G91386 (LOC106577485)


Basic Information

Item Value
gene id G91386
gene name LOC106577485
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030131.1
NCBI id CM030131.1
chromosome length 33043351
location 11408294 ~ 11415102 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU114001
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>TU114002
TGTTTGAGTTGGTAGAAACGAAAAACCTCAAACGTGTGTGTTTACAATAACCGTAACATTGGCTATCCGCGTATGACCCCGAGTATCTCAGGGAGCACACAGAACACATAtaccatttcaattaaagatcTGTctcatttttccagtttatatttgtttgtacatCTTTGTGGAAAATCATAATTCATCATTTATCGCGACCACTCTGGAGTACAGATGAACATTCACATGCAATTTGTACACGTGTTTATGACAACCAATAGAAACAATccgaaaaataaatacaatccctATTCGTTGTTTAAAGCCTTCTACGAAAGCCAGTTTCTTTTGAGATGCTCACATTTCTGAACCACGCGTTAAAACAGGACACAAAACAACTCCGtggtttacatttcagtttttatttcttgacatTTGCCAATATTGTAGGTTTCCGTTTAATGAAATATGGAACTGAGCAGGTGCAATATGTACAAAAACTATGTTATCAAAAACTGTCCCCTTGTTTCATGTTATTGCTAAAATGTTACATCTGCACAGGTGCTACAAATTAACCCTTTGAGCACTGAGAACACTATTTCTGATTACATCTACATATAACACAGTGGTGAGTACTACTCAGGTTGCAGTACAGCATATTTTGCAGACAACGTTTGTAAGGCTGAACctaataaaacaattgtttgaTGCAGAAGACAATCCTGTCCTCAAAGGGCTCAATACGAAAACTATCCTTTTTtttcgtcttttttttttttttttttttttaaagctgcctCTCAATCCCATATAGCAGTGcatgaaaatcaaagtaaaaaatTTGGCATATTAGAGTACACATATTTGTTCAGAGCTCATTTGAAAACAGCTGCTTTTGGAAGAAaatactaatgaaaaaaaaaaaaaatgaacaaaaaagtatttttagaaaaactgtcactgaaaaagaaatgatacaaaaaataaaaacatgtatataaactTTGAAGCAAGTTTTTGTTCTGTCAGCTTTGTAACATTGTTCACTACTCTCCTCTTATATTGATATGCTCAGGCTGCTTTTGCTTAAATTTGGGGGATACAAATTTTCAGGTAGTACAGTTAATACTTTTGACCATTAAGTACTCATGGAAAAAGCCATATAAGCTTTTACTAGTCCCAGTTCATCCTCATTAATACAGTTAATGTAAACAGTCAAACCAGTTAAGATTGTCAATCAGATATGTTCTAAAACATGTCCCGTTAGATTACATGACTTATTTCGATTCACCTTAAATGGCATGAGTTCAAAACAGATACACATAGTGCTTGGGggttaaaagacaaaaaaatcaaaaacagcaaataaaatatCGCTACACAGGTGATTAGATACCCATAAGTCTAAGAGTTTAGACTTACACATCTGGGGGGTTAAAGATATGATAGGATTGCATGTTCAGGTTGATTAATTTAAAGACCTTAAACACAAACGAGGGactgtgtattttgtgtgatttcaacaagtataaaatgtaaaaggaacAGAATGAACAAGGGTTAAGGAAGGCCAACAGAAGTAAGAAAGATATCAAATTCACTCTGATATTCATGCAATTCTACTTAGAGATGCTACAAACTACATTATGCAGAGTCATAGCACACAACCACGATCCATTCCTAAATCAATCCGCACTGCATCGACAGCAGCATCCGGCCCTTGACATCCACGCAAAGGCCAACATAGGCATTAGGGGCGTAATGCACTTATTTGTTGGACAAAACAGACAAAGGATAaacattattaacaataatttaaaaaaaatacaatattacactGTATATTGGGTATATAAAACGCtgaaaaaagttgaaaatatGGAAAGCATCCctcaaaataaagtttttttttttcttttcttttttaatgaacaaaaaaaacaaaacaaaaaaaaaaacacccatctTTGTTCATAAGGGGGTGTTCGCTAAAATGCAATGAAGGACAAAATACATACGCAGATATTCAAATTACAGTACTACAATTATTCCCACAATTGACATAGTTCAGTtgtaattaaaaccaaagtATTGCCATTTTGCTTATCTGTCTAGGTTTGATGACAATGGTACGGTTGTATTTTTGGAACAAGCAGTTATGAAAGTTAAGGAAGACAATCTAGAATGGAACTGAGGCTGAATTTCCACCGAGACCAAGAACTTGGGTTGGTTGGATGAACCCAAACTGACCATACCAATGACTTGGGCACATTGAAAGAATCCCAAAAGTTCAAAATTGCAACTAGAAACAGAACTTGACCTATATTCTCTTGCCATGATATTCCTTTACATTAATCATCACCAGTTATAAGAAAACAGTGGCCGCTTTTCATTTCccaaacacaaattatttcCCCCTACAGACTTAAATCAGAATAAATATTGATAACAGCAGCTACATTTTGCTAAACATTTTAAACGTAACCCTGCTtttcattacacaaaacatatgaAGTCGGATGATGAAAACAGATGATGAATTTAAAATCCCAACCTTATGAGTGTCTTAAACAGGagtaatttcatttttagtttcaGAAAGGACACTATTAATCTGTGAATGTAGTTTTCCCATTAAATTAGAGACTCTGCTGACATATGCTTTTGTGAATTTAAATCACTATAGGTTTGTTAGTATGCTTGCCACTAATAAGAACGTAAAAGGGTCAATTTTGAACTATCCCAAGTCCTGTCAATGTTCAAACAGTGATGCGTCCCTTATACAGTACGGcctcagcaaaaacaaaataaaaaggtttgcGCCatagaagactaactctgcctcctctccactctccttcctccagagccgctccttctcatccctggtccctaaatggtggaacgacctgcccaccgaagtcaaaacagcagagtccttgacctcattccagcgcttactgaatcttttccgacagtacttgtaatattagtcctctatccctgctagacagcacttcacagtttttattatgcttctcgcattcttgattgttttcctccttgatccctttcccgtagcccttgtctgtgaccctacatcttgacagcacttagctttcaccgtccaggatgtaggaagtcacttactgtacttgtgtaaattgtaaattggaatttgtaaaatgtattattttgaattgctgttttagctaaattgaatttgtaacaattgatgccttgtacttaactgtatttttgcactttgtttgcacttatgttgtaagtcgccctggataagggtgtctgccaagaaataaaaaaaaataataatttacagacACACTCTCATAactgaacaaatctgaaagcacaattaaataatcaaacaagTATGGTTGTAGAGGACTTATAAATGGtttatgtgttttataaatTCACTATTCTGCTTCAGGCACTGTGACTATTTTCAGTAGGTGTTTATGTGCCTTTGAAAAATAAGTGCTTGGCAGAGACTTGAGAAGGCATGAGGAATAAACTTCTGAAATTCTTTGTTTTCTAGGTGTGATGGTGTTTCAAACAAGGAAGTATTTATTGCAATATCTACTTCAGTACCCTACCACTCACTTCTTACTCTTATAAAATTGCTTTAGATAGTGAAACATCTTCCACTAAGTGTCTATTTTTTCATTGAATTAAATCTTTCAGTCCTCTAAAATCCTCTAAAGGTTCTCTGTGAAACAATTTTTAATGATAAAGGAAGATTTTGAAAACACTTATATTGCAAATGACAGAACATTTCATGTAGCTCCAGATAAGTTGTTTTCTGTAGAACATTAACCACTTTGTGGAGTTTAATTGAGCTTGTTCAAACCAACTGGAAAAGCCCAAATTTAAATTTCCACTAACCATGACAAACCACGTGTAAGAGGATTTCATGCCTGCTCGTTTAGCTAGATCTCTTTTTAGCTGCTTTCACACTCAATCAAGCgctttcacattattttcaacgCGAGACAAAACTCTGAAGCCGGGGTGAACTCACCCTGCTAGAGACTTGGGCTGAGATTTCCAACCCGGGATGAAGTGCTCACATCGGGTTGAAACACGTTCATGTGAATTGTAACCTGTGCATTATAGCGCAA

Function

NR:

description
PREDICTED: recombining binding protein suppressor of hairless isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU114001 True 6415 lncRNA 0.36 1 11408688 11415102
TU114002 False 4127 lncRNA 0.35 1 11408294 11412420

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00017560 NA coding upstream 5623 11390189 ~ 11402671 (+)
AMCG00017552 NA coding upstream 1512861 9893228 ~ 9895433 (+)
AMCG00017553 NA coding upstream 1739318 9630401 ~ 9668976 (+)
AMCG00017551 NA coding upstream 2036099 9257206 ~ 9372195 (+)
AMCG00017545 NA coding upstream 2260955 9127763 ~ 9147339 (+)
AMCG00017561 NA coding downstream 92774 11507876 ~ 11525014 (+)
AMCG00017562 fbxl5,LOC106674637 coding downstream 452063 11867165 ~ 11879473 (+)
AMCG00017577 NA coding downstream 609154 12024256 ~ 12024505 (+)
AMCG00017578 NA coding downstream 609431 12024533 ~ 12029958 (+)
AMCG00017575 NA coding downstream 683888 12098990 ~ 12118066 (+)
G91363 NA non-coding upstream 116718 11290288 ~ 11291576 (+)
G91361 NA non-coding upstream 120131 11287861 ~ 11288163 (+)
G91353 NA non-coding upstream 340279 11067713 ~ 11068015 (+)
G91341 NA non-coding upstream 617626 10790302 ~ 10790668 (+)
G91339 NA non-coding upstream 618405 10789598 ~ 10789889 (+)
G91387 NA non-coding downstream 1419 11416521 ~ 11416740 (+)
G91480 LOC107549164,LOC106560248,LOC106584219 non-coding downstream 520525 11935627 ~ 11935961 (+)
G91481 NA non-coding downstream 520999 11936101 ~ 11936339 (+)
G91490 NA non-coding downstream 560307 11975409 ~ 11975612 (+)
G91545 NA non-coding downstream 1020642 12435744 ~ 12435984 (+)
G91281 LOC103376870 other upstream 1825014 9519773 ~ 9583280 (+)
AMCG00017527 tkfc,LOC107731922,LOC107095500 other upstream 2643391 8751713 ~ 8764903 (+)
AMCG00017526 paics,LOC107555752 other upstream 2707540 8687697 ~ 8700754 (+)
G90955 NA other upstream 3275440 8132368 ~ 8132854 (+)
AMCG00017508 NA other upstream 3594655 7806378 ~ 7813639 (+)
G91452 cc2d2a other downstream 464512 11879614 ~ 11880499 (+)
AMCG00017600 NA other downstream 1781793 13196895 ~ 13259760 (+)
AMCG00017615 sorcs2,LOC106577493,LOC107590992,LOC107656200,LOC107722411 other downstream 2366164 13781266 ~ 13830819 (+)
AMCG00017620 htra3,LOC106577909 other downstream 2610534 14025636 ~ 14039063 (+)
G92046 NA other downstream 3662223 15077325 ~ 15084278 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_034180 rbpjb coding NC_007118.7 CM002891.2 62080456 ~ 62206933 (+)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G503438 NA non-coding CI01000346 null 1702082 ~ 1706674 (-)