RNA id: TCONS_00050515


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00050515
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.53
exon number 1
gene id XLOC_025662
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 44888037 ~ 44888153 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GGCCACAGCCagatcaccctgcagcccaaaacCAGCCCGAGACCTTACTGTAGATAAGCAGGATTGAGCCTGGTCtgggatgggagaccacatggaaaaacaagattgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000176595

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052764 lncRNA upstream 834267 44000293 ~ 44053770 (+) False XLOC_025660
TCONS_00052765 lncRNA upstream 838003 44000653 ~ 44050034 (+) False XLOC_025660
TCONS_00052766 lncRNA upstream 838003 44000654 ~ 44050034 (+) True XLOC_025660
TCONS_00050505 lncRNA upstream 1132194 43711067 ~ 43755843 (+) False XLOC_025654
TCONS_00052762 lncRNA upstream 1132194 43711869 ~ 43755843 (+) False XLOC_025654
TCONS_00052767 lncRNA downstream 357884 45246037 ~ 45253532 (+) True XLOC_025664
TCONS_00050520 lncRNA downstream 476962 45365115 ~ 45372624 (+) False XLOC_025665
TCONS_00050521 lncRNA downstream 480789 45368942 ~ 45370246 (+) False XLOC_025665
TCONS_00050524 lncRNA downstream 714192 45602345 ~ 45606457 (+) False XLOC_025667
TCONS_00050525 lncRNA downstream 714679 45602832 ~ 45605218 (+) False XLOC_025667
TCONS_00050514 mRNA upstream 810347 44062592 ~ 44077690 (+) True XLOC_025661
TCONS_00050513 mRNA upstream 811090 44062576 ~ 44076947 (+) False XLOC_025661
TCONS_00050512 mRNA upstream 900751 43955864 ~ 43987286 (+) True XLOC_025659
TCONS_00050509 mRNA upstream 1057007 43825785 ~ 43831030 (+) False XLOC_025658
TCONS_00050510 mRNA upstream 1058308 43826018 ~ 43829729 (+) False XLOC_025658
TCONS_00050516 mRNA downstream 59202 44947355 ~ 45000645 (+) True XLOC_025663
TCONS_00050517 mRNA downstream 476696 45364849 ~ 45372636 (+) False XLOC_025665
TCONS_00050518 mRNA downstream 476945 45365098 ~ 45373511 (+) False XLOC_025665
TCONS_00050519 mRNA downstream 476958 45365111 ~ 45373056 (+) False XLOC_025665
TCONS_00050522 mRNA downstream 480820 45368973 ~ 45372778 (+) True XLOC_025665
TCONS_00050507 other upstream 1171122 43716827 ~ 43716915 (+) True XLOC_025656
TCONS_00050506 other upstream 1173254 43714699 ~ 43714783 (+) True XLOC_025655
TCONS_00050499 other upstream 1503859 43373895 ~ 43384178 (+) False XLOC_025650
TCONS_00050475 other upstream 3387512 41500409 ~ 41500525 (+) True XLOC_025630
TCONS_00050468 other upstream 4093158 40792230 ~ 40794879 (+) True XLOC_025623
TCONS_00050528 other downstream 746924 45635077 ~ 45635186 (+) True XLOC_025668
TCONS_00050561 other downstream 2572335 47460488 ~ 47460603 (+) True XLOC_025690
TCONS_00050573 other downstream 4244188 49132341 ~ 49132477 (+) True XLOC_025709
TCONS_00050578 other downstream 5181442 50069595 ~ 50075190 (+) False XLOC_025717
TCONS_00050613 other downstream 7731905 52620058 ~ 52620175 (+) True XLOC_025746