XLOC_008522


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008522
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 24841291 ~ 24844913 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00018962
ATGTGACTCCTGTCCAGGAATGAAGACATGACACACATCACCTGCCCTGCTGTTCTTGATTTTGAGATGTTCCTCCGCCGCTGTGCTGTGTTGGACCAATAACTGCAAGCAAGTTGTGGACCATGCACGTTAATGTTTATTTCACACTTGCAAAGGTACACAGTTCCTAACATAGAAAAACAGATATACAAGTGAACCAAGAATCCAGAGTTTTAGATAATAAATCACAGTTTTAAAAGACACATAGCAGCATTTTTGCATCTCATTCATATTGGCATAGTGGTTGGTAACAACTCAGCATAACAAAAGAGTTCTGAAAGAGCATTGATTCATAAAACAGTAAAGGATACACTATAATGAAAGGTGTTTAGTGCTAACAGTCTGTTTTCCCTAAGAGATTATGCATAATGACATGAGTATATTGatgaaaaataactaataaagtgCTTTGAGATCTATAACAGGGCAGTTAAATACTTAATTCAGTGTGAAGATCAGCAAACTGAAACATTTCGTCCCTTCCATCTCGCTCTAACCAGATAAGTGCTGTTATGTATCTGTATATTCTTTTTTTTGACAAACTTATAATTGATCagtttaattttgactttttaatattagcagAACGATGTATTAGCAATCACAGAGATGCAATAAACACCGTGAGACGTGTCAAAGAAAAGTTCACCATGTCCTAACCGGACGCAATTCAATATGACATCATGCGATAAAAGGTTTTCCATGTTTGTGTCTTTATCAGCCATAAGGGAGATAAACGACGGGTGACAAGGGATTCTGCTTAATGCTGGGTTCATACTACACCATATTTTTGTCTGTTAAATTGGATTTTAGACTATATGCAATagtttaacaaaataattaattatattaggaGACTTTAATTTGAGTTTTTTGCACCAGAATAGTTGCAGAAAGAGATAGCTGAGATTTATTCCTGACTTTAGTTTCTAAATGAGTAATTTTAGCCAATAATTCAATTATCTATTAATGATAAttaatttctgaatgaatcaaCATTTTTGACTAAATCGATTGAATTAGTAGTGAATTAATTGCACAAGACAAGCTTGCCGCCACCTACTGGTTTAGTGTTATATTTAGTGAACGGCTTTAGCCATTCCTCCATACAAATGTAATATTAGTTCATTGAGCTAACTCTTTttgaaaactgtaaaataaaatatatataaatatttttttaaaggtgagAATTTTGAGAATCTGCAGTTcatagagtgttttttttttttcatttgaatgtTAACTAATTTATCTGCCGATAGGAAAGCatatgtaatattaaaataaaaatttttgtgGTTTGAactagggctacacaatataccgtttcagcatcaatatcgctgTGTGCGAGAGTGCAATAGTCATTTTTTTGCAGAATCTGCGACGTCAAGTTGTGATTATAATTTACCAGACATAACAGTTCACAACATAGTGgcattatttcatttcatttcatttccacACTGAAGAATAAGATCAGTAACTTTTATACAGTGATCATTTCATTTCTGTTGCTGAAAACTGTTCGACTGCCCAGAAATTCATAAGtcattgcttattttatttgaacactTGCTCTGTTATATCTATTTAACTTtgcttattgttttttaaaattgtattcagTGGCGGATTTAGTCATGGGCAATTGCCCAGGGCGCCATCTTGCTGGGGGTGGCATGGGGGAAGCAAAAAAAGTGcccagtaaaagctttgagataagattaactttatgcaagtgtattgAGTGGTTATCCACGAATAAAGATGTTAGGGGCCATTACCAATTCAATTCACAACTCAAGTTTGTTATTCTTTATGTGCAACTGAAACAACGCTGGTGAAAACAAATAGACGCAGGCAGCTGCTCAGAAAGCCATTCCTGCACGCCTCACACACGCTGATCATGATTCCGGTTGTTTACATGCACGTCGACATGCAAGTCAACAAcactaaatattaacatattataaaatatgattatgatgTTACTTTGACATCATCAATTCTAGGCCATGAGCCGGGTCttagacaacagataattctataaaacaaaagTCATGCAAAAGTCTTAGAATTTTTTTTGCTGTGTGACTGTGTCATTACatttcagttacatttaggattgatgtctgtaattttttagaataaaagttgtgtaatattaaaaaaataataaaaaaataacatattttttaaaaataaataaatatatttaaatgtatttctaataattattttaaatgtgtgtgtgtgtgtatg
>TCONS_00018963
TGTTTCTTGGTACACAGTTCCTAACATAGAAAAACAGATATACAAGTGAACCAAGAATCCAGAGTTTTAGATAATAAATCACAGTTTTAAAAGACACATAGCAGCATTTTTGCATCTCATTCATATTGGCATAGTGGTTGGTAACAACTCAGCATAACAAAAGAGTTCTGAAAGAGCATTGATTCATAAAACAGTAAAGGATACACTATAATGAAAGGTGTTTAGTGCTAACAGTCTGTTTTCCCTAAGAGATTATGCATAATGACATGAGTATATTGatgaaaaataactaataaagtgCTTTGAGATCTATAACAGGGCAGTTAAATACTTAATTCAGTGTGAAGATCAGCAAACTGAAACATTTCGTCCCTTCCATCTCGCTCTAACCAGATAAGTGCTGTTATGTATCTGTATATTCTTTTTTTTGACAAACTTATAATTGATCagtttaattttgactttttaatattagcagAACGATGTATTAGCAATCACAGAGATGCAATAAACACCGTGAGACGTGTCAAAGAAAAGTTCACCATGTCCTAACCGGACGCAATTCAATATGACATCATGCGATAAAAGGTTTTCCATGTTTGTGTCTTTATCAGCCATAAGGGAGATAAACGACGGGTGACAAGGGATTCTGCTTAATGCTGGGTTCATACTACACCATATTTTTGTCTGTTAAATTGGATTTTAGACTATATGCAATagtttaacaaaataattaattatattaggaGACTTTAATTTGAGTTTTTTGCACCAGAATAGTTGCAGAAAGAGATAGCTGAGATTTATTCCTGACTTTAGTTTCTAAATGAGTAATTTTAGCCAATAATTCAATTATCTATTAATGATAAttaatttctgaatgaatcaaCATTTTTGACTAAATCGATTGAATTAGTAGTGAATTAATTGCACAAGACAAGCTTGCCGCCACCTACTGGTTTAGTGTTATATTTAGTGAACGGCTTTAGCCATTCCTCCATACAAATGTAATATTAGTTCATTGAGCTAACTCTTTttgaaaactgtaaaataaaatatatataaatatttttttaaaggtgagAATTTTGAGAATCTGCAGTTcatagagtgttttttttttttcatttgaatgtTAACTAATTTATCTGCCGATAGGAAAGCatatgtaatattaaaataaaaatttttgtgGTTTGAactagggctacacaatataccgtttcagcatcaatatcgctgTGTGCGAGAGTGCAATAGTCATTTTTTTGCAGAATCTGCGACGTCAAGTTGTGATTATAATTTACCAGACATAACAGTTCACAACATAGTGgcattatttcatttcatttcatttccacACTGAAGAATAAGATCAGTAACTTTTATACAGTGATCATTTCATTTCTGTTGCTGAAAACTGTTCGACTGCCCAGAAATTCATAAGtcattgcttattttatttgaacactTGCTCTGTTATATCTATTTAACTTtgcttattgttttttaaaattgtattcagTGGCGGATTTAGTCATGGGCAATTGCCCAGGGCGCCATCTTGCTGGGGGTGGCATGGGGGAAGCAAAAAAAGTGcccagtaaaagctttgagataagattaactttatgcaagtgtattgAGTGGTTATCCACGAATAAAGATGTTAGGGGCCATTACCAATTCAATTCACAACTCAAGTTTGTTATTCTTTATGTGCAACTGAAACAACGCTGGTGAAAACAAATAGACGCAGGCAGCTGCTCAGAAAGCCATTCCTGCACGCCTCACACACGCTGATCATGATTCCGGTTGTTTACATGCACGTCGACATGCAAGTCAACAAcactaaatattaacatattataaaatatgattatgatgTTACTTTGACATCATCAATTCTAGGCCATGAGCCGGGTCttagacaacagataattctataaaacaaaagTCATGCAAAAGTCTTAGAATTTTTTTTGCTGTGTGACTGTGTCATTACatttcagttacatttaggattgatgtctgtaattttttagaataaaagttgtgtaatattaaaaaaataataaaaaaataacatattttttaaaaataaataaatatatttaaatgtatttctaataattattttaaatgtgtgtgtgtgtgtatg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018962 False 2307 lncRNA 0.33 2 24841291 24844913
TCONS_00018963 True 2161 lncRNA 0.32 2 24842609 24844913

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008521 gosr1 coding upstream 3636 24795473 ~ 24837655 (+)
XLOC_008520 cpda coding upstream 46681 24756860 ~ 24794610 (+)
XLOC_008519 ywhae1 coding upstream 86396 24746444 ~ 24754895 (+)
XLOC_008518 LRRC75A coding upstream 96371 24691088 ~ 24744920 (+)
XLOC_008517 poldip2 coding upstream 151031 24676905 ~ 24690260 (+)
XLOC_008523 CR942805.1 coding downstream 117223 24962136 ~ 24962252 (+)
XLOC_008524 NA coding downstream 162642 25007555 ~ 25053314 (+)
XLOC_008525 BX908796.2 coding downstream 183569 25028482 ~ 25054730 (+)
XLOC_008526 BX908796.1 coding downstream 211048 25055961 ~ 25062073 (+)
XLOC_008527 zgc:136683 coding downstream 214671 25059584 ~ 25060654 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc upstream 3589009 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008515 NA non-coding upstream 222647 24616570 ~ 24618644 (+)
XLOC_008511 NA non-coding upstream 528169 24312556 ~ 24313122 (+)
XLOC_008508 NA non-coding upstream 635310 24179932 ~ 24205981 (+)
XLOC_008509 NA non-coding upstream 642794 24191710 ~ 24198497 (+)
XLOC_008507 NA non-coding upstream 679191 24149968 ~ 24162100 (+)

Expression


Co-expression Network