930 30116486 ~ 30135446 (-)
XLOC_016469 jph1b coding upstream 40408 30290719 ~ 30324610 (-)
XLOC_016470 NA coding upstream 79228 30329539 ~ 30346274 (-)
XLOC_016471 cbln2a coding upstream 208395 30458706 ~ 30460293 (-)
XLOC_016472 ctnnd2b coding upstream 303945 30554256 ~ 30693742 (-)
XLOC_016473 GPR141 coding upstream 463557 30713868 ~ 30721502 (-)
XLOC_016460 NA non-coding downstream 279663 29959590 ~ 29964713 (-)
XLOC_016458 NA non-coding downstream 344493 29842313 ~ 29899883 (-)
XLOC_016457 BX511112.1 non-coding downstream 477086 29764395 ~ 29767290 (-)
XLOC_016475 AL929271.1 non-coding upstream 501666 30751977 ~ 30752109 (-)
XLOC_016479 NA non-coding upstream 809882 31060193 ~ 31075713 (-)
XLOC_016480 NA non-coding upstream 827543 31077854 ~ 31108947 (-)
XLOC_016502 BX323064.1 non-coding upstream 1624087 31874398 ~ 31874836 (-)

Expression


Co-expression Network