XLOC_020176 (CR450686.2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020176
gene name CR450686.2
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 8695096 ~ 8699930 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00040135
AAACGAGGAAGTCAAGTCAAGTCCGCCATTTCATCTTCTTCTTTATATCggAAAAGAAAGGAATCATGAAAGGATGCAAGCTGAAGGAAAGGACAACTCTTACATCAGTGCATTACTAATTGTTTGACTTCATCATCAAGCACATCAGACGGTGCGGTGGTACAGTGGATAGCTCTGTTGCCTCCCAGCAAAAATGTTtctggttcgagcatcggctgggtcagttggcatttctgtgtgaagtttgtatgttctccacgtgttggcgtgggtctcctccgggtgctccggtttcccccacaagacatgcggtacaggtgaattggctcagattgtgatggaccgggaatgcgacaccagttactcttaagtcaagaaccaaatgaaTCACCAGAGTACAGATTATGGAGGTTCCTTGTAAAGATGAACCCAGGGAAGGATCGAAAGTGGAGAAGACCAGATCAAGAAAGACTACATCAAGATCTGCGGTCAGTTCAAAGGTACTTTCACTAATTACCAAGATTTCAGACTATGAATTGATGGAGTAAACTTTGAGTGTCAGATCTTCCTAGCAAAAATTCTTCCCAGTGTCTTGTAGTAGAAGTGATGCAGTcaatcaagtttacattatttcgtAAATTGCTTTccgatttaataaaaatatattaaccaaacttgattaatgtaacAATTTTGATGAAAAGGGCATGTTTTACTAAAGCTTTTAGCACAAAGGCACCCCCATCTTGTAATattgctgtgtctgacgtcacaggGTTGGTATGCTGGAAACATTTTTGAATgaggtatttgtatgatttatacaTAGTCTGTCTTAAAGCGTCACTAAATtgtacaggcattacaggtcaaagcaatctgttattacatttatcaaaataaacaataaggctcttaaaacactgctttgaaaaatgtagaaaatgtaaagaaatatttcaaatacctcaaatgaaatgaagtcatttgttttattatttttaaaatatatattttttgtaaagtcatttctttataaatatgtaaaaaaaaatccaagtattataaaagttatttaagcAACAAATTTGCCAGATTGTAAAGGCAGACACAGAatgagcaaacaagaaaaaccgtgtaaaatgtgtaaataaaaggctacatTTTGAATTTTTACATCTTTTCATCATATACGTAAAACCTTCCTAAGCTTGAAAATATATTTCCTTAAAAtaaacttcctttgttagtgcaaatttctCTTTATGTAGTcttgtaattaaacaattaaaccattcaaacaagtttacacttaaaaaaaggtCCATAATGAaaatccgatttttttttttcaaatgtaactaattaaaatagtaccatgtacttttactctgtattagtattatttactaaaatttgttttattttagcaatgtAATAGTATTTCTAgtcctttaatttaatgtaatttaattttcagttctctttccatctacgaaaacataaaaaaacaataatttcacaagcacatttaaaataggtttaatactatgaaatattatattaatattattattattattatttttataaatcgaTAGATAGTTCCTAtggaatgtttttatgtattgctgagaatacatttcaggtgttcaatacgttgcttgtcagtcttaaaaataaaaataggtgcttaaaaaagtgcttaaaagtctAATCGAGTTGTGCCTGTatgtactctgcaaacagcacctTTTAATTGTTGTCTTCTCCT
>TCONS_00042054
gtcaagaaccaaatgaaTCACCAGAGTACAGATTATGGAGcagGTTCCTTGTAAAGATGAACCCAGGGAAGGATCGAAAGTGGAGAAGACCAGATCAAGAAAGACTACATCAAGATCTGCGGTCAGTTCAAAGGATGTTTTGcattggattgtttttttttttggctttgaccCTTGCTCGACCCTGACCTCACTCTTGGACTGCCCTGTtggattttcagtttatttaatttaattaattttttttttttggttctgggtaaatgctaataaatatttagttgtaattatttaagtaatatgtttttgttaaatatgcgatttctgtgtttgttctgtctactcatacttgtttatcttgtttctgtaattatcatttgtttatttgaccccTGCCTCGCCTCTGATCTTGTTTTTGGATTGCcctttatatatctttttaattattGGTTCTGGCTATatggttataaaatatttgttcatttaattaatatgcattttataaaaaaatatatatatattttctgtgtttattctgtatttatctaatttgtatatacatttgtgtttgtatgttcttcttatTCTGTATATCCACTTACctaattttaacttttatatatatttatttgcatttaatttgtgataattctttatgcatttttttatctaattcatatatttatttgtattgcattgatcaatctgttgttgttgttgttgttgttgtttgtatgcatctatttatataatttatataaattatatatttgtatttatcaatttatatgcttcctttaaagcattttttaaaataaagca

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000093538

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00040135 False 1774 processed_transcript 0.32 5 8695096 8699233
TCONS_00042054 True 822 lncRNA 0.27 3 8697259 8699930

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020175 si:dkey-182g1.2 coding upstream 60536 8628064 ~ 8634560 (+)
XLOC_020172 si:ch73-27e22.6 coding upstream 93321 8596974 ~ 8601775 (+)
XLOC_020171 NA coding upstream 120189 8570105 ~ 8574907 (+)
XLOC_020170 zmp:0000000984 coding upstream 141305 8551813 ~ 8553791 (+)
XLOC_020169 si:ch73-27e22.7 coding upstream 151467 8536838 ~ 8543629 (+)
XLOC_020177 zmp:0000000652 coding downstream 1308 8701238 ~ 8702901 (+)
XLOC_020178 CR450686.6 coding downstream 29039 8728969 ~ 8733727 (+)
XLOC_020179 si:dkey-182g1.2 coding downstream 53162 8753092 ~ 8770357 (+)
XLOC_020180 si:dkey-182g1.10 coding downstream 72433 8772363 ~ 8809496 (+)
XLOC_020181 NA coding downstream 121567 8821497 ~ 8837723 (+)
XLOC_020166 NA non-coding upstream 199737 8375766 ~ 8495359 (+)
XLOC_020164 NA non-coding upstream 338587 8339205 ~ 8356509 (+)
XLOC_020161 NA non-coding upstream 380228 8297633 ~ 8314868 (+)
XLOC_020159 CABZ01077220.2 non-coding upstream 429447 8265533 ~ 8265649 (+)
XLOC_020182 NA non-coding downstream 138495 8838425 ~ 8854534 (+)
XLOC_020183 NA non-coding downstream 186118 8886048 ~ 8894141 (+)
XLOC_020184 NA non-coding downstream 227435 8927365 ~ 8953552 (+)
XLOC_020189 NA non-coding downstream 366156 9066086 ~ 9066418 (+)

Expression


Co-expression Network