RNA id: TCONS_00050489


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00050489
length 3220
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 2
gene id XLOC_025639
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 42194210 ~ 42206974 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGTGCAGAGGGCAATATTGAAGAAGCTTAATGAGCTGGACATGAAGATTAACCATCTAACTTCAGTGGTCCAGTCTCTTGCTTCGGCCAAGTGTTCAAATGGTGGTGGACATTGAGAATTACATCTTTCCTATTGAAACAATGGAAGACCTTGAACAACTGGAAAAGGCAATTAGCCGAAAATCCAATGATGGAAAAGATGataaagAGGTTATCCATCAGAGGAGGACAAACTCTAAAAATTTAGAGTTATGGCGTATTTGCTCCAAAGTGTTCGTTCCAGTAGCCAAACAGCTCAACTGgtgtggaggagaaaaaaagaggactaaaaaacacaaatattgggACACTTGTGATAGGTACGTCAAATGTCTTACAATGAACAGTTTAGGCAATCATTTTAAAGATGGAACTGTCATTACATCTTTATAAGCTTATATGAGCTAGCACATGCGGTtcaaatattgtaaaattatgtttaatacaCAAGAGTGTTTTAGAACTGTTGATTCTtgtatagggctgggcgattaaacATTACATCAAAACCTTGATTAATTTAACACTTCACTTCCTTTTCAAATATTGAATCATTGTTATTTTCAAAGTATTATCTTTTGTACTTAAtcaaattgcatttatttatttcaattcatttaatttttacatatcagtttttgttttactttcagTTTAAAAACTTGTATATCTTGGAAAttaggaaataataataaagcgTAAAAAGTACATCATAATGTGAAAAAATGTGTGCGCTTCACTTTACGAAAAGAGAGCTATATACATGTTATGTGCTAAttggaaaacataaaaaaatatcagtCGATTTGATTATTAATATACGCTGAAGAAACGTGGGTAATGCTTGACACATTAGGTCATacaacaatcaaaaataaaacaaactattgCTTTTAATGATCTGTAATGCCTCTGAATATTAATCACAATGCCTGCGATCGCTTGAGCTTTGATGAGGTAAAAATGTGGAACCTAAGCATTGGTGTTAGAATCACCACGTGGGGAATTATTTCGGTTATGGATAGGTTATTAATTAATCTCCCAGCCCTACTGTATATGTGCACTTTTACAATATGCATTCTTTTACATCCAATTTGTCGTATGATCTCTAAGAAATTTAAAGAACAGATTCTTCGTAATTGAAAAGGCACTATTAATCCACTTGATGCTCAGTCAGTCATCGCAACATGTTTAAACCTAGCTTTGTTcgtttaaataaagttattaccTTATTAAATTTACTAAAACAAAACGGAATAAATATATTACTGACCACACATATCCATAACAATGAATCAGACTACGTACCTCAGTTTTCCTGCGGGGACTGGCGGCGACGAAGTTCCACGTGCTCACTGTGATGCTCTTTAGGAAACCATGCGCACTTGCGCAATGATGAAGTTTCGAACACAAAAGAGTCGGTTCCTCGAATTTGACCACTTGTCCAAGTACATACTAATGCAAGTACTGTTGTTggtgttcttttttttaatttattttatgaggACGTTGTGGTTATCTTATAATAAATAGGCGGACTTAAGCTTTTGCACCTCTATTTAACATTAATTCTTTGAAgcaatgttttcatttatttgagaGTAACATCTGAAGAATATTATATTGATTACATGAGAACGGTGAATCATTATCGGATAGCAAAgtctaaaaatatttacaatctaAGTATTATTTCAAAATCACTGGAAATTAACAGCAACCAATCAAAAGTAGGCTAAAATAGTGTTGAAACTGGTGTTAACAGatcattaacaaaatacataGATTGTTCAGCTTgatttaatgataaaaaatgtatatgatttaaaatactattaaataaaaaaatgctgttttttttttgtttgatttgcaATTTGTCAGTTTATTATaggtaattattttttataatttattatttctattgaaaaaaaagtttttttaagaaggtgtttcatttattataatttgtatcAGTTATCTATAAATTAAACAAGATGAACGAATAGCAATTAAGGATTGAGAAGTGAAGACCGCTTATATTCAGCTAAACcaaacagacaaaacacaaactgttaaaaaataaatattcaagagTAATGTCTTATTATTAACTGCATAACCAAACATAAAACAGTAGattggcttattttttttaattgattttcctGTAAAAACAAAATCATCCATCGTGCCAGCATAGTTCCATTTTGATTCCTTTATGTCGTTTGAACAAGGACATGCTTTCTAAATCTATTTTCAGCACTGAAATCGCGCGTCTGATGGGCATTTTACTTTGTGAACTTTGTTCAGAAAAATGCTTGAAGAAAGAgacactgtgtggatatttataaagataaaatGCTTATTGTAATGTAGTGGCTACTCCACTGCATTTTACATTACAACCACCCTGGGGTTTCTCAAAATCATTGGACAAATGAGACAgttaaatgtaatttcagaattAAAACACAGAATTGCCGTTATATCGTCCAGCGATTTGTTTCTCGTTTCAGCGAACATTCGCAAGCATAGTCGCAAAATCGCAATAATCTTGTGTGGTTCTTAAGTTTGTTTATTACGATCAAATAATTTTCAAAGcagtttctaaattcagttctaatttccagcaaacgaataaattaggCAAATCAATGCAATATGGTCAAAAATGAGATTTATATTCAAGCACACATGCTTCCTATGCGACACGCGATGCTTGACCTCTGTAAATCCCGACAGGTGAAcgaataaacaaaacatattcatAAATACATAGAGAATATATGACaacaaatatataacaaataataataatagtaataataataatacgataACAACACTAAACAAATGTggtcatgaaaaaaattaagagcACTCGGAGGTGAAGGCTGAAAAACGAATTTTTAGACAATCATATCctttttccttcttcttcttcttattagatttttaattattattattattatgcaatcaAATGCAATAATTGTGATGGTGTGTATTAATTTTGGTtggtaaaataactttttttattctttaacagGTGCAGCTGAGGAACCCCGTGCTTCCGTCTTCAACAAGGCAgaaacagaaaacattttaaagacttCCTCCGCTTGGCCCCAGAAAGAATGGACTCTTAAGCGACTTGAtcactttaaatgtgttttgt

Function

GO:

id name namespace
GO:0033554 cellular response to stress biological_process
GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
GO:0005622 intracellular anatomical structure cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052754 lncRNA upstream 240730 41954893 ~ 41962746 (+) True XLOC_025636
TCONS_00052753 lncRNA upstream 1137062 41043023 ~ 41066414 (+) True XLOC_025629
TCONS_00052752 lncRNA upstream 1254477 40945040 ~ 40948999 (+) True XLOC_025628
TCONS_00052750 lncRNA upstream 1301319 40899252 ~ 40902157 (+) False XLOC_025627
TCONS_00052755 lncRNA downstream 283485 42490459 ~ 42493371 (+) False XLOC_025640
TCONS_00052366 lncRNA downstream 283527 42490501 ~ 42497766 (+) True XLOC_025640
TCONS_00052756 lncRNA downstream 300508 42507482 ~ 42509830 (+) False XLOC_025642
TCONS_00052367 lncRNA downstream 300856 42507830 ~ 42509830 (+) True XLOC_025642
TCONS_00052757 lncRNA downstream 547683 42754657 ~ 42755168 (+) True XLOC_025643
TCONS_00050487 mRNA upstream 74411 42126062 ~ 42129065 (+) True XLOC_025638
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TCONS_00050490 mRNA downstream 290840 42497814 ~ 42504515 (+) True XLOC_025641
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TCONS_00050493 mRNA downstream 792303 42999277 ~ 43060971 (+) False XLOC_025646
TCONS_00050494 mRNA downstream 792870 42999844 ~ 43060800 (+) True XLOC_025646
TCONS_00050475 other upstream 702951 41500409 ~ 41500525 (+) True XLOC_025630
TCONS_00050468 other upstream 1408597 40792230 ~ 40794879 (+) True XLOC_025623
TCONS_00050467 other upstream 1408636 40791746 ~ 40794840 (+) False XLOC_025623
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TCONS_00050465 other upstream 1410488 40791746 ~ 40792988 (+) False XLOC_025623
TCONS_00050499 other downstream 1166921 43373895 ~ 43384178 (+) False XLOC_025650
TCONS_00050506 other downstream 1507725 43714699 ~ 43714783 (+) True XLOC_025655
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TCONS_00050528 other downstream 3428103 45635077 ~ 45635186 (+) True XLOC_025668