XLOC_025667 (CR392042.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025667
gene name CR392042.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 45602345 ~ 45606457 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00050524
actcacacttctcaaatgaacCGGGAAAGGCGCCTGGgcatggtttggatagcatagtgtgagtgcgcccatAGAAAACAAGATTTGAggttggtcggcttggtagcaatGACAAGtcccagccggcacacgaccgaccttcaacgttgaaatatggttgaaataaggtcagatgtgttttgaacgttgaaataatgttgatagaacgtttaatgttgaacggttgaaaaacagcctgcatatgacaaggcttcaacgttgaaatgtggttgaaaatacgtcagttgttgctttaatgttgaaacaatgttgaatgataaatggttgaaaaaagttacagaaatccttgtacaaatcaacgttgacattttttttatcatggtctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcggaggactcggcgcacgcggccacgcgcagcgcttcacttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattaaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgaggggCATCAAGAACACGCAGATAGCCTacctgtgtcagcctggacagactgcagttctgctactccatgccaaggcttttgtatggatgtcttgactactactgtgttctctaaaggttttctggaggctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacaggcatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaatagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtGTGTGCTTACTGCTTGTAGTAAACACACGCTGATCTGATGAGGGAGAGATATACGCAAACacaattgtatttaatgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggACTTGTGGGATGAcacaagtaattaattacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataataatggaataacaaattgcttttactgttgtgtttgtgagagagaatcaaaccatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatatactttatacaaaaaaaaaaaaaatactacatatttagcatgcagacctgcaaagtgaaggagtaatgtcaggttaagattatagcatgagttttcactattgtgaatgtgaagccattcattcacaatgaattggaatagcaaacctcattattgattttgtaggaaactcacctggtgtttgagaaataaatatgtatttaactgctagactgatatagatgttttagtgttttagtcttgattctttgtccccagtgccatcttttacctcaagtgtttctctcaatctataaaacctcaaacagatgtaatgtatttcacttgtgattcttagttgtgagtgatgtttttttttttttttttttttttttttttttactgcagccactttaaaaatgggtattttgtaaactGTGTAAACAGAATTGAagcgtagtttagttacttagtttaatttagttagtatctgtctttctgaagacggtaacactttacaataaggttgtattagtaagtgttaatgtatttactaacatgaacaaagagcaatgaagcatctttcatataaagaaagtacagttcatgtcagctcagtgcattaatgttaacaagcatacattttgattttaatagcatcaggacatatttcaattaattaaatgattaataaatgctgtacaagtatttgttctttgttcatgttagtaaacattaactttaattcatgaaacctaattaaaaagtgactatttaattgtatgccttttttctgtatttgagtgtacagcatgtatagtaacctgcatggttttGATAAActgtatgctgtaaatgttgctgtatatttagaataattgaaataatgaggtgtgaattaaataaattgatacacagactaa
>TCONS_00050525
acttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagaggtaagcgtgtttttagatgctttaaagttttatttaccccccgattttgttttacacacagtgtatcttaaatgtgactttgtagtgtttcgaattttgaagcatttaaaactttccagtttgtTTTTAGTCTTGTTTGCGCTCCGGTGACGCAGCTAACCTCAaggtaatgtcacatgtttaacgttagtctaaatgagcgtttttatggcaaattcaaagcgataaactccaaacgcagtttaaagttactgagcaacgttataaaacaatatccaTTTTATACGctgtattattagtgttattattacaaagtgaactgctgtcgtttcactgttgttgttgtttttgcttttagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattaaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgaggggCATCAAGAACACGCAGATAGCCTacctgtgtcagcctggacagactgcagttctgctactccatgccaaggcttttgtatggatgtcttgactactactgtgttctctaaaggttttctggaggctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacaggcatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaatagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtGTGTGCTTACTGCTTGTAGTAAACACACGCTGATCTGATGAGGGAGAGATATACGCAAACacaattgtatttaatgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaa
>TCONS_00050526
acttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagagTCTTGTTTGCGCTCCGGTGACGCAGCTAACCTCAagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattaaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgaggggCATCAAGAACACGCAGATAGCCTacctgtgtcagcctggacagactgcagttctgctactccatgccaaggcttttgtatggatgtcttgactactactgtgttctctaaaggttttctggaggctccatttgagggcatcaaggacatactgatggcctaaaccagtgtcagcctagacagacaggcatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtacggtgttctctaaaggtataactggagcaaaacaatagcatccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagtgatatgtgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtGTGTGCTTACTGCTTGTAGTAAACACACGCTGATCTGATGAGGGAGAGATATACGCAAACacaattgtatttaatgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaggACTTGTGGGATGAcacaagtaattaattacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataataatggaataacaaattgcttttactgttgtgtttgtgagagagaatcaaaccatatattctacacattttcttgatgatttactgaaatatttgtctatgttccactgtcacaggtgctcagttttgctgcagtaatgctaaacacaatagatatactttatacaaaaaaaaaaaaaatactacatatttagcatgcagacctgcaaagtgaaggagtaatgtcaggttaagattatagcatgagttttcactattgtgaatgtgaagccattcattcacaatgaattggaatagcaaacctcattattgattttgtaggaaactcacctggtgtttgagaaataaatatgtatttaactgctagactgatatagatgttttagtgttttagtcttgattctttgtccccagtgccatcttttacctcaagtgtttctctcaatctataaaacctcaaacagatgtaatgtatttcacttgtgattcttagttgtgagtgatgtttttttttttttttttttttttttttttttactgcagccactttaaaaatgggtattttgtaaactGTGTAAACAGAATTGAagcgtagtttagttacttagtttaatttagttagtatctgtctttctgaagacggtaacactttacaataaggttgtattagtaagtgttaatgtatttactaacatgaacaaagagcaatgaagcatctttcatataaagaaagtacagttcatgtcagctcagtgcattaatgttaacaagcatacattttgattttaatagcatcaggacatatttcaattaattaaatgattaataaatgctgtacaagtatttgttctttgttcatgttagtaaacattaactttaattcatgaaacctaattaaaaagtgactatttaattgtatgccttttttctgtatttgagtgtacagcatgtatagtaacctgcatggttttGATAAActgtatgctgtaaatgttgctgtatatttagaataattgaaataatgaggtgtgaattaaataaattgatacacagactaa
>TCONS_00050527
attattagtgttattattacaaagtgaactgctgtcgtttcactgttgttgttgtttttgcttttagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattaaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgaggggCATCAAGAACACGCAGATAGCCTacctgtgtcagcctggacagactgcagttctgctactccatgccaaggcttttgtatggatgtcttgactactactgtgttctctaaaggtattactggagcaaaacaacagcacccgttacagtaaaatttgtattcaaaaaaatagtgatacatgtgtagcaggtccagtacatgtgatgtcattgagaagtttttattaaatgtcattaaaacaaataaataaacatgctatttaaataaatctaaatattaaaaacttgaggattaagatgacaaatgaaatgcatcatctgtcttgcgaaaagggtctacttaagaattctggtgttttccaacttaaagggatagttcacccaagaatgaaaatttactcacatttta

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000097197

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00050524 False 2511 lncRNA 0.36 4 45602345 45606457
TCONS_00050525 False 1143 lncRNA 0.39 3 45602832 45605218
TCONS_00050526 False 2060 lncRNA 0.35 5 45602832 45606457
TCONS_00050527 True 552 lncRNA 0.36 2 45603167 45604001

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025666 baiap3 coding upstream 62492 45401472 ~ 45539853 (+)
XLOC_025665 ube2ia coding upstream 228834 45364849 ~ 45373511 (+)
XLOC_025664 NA coding upstream 348813 45246037 ~ 45253532 (+)
XLOC_025663 hs3st2 coding upstream 601700 44947355 ~ 45000645 (+)
XLOC_025662 CR385066.1 coding upstream 714192 44888037 ~ 44888153 (+)
XLOC_025668 dre-mir-2195 coding downstream 28620 45635077 ~ 45635186 (+)
XLOC_025669 gpr146 coding downstream 80809 45687266 ~ 45717575 (+)
XLOC_025670 gper1 coding downstream 150148 45756605 ~ 45770089 (+)
XLOC_025671 unkl coding downstream 172353 45778810 ~ 45818361 (+)
XLOC_025672 mrtfbb coding downstream 665454 46271911 ~ 46365456 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 15353309 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025660 NA non-coding upstream 1548575 44000293 ~ 44053770 (+)
XLOC_025656 dre-mir-365-1 non-coding upstream 1885430 43716827 ~ 43716915 (+)
XLOC_025655 dre-mir-193b non-coding upstream 1887562 43714699 ~ 43714783 (+)
XLOC_025678 NA non-coding downstream 938557 46545014 ~ 46545481 (+)
XLOC_025683 NA non-coding downstream 1192055 46798512 ~ 46803047 (+)
XLOC_025684 NA non-coding downstream 1228400 46834857 ~ 46838638 (+)
XLOC_025685 NA non-coding downstream 1501313 47107770 ~ 47109473 (+)
XLOC_025654 NA non-coding upstream 1846502 43711067 ~ 43755843 (+)

Expression


Co-expression Network