XLOC_025639


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025639
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 42194210 ~ 42206974 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00050488
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>TCONS_00050489
CTGTGCAGAGGGCAATATTGAAGAAGCTTAATGAGCTGGACATGAAGATTAACCATCTAACTTCAGTGGTCCAGTCTCTTGCTTCGGCCAAGTGTTCAAATGGTGGTGGACATTGAGAATTACATCTTTCCTATTGAAACAATGGAAGACCTTGAACAACTGGAAAAGGCAATTAGCCGAAAATCCAATGATGGAAAAGATGataaagAGGTTATCCATCAGAGGAGGACAAACTCTAAAAATTTAGAGTTATGGCGTATTTGCTCCAAAGTGTTCGTTCCAGTAGCCAAACAGCTCAACTGgtgtggaggagaaaaaaagaggactaaaaaacacaaatattgggACACTTGTGATAGGTACGTCAAATGTCTTACAATGAACAGTTTAGGCAATCATTTTAAAGATGGAACTGTCATTACATCTTTATAAGCTTATATGAGCTAGCACATGCGGTtcaaatattgtaaaattatgtttaatacaCAAGAGTGTTTTAGAACTGTTGATTCTtgtatagggctgggcgattaaacATTACATCAAAACCTTGATTAATTTAACACTTCACTTCCTTTTCAAATATTGAATCATTGTTATTTTCAAAGTATTATCTTTTGTACTTAAtcaaattgcatttatttatttcaattcatttaatttttacatatcagtttttgttttactttcagTTTAAAAACTTGTATATCTTGGAAAttaggaaataataataaagcgTAAAAAGTACATCATAATGTGAAAAAATGTGTGCGCTTCACTTTACGAAAAGAGAGCTATATACATGTTATGTGCTAAttggaaaacataaaaaaatatcagtCGATTTGATTATTAATATACGCTGAAGAAACGTGGGTAATGCTTGACACATTAGGTCATacaacaatcaaaaataaaacaaactattgCTTTTAATGATCTGTAATGCCTCTGAATATTAATCACAATGCCTGCGATCGCTTGAGCTTTGATGAGGTAAAAATGTGGAACCTAAGCATTGGTGTTAGAATCACCACGTGGGGAATTATTTCGGTTATGGATAGGTTATTAATTAATCTCCCAGCCCTACTGTATATGTGCACTTTTACAATATGCATTCTTTTACATCCAATTTGTCGTATGATCTCTAAGAAATTTAAAGAACAGATTCTTCGTAATTGAAAAGGCACTATTAATCCACTTGATGCTCAGTCAGTCATCGCAACATGTTTAAACCTAGCTTTGTTcgtttaaataaagttattaccTTATTAAATTTACTAAAACAAAACGGAATAAATATATTACTGACCACACATATCCATAACAATGAATCAGACTACGTACCTCAGTTTTCCTGCGGGGACTGGCGGCGACGAAGTTCCACGTGCTCACTGTGATGCTCTTTAGGAAACCATGCGCACTTGCGCAATGATGAAGTTTCGAACACAAAAGAGTCGGTTCCTCGAATTTGACCACTTGTCCAAGTACATACTAATGCAAGTACTGTTGTTggtgttcttttttttaatttattttatgaggACGTTGTGGTTATCTTATAATAAATAGGCGGACTTAAGCTTTTGCACCTCTATTTAACATTAATTCTTTGAAgcaatgttttcatttatttgagaGTAACATCTGAAGAATATTATATTGATTACATGAGAACGGTGAATCATTATCGGATAGCAAAgtctaaaaatatttacaatctaAGTATTATTTCAAAATCACTGGAAATTAACAGCAACCAATCAAAAGTAGGCTAAAATAGTGTTGAAACTGGTGTTAACAGatcattaacaaaatacataGATTGTTCAGCTTgatttaatgataaaaaatgtatatgatttaaaatactattaaataaaaaaatgctgttttttttttgtttgatttgcaATTTGTCAGTTTATTATaggtaattattttttataatttattatttctattgaaaaaaaagtttttttaagaaggtgtttcatttattataatttgtatcAGTTATCTATAAATTAAACAAGATGAACGAATAGCAATTAAGGATTGAGAAGTGAAGACCGCTTATATTCAGCTAAACcaaacagacaaaacacaaactgttaaaaaataaatattcaagagTAATGTCTTATTATTAACTGCATAACCAAACATAAAACAGTAGattggcttattttttttaattgattttcctGTAAAAACAAAATCATCCATCGTGCCAGCATAGTTCCATTTTGATTCCTTTATGTCGTTTGAACAAGGACATGCTTTCTAAATCTATTTTCAGCACTGAAATCGCGCGTCTGATGGGCATTTTACTTTGTGAACTTTGTTCAGAAAAATGCTTGAAGAAAGAgacactgtgtggatatttataaagataaaatGCTTATTGTAATGTAGTGGCTACTCCACTGCATTTTACATTACAACCACCCTGGGGTTTCTCAAAATCATTGGACAAATGAGACAgttaaatgtaatttcagaattAAAACACAGAATTGCCGTTATATCGTCCAGCGATTTGTTTCTCGTTTCAGCGAACATTCGCAAGCATAGTCGCAAAATCGCAATAATCTTGTGTGGTTCTTAAGTTTGTTTATTACGATCAAATAATTTTCAAAGcagtttctaaattcagttctaatttccagcaaacgaataaattaggCAAATCAATGCAATATGGTCAAAAATGAGATTTATATTCAAGCACACATGCTTCCTATGCGACACGCGATGCTTGACCTCTGTAAATCCCGACAGGTGAAcgaataaacaaaacatattcatAAATACATAGAGAATATATGACaacaaatatataacaaataataataatagtaataataataatacgataACAACACTAAACAAATGTggtcatgaaaaaaattaagagcACTCGGAGGTGAAGGCTGAAAAACGAATTTTTAGACAATCATATCctttttccttcttcttcttcttattagatttttaattattattattattatgcaatcaAATGCAATAATTGTGATGGTGTGTATTAATTTTGGTtggtaaaataactttttttattctttaacagGTGCAGCTGAGGAACCCCGTGCTTCCGTCTTCAACAAGGCAgaaacagaaaacattttaaagacttCCTCCGCTTGGCCCCAGAAAGAATGGACTCTTAAGCGACTTGAtcactttaaatgtgttttgt

Function

GO:

id name namespace
GO:0033554 cellular response to stress biological_process
GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
GO:0005622 intracellular anatomical structure cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00050488 False 11784 lncRNA 0.32 3 42194210 42206974
TCONS_00050489 True 3220 lncRNA 0.32 2 42203476 42206974

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025638 mrm2 coding upstream 65145 42126062 ~ 42129065 (+)
XLOC_025637 snx8a coding upstream 74038 42090418 ~ 42120172 (+)
XLOC_025636 NA coding upstream 231464 41954893 ~ 41962746 (+)
XLOC_025635 lfng coding upstream 267341 41917499 ~ 41926869 (+)
XLOC_025634 chst12a coding upstream 461263 41726360 ~ 41732947 (+)
XLOC_025640 NA coding downstream 283485 42490459 ~ 42497766 (+)
XLOC_025641 BX537305.1 coding downstream 290840 42497814 ~ 42504515 (+)
XLOC_025642 NA coding downstream 300508 42507482 ~ 42509830 (+)
XLOC_025643 NA coding downstream 547683 42754657 ~ 42755168 (+)
XLOC_025644 psmg3 coding downstream 711872 42918846 ~ 42920062 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 11945174 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025630 BX537310.1 non-coding upstream 693685 41500409 ~ 41500525 (+)
XLOC_025629 NA non-coding upstream 1127796 41043023 ~ 41066414 (+)
XLOC_025628 NA non-coding upstream 1245211 40945040 ~ 40948999 (+)
XLOC_025627 NA non-coding upstream 1292053 40898624 ~ 40902157 (+)
XLOC_025648 NA non-coding downstream 895036 43102010 ~ 43135493 (+)
XLOC_025649 NA non-coding downstream 993343 43200317 ~ 43328759 (+)

Expression


Co-expression Network