XLOC_036426


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_036426
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 23134700 ~ 23137569 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00072033
gtgtgcgtgtgttaggttgagtcttattctactcttattatattcaaatttttttgcagccacagccactgatgttgaaacactgatgctaccaatcaaccctcgcttgattattaaagaagttccaccagtacctccagtagtagtaaatattagacaaagatttttttaaactatagtttttatttttattagcaattttactgggcatgtgtgtttgtttgcttggtttttaataggcagagcatggaatgtcaactttgtttctacaaacaaatttaattattcacaaacacctctaatttagtccttctttcccccttttagtgttattccttggagggtcgagtggtcatgggacctcacctggatttcacaactgactttggatctggtctgaaactgaagtatgctgaagatgccttttgcactctggaatttaagggccgtgttgcagacacaaattgtttgtctgtgctggagaccagaggggaagctgtctttaaaaggatggggctcttataccatatgtgaagttacctattcaggtgctttttgggcaccagtttggagatgggaGACAGAtgaagtcaaagaagcagagaagacacatcaaccagcaagtgtgtaaaattatcaggaaaatgattgaccttgaatagacgactgcctaatttagcaagaagttttgtctctctctctcatgtgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatgagagagagagcgcactctgaagcactgctttttatatgtatgctacatatgatgtcagatttttttattaatatgttcttatagtattttttgaggcttcaccttcaccttttgaaagttttctgaaatgtttacacagatgtcattaagctgttaaataaatctgtaaaatgtat
>TCONS_00072032
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>TCONS_00072034
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>TCONS_00072035
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>TCONS_00072036
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>TCONS_00072037
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>TCONS_00072038
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>TCONS_00072040
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>TCONS_00072039
cttcggttcaggactcgtgtgacattgaatcagattcagatattttatcagacgtgttcatgagctcgaagtcatcaacaagcaattcgtgtacaagcagtacacgaaccaagcaatatgatgaaatattaatgaattatatgtttgcgtcttacaatattatacaaaacggaatcgttttcaggcgaattcgactctttactgttcacttaaaggagccgaattcgactctttactgttcacttaaaggagccgattcattgaacaaaactgactcgactcgaccgcaaacaagcgccatcaccacagacaacgccgtcgtctcttcacccaacggattcatcctcgtacaagactgaagtaaaggtgaaatgactataacgttaaggtgtacctgataatagctaAAGTGTAAGGTGagtgtaaattctgagcacacaaatataacctaaattcattatca

Function

GO:

id name namespace
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00072033 False 955 lncRNA 0.35 4 23134700 23136454
TCONS_00072032 False 1058 lncRNA 0.34 3 23134700 23136454
TCONS_00072034 False 691 lncRNA 0.38 5 23135682 23137249
TCONS_00072035 False 422 lncRNA 0.45 6 23135682 23137297
TCONS_00072036 False 753 lncRNA 0.33 2 23135917 23136849
TCONS_00072037 False 471 lncRNA 0.35 3 23135985 23136937
TCONS_00072038 False 525 lncRNA 0.34 3 23136283 23137275
TCONS_00072040 False 759 lncRNA 0.35 2 23136529 23137569
TCONS_00072039 True 463 lncRNA 0.39 3 23136529 23137569

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_036425 NA coding downstream 10913 23121513 ~ 23123787 (-)
XLOC_036424 si:dkey-70p6.1 coding downstream 53033 23040727 ~ 23081667 (-)
XLOC_036423 emilin3a coding downstream 168784 22965617 ~ 22965916 (-)
XLOC_036422 emilin3a coding downstream 169486 22962690 ~ 22965214 (-)
XLOC_036421 NA coding downstream 267597 22862004 ~ 22867103 (-)
XLOC_036427 si:ch211-196c10.15 coding upstream 53417 23190986 ~ 23194408 (-)
XLOC_036428 NA coding upstream 79929 23217498 ~ 23219956 (-)
XLOC_036429 ptk6a coding upstream 89531 23227100 ~ 23240156 (-)
XLOC_036430 NA coding upstream 103293 23240862 ~ 23250204 (-)
XLOC_036431 nol4la coding upstream 115281 23252850 ~ 23328264 (-)
XLOC_036420 BX072561.2 non-coding downstream 288902 22844700 ~ 22845798 (-)
XLOC_036413 NA non-coding downstream 660058 22405875 ~ 22474642 (-)
XLOC_036411 NA non-coding downstream 700590 22384742 ~ 22434110 (-)
XLOC_036432 NA non-coding upstream 250315 23387884 ~ 23390242 (-)
XLOC_036434 NA non-coding upstream 416458 23554027 ~ 23557922 (-)
XLOC_036444 NA non-coding upstream 1055130 24192699 ~ 24215822 (-)

Expression


Co-expression Network