AMCG00020002 (edf1,LOC106563255,LOC105015108,LOC100194632)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00020002
gene name edf1,LOC106563255,LOC105015108,LOC100194632
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 6159577 ~ 6172474 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00020002
CAGCTCTCCGCCCCAGCGCTGTCAGCGAGCCCGGTTTCAATAAAGCTCAGGAGAAGCGTGCTGCTGTGAGGAGTAGTGTGGGTGCAGCTGGGAGGAAGCCTGCTATTCTGTAACACGtccattttaaaaatcagcCTGTAGTAAAgatcttaaaacacacacagtttagcCATGGCAGAAAGTGACTGGGATACCGTGACTGTCTTGAGGAAGAAGGGCCCGACGGCGGCGCAGGCGAAATCTAAACAGGCTGttgcagcagcacagagaaggggagaggaaCTGGAAACCACAAAGAAATGGGCTGCaggacaaaacaaacagcacttGGTGACCAAAAACACAGCCAAGCTGGATCGGGAGACAGAGGAGCTGCACCACCAGAGAGTCTCGCTGGAGGTGGGCAAAGTCATCCAGAAGGGCAGACAGGAGAGGGGAATGACACAGAAAGACCTGGCCACTAAAATCAACGAAAAGCCCCAGATCATTGCAGATTATGAATGTGGGAAAGCAATCCCTAACAACCAGGTTTTGGGCAAGATTGAGAGAGCCATTGGGATGAAGCTACGTGGGAGGGAAATTGGACTACCCCTCGAGGCCGTTCCCAAGAAGAAATGAGCACAAAGCCTCGAAGTCAGCTCCCTGTACCAACGGGGCTGATCTCGCCCGGTTCCCACTGGTGAACCGGAATATTCAGTTTCATTGCCAAGCTGAAGAATGAAGGCATTCAGACTTGATttccacatacacacaaataaaatcccaaattgctgtgattttaaaaatattgggTTTGGCATGGATTGATCTACTGGAGAAAGTTgatccagattttttttttttgcaaacttaATTACCATATTTTTTCCATGGTCATTTGAGTGatttcttattttccatttcaaagtgATTAAAGCTGAATCTATTTTTAGCTGTGCTTTAAAGCATCTCTTGGAGTTTCTAGGGTATTGATACACTTAAGCCTGGGACacccaagtttttttttttttttggctggaCTTAAAATAAAGATGGAACCCTTTGGCAATTCACCTGTATCTGTGGCTTTCATAAAATTTTATTTGACGTGGCAGTGTTTTTCTACTTTAGTGGTGGGTCCAATGTCACAGTCACAGCTTTTCAAACTTACCagaggctttttattttttataatgttatatttatttacatcatTACTATGCCATTATCTTGGGTGCTATGGGGGTTAACTTTAAAAGTTCACAGGAAAAACATAATCATGCAACACTCATTAATTGAGCATTGGGTATCTATTTCAGCATCTAGTGCCCGGTGTCTGTACGGACAGTTTGGGGGcagaaaattaaaatctgaagtGCAAGTACTCTTGTCTTGGTTttgtcacatttgttttcatcagcatAACTATTTTGGTACATTACATTGGTAATCTTGAGTCAATAAGGCCTTGCCAGACTTTAAGacctatgtatatataatttatctatttatgtcccacatcttttcttattttgtaaggaTACTCATGCAGTGGAGTAGGTTATTTTTAAGTATGAACACTCCTATCTGTAAGTGGTGCACATGACTGCTTGCACGTGCTTTTCATAACATGCTTCGGAGAATCTTCCTCTGATGTACCCATTTATTAGTCCCTCAGCATTctctaaacaacaacaaaaattaccATCAACTGCAGTCTGAATGTTCAGTGTATTGGGAAAATAGCAGTCTGCTTTAAAGAAATCTTTATCAAATGTGTTTAGTTTCTTCTACAAAAGCAGACATTTGTCTGTGAGGGAGGATTTTGGTGGGAGGCGGACCAGTACTGTGTAGCTGAAATTGTATGTTAATATTGTTAAGGTTAAAATTAcaccattaaatatttacattaggTTGTGAAAGGTGGAATGGAGAAGTTTATACGCATGTCTCATGGTGTAAGGGAAATCTTACAATAGATTTGTAGGGTGACAACCACACAATTCATGTATAAAATTTGGCAGAACCCCATTGTATCTGTTTATATCATCTAAAGCTGAAGCTCTCTTTAAATAAAGATCTATAGTTATTATAAGCATCATATTCAGAATTAAGGCTGGGTGAACTGAATTGTCCGGaagctgtttttgaatgtttgatAGCAGGAATGTTTAAGTGGTTATGTAGCAGAAGGTTGAAATCAGATTTAGGTAAATTGCTATCAAGCTTAAAATTAGCTGATATCAAGAGTATACATGTTTATTGGATTTACAAAGGTTATCtgcttttaaaagtttaatattaattttgtgtgAGTTTATGGAATGTCAGCATGcagatatcaaattaaaaagtgttgATATCCAGCATAGTACTGTTAATATCAAAGTGTGTGATTTGgatgtcaaatttaaaatgtttcatatccGGAATAAGGATGTTGATCTCAAAACGTGTTGGGGATATCCGAAAAGGGTgatgaaatgttaaaaaggcTTGCCATAGGCAATCTTTGCTTGGGTCTTGTGAAGCTCATACAGATCTTGTGATACTATGTTTCAGAAATTGCAACAATTTTCAAGTAGTATACTCGGTATTCGGTAGAAGCTAAATCCTTAGTTGAGCAAAGATTGTGAGAAGTGGTCCGAAGGCCTTGTGATATAAGAGGCCTTCGGAATTGCTTTATCTTGCGTTGATTCCTTATGTGTTACATCAGGCTATTCTCAATCTGGGTTCAGGAGACCAGCTGTGTCGTCTTGTTGGAGTTCTGCTTGAGCTCCCAGTTAACGAATCAATCCTTTAATCAAACTAATTAAGTACTTAATTAAACATTGTACTTAAACTCGGTTCTTAAATAGTTGAGGATTCTGTGACTCGGGGCTCAATGAAGTAATGGGAAATCTTGTCTGGGTTTAAAAATGGCACATATCTATAGTGTATCTGATGAGATTTACACAAATTACCACCTGATGTCTCCAGGCAGGTATTATAACTGTTTCTCAATCCCAGTTTCAAGCTGTGAGTAAAATTTGGTTTTACAGCATAATTTAATCGATGTAGAAATGTTTCGGAGTGGATTTTCAATTAAGGCGTTTAACATCttatttggaataaaaacatgacagtCATCCTAAAGACTAGGTGAGAATTTACGTTTTTCCAACCTTATCTTCAACCTAGATTCACAGCTAAAATCCTACAACCACTACaactaaaaacatgaaaatatgtgTAACCCATTAGAGACTGGTTTCTGTAGTACAACAAATGTTTCAATATAAACTAGGAAAGgctgtaatgtaattttaaacttaatttgagTGCTGCCAATGTGCTTTTTCTGCCTTTAGTCACTATAAAGACAATGTAAGAATGCTGATATGAAACTTGAATGAAGGATTATTGAGGCCTTCATTTTAGCATCAAGCAGGTACTGTTTGGTCCAGTAGGTGGTAGTAGATACACATAGAAAGTACAAATGTAGGCActataaagtaaaatactttaacaCACGTGTGCTGGTGGTGTGTTGGCTAGCTTGTTTTGtagtcttatttttaaaaaagtacatttttctaCACCCCTTAAAAGTTTAACATACTacaaaacagcattttattttaagcttgtggaagaatattattttatttaagtgagCAAAAGATTAACTGAAGAAAGAAATTAATACTGGGTGTATTAATCATACAGTGGGTGAATTAACAAATCTACTCAGTAGTAAAACCAGGATAATGTTATTAAGAATACTAAGTAGTAATATAATGCAGTAAGTGTCATGAagatattaatattcatatgtCATAATGCCATTTTTTCAGGGTGGGGGGCACTGGATTGAACTGGTCTTTTACCAAGTGCTGTAACATTCTGATATAATGGCAAACAAGAGATCAAGTTCAGGGCACTATAGGTGTGGTACAGTACCAAGCTATATAATCCAAATTCAAATTCCTAGAATACTTTTTCCTCCCACTAAAAATAAGAGCTTTGATTTATGTTGGAAAGTGCTGTATCAGTCTGTTCCCAGGCCTCAAAGTCAGGTGTTAAAATACATTGGAGTAAAATTGGAGTATCAAGAGCCTGAACACACCCTCAAGTTCGTAGTGTAGAACTTACTTTCTTTGCTCTTAGTGCATAACTGCATTGAGCTTCCAGTTCTAgctgtttcagaaaatgtctgTGCTCCTTTATAATGTCAGAACTGTTTAGTGTTTCCAGGAAAAGCCATCAGCTGGTGCAGACACTAGGTTGGTCTTGTGAATGAGCGATTGATGAAGCAGCCTCAGTTTCGCTGCGAAGAACCGAAATTGCTGCGCTATAgcggaaaataaaatgtgatgatGAAACTGCTTCCCACCCCTCATTGGAAATGAATGGCACACGACCCCTACAGACAATGCTTCGCTGATAGATTTGCAAGGGA
>TU75387
TCCGAAGGCCTTGTGATATAAGAGGCCTTCGGAATTGCTTTATCTTGCGTTGATTCCTTATGTGTTACATCAGGCTATTCTCAATCTGGGTTCAGGAGACCAGCTGTGTCGTCTTGTTGGAGTTCTGCTTGAGCTCCCAGTTAACGAATCAATCCTTTAATCAAACTAATTAAGTACTTAATTAAACATTGTACTTAAACTCGGTTCTTAAATAGTTGAGGATTCTGTGACTCGGGGCTCAATGAAGTAATGGGAAATCTTGTCTGGGTTTAAAAATGGCACATATCTATAGTGTATCTGATGAGATTTACACAAATTACCACCTGATGTCTCCAGGCAGGTATTATAACTGTTTCTCAATCCCAGTTTCAAGCTGTGAGTAAAATTTGGTTTTACAGCATAATTTAATCGATGTAGAAATGTTTCGGAGTGGATTTTCAATTAAGGCGTTTAACATCttatttggaataaaaacatgacagtCATCCTAAAGACTAGGTGAGAATTTACGTTTTTCCAACCTTATCTTCAACCTAGATTCACAGCTAAAATCCTACAACCACTACaactaaaaacatgaaaatatgtgTAACCCATTAGAGACTGGTTTCTGTAGTACAACAAATGTTTCAATATAAACTAGGAAAGgctgtaatgtaattttaaacttaatttgagTGCTGCCAATGTGCTTTTTCTGCCTTTAGTCACTATAAAGACAATGTAAGAATGCTGATATGAAACTTGAATGAAGGATTATTGAGGCCTTCATTTTAGCATCAAGCAGGTACTGTTTGGTCCAGTAGGTGGTAGTAGATACACATAGAAAGTACAAATGTAGGCActataaagtaaaatactttaacaCACGTGTGCTGGTGGTGTGTTGGCTAGCTTGTTTTGtagtcttatttttaaaaaagtacatttttctaCACCCCTTAAAAGTTTAACATACTacaaaacagcattttattttaagcttgtggaagaatattattttatttaagtgagCAAAAGATTAACTGAAGAAAGAAATTAATACTGGGTGTATTAATCATACAGTGGGTGAATTAACAAATCTACTCAGTAGTAAAACCAGGATAATGTTATTAAGAATACTAAGTAGTAATATAATGCAGTAAGTGTCATGAagatattaatattcatatgtCATAATGCCATTTTTTCAGGGTGGGGGGCACTGGATTGAACTGGTCTTTTACCAAGTGCTGTAACATTCTGATATAATGGCAAACAAGAGATCAAGTTCAGGGCACTATAGGTGTGGTACAGTACCAAGCTATATAATCCAAATTCAAATTCCTAGAATACTTTTTCCTCCCACTAAAAATAAGAGCTTTGATTTATGTTGGAAAGTGCTGTATCAGTCTGTTCCCAGGCCTCAAAGTCAGGTGTTAAAATACATTGGAGTAAAATTGGAGTATCAAGAGCCTGAACACACCCTCAAGTTCGTAGTGTAGAACTTACTTTCTTTGCTCTTAGTGCATAACTGCATTGAGCTTCCAGTTCTAgctgtttcagaaaatgtctgTGCTCCTTTATAATGTCAGAACTGTTTAGTGTTTCCAGGAAAAGCCATCAGCTGGTGCAGACACTAGGTTGGTCTTGTGAATGAGCGATTGATGAAGCAGCCTCAGTTTCGCTGCGAAGAACCGAAATTGCTGCGCTATAgcggaaaataaaatgtgatgatGAAACTGCTTCCCACCCCTCATTGGAAATGAATGGCACACGACCCCTACAGACAATGCTTCGCTGATAGATTTGCAAGGGAAGAATCCTGCTGTGCAGTCAGATTTGAATGACAAAATGAGAACCAAACTAGGCTGGTGTAGAAGCTTCGTTTTTACAATCCACGCCAAATGAGGAACCATCTCAAGGCTTTAGGAGACAGTTCGACCACAATCCTATtgtcatctttttcttttcactgtcCAGTCATGCAATTGACGTCTATTGTGAGGTCACATGAAGAGCTCCTTCAAGGAAAGGTTTCAGTCTTTGCGGCCGTGTTTTACCACTTGTGGTTTCCTGTTGCATGGCCGGAGGTAGCCACGGGTGTGTCAGCTGACAGAACAGTTGAAAAGTCTATTTGACAGACAGACCTTTCTTGTCTTTTGTGGCGGGTCTGAAAGCAGAGATGATACATTTGGAGACCGTCGAAAGCTCTAATGTTAGAGTTTCTGTGAACAACCATCTTGgttgttgtatttatattttgaaaaacaaaaatatagcaAGTTCATCATAGATACTGCAATTATGCTGTCATGAATTAAGattgtaatgtaataaacaaGAATCAGTGCAGTAGCTATTGAACAGACTAACATTTGGTTAACagttatacatttgtgtataaggatttaaaaatatcctTTAAATACAGAGTTTTCCAAAGTTGTCCTGTGTGGCTTTACTCTGGATATCAAACCAAAGCCCTCCAAGAATTTGCtttgtcagtctgtctgttcTGCTCTGTTTTCAGATTCCTGAACTGAAACATGAAAACTGTTACtacaatatactataatatacacaacattaaacattaaacttgtACAAGAAGAGCTTATTCAAACACCAGGTGGGAATAAGATTGGCCTTACTTCCCCTACCggagatttagatttagattttttttttcgatgATTGGAGTTCAGTTGCAAACAATTGCAAGTGGAAGTCTTGGGTGTATAACGAGTCCTTTATAACAATACACAGAATCATGttcacagataaataataatgtaatctaaAGCAGTTCATATTTACACTACACATACAGTAGATGCATGGGCGGACTGAATTATATATCACACTTTCATGAATAAGTAAATAGCAAgaaccacaaaaaaacacaagctcAACGTGTTTCAAGTATCTGCTTAAAATTCTGCAAAATGCGTTGTCGTATCTTTGCTCAAATTAAAGAAGGAAgcaaacgaacaaacaaacaaataaataaatgtgctcaAACCATAaactttcaaaattaataacaGCTGTGAATTTAAAGATCATGGGGTGGAAACCAGctctgtttttgatttatgTCGATTCAATTTCACACAGCAGTTTATTATTAGCAACCTGTCTTGTCCagggtgtaccctgccttgcTCCTGTCTCCACTGGGTCCCCTGTGACCCTGCACTGGTTCTTGAAAATGCGGGAATGGACatgtaaacattttgattaaacaCCTAATGTCTTCATTATTCAATCTCAGTACCTGTAGGAGGCTGTGGGGATTgtccaaaataatgattcactcCACCTGCATATTCTCTGATTCACAACGTCTAAAATATCAGCCCTGAAAACATTCTGAAGAAGAATTCATAATTGCTTAAGTGAATCAGTAAATTGCACTGATGTTGTAATTCCTTGATGGCTGATACTTCCCCTAGATCTTAATTATGGCCCATACTTCAGTGAACTGTTTGGCTTTTGCAGACACACATAGTGAGAATCGTGTAATGATACCAAAGtctaaacaattaaaacaatggaTTGGGTTTTACTGAAATACCAGAGTGAAATAATATGGATGTGGGGACAGGCCCTAGATCAGAAAGATCCAGCTAAACTCTAAGGGTTATGCGGCTGAGAAAACAATGTAGTTCCCCTTCAGGCTACTGATGACTCAACACCTGGTATTCTTGTTGTCTCATGTCctattttttcaaacaaacaatgtgAAAAGGTACTTTCCCTCTCCCATCTCGAGCTACCAACACAGCCCAAACCCGAATACAATCCCTTTCCCCTTTGTTTCACTTTCACATGTCAGGGGGTGACATAACTGTAATCTACAAAACCACAGCAGGAATGCTccctgtatttaaaattaactgATATCAATTCTCTTTACACAACTACCATTTTGTGAATTTGGAATTAAAGCgaaagtttttctttctccttaaccctttgtcctgttttttttaagtgcaattATGGTATTGTTTGGGTTAAGATAgctgtttaaattacattagctGTTTAAGAGTCTAAAGATGAatttttcattactttattaTGGCTTTTAggttaacaataaaaaataagattaactATATATGAAAGCTTGGGAGATTTTATTGAGTGCagacattcaaaattaaaagattTCCCCattgataaaagaaaaaaaggcaagaaGTGTAATAACAGGAACAGTTATGTGTGTTTGcagatttctgttttgtttgttctgattAGGATTTCTTACAAACTATTTCAGCTAAAAAGTGTAGTGGTCAGGGTATAGCTGTACTGTCCTGGATTCAGCATTCAGGGTACTTTGCATGTAGGATTaagaatattttgtatttcccccAGAACCAATATTTCGCTCATTCACTGCTATTTAGTTCTTTTGGAAAATCAGTCTTCAAGTTATGCTTATGAATCAGCTGACCATTGCCACGGTGTTACACAGccctgaagtttaatttacAGCTGTGTATTGATAGGTGTCTTTGAGATTTGGCatataaagtgaaaaaaaagtGAGGATTAGAGCTTCCAGTTAGAGCATAAAGTAAGGTCCTAGATAAGCAAGCAAAAGTATGTCAAAATAGTTGTTGTGTACTGTTCTTCAGTATAGTGGAAAACATTTGATCTGTGTACTGTTGACTGGAAAACTTATCATTAAAGTGTAGATAtacaatgaaatatgaaaaacaaataaactacaaCAGAAAAATCCACCTAACCGTCTCTATTTACTAgagaacaatacaatacaactcCCATTGTCACCCCAATGCAATGGAAACACTGTATGCACATGTTTATTCTTGACTGTTGGGAACTTTAGAGTTCAGTTGTTATTGAGGATGTAGATATAAAAATGGGAAAGTCACTGTGAGTTAATATTCCCAATAGGaaaatatttcacagaaaaagtaatgtttattaACATGATTCATTATGAATGCTTGCCTGGAcgaaaccagaaaaaaaat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Function

symbol description
edf1 Predicted to enable DNA binding activity. Predicted to be active in nucleus. Orthologous to human EDF1 (endothelial differentiation related factor 1).

GO:

id name namespace
GO:0043565 sequence-specific DNA binding molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00020002 False 4420 mRNA 0.38 5 6162950 6172474
TU75387 True 5171 lncRNA 0.36 1 6159577 6164747

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00019997 NA coding downstream 372121 5769073 ~ 5787456 (-)
AMCG00019995 NA coding downstream 449714 5688531 ~ 5709863 (-)
AMCG00019996 NA coding downstream 544121 5604443 ~ 5615456 (-)
AMCG00019994 rgs3a coding downstream 584891 5568518 ~ 5574686 (-)
AMCG00019990 NA coding downstream 778613 5375866 ~ 5380964 (-)
AMCG00020003 NA coding upstream 5782 6178256 ~ 6181661 (-)
AMCG00020005 NA coding upstream 13757 6186231 ~ 6200034 (-)
AMCG00020012 golga2 coding upstream 135059 6307533 ~ 6328630 (-)
AMCG00020013 NA coding upstream 156534 6329008 ~ 6333367 (-)
AMCG00020011 NA coding upstream 170313 6342787 ~ 6344692 (-)
G60271 NA non-coding downstream 4353 6154918 ~ 6155224 (-)
G60262 NA non-coding downstream 45429 6111349 ~ 6114148 (-)
G60258 NA non-coding downstream 59666 6099445 ~ 6099911 (-)
G60252 NA non-coding downstream 79706 6079609 ~ 6079871 (-)
G60237 NA non-coding downstream 103755 6055549 ~ 6055822 (-)
G60311 NA non-coding upstream 101795 6274269 ~ 6276032 (-)
G60317 NA non-coding upstream 128182 6300656 ~ 6358939 (-)
G60345 NA non-coding upstream 270801 6443275 ~ 6444733 (-)
G60356 NA non-coding upstream 314835 6487309 ~ 6489377 (-)
G60377 NA non-coding upstream 506704 6679178 ~ 6695776 (-)
AMCG00019992 NA other downstream 866904 5291590 ~ 5292673 (-)
AMCG00019993 NA other downstream 881286 5276662 ~ 5278291 (-)
G60118 NA other downstream 893652 5263914 ~ 5265925 (-)
AMCG00019976 fam102a,LOC105891604,LOC108430372,LOC103389177 other downstream 1098065 5012444 ~ 5061512 (-)
G59806 NA other downstream 2679468 3479782 ~ 3480109 (-)
AMCG00020017 arpc5l,arpc5la,LOC107571143,LOC107753090,LOC108411248 other upstream 278148 6450622 ~ 6461428 (-)
G60348 NA other upstream 291074 6463548 ~ 6466586 (-)
AMCG00020019 NA other upstream 294797 6467271 ~ 6471434 (-)
G60516 NA other upstream 1268329 7440803 ~ 7562592 (-)
AMCG00020066 fam69b,fa69b other upstream 2640311 8812785 ~ 8828109 (-)

Expression


Co-expression Network