XLOC_019106 (CU463284.2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_019106
gene name CU463284.2
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007132.7
NCBI id CM002905.2
chromosome length 45934066
location 38960917 ~ 38972423 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00037863
TTATTAAGATGAAAACAGGCACGTGCTGAACCAATGCATAGGTTTGGAGACCTCTATTCAAATCAGTAACGGTCAGAGGATGGCTGGAAGAATGACTGGTAGACTTAATCAGTTCATGAGAAGGGACAGGACGACGACCTGTTTGATTTTTGAAGagtaaaacagaaaaagaaaacattggaGACATTCACACTGAGGAGAGTTTTGATAACTCAATCACAGATGAAGATTCTGACCAATTTGTGAACAACCAAGAGCAGTTTTCAGAAAACAGTTCTGAATCTACTGTACAGCTTTCAGTACAGTGTGTGGAGAACCAGAGAGGACTTCATGGGCAAATTGCATATGATGAAACTTTTTATCCCATCAATCTGCAACCTCAGGCTGAGCCAGACTCTGAAGATGAAGGCATTATAATCAGCATGTAAAAAACTCAGCTGATttgtaattgtaaaataattaaaaactaaactaaatcttttttaaaaattgtataaaaaagtACCTTTAAAGTTTAGAGTAACTATCATTTTGCAagtttttaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatataatatatatatatatatatatatatataaccttggTTAAGTAGAAGAGTgagtccacgattgtgtgtgggtccttgaacatgctgagtcagatcaaaagtgttaagaACAGTCATAAGCTTTTAATACAACACaagcttttacagcattgatttctggattatcaatgtgaatattaaaatcctcAGCAATAGTAAAATAGTCAAATTCAGAGGtcactattgataacagctctgtaaaatcatcaataaaagttgaagaatattttggaggtctgtagataatgatcagtaagatgcgtggagcacctGTTAGTGCtgtactcagatattcaaaatacaaatagtcaccaaatgacacttgtttacactcaTAGGCATCTTTAAACTGGgtagcgatgcctccacctctcctattgaCTCTGCAAACCCTCAAAAAATctaaagtttaaaggagctgcttcattcagaaatgatgcgctacaactgtcatctagccaagttttaTTTAagagcataaaatcaaggcaatttgtgttgataaaatcattgactaaaagagacttattgttcagtgatctgatgtttaaaagtgcTTACTTAACAGTATTAGCTCTTTTTTCTACAGTAGTCTCATTTAATAGACACATTCAATTAGATTAGATTTAAGTGGTTTGCTATACGGCCTGAAGAAGTCTTCGGTTTTCTGTCACATAATACAACACATATCTGTGTacagaaagctacagacacactgggttcctgcttgttctgtaaacatctGATAAAGATACTGTTATCTAAACAGCAGTCACCCGAGACACATCAATGAGAGCTGTTGTGTTCACCAGCTAAAGATGGGGCATTGTTTATGCCCTGGCGGTATGGCAAAAGTCGtagggctcttccaggtgggtTCTTCCAGGCAGTTCTGATGCATCACAGTCTGTCTTTgctatgaagctgcaggcccggagacctaACCGCACGCTCAGACCTACTCGCTCAGACGgctagacctgcacttccagaccttcacagtgccacctgctgtttaaaagatcgactaacctgatttcagctgcttctaaattgtaatttaaactatttttctactataaaatattagGCTGTAATTGAATagattattatatgaaatattaaacgtactagatttttgatttaatacaataattctattgtatttttattaattgtatttgtaaatatatattgttcagttgcttcaatattttcagacatttgttgctgtttttttatcattaatgatttatcactgtttcgtattgagttgagggaatgaaTATTATCTTCATATACAATAAATTTCTTCACATACAATTATAGTACTCAAAGTAATTTtctcacaacaaactttatttttgtgtactTTTTCATAAGGTCCTACAAGTCAAGTTGTAAACAAT
>TCONS_00037862
TTATTAAGATGAAAACAGGCACGTGCTGAACCAATGCATAGGTTTGGAGACCTCTATTCAAATCAGTAACGGTCAGAGGATGGCTGGAAGAATGACTGGTAGACTTAATCAGTTCATGAGGCAAGGCTAAATATCTGTATTTAATTACTAGAGAATGTGGATTTGATATATAATAAACCATGTATTTTAAATCCAGAAGGGACAGGACGACGACCTGTTTGATTTTTGAAGagtaaaacagaaaaagaaaacattggaGACATTCACACTGAGGAGAGTTTTGATAACTCAATCACAGATGAAGATTCTGACCAATTTGTGAACAACCAAGAGCAGTTTTCAGAAAACAGTTCTGAATCTACTGTACAGCTTTCAGTACAGTGTGTGGAGAACCAGAGAGGACTTCATGGGCAAATTGCATATGATGAAACTTTTTATCCCATCAATCTGCAACCTCAGGCTGAGCCAGACTCTGAAGATGAAGGCATTATAATCAGCATGTAAAAAACTCAGCTGATttgtaattgtaaaataattaaaaactaaactaaatcttttttaaaaattgtataaaaaagtACCTTTAAAGTTTAGAGTAACTATCATTTTGCAagtttttaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatataatatatatatatatatatatatatataaccttggTTAAGTAGAAGAGTgagtccacgattgtgtgtgggtccttgaacatgctgagtcagatcaaaagtgttaagaACAGTCATAAGCTTTTAATACAACACaagcttttacagcattgatttctggattatcaatgtgaatattaaaatcctcAGCAATAGTAAAATAGTCAAATTCAGAGGtcactattgataacagctctgtaaaatcatcaataaaagttgaagaatattttggaggtctgtagataatgatcagtaagatgcgtggagcacctGTTAGTGCtgtactcagatattcaaaatacaaatagtcaccaaatgacacttgtttacactcaTAGGCATCTTTAAACTGGgtagcgatgcctccacctctcctattgaCTCTGCAAACCCTCAAAAAATctaaagtttaaaggagctgcttcattcagaaatgatgcgctacaactgtcatctagccaagttttaTTTAagagcataaaatcaaggcaatttgtgttgataaaatcattgactaaaagagacttattgttcagtgatctgatgtttaaaagtgcTTACTTAACAGTATTAGCTCTTTTTTCTACAGTAGTCTCATTTAATAGACACATTCAATTAGATTAGATTTAAGTGGTTTGCTATACGGCCTGAAGAAGTCTTCGGTTTTCTGTCACATAATACAACACATATCTGTGTacagaaagctacagacacactgggttcctgcttgttctgtaaacatctGATAAAGATACTGTTATCTAAACAGCAGTCACCCGAGACACATCAATGAGAGCTGTTGTGTTCACCAGCTAAAGATGGGGCATTGTTTATGCCCTGGCGGTATGGCAAAAGTCGtagggctcttccaggtgggtTCTTCCAGGCAGTTCTGATGCATCACAGTCTGTCTTTgctatgaagctgcaggcccggagacctaACCGCACGCTCAGACCTACTCGCTCAGACGgctagacctgcacttccagaccttcacagtgccacctgctgtttaaaagatcgactaacctgatttcagctgcttctaaattgtaatttaaactatttttctactataaaatattagGCTGTAATTGAATagattattatatgaaatattaaacgtactagatttttgatttaatacaataattctattgtatttttattaattgtatttgtaaatatatattgttcagttgcttcaatattttcagacatttgttgctgtttttttatcattaatgatttatcactgtttcgtattgagttgagggaatgaaTATTATCTTCATATACAATAAATTTCTTCACATACAATTATAGTACTCAAAGTAATTTtctcacaacaaactttatttttgtgtactTTTTCATAAGGTCCTACAAGTCAAGTTGTAAACAAT
>TCONS_00039195
TCACACTGAGGAGAGTTTTGATAACTCAATCACAGATGAAGATTCTGACCAATTTGTGAACAACCAAGAGCAGTTTTCAGAAAACAGTTCTGAATCTACTGTACAGCTTTCAGTACAGTGTGTGGAGAACCAGAGAGGACTTCATGGGCAAATTGCATATGATGAAACTTTTTATCCCATCAATCTGCAACCTCAGGCTGAGCCAGACTCTGAAGATGAAGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117542

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00037863 False 2149 lncRNA 0.34 5 38960917 38972423
TCONS_00037862 False 2225 lncRNA 0.34 4 38960917 38972423
TCONS_00039195 True 222 lncRNA 0.41 3 38965606 38970683

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_019105 NA coding upstream 33725 38873890 ~ 38927192 (+)
XLOC_019104 ddx52 coding upstream 91513 38855551 ~ 38869404 (+)
XLOC_019103 hnf1bb coding upstream 120250 38817785 ~ 38840667 (+)
XLOC_019102 heatr6 coding upstream 165780 38745094 ~ 38795137 (+)
XLOC_019101 rab24 coding upstream 221189 38732945 ~ 38739728 (+)
XLOC_019107 CU463284.1 coding downstream 4169 38976592 ~ 38990703 (+)
XLOC_019108 NA coding downstream 33029 39005452 ~ 39021461 (+)
XLOC_019109 slc13a2 coding downstream 127866 39100289 ~ 39118502 (+)
XLOC_019110 cryba1b coding downstream 213038 39185461 ~ 39195314 (+)
XLOC_019111 cpdb coding downstream 224995 39197418 ~ 39226333 (+)
XLOC_019098 NA non-coding upstream 373843 38585683 ~ 38587074 (+)
XLOC_019097 AL935199.2 non-coding upstream 391516 38569285 ~ 38569401 (+)
XLOC_019095 NA non-coding upstream 733401 38211618 ~ 38227516 (+)
XLOC_019092 NA non-coding upstream 1084747 37763000 ~ 37876170 (+)
XLOC_019112 NA non-coding downstream 319697 39292120 ~ 39300023 (+)
XLOC_019120 NA non-coding downstream 1043725 40016148 ~ 40016368 (+)
XLOC_019121 NA non-coding downstream 1057929 40030352 ~ 40030572 (+)

Expression


Co-expression Network