G99944


Basic Information

Item Value
gene id G99944
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030132.1
NCBI id CM030132.1
chromosome length 32980562
location 17952758 ~ 17957487 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU124844
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>TU124847
CCTTGATATTTTTGCAAACAGTTATAGACATATCTGCTTAAAGATATATTTCACCTGTATGAACTAAATGTTTATGCTGCAATTGTAATGAAAAGTGTATGATGGATAGtaccaaaaaaatattttacaaagcactggacaaaaataatatgaataacaataaaataaaatcaaaagcaaataattagtGAAATGCTTGTGAAATGGAGTTGATTGGGGATATGGCTTAATTGCtcttacatataaatattaaaaatagaaacaaaatttaaaatgagaatAAGCTCCCAGCTTAACTGAAGAGGACCTCTGATGGATAAATAGAAGTCAGAATGGTTATCTACATTTTCCtctagatttatttttgaacagAGACATCATGAGCTCTTGACTGTCACATTTTAACTAAAAGTAATTTGTCAACATTTAAATCGGTTGTGATCCAAAgcagttaaaatgttattttacacatgTTTTTAATCTTGTAGGCTAAACTTACATTTCAAGAAAATTTAAATGATTGGACAACATAGCAGTACAAACACATGAAGTCTCTGTTAAAGGCTAAGACAAACAAACTTATCCTCTtagaatttcaaattaaaacaattatacagaGAACAGTCAGTGTGCAGTACAGCACATTTAGTAATGCCATGGCTTTGTGTAATTTTGCATACATAACACACCATAAGTGTGGACTAATGTGCTGCCACACCAGGGGTTTATTTCGACCCAGACCgcacatcaatatatatatatatatatattgattccTTTACTGTTCTATCGAATAATAGCTTCAGTACATTTTTTAAGTCatcagttttaaaaagcagaggagttttttatttttgttttctttttcctttaagAGAATACATCATTTTGGCTTTTTGCTTAGtacaatatttagttttcttcaaACTCAAACATGGCTTTAAGTCTTTTCTGACTACGAAACATTTGTGACAGGAACTGAAATAGAAAGAACCAGAGATAAACAGGCCAATGCATAGATCTGAGACCACTAAAGATTTAGAAATAGAATCCAAACACCCACATCTAACAGAGCATAAAATCCACAGTGATGCTTTaatttccatcctcctcccatGCAGTTGGAAAACTGGGAACCCTCAATGGGTAGGATCTAATATCCCACTTAGGCTATTCTACCGGTCACAGACTTCTGGACAAATTGAAAAGCAAGGGAAAAATAATTAGAGGCAgatagtttaataaaatgtctaCATTCCAATTCAAAGGATTAACAATATGCATAGGACTGTCAGTTCCACCCTGAATATTATACTAGTGGTAGCAACAACTTTGTACGCTCTGTTCACTTTGATGTGCTCagatgtaaatatttttctcataattcaatatttaaagctTTCTATATTAATTTGACAACTTAGTATGAATGATGAAACAGTATTCATGTATAGAATAAATCCTGACTTGTACTGCTTCTAAAAGCCTGTTGTTCTATGCTgtcacatttgaaatatattagaaagcaaacaaattataaaactcTTTGCTGctagtgttttctttttaactgaaACCTGAATAATATGTATGATTTCACAACAGTACTAATGCGAAGTAAAATTAGCTTCAAACTGGAAAGTTATCAAATTAAAGCAGATCTACTACTAGgtatacatttattgtattatgtccacttttttaattgaaaagctatttttcaatttgttgcCAATTTTATACTcactcaattaaaacaaaacatacacaaacgTAGGTATCTTTAACTAAGCCTTAATGCTTAAAGCAAAGAAATTAATTAGTCTAACATTTAGTTAGACTTCAGTTCCAACATTTTAGGTTACTGTCTGTTACAATAATATTGTacattcatctttttttctaaatgctCTCCAGCTGGCTTCTTTTGGTGCAATCATTGCTACCATTACTACAGGCCAGATAAAAAAGCAGATATAATTAGTGGGAGCCAGaaaaaactacacatttttaaacaatatacaaaggTAAAGTAGAAATgcttgataataatgaataaagtgATTCACTGTGGTTATTTACAACAGATACTGTAAAATGGTAAATTGGATAAGATAAAAAGGCACAACTTTCCCTTctttaaatacactgtaaacatCTCTTCAATATGCATGCATAAACATATCACTTTACAAAAATTTGTTTTAGACAAAGTACTTAAATATTTTTCCAGCAAAATagaattctttcaaaaaataCTTTCCCATTCGTCCTATTAACCATTAACACGTTTGtctcatttataaaaaaaaaaaaaaaacaaaacaaaaaaaaaccttacaGCTTATTTCAGGTCCTTCACAAATTTATACACATAGCAATGTACAGAACAgcaaaaaactgcaaaaataatttgtaacagcctgcaaaagtaatttattttttctttcatttgtttgaaatgttgtaAGCCTTTTGTGGTGTGCTGTTACGTATCTTTCCCCTATCAGGGACAGTGTAAGAACCGAACACGAAGCACTTAATTGTTAGCTCATGTTGAACAGCAACTACCATAGGTGAACAAACCCATCTATTATTCCACACCGTGTtccttaaaaaatgaatactaaTGCCCCAAATACCACATTTACTCTTCTGTGCAAATCTAAGGTAGGCAATAGGAAGTATATAatcctatatttaaaaaactgccCTGAAGAAAAAGAGGATCAACTTCTATTTGCCTTTGCTTGCCAAAACGCCCACTCCCATGTTTCATCCTCAAGTTTAACACAAAATGGGCTATTTGAATCTTTAGCATTTCAACTGGTACTTGCTTTCAGAGGCTGGTATTTATGGTATAAGAAGTTAAAATAACTAGATGGAATACTCAgcagtgaaattaaaaagaaagaaaatgaataactgAACATGAAACGACTGATTTTGtgataaatgtacatgttttcaatacattattttcagtttcatctTAATAGTAGTATCAATCAAGTTTGTAAACTACtttaagttgtttttgtattttttatttttttagaatttCACATTTAGACTCAAACCTATGattttcaacattatttttaggTTCCAGTAAAAAACTTACCATTGTTGCAGCAAATTATGAACTTCAGGTTCATCTGTACATGTAAAACTACCAGTAAGCACTAAAGTTTGACATCTGCTTTTCTTTAACAAAAGAAGCACcaggttaaaaaatatttgtgagaaatggtttataaaatgtattatagcacatgtatataaatgtttattagaTTGTTTGCTGGAACCttgaataaagtaaaaatattttcatagagagcttattttaatttggtcaGATACTGGCCTTAagatcataaaaacaaaactgtccttctgtaacaaatatgtaaattaggGTTAAGCTTATGCAAACACACATTTGTTGTAAATTGCAGAATGAttctatttaaatacatattgcaaGTTAAGTTGCATTCTTTGTAAGAGGGTTTAGGATTGGACACCTCGTTCTCACATTTATTCAGTTAGTTTTGCTCtaccactgtgtatatatatatatatatatatacctgtatGTTTCTTAGCCTCATAATGTGAACCTGCATAAACTAGAATTCACAATTCATCTGGAAATTAGTAATAAAAAGTCTTCCTGCCATTTTTACTAACTAGATTGTCTTtgagttaaatatattttaaagtatactatttttgtttgcataacaataacagctttttgtttgtgttaaatgcTAATAAATTCATGCACATGTGTGTATTTCATAACTACAAGGAACTTCTACAGCTATATCTGAATTTCTACTTTTTCATCTACCATGAAACCTAAATTTGAATAGCCCTTTGGAAATCTCTCAAATATTCTGGCTAATACCCTAATTAGGTGCctaggtttaatttaattttctacacAAAAGCAAGTTTATTATTCAGATTGAAGTATTTGTGTGCAATGCAGTAAATGTCAGTAATTTATTGCAAAGCAAATTGTAATTACCTTTTTTcgataatatattgtaataatattattaataaaaaagccACAGTTGTCAGTTACATTTTTGAGGGAGAGGTaaggggagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgctattgtgtgttaaaaaaatgtatggctttatatccatttaaaatccattttcatAGTCTCTGGGAAGGGGGCTGTTCTGGCATACGGATAGTCCCTCAGTGCATCATCTTCAAAAAAACTCTTCCACGCTCATCCTTCAAGACAGGTTCTCTAACTGAAGAGCATATGCAGGAGGGcatgataaaaaaaactctCTTTCCCATCTCTTGTGGGTGTGGAATAATGCAGGCAACTTTAAGGCAAAGTCCTTTTGACGAGGCTCCATTTTGTTCACTTTTTGTGAAAGTAGAGTGTCCGGGTCATGCCCGATTCCACCTTTGGTATCTGGTCACTTATAATTTCCACCAGCATTTCTGGAAATTCCACTTTCAGGGCCTGGGACTCGCGGAAGGTGTAGAAGCAGAAATCTAGGAGATTACTCACcagctggaaaataaaaataaagagactTAACATGGGCAGAAATGAAGGATCTCTCTTTCTGACTGAACTGAAACCCAGGCTAAACTGATATTGAAACTATGAAATatagaaaaaacatatacaaatctGATATATACTGtccatacttttaaatattag

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU124844 False 2481 lncRNA 0.30 1 17955007 17957487
TU124847 True 4730 lncRNA 0.32 1 17952758 17957487

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00015713 NA coding downstream 405262 17523279 ~ 17547496 (-)
AMCG00015711 NA coding downstream 464156 17337333 ~ 17488602 (-)
AMCG00015712 mab21l2 coding downstream 620027 17331652 ~ 17332731 (-)
AMCG00015704 rps3a,rs3a coding downstream 820983 17127907 ~ 17131775 (-)
AMCG00015702 NA coding downstream 934376 17006122 ~ 17018382 (-)
AMCG00015717 NA coding upstream 13633 17971120 ~ 18028970 (-)
AMCG00015718 NA coding upstream 89704 18047191 ~ 18055915 (-)
AMCG00015719 NA coding upstream 113813 18071300 ~ 18072718 (-)
AMCG00015720 LOC107565324 coding upstream 145187 18102674 ~ 18121761 (-)
AMCG00015721 pou4f2,LOC102790387 coding upstream 479696 18437183 ~ 18437479 (-)
G99942 NA non-coding downstream 19430 17933000 ~ 17933328 (-)
G99941 NA non-coding downstream 47302 17905037 ~ 17905456 (-)
G99937 NA non-coding downstream 148839 17802158 ~ 17803919 (-)
G99936 NA non-coding downstream 153261 17797309 ~ 17799497 (-)
G99923 NA non-coding downstream 248178 17648051 ~ 17704580 (-)
G99997 NA non-coding upstream 186789 18144276 ~ 18144517 (-)
G100019 LOC103376870 non-coding upstream 387747 18345234 ~ 18399021 (-)
G100038 LOC100136012 non-coding upstream 558964 18516451 ~ 18516729 (-)
G100039 NA non-coding upstream 603228 18560715 ~ 18560947 (-)
G100040 NA non-coding upstream 633965 18591452 ~ 18598196 (-)
G99939 NA other downstream 114816 17837580 ~ 17837942 (-)
AMCG00015694 NA other downstream 1341314 16592228 ~ 16611444 (-)
AMCG00015691 NA other downstream 1417290 16524114 ~ 16535468 (-)
AMCG00015681 NA other downstream 1479581 16467299 ~ 16473177 (-)
G99646 NA other downstream 1730603 16221765 ~ 16222155 (-)
AMCG00015723 lsm6,LOC106610200 other upstream 670118 18627605 ~ 18630665 (-)
AMCG00015752 NA other upstream 2017469 19974956 ~ 19981557 (-)
AMCG00015761 herc3 other upstream 2269880 20227367 ~ 20279644 (-)
AMCG00015800 NA other upstream 4723207 22680694 ~ 22702249 (-)
AMCG00015825 LOC106569940,LOC107700648,LOC107717728,LOC108274877,LOC107565247 other upstream 5786303 23743790 ~ 23746703 (-)

Expression


Co-expression Network