RNA id: XM_007233017.3


Basic Information

Item Value
RNA id XM_007233017.3
length 4716
RNA type mRNA
GC content 0.40
exon number 5
gene id LOC103030167
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 62046691 ~ 62057863 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

AATAGAGACACGAGCCGCGGCCAAAACCTAAAACCTCCCCCGAGACTGAGCGCATCAATCGCTACCGGAGCCCCAGGAGCGACACAGAGTGAACTACTGACTCTGATCTGAGATAACCTGACTTATTTTACACGCTGAAACTGATGGGATGCTCATAAAGTGATGAGAGAGGAGTTTACAGGACGACATAAATTGAGTGGTTGTTTTAGGAAGTGTCCTCCTTCGTGCTCCAGCGGTCGTCAATGCACCATGGCCGCCTTCAAGGGAGTGTGGACGCAGGATTTCTGGCGAGCAGTTGGCGGAGAGTTTCTGGCCATGCTGATTTTCGTGCTGCTTGGCTTGGGCTCCACCATCAACTGGTCGGCAGGGCAGGAAAGCCCCCCACCCCCTGACCTCGTCCTAATTTCTCTGTGCTTTGGCTTGTCTATAGCCACGCTGGTTCAATGCTTCGGGCACATCAGTGGTGCTCACATCAATCCAGCAGTCACAACAGCGATGGTGGCCACACGGAAGCTGAGCCTGGCAAAGGGAGTGTTCTACCTGGGAGCACAGTGCATTGGAGCAGTTGTAGGGACGGCCATCCTGTATGGTGTGACCCCACCTGCTGTGAGAGGGAGCCTGGGAGTTACATCGGTCAATGCAGGTATCTCCACAGGCCATGCCCTGGTGATTGAACTCCTCATCACTTTCGAGCTGGTCTTCACTGTCTTTGCCACCTGTGACCCCAAGCGCTCTGACCTGAAGGGTTCGGCAGCACTGGCTATCGGTTTATCTGTGTGCATCGGCCACCTGTTCGCCATCCCGTACACTGGAGCCAGCATGAATCCTGCTCGCTCGTTTGGCCCTGCAGTCATCATGGGGCACTGGGAAAACCACTGGgtCTACTGGGTGGGTCCTGTGATAGGTGCTGTTCTAGCAGGGGCTCTGTACGAGTACCTGTTCTGTCCTGACCCTGAGCTGAAGCGACACTACACCAGTGTTCTGGCCCGGAGCTCCTTCCCCCGAGGTCAATATGAAGGCATGGATCCAGCCCGTTTCCCCAGCGAGCAAGCTCAGCTTGTGGTCAAGCAGCCGGCTTTCACCGTGCTGGACGTGGAGCGAGCAGAGAGGAAGGAGAGGGAGGCGGCCGGTGAGGTGTTGTCCTCTGTATGACTAGTGAGAAGCACTGAGGAGGAAGTACAACAATCTGGACATTACACCACAGCCCAGCTTAAAGAGACAGACCTCATCTAGAGGTGTTgggtgtgagtgtatgtgtgtgtgtttattattacaatatttttcacTATTTTCTATTGCTGCATGGTAGTGGGTACAAGTAGAACACTATGCATCAGCTCTAACATTCACATTATATTCACCTTTGAGTCAGCACCTGATTTATGATTGTTATCAGCTGAAGCAGACTTGAATAGTGAACTGCATAAAACTGCCTAACAAACAGAAAtatcacacacataaacacatacacacacacacacacacacagctaacccATTTAAAAACTGTCTTGTTCACTAAGcaaatgtgtaaaaatcacCTAATACACATTCAACCCATCATTAATAGACATTCACCagtgttttatgtaaaaagatgaaaaagacCTGATAGCAGTGGTGGTCCAAAGCCTCaagcagctaaaaaaaatggagCAAGTGCAGCACATTCTTTTCCACATTTATTAGAGGGAATGCTTttgcttcttttattttaattcaaatgtaAATTTTATATCCAGTCCTTTTATTACTAAGGAGAATAGCATCCCTTTTATTGCTTATCTGGGTTAAGTACtacactgctaactgcactatgtaactctggtgaagtAAGCAGGATGATGCTCATTATTAAGTTTAGAAGGTGTCCACTTAGAGGAAATAAAGTAACTGTTTTAAATTGATGAGTCAAAACACTAACACAGTTCACCCTAAAAATCCCTGTATTTTGCCTGCTAGTTGTGAAACAATATCTCCCCCACTTTCCGTCAAAGTCAGGCATGCGTGTCCGTAACAAAAATGTCCTTTCAGTCCCTGATGATgccactgctgtgctgtgatcAGGAGTCCAGGATAACATCCCTAGCCTTGTTTCCCCTGGGTATGTTGGAGGCTGATGGAATAGGAGAGGCAGTTAGCTTTTCCCTGCATTGAACTGTCCAAGGACGCTGTGTTATAGCTGTCTAATAAAGATGCGGTGGCCCCTCATGCATCTTGGAGGAGAAACACGCCAACATTCACTCTTCCAGCTTGCCATCACTCTATGATTGGAGGAAAACATGAGGGAATTGGCCTTTGGGAATTAGATGTAATACAGAGGTAATACAAAcattaatatgtattatatctGGAGAAAGTACACCTAAAGCAACTATGCAAAAccataataataaagcacaggGTAGTACAGTAATTTTCATTACCATACAGTCttaaaatttgattaattagataataaaattaatatagaaatataatacAATCTTAAACTATGTAGCTGTgtgtaaaaaacacacagtgtcTCAATGAGAAATGTACTCATAATTATAAAAGGCAGTTTTTAAAGTCTAATTCTAACCAGTATACCCAGGTCACAGCTCGTAGTGTACCCTAAGCTGTAAAGAGAGCTGGTCTAATAACTGCTTACTCTCATTTGTAAACAGAGAGACAGTCTAATGACTCACTGAGCACTAAAGTGACACTTAATGAAGAGTGCTTCATAACATAATGCCTGATTGTAGCTGCTTTTCAGTACAGACGGAGGCTCATTTGATTCTGCCTCTATTTAGCAGCTTGTTTTGACCAGCAGTGAAGGACATTAGATCATTTGCATCTTgattctgattggtcagtttaTTCATAAGAGGAGGCAGTAGGTCAACAGCCTCATCTGGTGGGCTTCAATTAGAGCATGTGGTAATTTGCTTGTGttgtgtagatttttttttgttctcacaAATAGAAACATAGGCTtatgaaaacacacaaacaattaaATTAGGTTTGAATATGTAATGTTAAACAATTTTGAGAGTGAGCACCACTTGTGTCCTTTGATGGACCACCACTGTGTTACATATTATTATTGAAATTTTGCTTAAAGGCTTAATTCAGTCTGTTACTGGTGAATGTGTCGAGTAAGTTTTAATCATGGAGTCACAGTCAaactacacaaaaaaatgaggCCTTGGATTTGTTTTAAACATAATATGTTGATTTGACACATTTTGCTTATGAGCAATGATGTGACACAGTTACATGTTGTACAGGCAGAGAATTTAGCCAACACTTTACCTTATTTCTTCCTCAGTGCACATCTCCAAaacctcctccctctctctttacctctttagctcttttttctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctttttctctctttggtAGTGGTAGAGCTATTAGATTGTCTGGTGATATTGTGTGTAGCTTTAATAGAAATGTAGACAGTAACTCAGTGTGTCTCTGCTGGTTTGTGCTGACAGTCAGTGACTGATGACTGGTGACTGATAGCAGGTAAAAGCCAGGAGAGAAGGGTAAGTGAAGCgctgacagacagataaatcACAGCTGTCTGACTGTGAATCAGCAGCTCCACTGGGACCAAACCATAAGGTGTGAGTAGGATTGTATGTTATACTAAatctgaaaagtctgaaagtgcTTGTGCTTAGTATAATGCTGGAATAAAATCatgttaattataaattatgtgcaaaaaaacacatgcaaattatctctattctgtttttttggtttacaTGCTCACAGATtattgtttctttgattttttgttttccttttgatttatttatttatttatttattttgtacataAGTCATTGATATGTGTAACTGATATGTAATTTCAGGGAACCTTACAGACTTAACCTTAATTATCCGATTAAtaaagcttaataaatatacacattCATTGCCACTGACTTACTATCGCATGCTGTATTTTCTAATCTGAATGTTTACATTATGCTTTAAATTTatgcaatttatttaaaacctATTTTTATTGACTTTTTTCTGTAGTTTCTAAAGCTTAGCTGTTGTCCTATGACCGTAATGattaaaaaagtttgttttagttattgaATTTAGTCATTTGAATTTAGTTTCTAAAGAAGCTTCTAGAGTAGAGTAAGTTTGGGTTGAAATGGACAAATtactaatgtttaaaatattttttatggcaATCATAGTGCCGTTGGTgcataatttaatttagttaagCTATACATTTTGTGATgaagtatttaaaatgtaaactgtGAATTGTAACTGCAAGAATGTTAACAGATCTAATTGCATTACAGGATAAAATTATTTGCAAACCAGAGATTTCTAAAGTGGTGGTAAGCCATGACTATTAGACCAGGCTTTCGGTTTAGGCTTAAGTGTAAAAATGCTTTGTGCTAGGCTGATTCTAGTGGTATTAAATCACTAACCTAAAGCCGATGCACTTTCTGAAACACAGTaatctttgttttctttatagtAAAGACTGTGGTCTGTTGTTTGTCAGATAGCAATTCCACGTTCATTTATAATGTTAAACATTACGTTAtgcttatcttattttatctgttCTATCAGTCAGTCATCTGTTATTAATTTTTACTACCCAGATTAAATATCAACCAATAATCATAACGAGGTGTATATTAGCATAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0055085 transmembrane transport biological_process
GO:0006833 water transport biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0005372 water transmembrane transporter activity molecular_function

KEGG:

id description
K09866 AQP4; aquaporin-4

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU40280 lncRNA downstream 56031 61984674 ~ 61990660 (-) True G30047
TU40249 lncRNA downstream 63140 61979563 ~ 61983551 (-) True G30021
TU40250 lncRNA downstream 63140 61980741 ~ 61983551 (-) False G30021
TU40247 lncRNA downstream 72884 61970549 ~ 61973807 (-) True G30020
TU40241 lncRNA downstream 79888 61961750 ~ 61966803 (-) True G30017
TU40295 lncRNA upstream 52405 62110268 ~ 62110469 (-) True G30058
TU40303 lncRNA upstream 120329 62178192 ~ 62178433 (-) True G30066
TU40322 lncRNA upstream 175065 62232928 ~ 62236594 (-) True G30083
TU40320 lncRNA upstream 175955 62233818 ~ 62235787 (-) True G30081
TU40334 lncRNA upstream 202259 62260122 ~ 62260326 (-) True G30093
XM_015601215.2 mRNA downstream 6852 62009807 ~ 62039839 (-) False LOC103031849
XM_022664205.1 mRNA downstream 21034 62009807 ~ 62025657 (-) True LOC103031849
XM_022664198.1 mRNA downstream 38065 61996353 ~ 62008626 (-) True LOC103031530
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XM_022668152.1 mRNA upstream 155297 62213160 ~ 62214666 (-) False LOC111191939
XM_022668148.1 mRNA upstream 155297 62213160 ~ 62214655 (-) True LOC111191939
XM_007233018.3 mRNA upstream 243284 62301147 ~ 62362260 (-) True LOC103030680
XM_007257007.3 mRNA upstream 740756 62798619 ~ 62817748 (-) True LOC103034091
XM_007257013.3 mRNA upstream 885210 62943073 ~ 62962918 (-) True b4galt6
XR_002649101.1 other downstream 158803 61833448 ~ 61887888 (-) False LOC103043586
XR_002649735.1 other downstream 1677077 60369046 ~ 60369614 (-) True LOC111191938
TU39714 other downstream 1884667 60157538 ~ 60162024 (-) False LOC103034188
TU39539 other downstream 2608393 59437600 ~ 59438298 (-) True G29478
TU39330 other downstream 3111902 58932963 ~ 58934789 (-) True G29317
TU40670 other upstream 1152418 63210281 ~ 63288108 (-) False fryl
TU40671 other upstream 1152418 63210281 ~ 63256634 (-) False fryl
TU40672 other upstream 1152418 63210281 ~ 63231566 (-) False fryl
TU40747 other upstream 1272181 63330044 ~ 63334846 (-) True G30376
XR_002649174.1 other upstream 1375929 63433792 ~ 63465756 (-) False usp46

Expression Profile