LOC110524061 (LOC106573279)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110524061
gene name LOC106573279
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 47142524 ~ 47286344 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005051899.1
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>TU57248
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>TU57249
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>TU57247
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>TU57250
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005051899.1 False 3931 mRNA 0.42 2 47239132 47243206
TU57248 False 1366 lncRNA 0.42 2 47142524 47242553
TU57249 False 1364 lncRNA 0.42 2 47142524 47242553
TU57247 False 1392 lncRNA 0.44 2 47239133 47242553
TU57250 True 381 lncRNA 0.34 2 47239133 47286344

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118964701 NA coding downstream 7546 47230903 ~ 47231586 (-)
LOC118964696 NA coding downstream 31211 47206503 ~ 47207921 (-)
LOC118964695 NA coding downstream 66442 47171414 ~ 47172690 (-)
LOC118964699 NA coding downstream 93636 47144422 ~ 47145496 (-)
LOC118964692 NA coding downstream 119468 47117854 ~ 47119664 (-)
LOC110524104 LOC106573248 coding upstream 298018 47541224 ~ 47561223 (-)
LOC118964710 NA coding upstream 353498 47596704 ~ 47604280 (-)
LOC110524125 LOC106573250 coding upstream 390674 47633880 ~ 47689066 (-)
LOC110524148 LOC106573251 coding upstream 451976 47695182 ~ 47722400 (-)
LOC110532355 faap24 coding upstream 482407 47725613 ~ 47733539 (-)
G51214 NA non-coding downstream 2507 47064774 ~ 47236625 (-)
G51246 NA non-coding downstream 19613 47189796 ~ 47219519 (-)
G51236 NA non-coding downstream 75540 47129239 ~ 47163592 (-)
G51229 NA non-coding downstream 101049 47109135 ~ 47138083 (-)
G51137 NA non-coding downstream 115798 47074548 ~ 47123334 (-)
G51261 NA non-coding upstream 9828 47253034 ~ 47254755 (-)
G51277 NA non-coding upstream 32191 47275397 ~ 47276348 (-)
G51652 NA non-coding upstream 140452 47383658 ~ 47384488 (-)
G51802 NA non-coding upstream 445914 47689120 ~ 47690770 (-)
G51899 LOC106573253 non-coding upstream 563348 47806554 ~ 47806900 (-)
G49962 NA other downstream 1289181 45948958 ~ 45949951 (-)
G49774 NA other downstream 1518008 45720805 ~ 45721124 (-)
tspan9a LOC106573177 other downstream 4110103 42852829 ~ 43129052 (-)
G41868 NA other downstream 8217107 39021805 ~ 39022025 (-)
G51285 LOC106561952 other upstream 45733 47288939 ~ 47289681 (-)
G51649 LOC106573246 other upstream 134435 47377641 ~ 47378543 (-)
LOC110524264 LOC106573263 other upstream 1050902 48291626 ~ 48304829 (-)
LOC110532382 LOC106573120 other upstream 1740979 48971580 ~ 49044257 (-)
LOC118964691 NA coding downstream 48623 47091238 ~ 47093901 (-)
LOC118964693 NA coding downstream 103944 47037419 ~ 47038580 (-)
LOC118964694 NA coding downstream 167835 46972769 ~ 46974689 (-)
LOC118964697 NA coding downstream 194998 46946048 ~ 46947526 (-)
G51209 NA non-coding downstream 46238 47046203 ~ 47096286 (-)
G51193 NA non-coding downstream 75138 47015304 ~ 47067386 (-)
G51184 NA non-coding downstream 97172 46990948 ~ 47045352 (-)
G51914 NA non-coding upstream 540624 47826968 ~ 47830052 (-)
G51977 NA non-coding upstream 605134 47891478 ~ 47891884 (-)

Expression


Co-expression Network