XLOC_008232


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008232
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 1693197 ~ 1718629 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00018865
TCTGAATCTGGCGGTCTGGATCTGGGGTAGGTTTAGGTTGGAAATTTGGCAGTCTGGATATAGTGGTCTAGATATAGTGGTCTGAATCTGGCGGTCTGGATCTGGCGGTCTGGATATGGGGGGTCTGGATCTGGCGATCTGGATCTGGCGTTCTGGATCTGGCGGTCTGCATATGGGGGTCTGGATCTGGCGGTCTGGATCTGACGGTCTGGATATGGGGGGTCTGGATATGGGGGTCTGGATATGGGGTTCTGGATATGGGGATCCGGATCTGGCGGTCTGAATCTGGCGGTCTCGATCGAGCGACCGGATATGGAGATCTAGATATGGGGATCTGGATCTTGTGGTCTGGATCTAGGGATCTGGATCTAGGGGTCTGGATCTGGTGTTTGAATTGGATTGGGTCTGGATATGGGGGTCTGGATATGAGGGGTCTGGATCAGGCATTCTGGATCTGGCGGTCTGGATCTGGGGGTCTGGATCTAGGGGTCTGGATCTAGGGGTCTGAATTGGATTGGGTACCTCTGCTCTTAATGatccatttaaattgttttttttaattctgcattTCTTAGactttttaataatacaaaaaaaaggaaaaatgccccaaaaagagtaaaaaaaatattgttttgtttctagaaattatgtcaa
>TCONS_00018866
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>TCONS_00018867
ccggttttcagcattcttcaaaatatctacttttgtgtttaacagaaaaaagaagctcataaaggtttgaaacagctaaagggtgagtaaatgatatgtagttttcatttttttggggtgaactattactttaagtctttaaaaaaattaagttagtaTGTTTTCTTTCATTCTGTAACAGCATTTCCTGGACAATTAAACattcagaaaataaatatatgactATAAATGTCTGTTTTAAAATGATACCCATGTGAAAAATTCACTATATTGATTAATTCTATGTTTACGAATGAGCTGGTGTctattaaagcagtgtttctcaaccacgttcccggAGTAGCAcctgcactgcatgttttggatgcctcctttgTCCATCACACCCATCACAGgtgtttcagtctctgctaatgagcttatgaactaaatcaggtgtgtttggataAGGAGACATGgagaatgtgcagagctggtggtcctccagcaacgtggttgagaaacactgtattaAACCACACCTGTGATTTCAAGTTTGTCTGTTTATCACAGCATGCTTTAACAAATCCGAGCATGTCAATGACCATAGCAAATATTAATGCACGTCAGCTTTTGGGTGACTCAGCTATACTAACCAACACTAGTTCTGTCCtcattttcaattttaattcagATGACAACAACAACCAGAAGACTtcacttaaaggcatagttcacccaaaaatgaatattctgtcatcatttgtccACCCTTCACttattatgttaaacacaaagtaagatatttaaatctgtaaccattgacggcCATAGCATTTGtttctcctactatggaagtcaatgggttttcagcattcttcaaaatatcttcttttgcattcaacagaagaaagaagcatGAAGCTTTCTAAGCGAGTGTAAATAGCGAGTGAACGTTCATATttgagtgaattatccctttaaggatTATAAGGGGAGATCTGAAATGAGTTCTATACACtaataataagttattaattCTCACATCTCAGTGAGCTGTAAACCAGTGCAAgaagcaataataataacttaaaattCACACCCATCATTCACATTCCTCAACACATGTCCATATTTCACCCTCAAATCAAAAGAAATGCCAAGCAAATACAGCTCATATTTGGACAATGGAGATTTTTTTGGCAATATGCACTGCAAAACGTCTACTTACTGAGAGTTTTAGTCTTGATTTTAATCCAAATATCGAAATACTCTTAAATCAAAGccatttctagacaagcaaataaATTATGTCTTGCTGAATTATGTTTTGGGAGGTGTACGATGCCTTTAAcgctctaaaccaggggtgcacAATCCTGTTCCTGAAACTctaccttgatcaaacacacctgtcttaaATTAACAAGTGCTCCTTCAGGTCCTGCctagttgtgtttgatcagggttggagctgaactctgcaggaaggtagacctccaggaacagggttgagcacctctGCATTAAACTAATCGGCCTGATTATGGTTGGAACCAGACCTTTGCAGAAAGCAGATGTTCTGGAATACAGCCGTGTGTGATTTTAAGTTCTTCAAAGAGGAGCTGTCACACCTAGCAAGGATCTTTCCAGCAATATCCAACTGCAGACCGGCGTGTATCAGGCCACACTAGATCCAGATCAATAGATCCAGGCTTCCAAGTGGGAGAGGCTTTCGCCGTGAGTAGGTTGATTAGTGTTACTGCAGTGCCTAATGAGAATGAGCGCATACATAAAGCAGGGTTCTCAAGTCTCATGCAGAGCAAGAGACACACATTTCAACCAGTTCATATAGTCACATCACACCTTGTATTTCTCACtttaattttaagatatttaagaTACTAAGTTAGGATTAATGGACAAGATGCTAAGAATATGGAAGAAACTGGAAATACTGACCTGATTTTAGAATTTAGTACTAGTAACAAAGCACTCAGCAGCACGACGCTACTGTAGGCAGAATGTAACCCACTAGCATGAGCACTAACAACATAGACATGAATAAACCTCTGAACGTACAGTAACTTAGTCAATATTtgaaatgttactgtaagggGTCGGCTTagggttggtgtagatgttacCCAATCGGTTACTGTAAGGGGTAGGTTTAGGTTGGAAATTTGGCAGTCTGGATATAGTGGTCTAGATATAGTGGTCTGAATCTGGCGGTCTGGATCTGGCGGTCTGGATATGGGGGGTCTGGATCTGGCGATCTGGATCTGGCGTTCTGGATCTGGCGGTCTGCATATGGGGGTCTGGATCTGGCGGTCTGGATCTGACGGTCTGGATATGGGGGGTCTGGATATGGGGGTCTGGATATGGGGGTCTGGATCTAGGGGTCTGGATCTAGGGGTCTGAATTGGATTGGGTACCTCTGCTCTTAATGatccatttaaattgttttttttaattctgcattTCTTAGactttttaataatacaaaaaaaaggaaaaatgccccaaaaagagtaaaaaaaatattgttttgtttctagaaattatgtcaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018865 False 657 lncRNA 0.48 3 1693197 1718629
TCONS_00018866 False 3084 lncRNA 0.39 2 1715361 1718629
TCONS_00018867 True 2552 lncRNA 0.39 2 1715754 1718629

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008231 nmd3 coding upstream 20736 1653779 ~ 1672461 (+)
XLOC_008228 smc4 coding upstream 120068 1534644 ~ 1573129 (+)
XLOC_008230 dre-mir-16a coding upstream 149254 1543857 ~ 1543943 (+)
XLOC_008229 dre-mir-15c coding upstream 149429 1543686 ~ 1543768 (+)
XLOC_008227 il12a coding upstream 244492 1440364 ~ 1448705 (+)
XLOC_008234 cul3b coding downstream 47359 1765988 ~ 1795631 (+)
XLOC_008235 fam124b coding downstream 77684 1796313 ~ 1802034 (+)
XLOC_008236 CU638704.1 coding downstream 155029 1873658 ~ 1873778 (+)
XLOC_008237 sbds coding downstream 173060 1891689 ~ 1898233 (+)
XLOC_008238 rsrc1 coding downstream 471600 2190229 ~ 2415435 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc downstream 19533562 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008225 NA non-coding upstream 458504 1221817 ~ 1234693 (+)
XLOC_008218 CU571333.1 non-coding upstream 614093 1078989 ~ 1079104 (+)
XLOC_008206 NA non-coding upstream 924762 768181 ~ 768435 (+)
XLOC_008239 CU695208.1 non-coding downstream 639882 2358511 ~ 2358625 (+)
XLOC_008245 CR382327.2 non-coding downstream 955306 2673935 ~ 2674590 (+)
XLOC_008246 CR382327.3 non-coding downstream 966426 2685055 ~ 2685706 (+)
XLOC_008247 NA non-coding downstream 1095441 2814070 ~ 2815714 (+)

Expression


Co-expression Network