AMCG00014630 (LOC107672672)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00014630
gene name LOC107672672
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030128.1
NCBI id CM030128.1
chromosome length 42883965
location 22225924 ~ 22244915 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00014630
AAACGGCCGCCATTTTCGTGGAGTGAGGAGTGAAGGAAACTGCAAAAAGAAGTCTCATCTAAATCATTTCAGCTTTATGCAATTAATCGTTTCCAAccttaaataaaaactgcagtgCATCCCGATTATAGCAGGcgaattaaacaaacaatacgGTGTTTCGGTCCTCAGTGAGCACATTTCTCCCGTACGTGTCGTCGGGCCTTTGGGGGAATTTCGGCACACATTGCAAGTTGCTATTGGGGGATAAACACGATTTCCATTCGGTTTCATTTGATTCTCCATTCAAAGGGGGCTTAGCCCTGGACGATTTTAGTACGGTtgatcagtttttaaaatgataatagaAAACCTTGATGCTCTGAAGACGTGGCTTTCTAAGACGCTCGAACCTATatGTGATGCTGATCCATCTGCCCTTGCGAAATATGTTGTTGCCTTAGTGAAGAAGGATAAAACCGAGAAAGAACTGAAAGCACTATGCATTGACCAGTTGGATGTATTCCTTCAGAAAGaaacgCAGACCTTTGTAGATAAACTTTTCGAAGCTGTGAACACAAAAAGTTACCTAGGCCTACCTCAGTTTGAGCAGCCTTCTTCAACTGTAAGAATAGAGGCTCACCAGCGCCCAGAAAAAGATGACCTGAAAAAGGAGGAGGTGACTGAGAAGGGCAGAGATGATCGCAAGAAGGATGATCGCTCTCGGAAAAGGGATTACGACCGCAATCCTTCCAGGAGGGATTCTTACAGGGATCGGTACAACCGGAGGAGGGGCCGCAGTCGCAGTTACAGTAGGAGTCGCAGCCGAAGTTGGAGCAAAGATCGTCCCCGTGACAGGGATAGGGACAGGGACCGTGAGAGAGACCGAAGCAGAAGCAGGTCCAGGAGCCAGAGCAGAACAAGAAGCAGAGaaAAGGACACTGGAAAATCAAAGTACGAACATGAGAGAACAGAAAGAACAGATCCTGCAGAAAACAACTATACCCCAGCGACATTGATTTCAAATGTTTCCTCTACCCATTTTCCGGTCCCAACACTCAGCAGTACTATAACTGTCATAGCACCCACCCACCATGGGAACAGTACCACAGAGAGCTGGTCAGAGTTTCATGAAGATCAGCTGGAACACGGCTCATTTGGAAGAGGGCCTCTGCAGAGAAAACGCTGTCGGGACTATGATGAAAAAGGTTTTTGCATGAGAGGCGACATGTGCCCTTTTGACCATGGCAGCGATCCTCTCGTAGTTGAAGATGTGAACCTTCCAGGCATTCTTCCATTTCAAGCACAACCCCCTCCCATTGTTGAAGCTCCTCCCCCCCCTGGCCTTCCTCCACCACCTCCTTTGTTGACTCCACCACCTGTGAATTTGAGGCCACCAGTACCTCCACCAGGTCCTTTACCTCCAAGCCTTCCACCTATTGCAGGTCCACCACCTCCTCTTCCACCACTGCAGCCTGCTGGCATGGATGCTCCACCAAACTCCATGACCAGTTCAGTACCTACAATCGTCACATCAGGGATCCACCACCCTCCTCCTCAGGCACAGCCGCCTCCTCTCTTCACTTCAGAAACCTATGAAACAGATGTGTATAATCCTGAAGCACCAAGCATAACCAGCACTTCAAGACCTGTGTACAGACACAGAGTTCATGCCCAACGACCAAACTTAATAGGCCTCACCTTGGGTGAAGTGGACCTTCCACCTCGAGcagaaaaaacatcaaacaataATAGCATGAGAACAGTCGTGGAATCGGACTCCAGAAAAAGAGTGTCCGGCTCCGTAGAAGGTGGAATTCTTTCAAAGAAGCCTTGGTTTGACAAACACAATTTCGGTAAGCCTAATAATCAAGGCTTTCAAAAGAAGATCCCATTTGCTTCTGATAATGCAAAGTTAGAAGTGAGGAAGATTCCTTTGGAGCTCAATAACATCAGCAAGCTTAATGAGCACTTCAGTAAATTTGGAACCATTGTTAACCTTCAGgtTGCTTATCAGAATGATCCAGAAGGTGCTCTTATACAGTTTTCAGCACATGAGGAGGCTAAGAGAGCGATTTCAAGTACAGAAGCAGTGCTTAACAATCGGTTTATCAAGGTGTTTTGGCATCGAGAAGATGCAGCGGCACAGGTACAGCTTCCTCCACAGgGACCACAGGCTGCCAGTCAGCAAGCTGTTGTTCCAACCCTGAAGCAGTCTGTAAAAGATCGATTGGGTCCCATCCCAACAAGTAATGCCGAACCAACACAGCCTCAAGATCCCAACACCGTTTCTGAGaATGCCACTAAATTGTCTGTGAAGGATAGATTGGGTTTTTCTTCAAAACCAGCATCAGTTACAACAGGAAAGGTGTTGTCGACGTCTACAGGCCTTACAAAAACAGTTTACAACCCGGCTGCCCTAAAAGCAGCTCAGAAAAACATGCCTTTTGTAAACACTGGTAGTACAGATGAAACTGTGAAAAAGAAGCAGATCTTAATATCAAAACTGGAGAAGAATAAATCGATGAAACCTGAAGACAAGGCTCAAATTATGGAAACTCTAGGTACAATGACAAAAAGCATAACCAAATTGAAGGATGAAATCAAATCGATTTCCAGTGGCACTGTACAGAAAACGATAAAAACCAAGGCTCAGacACAGAAAGAACTGCTGGATACCGAATTGGATTTGTATAAGAAGATGCAGGCTGGTGAAGACATTGCACAGCTgagaaagaaatacacacagcTTCAGTTAGAGGCTGCCAAAAGGGGACTCTTGTCCTCGGTGCGTGGTAGGGGGACCCATGCCAGAGGACGGGGATCTCTCAGGAGCCGAGGCAGAGGCATCAGGGGCCGGGGCAGAGGGGCTACAGTCCATGCTGTAGTGGACCACCGACCCAGAGCTTTAGAGATTTCTGGTTTTACAGAATCTGATAGAGTAGACTTACTCCCACATTTTGCACAATTTGGTGAAATCGAGGACTGCCAGATTGATGATTCATCTCTTAATGCTATACTTAAATACAAGACAAGGGCAGAAGCAGAGGTTGCGGCAGTTCACGGAGCAAAGTTTAATAATCTGGACCTTAAACTTGCCTGGCATAAGCCCGTTACCACTCTCACCGCAACTGAGCCCGAGGAAGCAGagccggaggaggaggagTTTCAGGAGGAGTCCTTGGTAGACGATGCTCTGCTTCAGGATGATGATGAAGAGGATGATGACAACGAACCTCGGTCTTGGAGAAGATGAATAGTCCCGGATATTCCCATCATCCCCGGACTGCATACCTGATTTCTTtggaattgttatttttaacagttaGTGATTGACtagaaataaaaattgaatagTTTTGCAAAGGTAGTACTGCCAAAAGTACACGTGTgagttttgtttgaaataatgttGTACATATATTGGGAGACgtgtaaagctttttttattatgtgataCAGTTCATAACCTTtataggttttttgttttgttttgtttttgttttaatttggtctaaGATATTTgaccagatttgttttattgagaGCTTGGTTCCGTATTATGGAATGGTAATACATGAATAACTATGAATGTTTGACGTTCAGAGACAACCATCAGacttgtttgatttttgaaagaaaaacgggaagaaaaaaatgtctgcACAAGTTCCTTTGCATAGTAGGCTTTACTATGATTATATTAGCCTTTTGGTTGTtggttttgtgtatatattttatgtatggaTTTTAATGATGCATTGTATGACTGCTTTGCTTAAATCCTTTTTTGGCTTCATTTGagatgtaaaataaagaattgAAATGGTCTATTatataacagcaaaaaaaaaagaaaaaaaaaaagaagcaataaCAATTTAAGANNNNNaaaaaaagacagaaaaaataaagaccatttcaaaacccccaccccccaattcTCACAAAAAGAGCAAAATTCCATTGTTCCAGAAATGTCTGACATCACACTTTTACAGGTAGGTATGTTAACATACATGTGCTCCCTGAACAAGAGCACTACATGATCTCAAACTGAAAGGTAAGGAAGTAATTGCCTGCATTTGTTAAAGTCTGCAATTTAAGAAGTTTCACATTTagacctttatttaaaaaaaaaaactttaaaagatGTATCTGAAGGCCTAAAAATTCCTTcagttttgaaaacattgtaTTCATCCATATGGAATTGTGTAAACTTGTTCATAAACAGTTTTAATGTGAATATTAGCAGTGAAATTTgaatagtttaattatttactgcAATCTAAAACCtttatgcattgtgttttgcAGGTCACTTGTAAATGAACCCCGACCATTCAATTGAAGCAGCTTTTATGAAgGGCATCCATCATGTAACTCCCGAAAGTGTACCGATGCATGAAGAAGAAGAGAATAACCATGgattagaaatgtatatatgaatgtttaCTTATGCAgaatgatgcattttattttgaaaaatgcttCGCACAACATCGTGTTTACAAAATGAGATTGTAATTAGCACTGGAACattaaatgtcaaaaaaaaaaaaaacttgtatgaTTTGTCTAACACATGCTGAACTGAAGATATTGTACATATTGCAGTGGAGGTATATTTTTGTTATGAAGATTCCTTGTGATTTGGGCAACATATCACTGGTTATAAACCAGTGTCcaggtgtttttattgtttttcatcatgGTACTGTTACATTTGAAAGGTTTAACCTTGCACACTGTAATGCAAAGGAAATGTCACAAACTTTAGATTTACATATGCTGAGTAATCCACAGCCAAATTGGACAAAGTGCTGGTGAGTCTGAATGTAATTGTGACATGTCTTGCTCTGTTAGGCACCATTAccagtgttttagttttttttaactttgtaacattattacattgattttaatattgttgACTATCTCTTGGAACCGTTATGGAGACTACTGCTAAGCATGCTTCATAGTTAatccttaaataaaaaatctaaaatatacagACT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>TU89373
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Function

NR:

description
PREDICTED: RNA-binding protein 26-like isoform X4

GO: NA

KEGG:

id description
K13192 RBM26; RNA-binding protein 26

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00014630 True 6067 mRNA 0.41 24 22225925 22244915
TU89373 False 2175 lncRNA 0.35 3 22225924 22228714

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00014628 NA coding downstream 100558 22119740 ~ 22125366 (-)
AMCG00014629 pou4f1 coding downstream 112293 22112182 ~ 22113631 (-)
AMCG00014627 pcdh9 coding downstream 446423 21776406 ~ 21779501 (-)
AMCG00014626 NA coding downstream 598034 21620825 ~ 21627890 (-)
AMCG00014625 NA coding downstream 912936 21296014 ~ 21312988 (-)
AMCG00014631 NA coding upstream 75113 22320028 ~ 22332810 (-)
AMCG00014633 NA coding upstream 1358694 23603609 ~ 23604731 (-)
AMCG00014634 NA coding upstream 1520163 23765078 ~ 24324642 (-)
AMCG00014639 NA coding upstream 2655176 24900091 ~ 24910282 (-)
AMCG00014640 NA coding upstream 2669388 24914303 ~ 24927812 (-)
G71461 NA non-coding downstream 4457 22221070 ~ 22221467 (-)
G71451 NA non-coding downstream 227736 21997922 ~ 21998188 (-)
G71379 NA non-coding downstream 2038956 20186629 ~ 20186968 (-)
G71371 NA non-coding downstream 2147915 20073025 ~ 20078009 (-)
G71360 NA non-coding downstream 2345693 19792799 ~ 19880231 (-)
G71496 LOC100846954 non-coding upstream 61719 22306634 ~ 22306947 (-)
G71512 NA non-coding upstream 312468 22557383 ~ 22557663 (-)
G71526 NA non-coding upstream 610434 22855349 ~ 22855619 (-)
G71539 NA non-coding upstream 716954 22961869 ~ 22962070 (-)
G71540 NA non-coding upstream 739234 22984149 ~ 22984567 (-)
AMCG00014603 tpt1,LOC106582181 other downstream 3000694 19217722 ~ 19225230 (-)
AMCG00014604 kctd4,LOC107688678,LOC107748885 other downstream 3022357 19201803 ~ 19203567 (-)
AMCG00014567 mzt1,si:dkey-15d12.2 other downstream 4203829 17990651 ~ 18022095 (-)
AMCG00014559 NA other downstream 4604773 17589267 ~ 17621151 (-)
AMCG00014555 LOC103136798,LOC106917865,LOC103473267,LOC106919874,LOC103148706,LOC108242195,LOC100692262,LOC101156309 other downstream 4763634 17446868 ~ 17462290 (-)
AMCG00014693 NA other upstream 5040505 27285420 ~ 27304597 (-)
AMCG00014692 LOC107756725 other upstream 5090780 27335695 ~ 27369527 (-)
G72236 rpl8,LOC107595836,LOC107748161 other upstream 6084824 28329739 ~ 28332482 (-)
G72477 LOC106598269,LOC101158751,LOC106586690,LOC103361283 other upstream 7144375 29389290 ~ 29398305 (-)
AMCG00014775 NA other upstream 8596608 30841523 ~ 30846800 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000024_05539614_05541496 NA coding CI01000024 null 5537794 ~ 5541496 (+)