XLOC_025627


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025627
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 40898624 ~ 40902157 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052748
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>TCONS_00052749
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>TCONS_00052750
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>TCONS_00052751
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052748 False 3375 lncRNA 0.37 2 40898624 40902157
TCONS_00052749 False 2778 lncRNA 0.38 2 40899224 40902157
TCONS_00052750 False 2761 lncRNA 0.38 2 40899252 40902157
TCONS_00052751 True 731 lncRNA 0.38 2 40900853 40902157

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025626 mmd2a coding upstream 27258 40841897 ~ 40871366 (+)
XLOC_025625 arpc1b coding upstream 78012 40809011 ~ 40820612 (+)
XLOC_025624 arpc1a coding upstream 94169 40796110 ~ 40804455 (+)
XLOC_025623 BX649559.1 coding upstream 103745 40791720 ~ 40794879 (+)
XLOC_025622 BX649559.2 coding upstream 210173 40672242 ~ 40688451 (+)
XLOC_025628 NA coding downstream 42883 40945040 ~ 40948999 (+)
XLOC_025629 NA coding downstream 140866 41043023 ~ 41066414 (+)
XLOC_025630 BX537310.1 coding downstream 598252 41500409 ~ 41500525 (+)
XLOC_025631 card11 coding downstream 656525 41558682 ~ 41632059 (+)
XLOC_025632 gna12a coding downstream 745480 41647637 ~ 41706238 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 10649588 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025619 NA non-coding upstream 493685 40404169 ~ 40404939 (+)
XLOC_025618 NA non-coding upstream 546216 40351673 ~ 40352408 (+)
XLOC_025609 BX649356.1 non-coding upstream 1013668 39884819 ~ 39884956 (+)
XLOC_025606 NA non-coding upstream 1266410 39626833 ~ 39632214 (+)
XLOC_025636 NA non-coding downstream 1052736 41954893 ~ 41962746 (+)
XLOC_025639 NA non-coding downstream 1292053 42194210 ~ 42206974 (+)

Expression


Co-expression Network