XLOC_025660


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025660
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 44000293 ~ 44053770 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052764
tttgaaacgaatatttgcgcttaacaaacaaaagtatttatttatagactaattgatgtctgtgcgtaaaggtttccctatccaagagcgaaagtgatccattatctctcattctcacgcagtagatgctctgtttaacagttttctgttaataaactgttaactgtttgcttgtgaaatgctcattttttccacttagacttactttgcgtcctgtaaatagtgaatgtgcttTAGGCGtgatgcagctgactcttaaaaggaatgggagatgagactctaattggtttattctcaaaacacaccttaaactcattaagaaaataaactcaacccttttataCCATGCACTGCGGCGGaaggcagatttcccatccttaaattagcaaaaacgcgtcctgacacgccctgaaatcgtttttgccctgcgttttgcactctgcgcatggaccgccaaatagagccctttatgtttaaaaatatgttgaaaaaagtcTTTTCCTTCAACAGAAATTTAcaaagttcaaaattcatgttatAACCCCACTAACACTCAAGGGGTTTTCACCAAGTAATTCAGTAAGTGCTCTATAAAGGGTTAAGTTGCTCAAATACTGAAATCTGAAATTGTCAACTAAGATATAGCCATAaaacaaaatatctttgtttCTAAATGTACTTTCAAAGGAGTGTGCAACCATGAAGATCAAAAGTCAAACATTGTAAGCAAACTGTAAACTTATCTTttgtttttacagcatatttaaacagaataaaaaaaacttggcCTTGTGGTAATGGGTTTAAAatttgcattagtaaatgtacatatgcaaagaaaaaaaaaaaacatgtctagTATTACATGCCCTCTAGGTAACTCAGCGGggaccttgatgtcaaaacaacaccaAAAAGCACATCAATCAATTTGAAATCAACAGTCAAAAGGACATCAAACTGACATTCAGCTTTTCGACATCAAAGTACTTCACATGCTTAGTAGGGATACAAAATcccacactgtaaaactcaaaaagttaaggtaactcaaaccatttgaggaaaccactacaaaccatttgagttaaagatgagtactgtgaacttatcccatttaagttgaagtaatgagtagGGCCaaacggaatctgcggacgtttttagCTATTtgtgcggagaattttggtaaaaatctgtggaattcttttgggagtatcagaactaaaaccttaatgtgtgaaataaaaaaataatatctttttaacttttatttaatgtttaaaatgcaaatacaataAGATTAACTTTATGTGGGTTAAACAAAGCaattctctcatataatatatctactaaaagacagaaaatattactgtacaaactgcattgtacgtaaatcagatgaacattttcatattgctcattaatattactgtaattaatttgacaactgaataaatatagatacatttcattaactcattaccttcaacactgagttcaaaactcttttcaaatgagcagaattgactttcagtcaattttaagttaactacactcatttcatttgataaagttgactgttgggttttacagtgcatgcaaatttgtaattgaagctttcaaatgaacacaattcttATAGTACAATACTTTTTGTGTCATTAAGTTGGTGGTCAAAAGGTCATCAATACGTGCCTGTCAAAAGGTTTGACATCAATTCGATTTGCATTTTCGACGTCATGATGTTGTTTTGACCTCGCAGAGTTTTCTGGAAAGTCTGTCCAAGTCGTCAGAGTTAAAACAGTGTAACCTAATCTTAAAGTCTTAACTCTAAACAAATAATGAGCATTTGCATAGTTCCAGTAACTGCTCAAACGTccaaatgaatgattcactgtGCTAGCTCCCCCGGTGGCCTGAGACGCTCACATAAACGTCATCCACAAAGAGGGTGTGTGGTTTGGAAAATTGGAGGATGATTCATTGCGACTCCAGAGGTTATATGCAAAGAGACTGAAATGTTTTACTTATGTGCGACACAGTTAGACAGCGTGATATGAAAGGTCTATTTCAACAGTCGGTGGGATATTCAAAAAGTCCCAAGCAGTGTTCTGTAACAGGGCTGTTTGGCCGGCGATGTGGGGGAATTTCAGAGCTCCACATTCATTAAGTGTTCGCTCAGTGCTGATGCTCGTGCTCCATTGTCCCCCCGTGTTTTTTGATACGTCTTGAAAAGCTTTATAGGGATCATCCCTTGCGATTGTGTGATCATGATGTAACAGAGGAGAATACAGTGGATTGGCACTGGTGATTAGATTTTGCCTGATCACCTTGTCGTCTGCATCAACATCAGAGGAAAGTTTCGCACAACCATCTACAACATCTCTCTTTTCCACAACAGCACTGAAAGCCTGATATCCTTCATCAGGAAAGTTCTGCAGGCTCTTAATGATATCAATAGAGTTTTCCAGCTTAAATATGGAGTCTGAGACTTTTCTATCATCAGAATGATCACAGTTCAGGTCTAAAAATGAAGAATCATCAGTGGTTCCTTCCAAATATGACTTGTTGCTGAAAACCGATGAACCCGAGCAGGTACCCGAATCTCTGTTAGCACGATTCCTTTCCTTTGAAGAAGACTCCACACTGTTCTATGGCATCTCAATGAACTGGTTGAGTGGTGTGTTCCATTTCAACCGTAAAAAATCTAGAGCTATTGCAATATCAAGTTGTGATCGGATGTCTTGCACCGGATTGCTACCAGAATCACAGACGGCCTGGCCATTATCCCCTGGTGATGATTCAACACTGTGAGAACTTCTCTCGTTGTTTGGGTTCACACATACTTTTGAGATCCTGACAGAAAGAGACATGTTGAGGTGTTATTAAGAAGACATAGAACGACACTGAGCATGAttacagtgtataaataaaataacatacgaTTTCTTTCCCTCCTCGAAGTCTGGATTAATAACCTCAACTTGGTTTGGGTAGACTGCATTGGAGGAATGAGGCAAAAGTTGCTTCTTATTTCCAAAATTGTCTTTAATTGTTGGCTTGGCGATCTTGTCCCACCAATTTGACTTCA
>TCONS_00052765
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>TCONS_00052766
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052764 False 3094 lncRNA 0.37 2 44000293 44053770
TCONS_00052765 False 2972 lncRNA 0.37 2 44000653 44050034
TCONS_00052766 True 2737 lncRNA 0.37 2 44000654 44050034

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025659 BX571715.1 coding upstream 13007 43955864 ~ 43987286 (+)
XLOC_025658 litaf coding upstream 169263 43825785 ~ 43831030 (+)
XLOC_025657 zc3h7a coding upstream 191971 43774369 ~ 43808322 (+)
XLOC_025654 NA coding upstream 244450 43711067 ~ 43755843 (+)
XLOC_025661 nsmce1 coding downstream 8806 44062576 ~ 44077690 (+)
XLOC_025662 CR385066.1 coding downstream 834267 44888037 ~ 44888153 (+)
XLOC_025663 hs3st2 coding downstream 893585 44947355 ~ 45000645 (+)
XLOC_025664 NA coding downstream 1192267 45246037 ~ 45253532 (+)
XLOC_025665 ube2ia coding downstream 1311079 45364849 ~ 45373511 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc upstream 13751257 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025656 dre-mir-365-1 non-coding upstream 283378 43716827 ~ 43716915 (+)
XLOC_025655 dre-mir-193b non-coding upstream 285510 43714699 ~ 43714783 (+)
XLOC_025653 NA non-coding upstream 312636 43685664 ~ 43687657 (+)
XLOC_025652 CU138533.2 non-coding upstream 346502 43650041 ~ 43653791 (+)
XLOC_025667 CR392042.1 non-coding downstream 1548575 45602345 ~ 45606457 (+)
XLOC_025668 dre-mir-2195 non-coding downstream 1581307 45635077 ~ 45635186 (+)
XLOC_025678 NA non-coding downstream 2491244 46545014 ~ 46545481 (+)

Expression


Co-expression Network