slc19a1 (slc19a1)


Basic Information

Item Value
gene id slc19a1
gene name slc19a1
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 26081149 ~ 26105675 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

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>XR_003403851.2
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Function

symbol description
slc19a1 Predicted to enable folate:anion antiporter activity and folic acid binding activity. Predicted to be involved in folate transmembrane transport. Predicted to act upstream of or within folic acid transport and methotrexate transport. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of plasma membrane. Predicted to be active in apical plasma membrane and basolateral plasma membrane. Human ortholog(s) of this gene implicated in cleft lip; dextro-looped transposition of the great arteries; hematologic cancer; and malaria. Orthologous to human SLC19A1 (solute carrier family 19 member 1).

NR:

description
PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: folate transporter 1

GO: NA

KEGG:

id description
K14609 SLC19A1, RFC1; solute carrier family 19 (folate transporter), member 1

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XR_003403851.2 False 3202 misc_RNA 0.44 8 26081149 26105456

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC113538391 NA coding downstream 263363 25811886 ~ 25817786 (-)
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iqca1 iqca1,LOC108437680 coding upstream 324397 26430072 ~ 26481633 (-)
nck2b LOC108273233 coding upstream 546406 26652081 ~ 26702789 (-)
G33621 NA non-coding downstream 3248 26077375 ~ 26077901 (-)
G33538 fbxl3a,fbxl3,LOC108273248,LOC108436444,LOC107664003,LOC107670904 non-coding downstream 237817 25837298 ~ 25843332 (-)
G33508 NA non-coding downstream 296269 25710231 ~ 25784880 (-)
LOC117599130 NA non-coding downstream 419185 25658315 ~ 25661964 (-)
G33166 NA non-coding downstream 649181 25431758 ~ 25431968 (-)
G33645 psmb3,LOC107586359,LOC107688824,LOC102792592 non-coding upstream 116788 26222463 ~ 26227188 (-)
G33697 NA non-coding upstream 133792 26239467 ~ 26242883 (-)
G33780 NA non-coding upstream 426954 26532629 ~ 26532905 (-)
G33782 NA non-coding upstream 427988 26533663 ~ 26533925 (-)
G33803 NA non-coding upstream 504875 26610550 ~ 26610758 (-)
LOC113538393 NA other downstream 173155 25900730 ~ 25907994 (-)
nbeal1 nbeal1 other downstream 342332 25680090 ~ 25738817 (-)
uap1 uap1,LOC107724142,LOC107551035 other downstream 2449136 23615454 ~ 23632013 (-)
dmrt2b LOC108271504 other downstream 2855601 23222293 ~ 23225548 (-)
gpbp1l1 gpbp1l1,LOC107731630,LOC107551044,LOC107725200 other downstream 3487288 22582303 ~ 22593861 (-)
ecrg4b c6h2orf40,LOC108273346,LOC108437667,LOC105893352 other upstream 525154 26630829 ~ 26638538 (-)
si:ch73-23l24.1 LOC108437696,LOC108272416,LOC107559918,LOC107748583,LOC103032506,LOC107688887 other upstream 534158 26639833 ~ 26649379 (-)
ndufs1 ndufs1,LOC103033212,LOC107555450,LOC107748553,LOC107705604,LOC107660088,LOC107566318 other upstream 1640449 27746124 ~ 27757546 (-)
LOC113538277 NA other upstream 1729138 27834813 ~ 27841597 (-)
G34533 NA other upstream 1736884 27842559 ~ 27852397 (-)

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