XLOC_030809 (ostf1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_030809
gene name ostf1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 6726155 ~ 6745511 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00059944
ATGCGCATGCGCAGATTAACTTTTCCGCATTGGGTTCGTTTACGCTTCCTCATTGACAGCGCCTAAAGGAAGAAAGCAGCGATCCACTGTTTCATTTGCGCTCTTAACCGTTTTAAACAGCTTATACGTGATATAGAAATCTTTAATAACCCAGAAAGCGTCTTTAAAAGTCTCGGAAAGTTCCTGAAATGTCAAAGCCTCCCCCCAAACCAGCTAAACCAGGTCAGGTCAAGGTGTACCGGGCTTTATTCACCTTTGACCCAAGGACGCCGGATGAACTGTACTTTGAGGAAGGTGATATTCTGTATATCTCAGATACGAGTGACAGTAACTGGTGGAAAGGGACATGCCGGGGAAGGACTGGTCTTATTCCTAGCAATTACGTGGCTGAACAGGCAGAGTCCATAGATAACCCCATGCATGAAGCAGCCAAACGAGGAAATCTGAGCTGGCTCAGAGAGTGCTTGGATAATAAAGTTGGCATCAACGGACTGGACAAAGCAGGGAACACCTCTCTCTACTGGGCTTGCCATGGAGGACATAAAGATGTGGTGGAGATTTTGCTGAGTCAGCCGAACTGTGAGCTCAATCAGCAGAATAAATTGGGAGATACGCCTCTACATGCAGCTGCCTGGAAGGGTTATTCAGATATAGTTGAGATGTTGCTTAATAAAAATGCAAGGACAGATGTGGTAAACAATGAGAAGAAGACGGCTCTGGATATGGCCACCAACGCACAGTGCGCCTCTCTGCTGAAGAGGAAGCTGGGAGGAGTCATTCTGCGCACCCACAGTAACGCCGAGGAGTATCTCGATGATGAAGACTCCGACTAAGAGAAGAGCAGCACTAATGAAGACCATTCATTCCAACACAACCATCACAACATGTGTTATACAgttgtcaacatttaaagtggatcctCAACTTTGGTCaaagttgttttaaaactattaaataacacCCAACTTCAGATGCTGCCTACTGTATAGAGTGCCTATAGAAAACTAGCATACCCTCCTCCCTTTAAAATAAGTACTTTAGATTTTAGTCACACAGCCTGAAATCACATTCCAAATAACTTTTTACAgcctttaaaatagttttttggtaacacttaaaaaaaaaaaggtccattactaaatgtatttacttacatgaacaaacaatttaGTAAAACATTCATTATGGTacttattcatctttgttaatgttatttaagttaaattatcAACTGCATTCATTAATTAGAATGGATTTTAATCTTGCATTAgataatgttgaactatgattattaaatgctttttaagattattcattcttggttaatgttagtaaatacattaactaacggACCCTTGTTCTTAAGTGTTACCATATTTTTTGTAGCCTTCTAACCTGtgcctttctacaactttatcCTGAAGGTCTTTTTAAAAAGCAGGGTGTCATAGAGTAGTTACAGATTTTCAAAGGGTATGATGATGTTATAAAGGCACTGTATATAGATCCGATTTAGATGCATATATAGATGAGATTTAGATTCATGAACATTTATGTTCATGTATTTAGATCagatatatattaatgtatttagatcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgcatgcatgcatataaacctgatctctatacatgtatgcatataatcatgatctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatttttgagagagagagagatcagatTTGTATGCATATATAGATCACATTTATATTCATGTATATAGATCAGATTAATATCTATATATAAAAAGATCATGATTTTATGCATGTATAGATCGGATTTATATGCATCTATAGATAGGATTTATATGCAAGAAACGGTAACACTCTACAGTATGGGACACATAGtcaaatgtatttactaacaccaacaaataaaatgtacaatgtttatttaccacagttcaacatttactaatacattattaaaatccaaagttgtgcttgttaataaTGGAGTAAAACTAGTGTTTTCTTGTCATTGGAACATGTGGGAAGTTcaacaaaaattttaattacaCAGTTTACAATGACAATTAGCGAGTTAAGAAGAACTAGCAATGAACAGCtgtaattttcatttaattagcgttaacaaacatgaataaatactgtaataaatgtattgttcgctgtgtattcatgttagtaaatacattaactacttGTCCTCTATTGTAAATGTGACTCAAGAAACATTGCTTTCAAGAGGATGTGAAAGTCTGTTGGCGTTGTCTTGTGTGTCTTAACTTcattcctgtttgtttttaaaagtatttgcATTATGGTCTGTTCTGTACATGTTTCGGATGGATTTTGTACTTCTACTTGCTGCTCCTCTCTGAACTGTATTTATTCtgatgtctttttattttttttttggattttaaaGTGCCTTCTTTAATAGGGAGATCGTCCTAGAGTGCTGGGTCTTTTATTCCAATAACCTTTAGTCAGGGTGGcgctgtgttttaatttctgatattaaataaaattaggcTGTGAGGCATAGAAATACGGTACATTTAGTGGGCTTTACGCTGTCGTTTAACTATATATAGCTTTTGTAGTTGATTAAATGTTACTCTAATTAAACTTTCAAAAGACAAGAACAGTATCAGATAGCATTACAGCGTCACATAACATACAAATGCTACAGAGTGCATAAAACagaaagtaaaaattaaaaaaaattaaatatatatggcAAATGAAATAATCAGcttgttttaaagcattttttgttCAATAAGAATTAAATAAgaactaaaataaatcatttgatgtgtttttaaacCTTCATTGAGTGCCGTTGTAATAATTGTCTATTCCTCACAGCCTTGTTTTCATCCACATTCAATTCCAAATGACTTCCAACCCGATTAAGGACTAGTTTTAAGCGTGTGTATGTGGGGAAGAGtgtgcattttacatttttaatttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgaatgtacGGTTGTGCTTTATGATAAAGCTGCATGTAAATCTGAAAGTCACAACTATGCAAATAAATCAGTGGCCTTAGCTTGATGTGCAAGACTCAAGTGTGAAGCTTGGACATA
>TCONS_00059945
AGCGCCTAAAGGAAGAAAGCAGCGATCCACTGTTTCATTTGCGCTCTTAACCGTTTTAAACAGCTTATACGTGATATAGAAATCTTTAATAACCCAGAAAGCGTCTTTAAAAGTCTCGGAAAGTTCCTGAAATGTCAAAGCCTCCCCCCAAACCAGCTAAACCAGGTCAGGTCAAGGTGTACCGGGCTTTATTCACCTTTGACCCAAGGACGCCGGATGAACTGTACTTTGAGGAAGGTGATATTCTGTATATCTCAGATACGAGTGACAGTAACTGGTGGAAAGGGACATGCCGGGGAAGGACTGGTCTTATTCCTAGCAATTACGTGGCTGAACAGGCAGAGTCCATAGATAACCCCATGCATGAAGCAGCCAAACGAGGAAATCTGAGCTGGCTCAGAGAGTGCTTGGATAATAAAGTTGGCATCAACGGACTGGACAAAGCAGGGAACACCTCTCTCTACTGGGCTTGCCATGGAGGACATAAAGATGTGGTGGAGATTTTGCTGAGTCAGCCGAACTGTGAGCTCAATCAGCAGAATAAATTGGGAGATACGCCTCTACATGCAGCTGCCTGGAAGGGTTATTCAGATATAGTTGAGATGTTGCTTAATAAAAATGCAAGGACAGATGTGGTAAACAATGAGAAGAAGACGGCTCTGGATATGGCCACCAACGCACAGTGCGCCTCTCTGCTGAAGAGGAAGCTGGGAGGAGTCATTCTGCGCACCCACAGTAACGCCGAGGAGTATCTCGATGATGAAGACTCCTCTCTGAACTGTATTTATTCtgatgtctttttattttttttttggattttaaaGTGCCTTCTTTAATAGGGAGATCGTCCTAGAGTGCTGGGTCTTTTATTCCAATAACCTTTAGTCAGGGTGGcgctgtgttttaatttctgatattaaataaaattaggcTGTGAGGCATAGAAATACGGTACATTTAGTGGGCTTTACGCTGTCGTTTAACTATATATAGCTTTTGTAGTTGATTAAATGTTACTCTAATTAAACTTTCAAAAGACAAGAACAGTATCAGATAGCATTACAGCGTCACATAACATACAAATGCTACAGAGTGCATAAAACagaaagtaaaaattaaaaaaaatt
>TCONS_00059946
AAGAAAGCAGCGATCCACTGTTTCATTTGCGCTCTTAACCGTTTTAAACAGCTTATACGTGATATAGAAATCTTTAATAACCCAGAAAGCGTCTTTAAAAGTCTCGGAAAGTTCCTGAAATGTCAAAGCCTCCCCCCAAACCAGCTAAACCAGGTCAGGTCAAGGTGTACCGGGCTTTATTCACCTTTGACCCAAGGACGCCGGATGAACTGTACTTTGAGGAAGGTGATATTCTGTATATCTCAGATACGAGTGACAGTAACTGGTGGAAAGGGACATGCCGGGGAAGGACTGGTCTTATTCCTAGCAATTACGTGGCTGAACAGGCAGAGTCCATAGATAACCCCATGCATGAAGCAGCCAAACGAGGAAATCTGAGCTGGCTCAGAGAGTGCTTGGATAATAAAGTTGGCATCAACGGACTGGACAAAGCAGGGAACACCTCTCTCTACTGGGCTTGCCATGGAGGACATAAAGATGTGGTGGAGATTTTGCTGAGTCAGCCGAACTGTGAGCTCAATCAGCAGAATAAATTGGGAGATACGCCTCTACATGCAGCTGCCTGGAAGGGTTATTCAGATATAGTTGAGATGTTGCTTAATAAAAATGCAAGGACAGATGTGGTAAACAATGAGAAGAAGACGGCTCTGGATATGGCCACCAACGCACAGTGCGCCTCTCTGCTGAAGAGGAAGCTGGGAGGAGTCATTCTGCGCACCCACAGTAACGCCGAGGAGTATCTCGATGATGAAGACTCCGACTAAGAGAAGAGCAGCACTAATGAAGACCATTCATTCCAACACAACCATCACAACATGTGTTATACAgttgtcaacatttaaagtggatcctCAACTTTGGTCaaagttgttttaaaactattaaataacacCCAACTTCAGATGCTGCCTACTGTATAGAGTGCCTATAGAAAACTAGCATACCCTCCTCCCTTTAAAATAAGTACTTTAGATTTTAGTCACACAGCCTGAAATCACATTCCAAATAACTTTTTACAgcctttaaaatagttttttggtaacacttaaaaaaaaaaaggtccattactaaatgtatttacttacatgaacaaacaatttaGTAAAACATTCATTATGGTacttattcatctttgttaatgttatttaagttaaattatcAACTGCATTCattattaaaatccaaagttgtgcttgttaataaTGGAGTAAAACTAGTGTTTTCTTGTCATTGGAACATGTGGGAAGTTcaacaaaaattttaattacaCAGTTTACAATGACAATTAGCGAGTTAAGAAGAACTAGCAATGAACAGCtgtaattttcatttaattagcgttaacaaacatgaataaatactgtaataaatgtattgttcgctgtgtattcatgttagtaaatacattaactacttGTCCTCTATTGTAAATGTGACTCAAGAAACATTGCTTTCAAGAGGATGTGAAAGTCTGTTGGCGTTGTCTTGTGTGTCTTAACTTcattcctgtttgtttttaaaagtatttgcATTATGGTCTGTTCTGTACATGTTTCGGATGGATTTTGTACTTCTACTTGCTGCTCCTCTCTGAACTGTATTTATTCtgatgtctttttattttttttttggattttaaaGTGCCTTCTTTAATAGGGAGATCGTCCTAGAGTGCTGGGTCTTTTATTCCAATA
>TCONS_00059947
TCCGCATTGGGTTCGTTTACGCTTCCTCATTGACAGCGCCTAAAGGAAGAAAGCAGCGATCCACTGTTTCATTTGCGCTCTTAACCGTTTTAAACAGCTTATACGTGATATAGAAATCTTTAATAACCCAGAAAGCGTCTTTAAAAGTCTCGGAAAGTTCCTGAAATGTCAAAGCCTCCCCCCAAACCAGCTAAACCAGGTCAGGTCAAGGTGTACCGGGCTTTATTCACCTTTGACCCAAGGACGCCGGATGAACTGTACTTTGAGGAAGGTGATATTCTGTATATCTCAGATACGAGTGACAGTAACTGGTGGAAAGGGACATGCCGGGGAAGGACTGGTCTTATTCCTAGCAATTACGGTAAGAAAAGCAAACTACAGTAGTCAActtttaaagtggatcaaaacctttacaTCAAAGTCGTCTTAAAACTATTTAACAACATCCATTCTGACCTTAGGAGacttttgaaaaacttttttgatccacatGAAATGTTGATTACAGTAGATCCTGCTAACCATCAACCCTTTAAACGTAATGCTTTAGTGAATGAGATGACTTTTGGGAAATGTAAGGGATAATTCAcctgaaaaataaaaagttaatttagGGTCTATTCACTCCAGGAAAGTTTGTTAGTTCACTTGCTTTGGTCATGACCAAATTttgaattagtttattttttcattatttgatgCGGTTCGCTTTCATACTGCCTAGAATGAACCAGAAATTGTAAACAAAACCACATTTGTGCTAAAGACAGCCATTTGTACGCTTATTtcatgcg

Function

symbol description
ostf1 Predicted to be involved in signal transduction. Predicted to be located in cytoplasm. Orthologous to human OSTF1 (osteoclast stimulating factor 1).

GO:

id name namespace
GO:0007165 signal transduction biological_process
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040625-157 Predicted to be involved in signal transduction. Predicted to be located in cytoplasm. Orthologous to human OSTF1 (osteoclast stimulating factor 1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000091555

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00059944 False 3322 mRNA 0.34 10 6726155 6745511
TCONS_00059945 False 1127 mRNA 0.42 11 6726541 6745454
TCONS_00059946 False 1694 mRNA 0.38 11 6726791 6745442
TCONS_00059947 True 794 lncRNA 0.39 4 6736276 6745488

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_030807 tnks1bp1 coding downstream 158691 6515741 ~ 6567464 (-)
XLOC_030808 CABZ01074478.1 coding downstream 194973 6531067 ~ 6531182 (-)
XLOC_030806 NA coding downstream 214316 6511314 ~ 6511839 (-)
XLOC_030805 crybb3 coding downstream 217905 6489260 ~ 6508250 (-)
XLOC_030804 NA coding downstream 253401 6471025 ~ 6472754 (-)
XLOC_030810 CABZ01041961.1 coding upstream 183523 6929034 ~ 6929148 (-)
XLOC_030811 CABZ01087503.1 coding upstream 402780 7148291 ~ 7148407 (-)
XLOC_030812 CABZ01087502.1 coding upstream 453246 7198757 ~ 7199998 (-)
XLOC_030813 NA coding upstream 631471 7376982 ~ 7377405 (-)
XLOC_030814 CU856253.1 coding upstream 685914 7431425 ~ 7431523 (-)
XLOC_030801 NA non-coding downstream 413637 6311493 ~ 6312518 (-)
XLOC_030800 NA non-coding downstream 527830 6198080 ~ 6198325 (-)
XLOC_030816 CABZ01069879.1 non-coding upstream 887184 7632695 ~ 7632819 (-)

Expression


Co-expression Network