LOC110489088 (LOC106583156)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110489088
gene name LOC106583156
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 38003059 ~ 38029406 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021561660.2
TCCGTTGTCAGGTGGCGCTGCTATGGAAAGATGCGATCAGAAAGCTGACGAATGGAAGCTGTTCCCGAGTGGTCATTTCGGTAATAGTGGCTAAAACAAACATTGCGCGATATCAACCCTCCATATACGGTCTCCTTTGGTTGGGGGCGACAAACTGCGTATGCACCGAACAAATACTTTTAAAGAAATGTCCATGCTGTAGCATTACAACGCAGACTTTCCTCGGCGTTTTCAGCTCGAGAGCTCCAGCATGTCTAAGCGGCGCTCATTGGAGAGGGGGGCCGGAGAGACCTCGGGCAGGGCCAGCAAGCTCCTCTGTCCTGGAATTGCTGGAAGCAACGCCAAGAGGGCAGGTCCCTTTGTCCTGGGGCCTCGTTTGGGGAACTCGCCCGTGCCAAGCATAGTGCAGTGTCTGGCCAGGAAGGATGGGACGGATGACTTCTACCAGCTAAAGATCCTGACGCTGGAGGAGCGGGGAGACGCGACCGGGGAGACccaggaggagaggcaggggaagaTGCTGCTGCACACCGAGTACTCCCTCCTCTCGCTGCTCCATAACCAGGATGGAGTGGTGCACCACCATGGCCTGTTCCAGGACCGGGCGTACGAGATTGTGGAGGACCCGGAGGCCAACAATGGCAAGGTGCGCCGACTGAAGAAGCGGATCTGCCTGGTGCTGGACTGCCTCTGTGCGCACGACTTCAGCGACAAGACTGCGGACCTCATCAACCTGCAGCACTACGTCATCAAGGAGAAGCGGCTGAGCGAGCGCGAGGCCATCGTCATCTTCTACGACGTGGTGCGCGTGGTGGAGGCCCTGCACAAGAAAAACATTGTGCACCGAGACCTGAAGCTTGGAAACATGGTGCTGAACAAACGAACTCATCGGATTACCATCACCAACTTCTGCCTGGGCAAGCACCTGGTGAGTGAGGACGACCTGCTGAAGGACCAGCGAGGAAGTCCAGCCTACATCAGTCCTGACGTACTGAGtgGCCGGCCATACCACGGAAAGCCCAGTGACATGTGGGCCCTTGGCGTGGTGCTGTTCACCATGCTCTACGGCCAGTTCCCCTTCTACGACAGCATACCTCAGGAGCTATTCCGCAAGATCAAGGCTGCAGAGTACTCCATCCCAGAgGACGGGCGTGTGTCGGAGAACACTGTGGGTCTTATACGGAAGCTGCTGGTGCTAGACCCCCAGCAGAGGCTGACCGCTGCCGAGGTCCTGGAGTCTCTCAGCGGCATTATTGCCTCATGGCAGTCGGTATCCTCTTTGACTGGTCCTCTTCAGGTTGTACCGGACATCGATGACCAGGTCAGCCACCCAGAGCATCTCCAGGAGGTGAAAATGACGGAGGAGTCGTCACAGTACGAGTTTGAGAACTACATGCGCCAGCAGCTGCTGCTGGCCGAGGAGAAGAACACTATTCACGAGGCCAAGGCCAGTTTCCTCGCCAAGCGCCAGTTCAGCTCCATCCCGCCCGTGCGGCGCCTGGGCCACGATGCCACACCCGTCAGCCCTCTGGACGCAGCCATCCTGGCCCAGCGCTTCCTCCGGAAGTAGCCCCTTCACCCATCACCTTGCCCTCTGGGGGACAAGTGGGGTGGGGGACAAGGGTTGGGTCGGGAAGGTACCCTGAAACTAGTATCTATGGGAGCTTAGCCCGACCCTCCCTTGGGTAGAGGGATCCCTAGCTGTGGAGAGTTAGGTAGGTGGAGTGGGAGCAGATGGGTTTCACACTTCAAGTCTGGGTGTCGGTGGTGTGCACAGGAATGACATGGCTGGAGAATCTGAAGATCTCAACCAAAGGCTCCCACTGTACcctcagccagccagctagctatgGGCACATATGGACTCAGCCAGCCAGCTATGGGCACATATGGACTCAGCCAGCCAGCTATGGGCACATATGGACTCAGCCAGCCAGCTATGGGCACATATGGACTCAGCCAGCCAGCTATGGGCACATATGGACTCAGCCAGCCAGCTATGGGCACATATGGACTCAGCCAGCCAGCTATGGGCACATATGGACTCAGCCAGCCAGCTATGGGCACATATGGACTCAGCCAGCCAGTTATGGGCACATATggacccagccagccagctatgGGCACATATggacccagccagccagccagctatggGCACATATggacccagccagccagccagctatggGCACATATggactcagccagccagccagctatggGCACATATggacccagccagccagctatgGGCACATATGGACTCAGCCAGCCAGCTATGGGCACATATGGACTCAGCCAGCTATGGGCACATATggactcagccagccagccagctatggGCACATATGGACTCAGCCAGCTATGGGCACATATggactcagccagccagccagctatggGCACATATggactcagccagccagccagctatggGCACATATggactcagccagccagccacctaTGGGCACATATggactcagccagccagccagctatggGCACATATGGACTCGTACAGGCCAGGGGGATACCAGACACGCATGTGTGTTTGGacatggaacccccccccccccaccatttgTTTCTCTCTGCTGAGACCTGGTCATCGCCCTCCTACCTACCCCCATTTATTCTTGAAAACCCTGAGCAATACAGGGCCAGAAGGACCATGTAGCAACCTTCCTCTAACCTCCCTCTCCTCAACTCTCCAAACTAAGATCACTTGATCATGGATGTAATTCACTCTCTTTAGTTTCCTCATAACCAAAATTATCTGGACTAGTCCCGTCTCTAAGCTGAAGACTTCAAATCTACCTCTCTCAatctttacttttatttttttgtgtggatTTTAAACCATGTCCACCATTCTCGGAAAACAAGGAATTGTCGGGGTAGTGTTGTCACCGTAGACAGAAAGCATTACTATGTTTTGGTGCATAATGGTTTGGAATGTGGGATATGAATAAGCTTTTTTCCTAATGACTAATAAGTAGCATTTTACCCTTCTATCTATTCTACATTGAAAATGCTAACTATCAAAGGGTGGCCAAATCGACTACTTCTGTCTTTAACtctagcagatgatattgttttCTTGCTTTTGCTCTCACCcccatttttttttgcatttagGTGTCAAGTACCTGGAAGAGCTGGATGGGGCGACGTTTATTAGATGTTTAATGTTGATCCTCTTCCGTTAATGCTCTTCTAATTGGCATCTTTGGTTAATAATCACGACGTGGACACTATCATTTTTGGGGGGTGGTGAAATCATGGCGCGTCTTAACTGATTGTTAGCCAAGGAAATGATACCTCCCCCACGTTCACCACTGAACAACTTCCAGGTATTCAACTTCCCGGTTTATCCTGTGACATCATTATTGTGAGACAGGTATTGGGCATGAATTTGAATGAATGGTAATGCCAGTGATTGTCATTGTGTAGATAAGTGTGATTCGGGCCAGGGGTGTATTAGACTAAGCCAGAGCCTTTTCAGTGGTAGGTGCCGACTAGAGCCACGTTATTGAAGCCCGGTGAGTCAGTGCAGATCCTTAAACTAACCATCCTTCCAAATCTGTTTATCTTGCCTGCCTCAGTTGCTCGCACACACTGAGAACATACAGGCTTTTCTAAGACTGTCTGGACTGCATGTGTCCGCTATGAAAGATGGGCATCCCTCATTTTGCCCCGGTCTTAGTCATGAATGCTCTAGTGCGTAGCCAAGTTTAAAATCAAACGAAACCGTGATGATCATAGTAGCTCTCCCTTTTAGCTGTTGTAAGTTATAATGTAGTAGCTGAGCATGAAAGACTTACTATGGTGTTGATAGTGATAATTGAATAGTGTAATATTTCATAGAGAAACTCAACAGTGAGGTTGTCTGTCGCGTTGTGCACATTCTCAAGCCTCCCTCTGCTGGCGGTGCCGTAGTGGTGACAAACGTCGTGATCAATCCAATCATTCTGCACAGACGCTAACGGCTGTTTCGTCTAAAGTACACTAGTGTCCTTGAAATacgatgacattgctaaagtaggAAGATATTTAGTACGAAAAATGTTTGCCATTATGTCGGCAAATTTACTTTAGACagatggcaatgttgtcattTGTTAGCAAAGTTTGTAAAAAAATAGCTGCCAATGTTGCTAAGCTACTAACTCGTGAACAATATTAGTCATCTGTTCACATAAGCTTGCCCATCTTTATGAGTATTTGCATTGCTTAGACCTTCACCCTATTTATATCCAAATTGATCACGAGTAGAAACTTGAGTCAGTTTTGTCCTATTTCATTGTAAATTGTCTTTTTCCTCAATTTCATGTATGTTAATTTTGTTATTTATTCACTGTCCATTTTCAGGCATCAAATCCATTTTCCATTTTTAGCTTTAAGCAAGAAGTGTTCTGGTTTCATTTGTTTCTCCAAACATTCAAACTTGAGCTGCCATTGCAGTTTTTTCTCCATCAGCCATGTTCATTAAAGATctctttttatattttattttaccattGCCACACACTTGTGGTCGATTTAAGCTACACTAATAATGAGACTGACTCTGCATAGttctattttttacacaaataaTCGTGCATTATGATGATTTATGGTAGTGATCTGTTTATTACCCGGATCCCAGTTCTGTTTGTGCAGACTTGCCAACTCCTGTTTCCTTGACAATgaccagcacaaacagatctgggaccaggccaacTGTTTATCGCCCCATACCAGACTTTTGGTCAGTATGTAAATATAATACCATCATTACAGCGACAACACCAGTAGAGCTTCCATCTAGTGGAACGATACCAGCTCTGATCAGGGGTACATTCAGTAAGGTGATATGTTGCAGATAGGAATGTGATGAATAGAACTGACATGATTCCAAATTCAACATGACAGGAAATCATATCTTCATCTGAATGTTTTGTAACATTGCACACTCTTGAACAGCCCTGCTTTAACACAAATTATATATAGACATGCATTAGATGCAATGCTAGCCACCACCTTTTGAGAAAAATAAATAGATACATGTAATGAGATGTTAGCTTTTTTCCCACCTCAATGTGAATTTCTGGGTATAAAGCAGTATTGTAGTTGATAGTGTGTCAGTAGTTCATGAGAAAAGGATATTTTGTGAACTCCACAGCCCTTGCTGAAGTTGAAGGCAAATTTGTGATCCCGTCTTACTTGAGGGTGACCATAACCCACtattggatataaatatgcaggTTTATTAGGTAAGACCCTTGATAGTAATGTATTATCTGAAGCATTATCAAGATAGTGTTCACATTTGGCTGTTGGACTTGTCCCAGTTGTCTATGAAAGTTGTCCCCTTCATAGATTTTCTGTGGACTGAAAGCACCATACGAAGCATGATCTTGAGCTCTTTGTAAAATGTGATTTTgcatgatttttattttttactttcaaGGTGGTCCCACAATTATAATTGCCTGAAATCAACCAACCAGGGAGAATTGGAAATTTGAGTCTTACAGAAAAACCTAATGTTTTTCATAATACAACTGATTTTTCATTTAATGAACATTCAACTTAAGTTTTCATTTTTACTATAATTCAAAAATATTGgaaatatctgtcagtttaacgATGTATTTGATTTGCTGAATATTACAACTGGAAAATAGATGGTGTATGATGTGGTGGTAAAAAATGGTTGAAAACCAGCAGGATTTGTTGTAAGCTGCTTTGTTGGATATGAGCACCTAATACAAAAACCTGGCTAATTGTACAGAGATGAAAAAAAAGTTTGTATAAAAGACATATTTTTGTACTTCATCAAATCTCTACATGCATGTCAGCAATAAACTTTGATATGGAAAA
>TU160236
CGCCCTCCTACCTACCCCCATTTATTCTTGAAAACCCTGAGCAATACAGGGCCAGAAGGACCATGTAGCAACCTTCCTCTAACCTCCCTCTCCTCAACTCTCCAAACTAAGATCACTTGATCATGGATGTAATTCACTCTCTTTAGTTTCCTCATAACCAAAATTATCTGGACTAGTCCCGTCTCTAAGCTGAAGACTTCAAATCTACCTCTCTCAatctttacttttatttttttgtgtggatTTTAAACCATGTCCACCATTCTCGGAAAACAAGGAATTGTCGGGGTAGTGTTGTCACCGTAGACAGAAAGCATTACTATGTTTTGGTGCATAATGGTTTGGAATGTGGGATATGAATAAGCTTTTTTCCTAATGACTAATAAGTAGCATTTTACCCTTCTATCTATTCTACATTGAAAATGCTAACTATCAAAGGGTGGCCAAATCGACTACTTCTGTCTTTAACtctagcagatgatattgttttCTTGCTTTTGCTCTCACCcccatttttttttgcatttagGTGTCAAGTACCTGGAAGAGCTGGATGGGGCGACGTTTATTAGATGTTTAATGTTGATCCTCTTCCGTTAATGCTCTTCTAATTGGCATCTTTGGTTAATAATCACGACGTGGACACTATCATTTTTGGGGGGTGGTGAAATCATGGCGCGTCTTAACTGATTGTTAGCCAAGGAAATGATACCTCCCCCACGTTCACCACTGAACAACTTCCAGGTATTCAACTTCCCGGTTTATCCTGTGACATCATTATTGTGAGACAGGTATTGGGCATGAATTTGAATGAATGGTAATGCCAGTGATTGTCATTGTGTAGATAAGTGTGATTCGGGCCAGGGGTGTATTAGACTAAGCCAGAGCCTTTTCAGTGGTAGGTGCCGACTAGAGCCACGTTATTGAAGCCCGGTGAGTCAGTGCAGATCCTTAAACTAACCATCCTTCCAAATCTGTTTATCTTGCCTGCCTCAGTTGCTCGCACACACTGCATGTGTCCGCTATGAAAGATGGGCATCCCTCATTTTGCCCCGGTCTTAGTCATGAATGCTCTAGTGCGTAGCCAAGTTTAAAATCAAACGAAACCGTGATGATCATAGTAGCTCTCCCTTTTAGCTGTTGTAAGTTATAATGTAGTAGCTGAGCATGAAAGACTTACTATGGTGTTGATAGTGATAATTGAATAGTGTAATATTTCATAGAGAAACTCAACAGTGAGGTTGTCTGTCGCGTTGTGCACATTCTCAAGCCTCCCTCTGCTGGCGGTGCCGTAGTGGTGACAAACGTCGTGATCAATCCAATCATTCTGCACAGACGCTAACGGCTGTTTCGTCTAAAGTACACTAGTGTCCTTGAAATacgatgacattgctaaagtaggAAGATATTTAGTACGAAAAATGTTTGCCATTATGTCGGCAAATTTACTTTAGACagatggcaatgttgtcattTGTTAGCAAAGTTTGTAAAAAAATAGCTGCCAATGTTGCTAAGCTACTAACTCGTGAACAATATTAGTCATCTGTTCACATAAGCTTGCCCATCTTTATGAGTATTTGCATTGCTTAGACCTTCACCCTATTTATATCCAAATTGATCACGAGTAGAAACTTGAGTCAGTTTTGTCCTATTTCATTGTAAATTGTCTTTTTCCTCAATTTCATGTATGTTAATTTTGTTATTTATTCACTGTCCATTTTCAGGCATCAAATCCATTTTCCATTTTTAGCTTTAAGCAAGAAGTGTTCTGGTTTCATTTGTTTCTCCAAACATTCAAACTTGAGCTGCCATTGCAGTTTTTTCTCCATCAGCCATGTTCATTAAAGATctctttttatattttattttaccattGCCACACACTTGTGGTCGATTTAAGCTACACTAATAATGAGACTGACTCTGCATAGttctattttttacacaaataaTCGTGCATTATGATGATTTATGGTAGTGATCTGTTTATTACCCGGATCCCAGTTCTGTTTGTGCAGACTTGCCAACTCCTGTTTCCTTGACAATgaccagcacaaacagatctgggaccaggccaacTGTTTATCGCCCCATACCAGACTTTTGGTCAGTATGTAAATATAATACCATCATTACAGCGACAACACCAGTAGAGCTTCCATCTAGTGGAACGATACCAGCTCTGATCAGGGGTACATTCAGTAAGGTGATATGTTGCAGATAGGAATGTGATGAATAGAACTGACATGATTCCAAATTCAACATGACAGGAAATCATATCTTCATCTGAATGTTTTGTAACATTGCACACTCTTGAACAGCCCTGCTTTAACACAAATTATATATAGACATGCATTAGATGCAATGCTAGCCACCACCTTTTGAGAAAAATAAATAGATACATGTAATGAGATGTTAGCTTTTTTCCCACCTCAATGTGAATTTCTGGGTATAAAGCAGTATTGTAGTTGATAGTGTGTCAGTAGTTCATGAGAAAAGGATATTTTGTGAACTCCACAGCCCTTGCTGAAGTTGAAGGCAAATTTGTGATCCCGTCTTACTTGAGGGTGACCATAACCCACtattggatataaatatgcaggTTTATTAGGTAAGACCCTTGATAGTAATGTATTATCTGAAGCATTATCAAGATAGTGTTCACATTTGGCTGTTGGACTTGTCCCAGTTGTCTATGAAAGTTGTCCCCTTCATAGATTTTCTGTGGACTGAAAGCACCATACGAAGCATGATCTTGAGCTCTTTGTAAAATGTGATTTTgcatgatttttattttttactttcaaGGTGGTCCCACAATTATAATTGCCTGAAATCAACCAACCAGGGAGAATTGGAAATTTGAGTCTTACAGAAAAACCTAATGTTTTTCATAATACAACTGATTTTTCATTTAATGAACATTCAACTTAAGTTTTCATTTTTACTATAATTCAAAAATATTGgaaatatctgtcagtttaacgATGTATTTGATTTGCTGAATATTACAACTGGAAAATAGATGGTGTATGATGTGGTGGTAAAAAATGGTTGAAAACCAGCAGGATTTGTTGTAAGCTGCTTTGTTGGATATGAGCACCTAATACAAAAACCTGGCTAATTGTACAGAGATGAAAAAAAAGTTTGTATAAAAGACATATTTTTGTACTTCATCAAATCTCTACATGCATGTCAGCAATAAACTTTGATATGGAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021561660.2 False 5874 mRNA 0.47 11 38003059 38029406
TU160236 True 3222 lncRNA 0.38 2 38003061 38006317

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110489074 LOC106605123 coding downstream 2735 37920689 ~ 38000324 (-)
LOC110489027 c3-1 coding downstream 179541 37818114 ~ 37823518 (-)
LOC110489018 LOC106597357 coding downstream 193004 37806759 ~ 37810055 (-)
LOC118939584 c3-1 coding downstream 196267 37805009 ~ 37806792 (-)
LOC118939581 LOC106604987 coding downstream 206671 37791239 ~ 37796388 (-)
LOC110501529 NA coding upstream 6560 38035966 ~ 38046439 (-)
LOC110489105 LOC106605178 coding upstream 17294 38046700 ~ 38048666 (-)
LOC110489095 LOC106605120 coding upstream 19491 38048897 ~ 38053364 (-)
LOC110489123 LOC106605177 coding upstream 56759 38086165 ~ 38087398 (-)
LOC110489131 LOC106605119 coding upstream 349786 38379192 ~ 38494341 (-)
G139333 NA non-coding downstream 54942 37947759 ~ 37948117 (-)
G139309 LOC106605124 non-coding downstream 91234 37906950 ~ 37911825 (-)
G139310 NA non-coding downstream 96544 37902594 ~ 37906515 (-)
G139256 NA non-coding downstream 228875 37773682 ~ 37774184 (-)
G139385 NA non-coding upstream 24368 38053774 ~ 38054030 (-)
G139386 NA non-coding upstream 25501 38054907 ~ 38055140 (-)
G139318 csf3r non-coding upstream 35632 38065038 ~ 38066918 (-)
G139393 NA non-coding upstream 38331 38067737 ~ 38067937 (-)
G139437 NA non-coding upstream 67478 38096884 ~ 38100499 (-)
G139231 NA other downstream 250101 37747441 ~ 37752958 (-)
LOC110501508 LOC106605132 other downstream 539301 37442359 ~ 37463839 (-)
pnrc2 LOC106605140 other downstream 1153714 36844929 ~ 36849373 (-)
G138080 NA other downstream 1174662 36825792 ~ 36828397 (-)
G137839 LOC106605146 other downstream 1364054 36634193 ~ 36639005 (-)
G140479 NA other upstream 798503 38827909 ~ 38828195 (-)
G140879 NA other upstream 1034456 39063862 ~ 39064418 (-)
G141363 LOC106605077 other upstream 1734527 39763933 ~ 39765473 (-)
LOC110489653 LOC106605072 other upstream 2195216 40224622 ~ 40298333 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_010101 NA non-coding NC_007127.7 CM002900.2 36033418 ~ 36038394 (+)