LOC103034594 (ppp1caa,LOC103034594,LOC105897688,LOC108280818,LOC103367324,LOC101477563,LOC105894037)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103034594
gene name ppp1caa,LOC103034594,LOC105897688,LOC108280818,LOC103367324,LOC101477563,LOC105894037
gene type misc
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035898.1
NCBI id CM008301.1
chromosome length 34292151
location 14038858 ~ 14083107 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU14077
tttaaacatcCTGCACCATCCTGCATCATGTGTACCTACCTACCCCTCTTTCAGCTGCCTCCGgttgcttctttctttttttcttctccttcccACCTTCCCGTCTTTTGGCACTACTGTGTATTTCCTTCTTGGTTTTAAAAGTTTTGCTCTTTAATCTGTTCTGTATTTTGGGAGGGGACTAAACATATCTCACTTCTAAGATTGGCTCGTTTTTGCTGATTGTTGAAAGATGAATGGATTTACACATGGATTTGCCTATTCCCGCTCTTCTTCTTCCCATCTGATGACCACTATTTGGCCACAGCATCCTTGAACTTCCTTAAAACTCATTCCTACCTTTGCTCCACACGCTGCTTTTCACAAAATCCGTCCATCTGAGGGTTCCACCCCTTCTTGGGGGTCTGACTTTTTCACACTTCATGCTTGGACTCTCACTTTCCCCTCcttgtttttcctcttttttttctgtcacttctaTTCCAACCCGTTTGCTCTTCGTGCAGACTTGCCAGGCTGGATTTAAAGTTTGACTGGGATTACTGTGGAGTTACTGCTGTAATTATTTAAGGATTTGGGAATCCTTTGGCCAGCCTCACGGACTCCTGCCTCTGATTCCGCCAGATGGCGCATTTCACCCCCGCTGACTTCACATTTCCCACGtttctgctgtttctccattaCATCATTCTGCTGAGGTACTGAAGACTGGCTGAGCATCAAATCCTGTAGTAACACTGCCTCCTGCTGGCCATTGGTGGTGGTGCTGAGCCAGGGGTGTTGGCTTGGCACTATTTGATACCGTCTCCCCCACATAAATTCATGTCTTGGGCATGATGGGTACAACTTTTGAagcagagctttatttaaacattttaaaatggtttaaatggtCTGTTTTTGAAGGACTGCATTGTCTTATCAATAGCAGgctttgtttttaatgtgtgaAGTTATCAGGTCAAAGGAGAGCCATGATCTTTCACTAATGATTTTTTCCCTCATTGACCTCCACTTTTAGACAGCTGTTTTAAGTCATGCTTAAGCAAAATGCTGAAACGTGtgttctatgtgtgtgtgttaaaaatgTGCCGGTGGAAAATGGAAACAGGGCTTAAAAGGGcaatacatacatgcatactctctctctccccatgtgttgattttaatattaaaccatGTAGCACAGCCACAATCATCAGCCATGTTAAATTCAGGCGAGATAAGTGAATGATATTGTTTGTTTGAGATCATTAAGCTGGTTTGGACACTCTTTTAGCTGTAGCCTCACTACCAAAGCCTCAGCTTGTAGTTAGTAAAAATCACCAGGTCATTTAGGTTAAGATGTTGAGCTACGTTAACTTTTAATGCAAATTGCTGAACACAAATGAATTGGTTGAGTGTGTTGGCAGTagttcaca
>TU14078
aaaaatatggtcatAAAAATTGCCAAAAAGTCAAGGAAAAgccatggaaatgtattggttaaaactgTATAAACCCCATTTATGCTAGCTAAACATGGCTAGGCTCGGTAGTATCTTTCTATCTGTCCTCAAACATTTCATTGTATTTAGGAGATACTTACTCCTAAAGGTGAGTCGCACTGGCTTACTGACTGACCACAATCCTAACCTTAGTTAACAGTTTTATTCACCTAATTTTACCAATATACACCTCCCcatgttagttagttagctagtttacgtCGCTAGGTAGCTTAGCTTCTTTGCTATCAAGCTGAGGCTTTGTTTGTAGGCTGTGTAGCTCTGTCCACGATGAGGGGCTGTATTTTGTTGTGGTTAGTTCAGAACCTCATAACTAATACGAAACCTTTGGAAGGATATAAGTAAGTTTTTCTTTGAAGGTGGAACTTGGTTCATAATAAATGTTTGTTAAAAGCCTGCTTTAACCCTCTATACCATGATGTTGCACTAAGGCAACAAACCACTGTTTTGGTAATTACACAATCctctttcatttttaatgttatgtttaaatatataatgtcaCAAGACAAGCCTCCatgaaagaaaatgagagagaagaaTTTGGTTTAACATTCGACCTGGAGGTTGAGTAATGATTTTAGCAACCAAAGCCACATAGAACGAAATATCAGTAATTGATTAGATAAATATAGTAtaacatgttttacatttaataacCTTGAAGATACAATACTGAAACATgtatatgtgcatcaatatgtattgaattattttgaggttttaaattacattttaattttaattgacctatttaaacagtgtttttgatTTGCTGTCTTTTTACATCTTTTTAAGCATTGCTTGTTTTccttccaaataaaataaatatcatgcTACAGAGGGTTAATAGAGTAGAAGATCCCTATGTATATCAAATATTCTTAATTATTCTGGGAAACTTAGTTTCTTTCATTGTCTAGAGAATTAATCTaaagaaattattaaataaaaaattgtctcCACATATTTATCCTTTAAGATAATAATTAACTATGACTACAATATAATCAATTTAAGAGGGGGAAAATCTCAGATGTGTTTACAGGCAGAGTTGGGTTGtatctatatataataatagattTAATTATTACAGAAGACTCATTTCTCCACCATGTCCTATTGAGAGGGGTCCGtacacatacacttacacacgctacaaacaaaaaaatcaaattatacaaaacacataaaaaacatgccagttttttttttttttttcgttatacattttaacaattttagACCATATTTCTTCTTCCAGAGTTACGCTTTTTATAGGCCAGGTTTAGTTTCAGCAGCTACagtttgtgtggagtgtgtgaaaTTCAGACGGGGGTGCTTTAATCATGTTGAGGATCATAATTGTTGTCTGATGGCCATTGCATTCAAAAGGCAATAGTCAAGTTTTTATAGgctcctccccccccccccccacccagtTCCACTGAATCCTCCTCCTTTTTCTGTTCCCATCTCATTCGCTGTGCTCACTTGGGTGGGGGTGTGGTTTGAATGGAATTCCATGTGATGTGTGCGATGGGAGTGGGGTTAATATATGgacctttttaaacattttaatacccAAATCTTTGGGACCgaataaatacatgttatacAGTCAGATCTTTGGGCTGTCGGATAAGAGGCCCTCTATCCATCTGTCATCTTCTTCCCAGTGAGTGTGCACATTTCTAACTATTTAAACTACAGCATCACTGATAGGAAagatttactattattattattattattatgattattattgattattattattatcagttttATTTCTGATCTGTTGTTTTTACCTGATGGACAGCAGTGAGGTGATTTAGataatgtatgtattttgttttatctttGATGACCAATCAGGGATGTTCTTTTCCTCCATGCACTGATGCTGGGTGACCTATAATCATTTTAACTGTAAGATTTTGAAGAAGCGAGTCGGCTGTTTTGAGTGGGAGGAAAATTTAAAAGTAAGaagtaaactgtttttttatgtcattttgtttttgtttttttttccgaaTT
>XM_007251022.3
ccctcctctttttttaaagttccgTAGTGAAGGAAATCAAGACCGCGCGGAGGGAAAAGGGGAGAAAAGTGCTGAGATCGGTTCAGGTTCTGACTCGGATCCGGGGAGAAGCGTGAGGAGAATTCCCGctagtgtatttttgtattatatcaACCATTTTGGTTGAAGACTAAATACGGGTACATCTTATAAGCCTGCGAGCTAAAGGTTAGCAGCGGCAGGCTAACGGACAACCAAACGACAAAGGAAACACAGCCAGCAAAGCTCAGAGTTTAATAACCGTATATTTCCTTTTATAACTGTTTACCCTCTCGGGTTGGggccttattttttatttagctcaCTGAAGATTATTCCAGGCGAACAGAAGCCTGACCTGCTTGAATAGACGacaagaaatattttaaaaaacttaaaatggcGGAGCCGGACAAATTAAACATCGACTCCATAATACAGCGCCTGTTGGAAGTTAAGGGCTCCCGGCCAGGCAAGAACGTCCAGCTGACAGAGAACGAGATCCGTGGCCTCTGTCTCAAGTCTCGGGAAATCTTCCTCAGCCAGCCGATCCTGCTGGAGCTCGAGGCGCCGCTGAAGATTTGCGGTGACGTCCACGGTCAGTACTATGATCTACTGCGGCTCTTTGAGTACGGAGGCTTCCCTCCAGAGAGCAACTACCTGTTTCTGGGGGATTACGTGGACAGAGGGAAGCAGTCCCTGGAGACCATCTGCCTCCTGCTGGCCTACAAGGTCAAATACCCTGAAAACTTCTTCCTGCTTCGCGGCAACCACGAGTGCGCCTCCATCAACCGCATCTACGGCTTCTACGATGAGTGTAAGAGACGGTATAACATAAAGCTGTGGAAGACTTTCACAGACTGCTTCAACTGCTTACCCGTGGCTGCCATCGTAGACGAGAAGATTTTCTGTTGCCATGGAGGTCTTTCTCCAGACCTGCAGTCTATGGAGCAGGTGCGGCGTGTGATGCGGCCCACAGACGTGCCGGATCAGGGCCTGCTGTGCGACCTGCTGTGGGCTGACCCAGATAAAGACGTGCTGGGCTGGGGCGAGAACGACCGTGGAGTCTCCTTCACTTTCGGTGCTGACGTGGTGGCCAAATTCCTTCACAAGCACGACATGGACCTCATATGCAGGGCACATCAGGTGGTTGAGGATGGCTACGAGTTTTTTGCTAAGAGACAGCTGGTCACCCTGTTCTCTGCTCCAAACTACTGTGGAGAGTTTGACAATGCTGGAGCCATGATGAGCGTGGATGAAACGCTCATGTGCTCCTTCCAGATCCTCAAGCCTGCCGATAAGAAGCTGTATTCGtacggaggaggaggaggaatgggcTCAGGGCGTCCGGTCACTCCGCCGCGCAATTCTGCCAAGGGTGGAAAAGCCAAGAAATAGCACCAGCTGGACCACCCCCATTAATCCCACCCCCTTTTAAAAGGAATCCTCCTCCAGTGTTTTATCACCTAATTTCTGCTTGCTGCGCCCGTAGCTGACGGCTGgcttctctctcctgctctcgtCCACACCCGGTGTCTGTTGATTTGAAACACACACGGACGTTTAGAATGGAAGTCAATGAAGCTTCTGCTCATTGGCTGCTGTTTTAAGTGGTTTTGAGTCTATGGTACATTACAATGTTACAAATGCAGCCAGATCGATATTAGCTGAAAAACACTGGAGCAGTCCTTTACCCCTCTCGCCCTCCACCCTACCCCACTCTCTACCTCCCTGCTTTTTTCCCCTTTGTCACCAAATGGCAACAAAGCAAAACAGTACCCAGGGTTTAAagtcctttctctctttttttttcttttttttttttctctcattctcaattgtttttccttttctcttcgatgcagtgagtgtgtgtatgcgtgtatTAATGTGAATGGACCGTCTGTGAGGTTTGTTATACTGTTTcttctatttgtttttgttttttttattctctcctcctttctctccatctctctctctttcttctacCCATCTTTCTCCCTGCCCTCCCCACTCACTGGCCAGTCTCTCTGTCCCAGAAGAGTCATGCTAATGGTCAGAAGAGAGCGAGGGGCGCACCAGTGGTCCAGAGAAAGGCGTAGGTGGTGACCCTTTTCTTAGGTGTCACTTTTCTTAGGTGTCACTGTTTCAATGCTGAAAACACACAGCTGCACATCCTCTCTTAGGTAGTGGTCTCTGATTGAATATTATGAACTGTAACACAGATGTGTGCGcacacacatgctctttcatatttctacacacacacatgcccacCCACACCCCCTATGACTGGGAGAGTAGTTGAAATGTGCAGGAAGATGCTGGCAGCATTGCGTGGATGTGCGGTGACTGTATAAAGAGGGAAGAGCTCGCCACAGGTGCATCATTTTCCATTTAGAGAATCTGTGATTTGAGAAACAATCATGTTGAAActgttggtttttttttgtttcttttttttttgtttcgtttttttgTTGTAGATGGATCACAGAAGCTTTGAAACTTTCTtgcttaatttgtgtttttccttttttttttagtctcttTTTTGAATATCAATTATCAATAAAGagaattgtttatttaaacatcCTGCACCATCCTGCATCATGTGTACCTACCTACCCCTCTTTCAGCTGCCTCCGgttgcttctttctttttttcttctccttcccACCTTCCCGTCTTTTGGCACTACTGTGTATTTCCTTCTTGGTTTTAAAAGTTTTGCTCTTTAATCTGTTCTGTATTTTGGGAGGGGACTAAACATATCTCACTTCTAAGATTGGCTCGTTTTTGCTGATTGTTGAAAGATGAATGGATTTACACATGGATTTGCCTATTCCCGCTCTTCTTCTTCCCATCTGATGACCACTATTTGGCCACAGCATCCTTGAACTTCCTTAAAACTCATTCCTACCTTTGCTCCACACGCTGCTTTTCACAAAATCCGTCCATCTGAGGGTTCCACCCCTTCTTGGGGGTCTGACTTTTTCACACTTCATGCTTGGACTCTCACTTTCCCCTCcttgtttttcctcttttttttctgtcacttctaTTCCAACCCGTTTGCTCTTCGTGCAGACTTGCCAGGCTGGATTTAAAGTTTGACTGGGATTACTGTGGAGTTACTGCTGTAATTATTTAAGGATTTGGGAATCCTTTGGCCAGCCTCACGGACTCCTGCCTCTGATTCCGCCAGATGGCGCATTTCACCCCCGCTGACTTCACATTTCCCACGtttctgctgtttctccattaCATCATTCTGCTGAGGTACTGAAGACTGGCTGAGCATCAAATCCTGTAGTAACACTGCCTCCTGCTGGCCATTGGTGGTGGTGCTGAGCCAGGGGTGTTGGCTTGGCACTATTTGATACCGTCTCCCCCACATAAATTCATGTCTTGGGCATGATGGGTACAACTTTTGAagcagagctttatttaaacattttaaaatggtttaaatggtCTGTTTTTGAAGGACTGCATTGTCTTATCAATAGCAGgctttgtttttaatgtgtgaAGTTATCAGGTCAAAGGAGAGCCATGATCTTTCACTAATGATTTTTTCCCTCATTGACCTCCACTTTTAGACAGCTGTTTTAAGTCATGCTTAAGCAAAATGCTGAAACGTGtgttctatgtgtgtgtgttaaaaatgTGCCGGTGGAAAATGGAAACAGGGCTTAAAAGGGcaatacatacatgcatactctctctctccccatgtgttgattttaatattaaaccatGTAGCACAGCCACAATCATCAGCCATGTTAAATTCAGGCGAGATAAGTGAATGATATTGTTTGTTTGAGATCATTAAGCTGGTTTGGACACTCTTTTAGCTGTAGCCTCACTACCAAAGCCTCAGCTTGTAGTTAGTAAAAATCACCAGGTCATTTAGGTTAAGATGTTGAGCTACGTTAACTTTTAATGCAAATTGCTGAACACAAATGAATTGGTTGAGTGTGTTGGCAGTagttcacactttttttttatttttattaattattattgaaggAGCACTTTATCAGGTTCgtctcgaaaaaaaaaaaaaaaatatggtcatAAAAATTGCCAAAAAGTCAAGGAAAAgccatggaaatgtattggttaaaactgTATAAACCCCATTTATGCTAGCTAAACATGGCTAGGCTCGGTAGTATCTTTCTATCTGTCCTCAAACATTTCATTGTATTTAGGAGATACTTACTCCTAAAGGTGAGTCGCACTGGCTTACTGACTGACCACAATCCTAACCTTAGTTAACAGTTTTATTCACCTAATTTTACCAATATACACCTCCCcatgttagttagttagctagtttacgtCGCTAGGTAGCTTAGCTTCTTTGCTATCAAGCTGAGGCTTTGTTTGTAGGCTGTGTAGCTCTGTCCACGATGAGGGGCTGTATTTTGTTGTGGTTAGTTCAGAACCTCATAACTAATACGAAACCTTTGGAAGGATATAAGTAAGTTTTTCTTTGAAGGTGGAACTTGGTTCATAATAAATGTTTGTTAAAAGCCTGCTTTAACCCTCTATACCATGATGTTGCACTAAGGCAACAAACCACTGTTTTGGTAATTACACAATCctctttcatttttaatgttatgtttaaatatataatgtcaCAAGACAAGCCTCCatgaaagaaaatgagagagaagaaTTTGGTTTAACATTCGACCTGGAGGTTGAGTAATGATTTTAGCAACCAAAGCCACATAGAACGAAATATCAGTAATTGATTAGATAAATATAGTAtaacatgttttacatttaataacCTTGAAGATACAATACTGAAACATgtatatgtgcatcaatatgtattgaattattttgaggttttaaattacattttaattttaattgacctatttaaacagtgtttttgatTTGCTGTCTTTTTACATCTTTTTAAGCATTGCTTGTTTTccttccaaataaaataaatatcatgcTACAGAGGGTTAATAGAGTAGAAGATCCCTATGTATATCAAATATTCTTAATTATTCTGGGAAACTTAGTTTCTTTCATTGTCTAGAGAATTAATCTaaagaaattattaaataaaaaattgtctcCACATATTTATCCTTTAAGATAATAATTAACTATGACTACAATATAATCAATTTAAGAGGGGGAAAATCTCAGATGTGTTTACAGGCAGAGTTGGGTTGtatctatatataataatagattTAATTATTACAGAAGACTCATTTCTCCACCATGTCCTATTGAGAGGGGTCCGtacacatacacttacacacgctacaaacaaaaaaatcaaattatacaaaacacataaaaaacatgccagttttttttttttttttcgttatacattttaacaattttagACCATATTTCTTCTTCCAGAGTTACGCTTTTTATAGGCCAGGTTTAGTTTCAGCAGCTACagtttgtgtggagtgtgtgaaaTTCAGACGGGGGTGCTTTAATCATGTTGAGGATCATAATTGTTGTCTGATGGCCATTGCATTCAAAAGGCAATAGTCAAGTTTTTATAGgctcctccccccccccccccacccagtTCCACTGAATCCTCCTCCTTTTTCTGTTCCCATCTCATTCGCTGTGCTCACTTGGGTGGGGGTGTGGTTTGAATGGAATTCCATGTGATGTGTGCGATGGGAGTGGGGTTAATATATGgacctttttaaacattttaatacccAAATCTTTGGGACCgaataaatacatgttatacAGTCAGATCTTTGGGCTGTCGGATAAGAGGCCCTCTATCCATCTGTCATCTTCTTCCCAGTGAGTGTGCACATTTCTAACTATTTAAACTACAGCATCACTGATAGGAAagatttactattattattattattattatgattattattgattattattattatcagttttATTTCTGATCTGTTGTTTTTACCTGATGGACAGCAGTGAGGTGATTTAGataatgtatgtattttgttttatctttGATGACCAATCAGGGATGTTCTTTTCCTCCATGCACTGATGCTGGGTGACCTATAATCATTTTAACTGTAAGATTTTGAAGAAGCGAGTCGGCTGTTTTGAGTGGGAGGAAAATTTAAAAGTAAGaagtaaactgtttttttatgtcattttgtttttgtttttttttccgaaTTATCACAGATCTTCGTCTTTCTGTTACCaggtagaaaataaaaatagcgtATTTGTA

Function

symbol description
ppp1caa Predicted to enable protein serine phosphatase activity and protein threonine phosphatase activity. Acts upstream of or within convergent extension. Is expressed in brain; digestive system; eye; otic vesicle; and pectoral fin. Orthologous to human PPP1CA (protein phosphatase 1 catalytic subunit alpha).

NR:

description
serine/threonine-protein phosphatase alpha-2 isoform-like

GO:

id name namespace
GO:0001525 angiogenesis biological_process
GO:0016311 dephosphorylation biological_process
GO:0004721 phosphoprotein phosphatase activity molecular_function

KEGG:

id description
K06269 PPP1C; serine/threonine-protein phosphatase PP1 catalytic subunit

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU14077 False 1421 lncRNA 0.39 1 14041103 14042523
TU14078 False 2121 lncRNA 0.34 1 14038914 14041034
XM_007251022.3 True 6275 mRNA 0.41 7 14038858 14083107

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103038885 shank1,LOC108427331,LOC107732841 coding downstream 74020 13683879 ~ 13964838 (-)
LOC103033311 si:ch211-51c14.1,LOC108427330,LOC107732900,LOC107729493,LOC107551153,LOC105012945,LOC106595301 coding downstream 367176 13631779 ~ 13671682 (-)
syt3 syt3,LOC107551154,LOC107563990 coding downstream 497933 13424026 ~ 13540925 (-)
med25 med25 coding downstream 650919 13338001 ~ 13387939 (-)
LOC111193378 NA coding downstream 942402 13093203 ~ 13096456 (-)
LOC103035240 LOC103035240,LOC108427335,LOC107658445,LOC107729508,LOC108280773,LOC107583063 coding upstream 34484 14117591 ~ 14148282 (-)
LOC103035550 paqr4,paqr4a,LOC105897660,LOC106601588 coding upstream 83333 14166440 ~ 14197240 (-)
LOC103039514 LOC108427305 coding upstream 165567 14248674 ~ 14292162 (-)
LOC111193418 NA coding upstream 247895 14331002 ~ 14333447 (-)
armc5 armc5 coding upstream 258813 14341920 ~ 14350288 (-)
G10430 NA non-coding downstream 16969 14021687 ~ 14021889 (-)
G10429 NA non-coding downstream 28445 14010176 ~ 14010413 (-)
G10413 NA non-coding downstream 121020 13917124 ~ 13917838 (-)
G10379 NA non-coding downstream 363565 13673955 ~ 13675293 (-)
G10303 NA non-coding downstream 452939 13585450 ~ 13585919 (-)
G10561 NA non-coding upstream 223165 14306272 ~ 14306530 (-)
G10595 NA non-coding upstream 609675 14692782 ~ 14694894 (-)
G10649 NA non-coding upstream 624226 14707333 ~ 14708613 (-)
G10654 NA non-coding upstream 688223 14771330 ~ 14771618 (-)
G10782 polr3d non-coding upstream 936184 15019291 ~ 15020115 (-)
LOC103034410 lrrc4b,lrrc4ba,LOC103034410,LOC107680881,LOC107551155,LOC107667844,LOC107563987,LOC107732840 other downstream 745980 13149357 ~ 13292878 (-)
G10089 akt1s1,LOC107564011,LOC107680841 other downstream 1221672 12813025 ~ 12817186 (-)
LOC103022087 foxd1,LOC103022087,LOC106569011,LOC108432165 other downstream 2360750 11676154 ~ 11678108 (-)
G9632 atp5h,LOC103042933,LOC103361245,LOC107670447 other downstream 2694596 11340140 ~ 11344262 (-)
G9469 NA other downstream 3643378 10393462 ~ 10395480 (-)
G10560 NA other upstream 157954 14241061 ~ 14243794 (-)
hsd3b7 hsd3b7,LOC106601563 other upstream 536269 14619376 ~ 14656561 (-)
LOC103040656 LOC108427315 other upstream 704963 14788070 ~ 14797643 (-)
G10767 NA other upstream 839858 14922965 ~ 14923959 (-)
LOC103043825 pax10,LOC108427317,LOC107689663,LOC108280587,LOC107557340,LOC107579793 other upstream 877725 14960832 ~ 14981569 (-)

Expression


Co-expression Network