RNA id: TCONS_00018750


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00018750
length 425
lncRNA type antisense_over
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_008248
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 2844812 ~ 2855629 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACTACATGCAGACCAAACTACACCATGAAACAAGACATaatgggCCCATAACATCAGTTCAGAGGGAGTGTCCTGTAAATGAAGTTCCTGTTGTTGATGCCATTCCTCTGTGTGCATGGCTTCATCCTCTTCCTCTCCTTCTTCCTCTTCTGCCCAATTGCTCCTCGTCCCCATGGGAATCACATGAGGATCCAGCAGCTCTAGCTGGTTGAAATCTTCTGGGAAATCCATCACTGaagaaaaaggaaggaaggaaggacagaaAGAAAATTATTGTACaattataacttttatttaatttgaatatgtATTGTTTCGATTTTTTAATGACTACTActatgttattgtttttatatgatctatttaaatataaaaactgcaatgcatttgtcatgccaatataGAAAAATTGTATTGAATTGAGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00018868 lncRNA upstream 29098 2814070 ~ 2815714 (+) True XLOC_008247
TCONS_00016615 lncRNA upstream 421201 2421835 ~ 2423611 (+) True XLOC_008240
TCONS_00018865 lncRNA upstream 1126183 1693197 ~ 1718629 (+) False XLOC_008232
TCONS_00018866 lncRNA upstream 1126183 1715361 ~ 1718629 (+) False XLOC_008232
TCONS_00018867 lncRNA upstream 1126183 1715754 ~ 1718629 (+) True XLOC_008232
TCONS_00018751 lncRNA downstream 9995 2865624 ~ 2865929 (+) True XLOC_008250
TCONS_00018869 lncRNA downstream 31071 2886700 ~ 2887498 (+) True XLOC_008249
TCONS_00018870 lncRNA downstream 133162 2988791 ~ 2989951 (+) True XLOC_008251
TCONS_00016627 lncRNA downstream 314345 3169974 ~ 3201297 (+) False XLOC_008253
TCONS_00016628 lncRNA downstream 340522 3196151 ~ 3201213 (+) True XLOC_008253
TCONS_00016621 mRNA upstream 266673 2559875 ~ 2578139 (+) True XLOC_008244
TCONS_00016619 mRNA upstream 300978 2520319 ~ 2543834 (+) False XLOC_008243
TCONS_00016620 mRNA upstream 301253 2534740 ~ 2543559 (+) True XLOC_008243
TCONS_00016617 mRNA upstream 336824 2498496 ~ 2507988 (+) False XLOC_008242
TCONS_00016624 mRNA downstream 1067 2856696 ~ 2890101 (+) False XLOC_008249
TCONS_00016625 mRNA downstream 1927 2857556 ~ 2887313 (+) False XLOC_008249
TCONS_00016626 mRNA downstream 269507 3125136 ~ 3162586 (+) True XLOC_008252
TCONS_00016629 mRNA downstream 363505 3219134 ~ 3223448 (+) True XLOC_008254
TCONS_00016630 mRNA downstream 390846 3246475 ~ 3251221 (+) True XLOC_008256
TCONS_00016623 other upstream 159106 2685055 ~ 2685706 (+) True XLOC_008246
TCONS_00016622 other upstream 170222 2673935 ~ 2674590 (+) True XLOC_008245
TCONS_00016611 other upstream 486187 2358511 ~ 2358625 (+) True XLOC_008239
TCONS_00016606 other upstream 971034 1873658 ~ 1873778 (+) True XLOC_008236
TCONS_00016599 other upstream 1276470 1560665 ~ 1568342 (+) True XLOC_008228
TCONS_00016634 other downstream 650680 3506309 ~ 3506423 (+) True XLOC_008259
TCONS_00016665 other downstream 2999482 5855111 ~ 5855225 (+) True XLOC_008292
TCONS_00016677 other downstream 3703421 6559050 ~ 6559185 (+) True XLOC_008299
TCONS_00016680 other downstream 3822892 6678521 ~ 6727082 (+) True XLOC_008301
TCONS_00016681 other downstream 3914957 6770586 ~ 6772120 (+) True XLOC_008302

Expression Profile

//