G338826


Basic Information

Item Value
gene id G338826
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_019172936.1
NCBI id APWO02000145.1
chromosome length 1987809
location 1854597 ~ 1860367 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU466281
TTCAAcacatttctgcatttattgTTAATGACAGTAAATTATGCAGGATGACCATGAGGCTCCTTTCAAATGGaacattttttctttcattcataTGATCGCAACTCAAGGcgggtaaaaacaaaaataaaagaaggaaTGGAGTTAAAAGTTTAGTTCACGTAAAATGAGTGTAAAACTCGATTACCAGCACGAGCAGGACTGAGTTCCTCTCTTTACACAGAAACAAGCAAATCTCATCAAAGGCTACAGCGTCTGCGAAGCGAGGCTGATGGAATGTAAGGTTAAAAAGTGTGATCAGAGTTTCACCGCTCTCACTATTCTCCTCATCCGGGTTTCAGACTGGAAATACATCTTACAGTGTTTCTCCTGCTCGGGTCCTGCAGCACTGCTCCGCGGTGGAGAagagtgaaatgggattggaccctTTCTGTGCGGACAGTCGTGTTCAATGTAAAGCGAAAGCTGACCGTAAACCAGCGCTCGTGCTCAGCGACACGTACGACCCCCAGATACTGATGCACATCATGAATTCTGGTCCAGATGCTTCTCGAGCCAGTGCAGAGTGTGTCCCTGTGCCAGAACACAGCTACTGCAACTCTCcatcactgtatatacacatattataataaaatatattgttatatgcTGTTAATACACTGCAGGAATACTATAAAGAGTAATATTaaattctggaaaaaataagagaccatctaaaaatgatgagtttctttgattttacctaattgaaaaccaagctgaactgcttgaatttttgcaccaggagtaaaggcataaagttattcaaaagcagtgtgtaagactggtggaggagaacatgccaagatgcatgaaaactgtgaatttatgaatatgaacttgttttctttgcattatttgaggtctgaaagctctacatcttttttgttatttgagccatttttcattgtctgcaaataaatgctctaaatgactatttttatgtggaatttaagagaaatgttgtctgtagtttatagaataaaacagcaatgttcattttactcaaacgtatacctataatcagaaaaaaatctgagtaACAGATTcagtgttctcttaattttttccagagctgtacacatTTATTGTGATGCATTTCCAGTATATTACATTTGTTTATGGGCAAAATTCAGTTTACAGTTCCTGATAGTTATTCTGCTGACCCATTCCAATGTCTTTCTCTAGTACACTAATTTCTACTGAGCTGCACTTAATTGCGTGTGGAATGCATTCATTAATGTTTCATGCATTTGGTCcatattttctatattaatGCTGTGTTTGAGTCGATTGAAACTGAGAGTTGAGTGGAATGATTAAATGACCATGAGTTGGTGTTACTGGTACTGGAATATACTGAAAATACatcactttgttttattttatatattttttatctttattctgCCTAATTTATCATTTAACCCACTCCCTCACTGGGACTTCCCTTAACTCTTGATGCTCCTCACACTAGGAGGATCAGGACAAGagcatgcctcctccaatacatgtgaagacaGACTcggcctctttttgaactgccacTAATGCAGCATCTCCAGGCAGCCAGGTTTCTAAGAGGAAAGCACCGGATCCTCAGCTCTGACACATCAGCCAATAAGCACCTGTGCAGACCAACATCACAATGGCAGCTGGAGAGGCAGACCCAGACCTGGGATTGTCTTGGTTGTCTTTATACCAATAACTTAAATACTTctaatttttattcatttaatgatACTTTTGTGGTTTAACATATCTAAATTGTTGGTTCAGTTTATGAGATAATACTGACAAAAATGTTGCTTTTCCAAATCAAATTATGCCGTCAGCTTATGGCTATGTAGGACACAAAGACGAGAGTGTAGAAAACCCAGAGAACGACAGATTCAGCATGTTATAGAAAGACAGCCCCCCTCTCTTCTATAAGTAGAATCAGGAAGGAGAGACAGAATTAAAATGGAGGAGATGGGGCGATATAGGGttccaaaaatattaaataagggGAGGAGCTTCAGGGATGTTCTTCCTCCGATATCTTGTGATGTTTTTCTAATGACACTGATTTTGTAAAGTTATATTGTTAGGAGAAAACACCCCAAGACTTTACATTCTCACGTTTTCTCTTTATGATGTTTGTCCTTCTCCTAAAAGCAGTCTATTACAGTTTGTGAATTGTTGCAGagattatacattatattccatttgttttctttgataTATACCAACaacatataacaatatatttcattataccGTAAAAATGATACACCGGTCTGACTCGTctacaaaacaaagcaaaaacacCAAACTACAGACCCAACCCAGACGAGTCTATAAAAGCACTTCCAGTTTTCAGTTCTTCAGTTATCTACGacactgtctgtctatctcgACTATCTATGTACAAACAAATCCAGCTGAGCAGAGAGGAAAAACCTGAGGTAGTTCAGGGGTTAAGCGTACGTGTCGACTGTGGTGAGTAAGAGCGCTGTTTCAGGATGAGTCTCGCTCGCCCTTTCACAATGAGCACGACTCCACAGCCACAGGTCAGCTGGGACGCTTCACACAGATGAACCCTGGGCTGGATCACAGTGTTAGGAGTGACCAGAgtgttggaggtgtgtttatggACGTGCTGTATTGCGCTTCTTGCTGCACGCTGTGTGAAACTGCACGTACTGCGAAACCAGTCGAACCAAGAAATAAACCAGTCTGAGCAAAGTGAACGGTTCGATTCTAATTTCACacattcaaaaacgaaaaaaatctttatactCTACTGACATTAATAAAGCCCATTATATATCGTCGCTGAGTGACACCGTCGCATCACTAAAATATCTGTTAAAAGGTCGGATAAAACCCCAGACTTCATTTTCAATACTGCACTGTaagagacattttttttttgccatcacAAAAACATACCAAGTGGAAGCAATGGATTGAATTAAATCACATTATCTTAGAAAGCCATGGAATACTACAGCTACTGTTATTAGATTTGCCTCAACTAATACTGTCCTTCCAGAGTCAAAAGATCAATACTTTCAACAGAAATTGAAGCATGGTTTTAAGTAGAATAAAATTTACAGTCAGTAAAACATCTTTCTTATTGCATTCATAGATAGCGCTCTCCATCAGGCCCTGGATTACCACTACTGCGCACTGGTGGATGCTGTCCTGGCAGATACTGGAGGGTaaggctgtttttttgtttatatctaAACACAAGTGTGTTTCGATTTAACAGCATGCTGCCAGTCGCTCCAGACACTTCTGGCTTCAGATCATCATTAAATACAGCTTCATACCTTTTGTTACACTATGTGGACACGTATTGGGACACAATACAACTCTAAATTGCTGAATTCAGGAgttttattcagtcttactGCCACAGGTGCATAAAATCGAGCACCTTCCTTCATACttacattagtgaaagaatgggttgTTATAAAGAGCTCACGGAACTCCAGTGGGGTAATATACTGTTAGTTTTGAGCAACAAAAGCTACAGATCACATACAGTTACAAAGCTTTATAGTactcactctgctgactcagtTGGCGGTTTTCTCCCGCTGGTTAAAATGGATACTTAGGCAGCTTTAtggtttctttttccatttgctgtGTTGCTAAATCAGGACCAGGACACGGACGCTGTCTCGTAATAATTACGAGATTGAAATATTGCGTTTGTTGTTGAATTAGTTCAGTCTTTACATTCCTATCAGAGGAATTGTAACAGAGCCCTGTcctacatcactactgcagtgctagcatgctggctacaggtgtagtccaacatcactactacagcattagcaCACTCTGACTAGCGCTCTCACTCCACATTGAGACCCCTGTGTTAACCTGACATTAGCAAGGTCCAGCAAGCCAATCAGCAAATTAAGTCTTCCCACTAAACGATTCTGTGTCCCCCAattaaggttagctaactatgATGATAATTGTGAAGGTTGTGAACAgttcattaatatttaatatctatgGATTTAGAATGAGAGCTCATAAAAGCTCCTTCCAGCAGGTGTAATGTGTACAacagtgtcccaatacttttgtccatacagtgtatTACAACAAGAAACATgcatttagttaaaaaaaaaaaaaaaacttggatgATCCTCCAAATACTGATCCGAGACCAGTTTTACATTTAATCAGCTGGTCCTAGATCAGATAAAATGGCAACATCTGCCTAAACAATGTTATTTAATACTTTACACAAACTCCAGTTGTCCCCATTTGTAACATATGAGAgaatacaacaaaacaaacagatcaAAAACTTCAGCTTTAGTGTCACCAGTGACACGTCAGCGTAGGCtaaggctgtgttcagactgcagagAAATCCGATTTGTTTCTTAAATCAGATCTGCTGCGCTAGATTTCTCTCCACACTGAGATGCCCGATGGTTTAAATCTAAtttgcaaaaatctgattttatgtgatttttgcctgttcagactatcaaaaatgtaTCTGGATACAACCAAGATATAAGTAAATACGGATTCAAAGTGGTGTCTGGGTGTTCAGACTGCAAAAATCAATCTTGATACAATCCAGATTTGTCAAAAATCCCTAAATtgaatttaatatgttttctgGCCTTTTAGACTATCAAAATTAAtgtggatacaatctagatctGCCAAAAAACTGATTTGGACTGGCAGTCTCAACACAGCCTAAAAGACAGCAGTGTTTTAAGCATTTGGAGGTCAGCATTACCACTGATTTGAGACCAGAGTTTGTGTTTCCCTAGAACTGAATGGGAAAATGCTCTTACATCAGagtaaaaaacacattcaactCAGAAAACTACTGAAAAGCAACTGATTATTGTGTATATTGGGATTATAAATACCAAACGACAATGAAACAACACTGCAGTCATTTCCACTGCCACTCTGTATAATAAGAGATGTTTCCTGTGCTTAAATTCAGAGTATTTGTATCGGTATCTGACCACTATCTCATCTTCTGCCTGTGGGGAGAAATAAGGCTGTAAAGGATGTAATTTGGTGAccaggagaaagaaaataagaaccGGATTAACTTTAACACAAGATCTGCTGATACACAGCCATCACACAGCATCTCCTGCGGTGACTTAAGATCTATCCAAGCTGGATTAGTTTCACTAGAGGAGGTTCTGTAATTCAACCGGCCAAATCTCATGGGATAATGTATCTGAATAATTACCCCCAAATTACTGTAGATAGCCCTGAAGAAACTATGCAGCATTCCCAAATAAGGAACTGCAGGTCTAAGCTGTTTTTGCTTGTGGGGAAAAACATAACAAATGCATTCTAAAGCAGATCTGcacttttttcaccaagatTTTTCTATAGCCAGGACACAAAGCAAGCTAACCCAACATAAATTATGTAACACAAAAGTAGGACTACTTCTAAATATTAGTATTACACAACACCAGCAGCTACTACTCATGCTGTACTTCTGCCAAAGCATTAGAACCCTCCTGAATTGTGTCTCATTTCTGGTAGTTTCAGACCTTAAAGTATCTGGAATTTGGGGTCTACTGATACCAGCTCTGGATGTTGTGAGGGAATAATAAGTAAATtccataaatgtaaaaaaaggaaatatcaTTCTCACTGTCAATACGTTAAGCTGTAATAAActacaatatttttaacagGACAAATTTTCATATCTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU466281 True 5771 lncRNA 0.38 1 1854597 1860367

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
rapgefl1 rapgefl1,LOC107662398,LOC107667751,LOC107740631,LOC107585050 coding upstream 1745 1806923 ~ 1852852 (+)
casc3 casc3 coding upstream 72599 1770290 ~ 1781998 (+)
LOC111192052 msl1 coding upstream 86649 1763289 ~ 1767948 (+)
LOC103042716 LOC108412287 coding upstream 119982 1727451 ~ 1734615 (+)
igf2bp1 igf2bp1,LOC108412303,LOC107717213,LOC107582884,LOC107667758,LOC106607494 coding upstream 130479 1662780 ~ 1724118 (+)
G338817 NA non-coding upstream 153521 1700784 ~ 1701076 (+)
G338762 NA non-coding upstream 247578 1606626 ~ 1607019 (+)
G338754 hoxb9,hoxb9a,LOC107585091,LOC107662432 non-coding upstream 297966 1554515 ~ 1556631 (+)
G338748 hoxb7,hxb7a,hoxb7a,LOC107687793,LOC107582958,LOC107717221 non-coding upstream 311583 1542137 ~ 1543014 (+)
LOC111192050 NA non-coding upstream 318263 1527674 ~ 1536334 (+)
LOC111192066 NA other upstream 837246 1012156 ~ 1017351 (+)
LOC107197228 NA other upstream 1086991 682779 ~ 767606 (+)
G338430 nupr1,LOC103367043,LOC108413333 other upstream 1470343 379811 ~ 384254 (+)
atxn2l atxn2l other upstream 1534900 303017 ~ 319697 (+)
LOC111192057 zwi other upstream 1811081 36033 ~ 43516 (+)
G338841 col1a1,col1a1a,LOC107585052,LOC107740634,LOC108279263 other downstream 18082 1878449 ~ 1955333 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
bowfin (Amia calva) AMCG00019825 ift57 coding CM030124.1 CM030124.1 47925796 ~ 47935253 (-)