LOC118945292


Basic Information

Item Value
gene id LOC118945292
gene name NA
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048593.1
NCBI id CM023247.2
chromosome length 47748341
location 36637911 ~ 36644151 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036967717.1
ATGATTGGGACCAGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGGGAACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACAGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCACTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAATATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAGGGTTTGGTCAGTATGATTGGGACCAGTGGACTGTAAACACAAGTAAAcacagtttacccaccttttaTTTTGAGAGCGTTACTTTTTTCACGGCGGCCCGGCGATCAGAGTTTACCCACATCTTTCtcttaccactacatcactgattGGGACCTTACAATGATGATTTAAGAGTCGACCTACCCCATATCTTATTAATAGCTTACAGGAGCAAGATCGTCAGACTCATGTTCAGATTTTCAGCCTTGTAtagttctaaactgCACAAACCAGAGACACACAACCCCACTCAATGTCCCTCACACATTAGATTCACTCAGTGAAAAACAATAACCCAGAGAAAAAAAGCCTTTGGGAGGTTGTGGGGCGGTGTTGTGTGCTCCATGGAGTTGATCTAGAAATCTTTCTcagatatatttatttatttcatttaaaaaataaactgttttcgctttgtcattatgggatattgtgtgtagattgatgagaaaaaaatgtatttaatccgttttagaataagactaacaaTTTCATCTCATTTtagaggctgtaacataacaaaatgtggaaaaagtgaagggatctgaatactttctgaatgcactttatCTTTCTCAGGGCCACCATGATCACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTTCCCAGCAGACTGCCACCATGAACACAGCTCCAGTCCAGTTTGTCCCCAGCAGGACTGAGGCAAAGACATTAGCATGGATCTGTCGGTCAGGTATCACAAGGCTCTTTCTCAGGACATCAAGGTCCAGAATTATCACGATTCCTAAGTCAATGTGGGTCTCGCCAGTGTTGATTTGTATGTCCCAAGGAGAATGTCCACTGTACTCTCAACCTTACACCGTATCAAGCAACCTGTCAGTTAATGGTCCAGCATTGAGACTGCTCTGGACACCAGTAATGGGGTGGAAAAGAACACAATGAAAGAAAGCTACCTATCAGTGATGAGACCTGTCTTTGATTAACCCTGGAACATTTCTCCTGTCACCACACTGAGGTTCTAGAGGTTCCACAAACAGACGTATCGCTATGAAGTCAATCAACACACAGTAAAGCATTAGAGGATAGATTCAACATTGCCCATTGAAGGATTGAGAATGAGAGGGTATCTGGAGGACAGAGATTGCACAGAAAAGGAAAGAAAATGCAGACTCAAGACTGATGGGAAGATGACACACTTGCGCGTCGCTTGTGTTTAGGGGGAGTTTGGATAGTTATACAATTTTTTAGAAAGAAATCTGAAAAAGAACTGAATGCATGATTGTATCCCTCTTTTAATCAATATTTTTCTTGGAATGACTTTAAGCTGAAATTGTCTAGAAAGTGCAATGTATCCACCGTTCACCTTTTTCCCCTTCAGTTTCATTATAATACATCTTTCAAACATCAACACATTTCTGACATGTTTCCCATTGCATTTTAACAATAGTTTGTTCCAAAATAAATGGATGTATTTTGTA

Function

NR:

description
PREDICTED: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036967717.1 True 4252 mRNA 0.45 3 36637911 36644151

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110510207 LOC106563759 coding upstream 2503 36614866 ~ 36635408 (+)
LOC118945346 NA coding upstream 138286 36487463 ~ 36499625 (+)
LOC118945345 NA coding upstream 182377 36451022 ~ 36455534 (+)
LOC110510213 NA coding upstream 187591 36447884 ~ 36450338 (+)
LOC110510214 LOC106563771 coding upstream 222235 36402243 ~ 36415676 (+)
LOC110510201 LOC106563753 coding downstream 225442 36869593 ~ 36871603 (+)
arl3l1 LOC106563754 coding downstream 404062 37048213 ~ 37051629 (+)
LOC110510196 LOC106563728 coding downstream 409522 37053673 ~ 37059512 (+)
LOC110510194 LOC106563726 coding downstream 429776 37073927 ~ 37211008 (+)
rs14 LOC100194652 coding downstream 573393 37217544 ~ 37220508 (+)
G2180191 NA non-coding upstream 13782 36623893 ~ 36624129 (+)
G2180176 NA non-coding upstream 35425 36602197 ~ 36602486 (+)
G2179790 NA non-coding upstream 50813 36585488 ~ 36587098 (+)
G2179748 NA non-coding upstream 147400 36490278 ~ 36490511 (+)
G2179735 LOC106563776 non-coding upstream 160598 36476200 ~ 36477313 (+)
G2180205 LOC106563756 non-coding downstream 44467 36688618 ~ 36690914 (+)
G2180225 NA non-coding downstream 56642 36700793 ~ 36700993 (+)
G2180211 LOC106563762 non-coding downstream 61736 36705887 ~ 36710264 (+)
G2180237 NA non-coding downstream 86062 36730213 ~ 36735359 (+)
G2180245 LOC106563724 non-coding downstream 106432 36750583 ~ 36751867 (+)
G2179454 LOC106602907 other upstream 712880 35912490 ~ 35925031 (+)
G2179418 NA other upstream 781449 35851654 ~ 35856462 (+)
ndufa2 ndua2 other upstream 1131032 35505848 ~ 35507048 (+)
LOC110510159 LOC106563679 other upstream 1812366 34784319 ~ 34825545 (+)
G2177424 NA other upstream 2177142 34359624 ~ 34460769 (+)
G2180218 LOC106563757 other downstream 34420 36678571 ~ 36680297 (+)
G2180378 NA other downstream 338195 36982346 ~ 36982614 (+)
G2180382 NA other downstream 397572 37041723 ~ 37042185 (+)
G2180811 NA other downstream 773266 37417417 ~ 37468092 (+)
G2180897 NA other downstream 1016436 37660587 ~ 37662215 (+)

Expression


Co-expression Network