G28870


Basic Information

Item Value
gene id G28870
gene name NA
gene type unknown
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 28057443 ~ 28066305 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU33047
actgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgttcgtatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgcatgttttactgtgcatatgttttgtgtttgtgtgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtttgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgttcgtatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgtttt
>TU33049
tttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcttttgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtgtgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtttgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgttcgtatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgttttactgtgcatatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgtttttgtgtttgtatgttttactgtgcatatgtttt

Function

NR:

description
Ice nucleation protein, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU33047 False 863 TUCP 0.35 2 28057443 28062450
TU33049 True 802 TUCP 0.28 2 28057443 28066305

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
cfdp1 cfdp1 coding downstream 23898 27984849 ~ 28033545 (-)
LOC110520323 LOC106573733 coding downstream 78783 27850552 ~ 27978660 (-)
LOC110520292 gnao1 coding downstream 275675 27631001 ~ 27781768 (-)
LOC110520275 LOC106573726 coding downstream 447346 27575747 ~ 27610097 (-)
LOC110520267 LOC106573725 coding downstream 482351 27566356 ~ 27575092 (-)
ctcf ctcf coding upstream 32571 28098876 ~ 28106017 (-)
ripor1 fam65a coding upstream 40081 28106386 ~ 28220829 (-)
ranbp10 LOC106560827 coding upstream 228143 28294448 ~ 28338523 (-)
necab2 LOC106573751 coding upstream 468852 28535157 ~ 28661453 (-)
hydin hydin coding upstream 597234 28663539 ~ 28737308 (-)
G28858 NA non-coding downstream 36784 28020203 ~ 28020659 (-)
G28765 NA non-coding downstream 181789 27875407 ~ 27875654 (-)
G28764 NA non-coding downstream 182414 27874719 ~ 27875029 (-)
G28763 NA non-coding downstream 184384 27872817 ~ 27873059 (-)
G28749 NA non-coding downstream 212237 27844640 ~ 27845206 (-)
G28949 NA non-coding upstream 271371 28337676 ~ 28338209 (-)
G29045 NA non-coding upstream 347138 28413443 ~ 28496850 (-)
G29095 NA non-coding upstream 432770 28499075 ~ 28499343 (-)
G29349 NA non-coding upstream 627611 28693916 ~ 28694324 (-)
G29359 NA non-coding upstream 644700 28711005 ~ 28711265 (-)
G25117 zfpm1 other downstream 2775425 25281604 ~ 25282018 (-)
G25115 zfpm1 other downstream 2776413 25280592 ~ 25281030 (-)
LOC110518671 klhl36 other downstream 3106056 24944908 ~ 24972465 (-)
LOC118956210 NA other downstream 3118742 24910984 ~ 24938701 (-)
G29355 NA other upstream 637582 28703887 ~ 28704356 (-)
G29906 mef2a other upstream 1213971 29280276 ~ 29280700 (-)
LOC110520932 LOC106573529 other upstream 3065588 31131151 ~ 31132900 (-)
LOC110521048 LOC100194695 other upstream 3359818 31426123 ~ 31444964 (-)
G33386 NA other upstream 3918466 31984771 ~ 31989249 (-)

Expression


Co-expression Network