XLOC_018325


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_018325
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 41910570 ~ 42173191 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036074
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>TCONS_00036073
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>TCONS_00036946
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>TCONS_00036492
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>TCONS_00036075
TACTGCCATAAACTTTCAGCACTCCAGAGCACTGCCACAGATCTAGAAGAAAACCACAGCAGCGCCACCCAACACCAAACACTGTCCATCTACAACTTCAGCCTCCACGTGGTCCACCGGCATCCGGATCACCTCTTCCATCACCACAACATCCAGCACTCCTTTCTCCACTGCCATCTCTCCTTCTTCTCCTCTCTCTCTATGCACTAATCCATTCATCCCACCCACCCACAAGCCCCACGGCTCGCTATGGAGAAGGTGCAGCACATGACACGGGCGGCCATTCGGCGGGCGTCCACCATGGAGGTTCCCCAACAGGCCAAGCAGAACATGCAGGAGCTCTTCGTCAACTTCTGCCTCATCCTCATCTGCCTGCTGCTCATCTACATCATTGTGTTGCTAATGTGAGCGGGTTGGGTCTCCCTCTAGCCAATGAGAGCGAAGGACTGTACATTGGGGGCCAATCGCGGCGTTAAGGGGAGTGGGGGGTTATTATTTATAAAGGGTTTAGAGTAGTTGGGTTCTACAATGCATTATTTGTTTGTAAATAGTACACATTTAGAGGTTAGGAGGGTAGGGATAATAATAGGCATTAATTATTGGTGTGTTGGAGGATTTTAAGTGGATAAAAGATCTGGCTCATGAAATGCAAATATATGTGATATATGAGTAACATAatttaaatctgtaatttaataaaattatgggCCAAATATTAAGGCAGAATTACATGAATACTTTGAAAAAAGATGGTGAATAAGGGGAAAACAATGAGAAGTGCATACTTTCGGagtgtaattaaacatttaaatcattaccgaaaaacagaaaaaatgttACTCTATCCTTCAGAGATTTGGGCtcagtaagttttttttattt

Function

GO:

id name namespace
GO:0050953 sensory perception of light stimulus biological_process
GO:0002088 lens development in camera-type eye biological_process
GO:0007601 visual perception biological_process
GO:0009449 gamma-aminobutyric acid biosynthetic process biological_process
GO:0099080 supramolecular complex cellular_component
GO:0099081 supramolecular polymer cellular_component
GO:0042995 cell projection cellular_component
GO:0043005 neuron projection cellular_component
GO:0030424 axon cellular_component
GO:0120025 plasma membrane bounded cell projection cellular_component
GO:0099512 supramolecular fiber cellular_component
GO:0099513 polymeric cytoskeletal fiber cellular_component
GO:0097458 obsolete neuron part cellular_component
GO:0005212 structural constituent of eye lens molecular_function
GO:0004351 glutamate decarboxylase activity molecular_function
GO:0008017 microtubule binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-060503-603 Is expressed in heart. Human ortholog(s) of this gene implicated in dilated cardiomyopathy 1P and hypertrophic cardiomyopathy 18. Orthologous to human PLN (phospholamban).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000069404

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036074 False 2897 lncRNA 0.33 2 41910570 41926435
TCONS_00036073 False 3239 lncRNA 0.35 3 41910570 41926474
TCONS_00036946 False 1871 lncRNA 0.31 2 41910570 42173191
TCONS_00036492 False 1077 lncRNA 0.42 4 41911227 41926448
TCONS_00036075 True 882 lncRNA 0.44 2 41915272 41926484

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_018324 BX510919.3 coding downstream 557610 41352846 ~ 41352960 (-)
XLOC_018323 NA coding downstream 667901 41237704 ~ 41242669 (-)
XLOC_018322 BX510919.2 coding downstream 682391 41228064 ~ 41228179 (-)
XLOC_018321 hsdl1 coding downstream 1143952 40761717 ~ 40766618 (-)
XLOC_018320 cx34.5 coding downstream 1150353 40757141 ~ 40760217 (-)
XLOC_018328 NA coding upstream 47543 42220734 ~ 42241456 (-)
XLOC_018329 dcbld1 coding upstream 123065 42296256 ~ 42378994 (-)
XLOC_018330 AL845314.1 coding upstream 231907 42405098 ~ 42405212 (-)
XLOC_018331 vgll2a coding upstream 258351 42431542 ~ 42439896 (-)
XLOC_018332 rfx6 coding upstream 333421 42506612 ~ 42534504 (-)
XLOC_017928 CU539064.1 misc downstream 31856869 10053405 ~ 10053701 (-)
XLOC_018311 NA non-coding downstream 1573671 40330106 ~ 40336899 (-)
XLOC_018309 NA non-coding downstream 1656085 40215369 ~ 40254485 (-)
XLOC_018335 NA non-coding upstream 584384 42757575 ~ 42760664 (-)
XLOC_018336 NA non-coding upstream 620368 42793559 ~ 42801425 (-)
XLOC_018337 NA non-coding upstream 633572 42806763 ~ 42819113 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G308853 NA non-coding CI01000095 null 2503116 ~ 2515572 (+)
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G684413 NA non-coding NC_048572.1 CM023226.2 21187182 ~ 21190169 (+)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G296428 slc35f1,LOC107727669,LOC107697151,LOC107743307,LOC107678858 non-coding NC_047613.1 CM018559.1 16138199 ~ 16185347 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) pln NA misc NC_056718.1 CM032087.1 23343715 ~ 23351655 (+)