LOC110506692 (fa60a)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110506692
gene name fa60a
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048590.1
NCBI id CM023244.2
chromosome length 51113553
location 34524997 ~ 34530228 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036964405.1
CTATATCTGCACGGGGGTCATTGTAACAATGGGAGAGCATGGATATGGAGCGTGGCgtggtagctagctaacgttagcaggctagcTAACAACAATAGTCAGATTGCTATTTGGCGCTCTCAGCGGGCGAATGTTTGAATTTAAAGGGAAGGAAACGATATAAATTATTGGTTCCCATTGATCATCATGTTTGGTTTTCACAAGTCTAAGATATATCGCAGCCATGAAGGATGTTGCATTTGCAAGACCAAGTCCTCCAGTTCACGCTTTACTGACAGCAGCAGATATGAAGAAACCTTCAGGCTATGTTTTGGGTTGTCAGAGGATCGTGTGGGAGACATCTGCAATGCCTGTGTGCTGTTAGTAAAAAGATGGAAAAAACTGCCAAAAGGCTCTAAGAAGAACTGGAACCATGTTGTGGATGCAAGAGCTGGGCCTGGCTTCAAGCTAACCAAACCCAAGAAGACGAAGAACAGTGATGGGAAGAAGAAAAGCAAACTGAAGAGGCTTCACAAATTCAAAAGACAAAACTCGGATGCCCACAGCACGACCTCCAGCATGTCTCCATCCCAGTCCCCCAGCTATGAGTCAGATGACGGCTCAGACATTGAGTCCAAACAGAGGCGCCCCACTCCTTCTGTCTTTTCCTTCCTGGACCGTTCTTACTGGAAAAGACAAAAGGTGTGCTGTGGGATTGTGTACAAAGGGCGTTTTGGTGAGGTGATGATTGACCCGCGTCTCTTCAAGCCCTGCTGCAGCTCCAAGAAGCAGGAGACGTTGATTCCCATACAGGACACGCACCTTCCCCTTCCCGCCATTCACCCCCCGCCTCTCCCGCTACCAGAGGCCCTGAAAGAGGACTGGTGATGGCTCTTGAGCACCCTCTTGGGGTGACCATGACACCCTACAAGTTGTCTCCAGTGGCagactattcccccccccccccccccccccccccaaccattCCCTATTAGTTCACTGTGCATTTAGATGGCTAAATGATTTTcctatttttgctttgatatgtgtatttgtaatttttttttacatataattCATTTTcttgtctttcttttttttttagaaaactAAAAAGaaccaaaaaaaatgtttttataaatgcATTAGTTGTACTATTTATAGGATGAGGCAGAATTCTATTTGGCCTTGAAGGGCACACTATTCAGGTCTGATTTAATTTGGTTTGCAACATTTAAAGCGTATTTTCTGTGTTACGGTTACCAGGATTTGTATATATTATGTTATTTTTGCCAGCATCCAgacttgtttttttatttttacagctgTCTAATTGGCAATTAAGTATTCTTGTGCTGATATGCAAGACTCCACCAGCTAGATTTCTAAAACCAGCTTATTTGCATTGATGGAATTGACATTTTAAGTCTTATACTTGTTTTCCCCTGACACTCAAGCAGATTTAATTCAATTTATAGCATCTTAATATATAAAGGGTTATGGGTTAAGAGTATTTAGGGGTCTTCAGTGAATTTATACATTATGAATGGCCTTTTAAATGTATACATGCATGTGTTATCACACTTTCCCACACATGCATGGTTTGGCAAGCACTGAGTAGTATTGTATGTTGTCAGATGTGTTAACACTCCGTACCATGCGCGTATCTATTGCTTTTCCAGCAATTTCATGCAAGTGAATCACGATAGATTGAGTTCGACCAAGCATGCAGAACTCATCTTTGTCTTGGAATGAAAACCAGCAATTATTTATTTGTAGTCTTCCATGAGCTGAAAATGCACATTTTTATAATCATATGTTGAAGTGTTCTTGTATATACACTTGAGAGTGTTTTGGCTATGAGAACTATTTTAAATTACAATGCATCTTTTTAAACCACTAAATGTGTACAGATGTGGAACTATTTAGATTGAGGCATTCTTTTATGGCATCACTTGTAACTTATTCATTGGTCAATAAGTGGCTAGCCTAATCCCCAAGTTTGTCACAACACTTCAGGGGGTTGTGTTTGGTAAGGCACAATGCAGCAAAGCTTTAGCAACCAATTATGAAAATTAGCAGTGTGGTGTTGGACAACTTCCGGCAGTAACACAGTTTGTGCCTGCTGAATACCACCCATATCTTTGTCCTATGAGTTGAAGGCTAAAGCAATACTTACATTATTAATGTTCTGTGTTTGTTGGCATCTTGTTATTCTGTTATTGAAcgtgtattttatattttacagaaGCAAATCAAAGCGTAGACTATGCAGACATTTTGAATGTGAGAAATTACCAAAATGTTAAAGGAGCAACATTTGTAAGTCCATCTCCGCCTCGTAGCAAAATTGTTTTTCCTGCGTTTCATTGTTTTAAATCGATATTTCATAATTATAATGTGGCTTTGCCTCAAGCGACAACATACGTTTCTGGTTCGTTTTCTATACATTTCTGGTCAGTGGTCGAGTCAAACCAATCAGGTGTGTACCTCTTAAATAATGCACAGTTTTGCAGTAAGTGGCGTGAATTATTATTAGTTTGTTGTCAGACATGCAGACcggtagcctgagtgccagtctgtctgttctgtcatgCCAACTTCTTGTtactcattgtcatgccaaacattaTATAGCTTAACACTGATATCAGTGGAGTTTGCaagagcacaaactgatctggcaCCTGGCTAGTAGACAGGGTATCCTGTTGTGCAAAGTTATTTATTTGCTATAACTGAACTAAATCAGTAGAATGGTTTGTGTCAATATACTGTATAACCTTGGTTTTCAAAACAGTTACTTTTGTGTAGCAGGTTAGTTGAGTGTTAAATCTTTCTCTGATTCTTAAATAGTGTCATTAAAAGGAGAGCTGATGCTTCCTTTTATCAAGATGGAAAttctaaactgtttttgtatataGGGAAATGACTATTTTATTGGTGTTTGCATGGCACATTTGATCATTAGTGTGCCTTATAAGAACGAACATGCCTTTTACATCATGAAATTCAATCTGTAATGtcatttaatatttatttatttcaaatccATTTGTAAAACTGATGCTGTAAATTGAACCGTTAGGACCTTCAAGTAATTTTCATTTTGTGCACTTCTTTCGATTTTGTTTTGGTTTTGTCTATATTGTTATTCTGTATCTCCACAACTGCATTAGTTCTGTCTTGTAATAAAACATCAAATATAAT
>XM_036964404.1
TTCAAACGGACACGTTACACTCCTAATATGGTGTTTCGCTTTATTATCATCTTTTTTTATGCTAATGTCATTCGAATACCCAGCTgtatgcagtagtagtagtagtaaggcATGCGCAGTGTGTAAAAAGACAACGAAGATTTAAAGTTTTTGTTCGGGTTCCCATTGATCATCATGTTTGGTTTTCACAAGTCTAAGATATATCGCAGCCATGAAGGATGTTGCATTTGCAAGACCAAGTCCTCCAGTTCACGCTTTACTGACAGCAGCAGATATGAAGAAACCTTCAGGCTATGTTTTGGGTTGTCAGAGGATCGTGTGGGAGACATCTGCAATGCCTGTGTGCTGTTAGTAAAAAGATGGAAAAAACTGCCAAAAGGCTCTAAGAAGAACTGGAACCATGTTGTGGATGCAAGAGCTGGGCCTGGCTTCAAGCTAACCAAACCCAAGAAGACGAAGAACAGTGATGGGAAGAAGAAAAGCAAACTGAAGAGGCTTCACAAATTCAAAAGACAAAACTCGGATGCCCACAGCACGACCTCCAGCATGTCTCCATCCCAGTCCCCCAGCTATGAGTCAGATGACGGCTCAGACATTGAGTCCAAACAGAGGCGCCCCACTCCTTCTGTCTTTTCCTTCCTGGACCGTTCTTACTGGAAAAGACAAAAGGTGTGCTGTGGGATTGTGTACAAAGGGCGTTTTGGTGAGGTGATGATTGACCCGCGTCTCTTCAAGCCCTGCTGCAGCTCCAAGAAGCAGGAGACGTTGATTCCCATACAGGACACGCACCTTCCCCTTCCCGCCATTCACCCCCCGCCTCTCCCGCTACCAGAGGCCCTGAAAGAGGACTGGTGATGGCTCTTGAGCACCCTCTTGGGGTGACCATGACACCCTACAAGTTGTCTCCAGTGGCagactattcccccccccccccccccccccccccaaccattCCCTATTAGTTCACTGTGCATTTAGATGGCTAAATGATTTTcctatttttgctttgatatgtgtatttgtaatttttttttacatataattCATTTTcttgtctttcttttttttttagaaaactAAAAAGaaccaaaaaaaatgtttttataaatgcATTAGTTGTACTATTTATAGGATGAGGCAGAATTCTATTTGGCCTTGAAGGGCACACTATTCAGGTCTGATTTAATTTGGTTTGCAACATTTAAAGCGTATTTTCTGTGTTACGGTTACCAGGATTTGTATATATTATGTTATTTTTGCCAGCATCCAgacttgtttttttatttttacagctgTCTAATTGGCAATTAAGTATTCTTGTGCTGATATGCAAGACTCCACCAGCTAGATTTCTAAAACCAGCTTATTTGCATTGATGGAATTGACATTTTAAGTCTTATACTTGTTTTCCCCTGACACTCAAGCAGATTTAATTCAATTTATAGCATCTTAATATATAAAGGGTTATGGGTTAAGAGTATTTAGGGGTCTTCAGTGAATTTATACATTATGAATGGCCTTTTAAATGTATACATGCATGTGTTATCACACTTTCCCACACATGCATGGTTTGGCAAGCACTGAGTAGTATTGTATGTTGTCAGATGTGTTAACACTCCGTACCATGCGCGTATCTATTGCTTTTCCAGCAATTTCATGCAAGTGAATCACGATAGATTGAGTTCGACCAAGCATGCAGAACTCATCTTTGTCTTGGAATGAAAACCAGCAATTATTTATTTGTAGTCTTCCATGAGCTGAAAATGCACATTTTTATAATCATATGTTGAAGTGTTCTTGTATATACACTTGAGAGTGTTTTGGCTATGAGAACTATTTTAAATTACAATGCATCTTTTTAAACCACTAAATGTGTACAGATGTGGAACTATTTAGATTGAGGCATTCTTTTATGGCATCACTTGTAACTTATTCATTGGTCAATAAGTGGCTAGCCTAATCCCCAAGTTTGTCACAACACTTCAGGGGGTTGTGTTTGGTAAGGCACAATGCAGCAAAGCTTTAGCAACCAATTATGAAAATTAGCAGTGTGGTGTTGGACAACTTCCGGCAGTAACACAGTTTGTGCCTGCTGAATACCACCCATATCTTTGTCCTATGAGTTGAAGGCTAAAGCAATACTTACATTATTAATGTTCTGTGTTTGTTGGCATCTTGTTATTCTGTTATTGAAcgtgtattttatattttacagaaGCAAATCAAAGCGTAGACTATGCAGACATTTTGAATGTGAGAAATTACCAAAATGTTAAAGGAGCAACATTTGTAAGTCCATCTCCGCCTCGTAGCAAAATTGTTTTTCCTGCGTTTCATTGTTTTAAATCGATATTTCATAATTATAATGTGGCTTTGCCTCAAGCGACAACATACGTTTCTGGTTCGTTTTCTATACATTTCTGGTCAGTGGTCGAGTCAAACCAATCAGGTGTGTACCTCTTAAATAATGCACAGTTTTGCAGTAAGTGGCGTGAATTATTATTAGTTTGTTGTCAGACATGCAGACcggtagcctgagtgccagtctgtctgttctgtcatgCCAACTTCTTGTtactcattgtcatgccaaacattaTATAGCTTAACACTGATATCAGTGGAGTTTGCaagagcacaaactgatctggcaCCTGGCTAGTAGACAGGGTATCCTGTTGTGCAAAGTTATTTATTTGCTATAACTGAACTAAATCAGTAGAATGGTTTGTGTCAATATACTGTATAACCTTGGTTTTCAAAACAGTTACTTTTGTGTAGCAGGTTAGTTGAGTGTTAAATCTTTCTCTGATTCTTAAATAGTGTCATTAAAAGGAGAGCTGATGCTTCCTTTTATCAAGATGGAAAttctaaactgtttttgtatataGGGAAATGACTATTTTATTGGTGTTTGCATGGCACATTTGATCATTAGTGTGCCTTATAAGAACGAACATGCCTTTTACATCATGAAATTCAATCTGTAATGtcatttaatatttatttatttcaaatccATTTGTAAAACTGATGCTGTAAATTGAACCGTTAGGACCTTCAAGTAATTTTCATTTTGTGCACTTCTTTCGATTTTGTTTTGGTTTTGTCTATATTGTTATTCTGTATCTCCACAACTGCATTAGTTCTGTCTTGTAATAAAACATCAAATATAAT
>TU2314642
TTAAGAGTATTTAGGGGTCTTCAGTGAATTTATACATTATGAATGGCCTTTTAAATGTATACATGCATGTGTTATCACACTTTCCCACACATGCATGGTTTGGCAAGCACTGAGTAGTATTGTATGTTGTCAGATGTGTTAACACTCCGTACCATGCGCGTATCTATTGCTTTTCCAGCAATTTCATGCAAGTGAATCACGATAGATTGAGTTCGACCAAGCATGCAGAACTCATCTTTGTCTTGGAATGAAAACCAGCAATTATTTATTTGTAGTCTTCCATGAGCTGAAAATGCACATTTTTATAATCATATGTTGAAGTGTTCTTGTATATACACTTGAGAGTGTTTTGGCTATGAGAACTATTTTAAATTACAATGCATCTTTTTAAACCACTAAATGTGTACAGATGTGGAACTATTTAGATTGAGGCATTCTTTTATGGCATCACTTGTAACTTATTCATTGGTCAATAAGTGGCTAGCCTAATCCCCAAGTTTGTCACAACACTTCAGGGGGTTGTGTTTGGTAAGGCACAATGCAGCAAAGCTTTAGCAACCAATTATGAAAATTAGCAGTGTGGTGTTGGACAACTTCCGGCAGTAACACAGTTTGTGCCTGCTGAATACCACCCATATCTTTGTCCTATGAGTTGAAGGCTAAAGCAATACTTACATTATTAATGTTCTGTGTTTGTTGGCATCTTGTTATTCTGTTATTGAAcgtgtattttatattttacagaaGCAAATCAAAGCGTAGACTATGCAGACATTTTGAATGTGAGAAATTACCAAAATGTTAAAGGAGCAACATTTGTAAGTCCATCTCCGCCTCGTAGCAAAATTGTTTTTCCTGCGTTTCATTGTTTTAAATCGATATTTCATAATTATAATGTGGCTTTGCCTCAAGCGACAACATACGTTTCTGGTTCGTTTTCTATACATTTCTGGTCAGTGGTCGAGTCAAACCAATCAGGTGTGTACCTCTTAAATAATGCACAGTTTTGCAGTAAGTGGCGTGAATTATTATTAGTTTGTTGTCAGACATGCAGACcggtagcctgagtgccagtctgtctgttctgtcatgCCAACTTCTTGTtactcattgtcatgccaaacattaTATAGCTTAACACTGATATCAGTGGAGTTTGCaagagcacaaactgatctggcaCCTGGCTAGTAGACAGGGTATCCTGTTGTGCAAAGTTATTTATTTGCTATAACTGAACTAAATCAGTAGAATGGTTTGTGTCAATATACTGTATAACCTTGGTTTTCAAAACAGTTACTTTTGTGTAGCAGGTTAGTTGAGTGTTAAATCTTTCTCTGATTCTTAAATAGTGTCATTAAAAGGAGAGCTGATGCTTCCTTTTATCAAGATGGAAAttctaaactgtttttgtatataGGGAAATGACTATTTTATTGGTGTTTGCATGGCACATTTGATCATTAGTGTGCCTTATAAGAACGAACATGCCTTTTACATCATGAAATTCAATCTGTAATGtcatttaatatttatttatttcaaatccATTTGTAAAACTGATGCTGTAAATTGAACCGTTAGGACCTTCAAGTAATTTTCATTTTGTGCACTTCTTTCGATTTTGTTTTGGTTTTGTCTATATTGTTATTCTGTATCTCCAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036964405.1 False 3189 mRNA 0.39 6 34524997 34529975
XM_036964404.1 False 3177 mRNA 0.38 6 34524997 34530228
TU2314642 True 1664 lncRNA 0.36 1 34525039 34526702

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110506691 LOC106562361 coding downstream 1047 34499589 ~ 34523950 (-)
LOC110506690 tmm9b coding downstream 26085 34492474 ~ 34498912 (-)
LOC110506688 st5 coding downstream 32897 34418201 ~ 34492100 (-)
LOC110506687 LOC106562362 coding downstream 107005 34389577 ~ 34417992 (-)
LOC110506686 LOC106562363 coding downstream 134342 34376186 ~ 34390655 (-)
LOC110506693 LOC106562359 coding upstream 360 34530588 ~ 34583094 (-)
LOC110506695 LOC106562360 coding upstream 54896 34585124 ~ 34600542 (-)
LOC118944477 NA coding upstream 248486 34778714 ~ 34786413 (-)
LOC110506710 LOC106562348 coding upstream 336703 34866931 ~ 34879117 (-)
LOC110506712 LOC106562346 coding upstream 369557 34899785 ~ 34905525 (-)
G2023790 NA non-coding downstream 9675 34515117 ~ 34515322 (-)
G2023789 NA non-coding downstream 10032 34514637 ~ 34514965 (-)
G2023787 NA non-coding downstream 11060 34513730 ~ 34513937 (-)
G2023785 NA non-coding downstream 11739 34513006 ~ 34513258 (-)
G2023784 NA non-coding downstream 17495 34507232 ~ 34507502 (-)
G2023798 NA non-coding upstream 13807 34544035 ~ 34632407 (-)
G2023723 ipo7 non-coding upstream 90991 34621219 ~ 34622187 (-)
G2023726 NA non-coding upstream 92159 34622387 ~ 34623840 (-)
G2023961 NA non-coding upstream 179508 34709736 ~ 34710366 (-)
G2023963 NA non-coding upstream 181190 34711418 ~ 34711650 (-)
LOC100136595 calc1 other downstream 720673 33800216 ~ 33815643 (-)
G2022042 LOC106562320 other downstream 1646226 32875255 ~ 32878771 (-)
G2021975 NA other downstream 1690516 32831627 ~ 32834481 (-)
G2021979 NA other downstream 1706017 32810623 ~ 32818980 (-)
G2024673 NA other upstream 346194 34876422 ~ 34928381 (-)
G2024949 NA other upstream 865846 35396074 ~ 35399967 (-)
G2025061 NA other upstream 965559 35495787 ~ 35497803 (-)
LOC110506721 LOC106562390 other upstream 1018032 35401501 ~ 35548790 (-)
G2025757 NA other upstream 1812928 36343156 ~ 36343434 (-)

Expression


Co-expression Network