LOC110500995 (LOC106561801)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110500995
gene name LOC106561801
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 100155072 ~ 100161971 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036960922.1
GGGGCTGCGCGCCACGGTGCGGTGGGTTGGTGCGCTCAATGCGCAGTCGGTCAATAGGCTACACATGTTTTGCGCTTCTCAGAGGACGGCGTCAAACTAAACCGTGACCGTGCTGAAATTAAATACAAATTGGATATAATGGCTTCTATTCCACTGGTGCTGCTACTTTTAATGTCTTCTTTGGCGCTTTACTGGGCAGTTTATACCGGACCGTTAAAACCGGAAATGTCCAACGGGACTTTTCATCACTTCTTCGTACCGGACGGAGATTATGAGGATAATGATGACCCCGAGCAATGTCAAATGCTTTTTAAATTCGCAGACCGACGTGCGTGTGGTGTCCATCACGACGAAGACAGCGATTCAGTGGTACGTGAAGACTTTATCATCGTGAAGCACCAAATTGAAGACGCCGCAAGGTTGTTGGAAAACATCGGCATGAGTATTTCACACGACCTGGACGGAGAGGATAGCTATGAGAAGTTTCTCACTGGGGAGATCACTCAGATCTCTGAGGCTTTTACAAGCGTGGAGAAATCTCTCCTGGAGTTGGAGGTCAAGTTTAAACAGAGTCAAGACAACGATCTGAGAGGGGAGAACCAGCTCAATGACTATGTTCTGAAGCCTATCTATGAAGTTAAGGACGCACTCAGGGAGACAACGGACATTTCATTGGGACTCAGAGATAAACATGAACTGTTGTCTCTCATTGTTCGCAGTCAAGGCTCAAGGTTGAGTCGCCTCAAGGCAGATTATCTCAATGTATAGTCTAAATGTTAAAAACAATTGTAATTTGTTATTATCTATGTAAAGGAATATATGTtactcagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcataagaCTATGACTCTTTAGCCCAATAAACACCTGGAAAGTTCATTGAGATTGAAAGGTTACTCTGTTCCTAGTCTCTTATCTCgctctatttttttctctctctctactccaactctctctctctctccctctctctctctctctctctctctctctctctctctccctctactccaactctctctctctctctctctactccaactctctctctctctatctatctatctctatctctctctctctctctctctctctctctctctctatttacttTCCTAATTGTCTGTGACCCGTGTCTTTCTTCCTAACTTGTAATGGTGTTATTTGGAAATACTTCTAAGGAAAACATCGCTACATTCCTCAGTAAGAGAGGAcagatggggaaaagagaggagagctcAGGGGAGAGATGAAAAGTGATCCTTAGCTAAATTATGCCTGGGCTGTGCTGTGCTTAATGATCCTAAATTATGCCTGGGCTATGCTGTGCTTAATGATCCTAAATTATGCCTGGGCTGTGCTTAGTGATCCTAAATTATGCCTGGGCTATGCTGTGCTTAGTGATCCTAAATTATGCCTGGGATATGCTGTGCTTAATGATCCTAAATTATGCCTGGGCTATGCTGTGCTTAATGATCCTAAATTATGCCTGGGCTATGCTGTGCTTAGTGATCCTAAATTATGTATGGCTTGGCTGTCTGTGTTCTAATTTAGCTATTCAGCCTTACTGTATAATGAGGTCTATGTTTTATACCCTTCCTTATGTTATCCCGGAGTCTTACCATTGATTCTACTTTAATCATGAAACAGACAACATCAGTTTGAATCCCAGgcttaaaaacaacaaaaaaatgtaatgttacTGCCCATTTATTAATAAAAACCTAACCATTAATCTCACCTGTGCTCTGACTGGCATGCCATGAGGAAAACGGTGTTGTGAGACGGTTTACTGTATAGGCGGCTTGCTTGAAAATGACTTCATCCACATGACAGTTGACCATTTTTGTAGTATGGCCTTTAAATGTATATTCGTGCGATCAAGGAGTCTGAAAGAAGGGCAAATCAAAGAGCTCTCTTTgtgtgatgttttttttcttctgtgcaGCTGGTGGTGGTCTGAGGTGTTC
>TU240081
GCTGGTGGTGGTCTGAGGTGTTCCCAGTGGCCTGCTGGTATgctatactgctggtatgctattGGTATGCTATACTGCTGGTATACTATACTGCTGGTATGTTATTGGTATGCTATTCTGCTGGTATactatactgctggtatgctatactgctggtatgctattGGTATGCTATACTGCTGGTATGTTATTGGTATgctatactgctggtatgctgtactgctggtatgctatactgctggtatgctattggtatgctatactgctggtatgccatactgctggtatgctattggtatgctatactgctggtatgctataCTGCTGGTATGCCATACTACTGGTATGCTATTGGTATactatactgctggtatgctattGGTATAATATACTGCTGGTAGGCTATACTGCTTGTATGCTATACTGCTGGTGTGCTATAATGCTGGTATgctatactgctggtatgctatactgctggtatgctattGGTATACTGTACTGCTGGTATGCTATTGATATactatactgctggtatgctatcAGTATactatactgctggtatgctataCTGCTTGTATGCTATACTACTGGTATGCTATTGGTATgctatactgctggtatgctataCTGCAGGTATGCTATTGGTATGCTGTACTGCTGGTATGCTATTGGTATGCTATACTACTGGTATGCTATactgctggtatgctattggtatgctatactgctggtatgctatactgctggtatgctatTGGTATgctatactgctggtatgctatactgctggtatgctattGGTATGCTATACTACTGGTATGCTATTGGTATactatactgctggtatgctatactgctggtatgctataCTGCTGATATGCTATTGTATACTGTACTGCTGGTATactatactgctggtatgctattggtatactatactgctggtatgctattggtatgctatactgc
>TU240080
GCTGGTGGTGGTCTGAGGTGTTCCCAGTGGCCTGCTGGTATgctatactgctggtatgctataCTGCTTGTATGCTATACTACTGGTATTctatactgctggtatgctatactgctggtatgctaCTATTTactatactgctggtatgctGTACTGCTGGTATGCTGTCAGTATactatactgctggtatgctatcGGTATTctatactgctggtatgctatcggtatactatactgctggtatgctattGGTATACTATACTGCTGGTATACTATTGGTATACTATACTGCTAGTATGCTATTGGTATGCTATACTGCTGGTATactatactgctggtatgctatgtgtatgctatactgctggtatgctataCTGCTGGTATACTATACTGCTGGTATATTATTGGTATGCTATACTGCTGGTATACTGTACTGCTGGTATGTTATTGGTTTgctatactgctggtatgctataCTGCTGGTATACTATACTGCTGGTATGTTATTGGTATGCTATTCTGCTGGTATactatactgctggtatgctattGGTATGCTATA

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC106566590

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036960922.1 False 2039 mRNA 0.43 1 100159933 100161971
TU240081 False 969 TUCP 0.42 5 100155072 100159955
TU240080 True 562 TUCP 0.44 2 100155636 100159955

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
spi1a LOC106592577 coding downstream 33687 100114829 ~ 100126246 (-)
LOC110500962 LOC106561782 coding downstream 45988 100103552 ~ 100113945 (-)
LOC110502573 LOC106561753 coding downstream 405043 99726157 ~ 99754890 (-)
LOC110502568 LOC106561766 coding downstream 434606 99697219 ~ 99725327 (-)
LOC118936886 NA coding downstream 540791 99615676 ~ 99619142 (-)
ano3 ano3 coding upstream 58060 100220031 ~ 100340996 (-)
LOC118944188 NA coding upstream 190275 100352246 ~ 100352436 (-)
LOC110501236 LOC106561804 coding upstream 210394 100372365 ~ 100438050 (-)
LOC118936890 NA coding upstream 281828 100443799 ~ 100457727 (-)
LOC110502607 ano5 coding upstream 299574 100461545 ~ 100543552 (-)
G211647 NA non-coding downstream 32321 100126732 ~ 100127612 (-)
G211636 NA non-coding downstream 68821 100081357 ~ 100091112 (-)
G211634 NA non-coding downstream 79246 100079252 ~ 100080687 (-)
G211633 NA non-coding downstream 82161 100076683 ~ 100077772 (-)
G211594 NA non-coding downstream 138415 100020993 ~ 100021518 (-)
G211693 NA non-coding upstream 71605 100233576 ~ 100233986 (-)
G211694 NA non-coding upstream 73847 100235818 ~ 100247348 (-)
G211701 NA non-coding upstream 130112 100292083 ~ 100293864 (-)
G211703 NA non-coding upstream 135479 100297450 ~ 100298473 (-)
G211708 NA non-coding upstream 153519 100315490 ~ 100315741 (-)
G211630 LOC106584747 other downstream 86136 100073247 ~ 100073797 (-)
G211447 myo5c other downstream 196459 99959557 ~ 99963474 (-)
G211402 NA other downstream 302078 99856313 ~ 99857855 (-)
G211904 LOC100136012 other upstream 293178 100455149 ~ 100455433 (-)
pkp3a pkp3 other upstream 534735 100662972 ~ 100716213 (-)
LOC110502631 LOC106592148 other upstream 939963 100976119 ~ 101191014 (-)
G212829 LOC106613263 other upstream 1550267 101712238 ~ 101712847 (-)

Expression


Co-expression Network